|
|
Mining novel terpene synthases from large-scale repositories
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Terpeny a terpenoidy představují největší a strukturně nejrozmanitější skupinu přírodních látek s využitím v mnoha oborech, včetně farmaceutického průmyslu. Tyto molekuly jsou v přírodě syntetizovány enzymy známými jako terpen syntázy. V této práci byla provedena bioinformatická analýza kurátorované databáze obsahující všech 1125 experimentálně charakterizovaných terpen syntáz se zaměřením na identifikaci vzorců v délkách sekvencí a doménových architekturách těchto enzymů napříč různými říšemi života. Na základě poznatků této analýzy byl proveden sekvenčně založený mining s cílem identifikovat možné nové terpen syntázy. S využitím téměř 5,5 miliard proteinových sekvencí z různých rozsáhlých sekvenčních databází vedl mining k identifikaci více než 600 tisíc potenciálních terpen syntáz. Tyto potenciální terpen syntázy pocházejí převážně z bakterií a metagenomů, tedy ze zdrojů, které byly historicky méně zkoumány. Výsledný dataset, doplněný fylogenetickým stromem, sítí sekvenční podobnosti a dvěma skóre prioritizace, nabízí cenný zdroj pro objevování nových terpenů. Klíčová slova: terpen syntáza, TPS, mining, Pfam, SUPERFAMILY, doména, terpen
|
|
|
Pachové signály podle kterých se orientují flebotomové a komáři
Strejc, Vojtěch ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Práce se zabývá pachovými signály, pomocí kterých krevsající hmyz vyhledává hostitele. Je zaměřena zejména na flebotomy, ale zabývá se i nejdůležitějšími poznatky publikovanými u komárů, kteří jsou blízkými příbuznými flebotomů. Mezi pachové signály důležité pro flebotomy patří, kromě sexuálních feromonů, zejména oxid uhličitý, vyšší alkoholy, aldehydy, alkany, ketony a kyselina mléčná. Flebotomové i komáři jsou též atrahováni rostlinnými kairomony, například terpeny, protože na rostlinách získávají svoji cukernou potravu. U lidí je známo, že různí jedinci jsou pro komáry různě atraktivní, tato individuální variabilita je dána především kožním mikrobiomem. U flebotomů byla atraktivita různých osob studována u samic L. longipalpis, mezi šesti dobrovolníky byly zjištěny významné rozdíly. Část práce je věnována zvýšené atraktivitě nakažených hostitelů pro přenašeče nákaz (komáry a flebotomy). Komáři rodu Anopheles byli v některých studiích více atrahováni lidmi nakažených malárií Plasmodium falciparum, konkrétně těmi jedinci, kteří měli v krvi gametocyty. Plasmodium falciparum tak zřejmě může ovlivňovat vektora ve výběru hostitele tím, že změní pach potu nebo dechu hostitele, aby byl atraktivnější pro komáry. Podobně tak i flebotomové jsou zřejmě více atrahování hostiteli, kteří jsou nakaženi...
|
|
|
Metabolismus mědi u Trypanosoma brucei
Sandner, Bruno ; Mach, Jan (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Měď slouží jako kofaktor mnoha důležitých enzymů kvůli svým redoxním vlastnostem. Avšak přítomnost volných iontů mědi v buňce může vést k nežádoucím účinkům, jako je agregace proteinů a ztráta železo-sirných klastrů, což v konečném důsledku může způsobit buněčnou smrt. Z tohoto důvodu je intracelulární koncentrace mědi v organismu přísně kontrolována. Metabolismus mědi u parazitických organismů není příliš probádaný, proto se v této práci věnuji organismu Trypanosoma brucei, původci spavé nemoci a onemocnění u dobytka zvané nagana. Cílem této diplomové práce bylo zjistit, jakým způsobem je měď transportována v buňce, a otestovat její toxicitu u T. brucei. Porozumění transportu mědi v buňce by mohlo umožnit vývoj léčiv, která narušují homeostázu mědi a využívají její toxické vlastnosti. V této diplomové práci byla popsána funkce ATPázy P1B typu T. brucei v přenosu mědi na základě funkční komplementace. Úspěšně se podařila snížit exprese ATPázy P1B typu pomocí RNA interference u T. brucei. Snížená exprese tohoto transportéru vedla ke zvýšené citlivosti na měď, což ukazuje na její potenciální roli při detoxifikaci mědi. Dále jsme poukázali na vyšší odolnost vůči mědi a její vyšší potřebu v metabolismu hmyzí formy T. brucei ve srovnání s krevní formou pomocí hmotnostní spektrometrie s indukčně vázanou...
|
|
|
Charakterizace proteinů polární trubice mikrosporidií.
Satrapová, Alexandra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Mikrosporidie jsou vnitrobuněční parazité patřící do skupiny Fungi. Přestože se jedná o diverzifikovanou skupinu organismů napadající široké spektrum hostitelů a tkání, sdílejí naprosto unikátní invazní aparát. Klíčovou organelou tohoto aparátu je polární trubice sloužící k transportu infekční sporoplasmy do hostitelské buňky. Skládá se z PTP proteinů, které jsou hlavním zájmem této diplomové práce. Hlavní úsilí bylo věnováno studiu interakcí dvou hlavních PTP proteinů. Na rozdíl od již publikovaných dat se nám nepodařilo ověřit interakci PTP proteinů za použití kvasinkového dvouhybridního systému. Pokusy s in vitro připravenými proteiny naopak ukázaly na možnou tvorbu homopolymerních komplexů proteinů PTP2 a PTP3 z Nosema bombycis (NbPTP2, NbPTP3). Připraveno bylo několik konstruktů pro expresi rekombinantních proteinů NbPTP2 a NbPTP3 v Escherichia coli. Exprese NbPTP2 byla úspěšná, avšak protein se nepodařilo převést za nativních podmínek do solubilní frakce umožňující jeho následnou purifikaci. Příprava rekombinantního NbPTP3 byla komplikována rychlou tvorbou pravděpodobně degradačních produktů. Proto byl na závěr vytvořen konstrukt umožňující purifikaci intaktního NbPTP3 pomocí dvou purifikačních tagů na N- a C-koncích proteinu. V průběhu diplomového projektu se nám podařilo úspěšně zavést...
|
|
|
Invazní aparáty parazitických prvoků
Novotná, Veronika ; Petrů, Markéta (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Parazitický způsob života se v historii eukaryot vyvinul mnohokrát nezávisle na sobě. Adaptací na hostitele docházelo k redukci některých organel, a naopak vývoji specifických buněčných struktur. Mezi tyto struktury patří i invazní aparáty, které slouží k průniku do hostitelských buněk a úniku imunitnímu systému. V této bakalářské práci jsou shrnuty poznatky o invazních aparátech a způsobu invaze celkem čtyř vybraných zástupců z důležitých skupin jednobuněčných parazitů Apicomplexa, Microsporidia, Cryptomycota a Kinetoplastida. Dále jsou shrnuty obecné znalosti o parazitech, jejich stavbě a životním cyklu. Klíčová slova: Apicomplexa, Plasmodium, Microsporidia, Ichthyobodo, Rozella, merozoit, glideosom, pohyblivý těsný spoj, pólové vlákno, germinace, cytostom, zoospora, germinační trubice;
|
|
|
Exosomy u parazitických prvoků.
Horáčková, Jana ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Většina buněk uvolňuje do prostředí extracelulární váčky. Tyto váčky jsou exosomy, ektosomy a apoptotická tělíska. Hlavní funkcí ektosomů a exosomů je mezibuněčná komunikace a transport molekul mezi buňkami. Cílem této bakalářské práce je shrnutí dosavadních poznatků o exosomech a ektosomech a shrnutí toho, jak se tyto váčky podílejí na patogenitě parazitických prvoků. Parazitičtí prvoci vylučují exosomy a ektosomy, které parazitovi umožňují přežít v hostiteli. Tyto váčky parazita mohou ovlivnit imunitní systém hostitele a také usnadnit invazi intracelulárních prvoků do hostitelských buněk.
|
|
| |
|
|
Život parazita uvnitř hostitelské buňky.
Krupičková, Alžběta ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Plasmodium falciparum patří k nejnebezpečnějším lidským intracelulárním jednobuněčným patogenům. Tato práce se věnuje invazi, přežívání a úniku z hostitelské buňky (erytrocytu). Ústředním tématem je přežívání parazita v hostitelské buňce uvnitř nově vytvořeného kompartmentu, parazitoformní vakuoly. Exportem několika stovek proteinů Plasmodium falciparum vytváří v hostitelské buňce a zejména na jejím povrchu řadu unikátních modifikací. Na závěr je uvedena kapitola o terapii a možném vývoji léčiv a kapitola o evoluci tohoto parazita. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Imunitní odpověď hostitele při neuroinfekcích způsobených parazitickými helminty.
Macháček, Tomáš ; Panská, Lucie (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Mezi parazitickými helminty jsou i takoví, kteří se mohou v některé části svého ontogenetického vývoje vyskytovat v centrální nervové soustavě člověka. I zde proti nim hostitel vyvíjí imunitní odpověď, a to navzdory původní představě tzv. imunitního privilegia centrální nervové soustavy. Imunitních reakcí se zde účastní jak buňky imunitního systému, tak rezidentní imunokompetentní buňky (astrocyty a mikroglie). Imunitní odpověď hostitele zahrnuje jak buněčnou, tak protilátkovou složku. Tato bakalářská práce se zabývá obecnou charakteristikou imunitní odpovědi v centrální nervové soustavě a jejím popisem při vybraných helmintárních neuroinfekcích: neuroschistosomóze, neurocysticerkóze a neurotoxokaróze.
|
|
|
Sliny flebotomů a perspektivy využití některých jejich proteinů vyrobených rekombinantně
Rožníčková, Lucie ; Zídková, Lenka (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
1. ABSTRAKT Flebotomové (Diptera: Phlebotominae) jsou přenašeči jednoho z nejvýznamnějších tropických onemocnění, leishmaniózy. Jejich sliny obsahují látky s antihemostatickým, vazodilatačním a imunomodulačním účinkem. Tyto látky mají velký význam při přenosu leishmanií, protože mají schopnost ovlivňovat imunitní odpověď hostitele. U hostitele, na kterém flebotomové nikdy nesáli, sliny modulují imunitní systém do takové míry, že snižují infekční dávku a zvyšují patogenitu leishmanie. Na druhou stranu hostitel, na kterém flebotomové sáli opakovaně, vyvíjí buněčnou i protilátkovou imunitní odpověď, která je schopná znemožnit počáteční vývoj infekce. U opakovaně exponovaných jedinců dochází k tvorbě protilátek proti komponentám slin, které mohou hrát roli ukazatele míry expozice a tím i rizika infekce leishmaniemi. Tyto proteiny a glykoproteiny lze vyrábět pomocí technologie rekombinantní DNA. Rekombinantní vakcíny by mohly pomoci v boji proti leishmanióze. Klíčová slova: sliny, flebotomové, leishmanie, rekombinantní proteiny.
|
host ::
RSS.