|
|
Úloha genu yxkO Bacillus subtilis v odpovědi na environmentální stres.
Petrovová, Miroslava ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Nešvera, Jan (oponent)
ÚLOHA GENU YXKO BACILLUS SUBTILIS V ODPOVĚDI NA ENVIRONMENTÁLNÍ STRES Abstrakt Mutace v genu yxkO, který kóduje hypotetickou ribokinázu a patří do regulonu σB obecné stresové odpovědi, vede u Bacillus subtilis ke snížené osmotoleranci za nízkých koncentrací draslíku v médiu. Biologická funkce genu yxkO zatím nebyla popsána, ale mohla by být zapojena do vysokoafinního transportního systému pro draselné ionty, který na rozdíl od Escherichia coli nebyl u Bacillus subtilis doposud objeven. Našim cílem bylo popsat další vlastnosti mutanta v genu yxkO a pokusit se navrhnout úlohu tohoto genu. Použitím integračního vektoru pMutin4 jsme připravily kmen MP2 Bacillus subtilis, který má gen yxkO inaktivovaný. Kmen MP2 vykazuje zpomalený růst v bohatém médiu a je senzitivní k tetracyklinu. Tento kmen dále není schopný vytvářet endospory a buňky jsou delší, což naznačuje poruchu tvorby příčných sept. Metodou dvourozměrné elektroforézy jsme porovnaly proteinové profily kmene MP2 a standardního kmene 1A680 po osmotickém a ethanolovém stresu. U kmene MP2 jsme pozorovaly změny v expresi některých enzymů energetického metabolismu a flagelinu. Závěr naší práce je, že yxkO je regulačním genem, jehož produkt má pleiotropní vliv na mnoho buněčných funkcí.
|
|
| |
|
| |
|
|
Charakterizace promotorů Corynebacterium glutamicum regulovaných zvýšenou teplotou
Zemanová, Martina ; Nešvera, Jan (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent) ; Felsberg, Jurgen (oponent)
My thesis is focused on characterizationof Corynebacteriumglutamicum promoters responding to increase of temperature.C. glutamicum is the most importantrepresentativeof a gram-positive,non-pathogenic,amino-acidproducing bacteria.Its strainsare industrialproducersof glutamic acid, lysine, threonine, tryptophaneand phenylalanine(Liebl et al., l99l). Amino acids producedby microbial fermentationare used in medicine(as infusionliquids or therapeutics), chemical industry (as detergentsand cosmeticscompounds),food industry (as additives), agriculture and stockbreeding (as growth-regulatoradditives to the animalsfeed)(Hermann,2003). Althoughknowledgeof organizationsof its genesinvolvedin biosynthesis of variousaminoacidsincreasedconsiderablyduringlastyears,still littleis known about molecularsignals controllinggene expression. Since regulationof gene expressionon the level of transcriptionplays crucial role, understandingthe structureand functionof transcriptioninitiationsignals(promoters)is of primary importance.Promoters, which can be easily switahed on and off during fermentationsby externalfactorsmay ensurethe controlledoverexpressionofthe chosengenes.Therefore,the C. glutamicumpromotersrespondingto increaseof temperaturehavebeenisolated. Two differentapproachesfor isolationof the promoterswere employed. First...
|
|
| |
|
|
Funkční studie potenciální nukleotidázy kódované genem spr1057 Streptococcus pneumoniae, homologa proteinu YjjG E. coli
Vacková, Zuzana ; Lichá, Irena (oponent) ; Branny, Pavel (vedoucí práce)
ČESKÝ ABSTRAKT Funkční studie potenciální nukleotidasy kódované genem spr1057 v Streptococcus pneumoniae, homologa proteinu YjjG Escherichia coli. Bakteriální buňky jsou neustále vystavovány nespočetným toxickým látkám, ať už z vnějšího prostředí či vedlejším produktům jejich vlastního metabolismu. Z těchto důvodů jsou bakteriální buňky vybaveny několika mechanismy, které tyto toxické látky eliminují. Jedná se hlavně o: blokaci adsorbce, transport specifickými transportéry a specifickou inaktivaci těchto látek enzymy. Zvláštní skupinu těchto toxických látek jsou modifikované nukleotidy, které mohou v bakteriální buňce přímo zabránit replikaci DNA, nebo způsobit mutace. Enzymy rozpoznávající tyto modifikované deriváty se označují jako "house-cleaning" "úklidové" nukleotidfosfatasy, působí na modifikované potenciálně mutagenní nukleotidy a zabraňují tak jejich včlenění do DNA či RNA. Část z těchto "úklidových" enzymů se řadí do skupiny haloacid dehalogenas (haloacid dehalogenase-like hydrolase superfamily), nalezených u mnoha bakteriálních druhů. Tato diplomová práce je zaměřena na funkční studii hypotetického proteinu Spr1057 Streptococcus pneumoniae o doposud neznámé funkci. Na základě sekvenčního srovnání vyplynulo, že Spr1057 má významnou podobnost s proteinem YjjG Escherichia coli. Analýza transkriptomu...
|
|
|
Vliv environmentálních stresů na mutabilitu u Bacillus subtilis - role mismatch-repair systému
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
The everchanging nature of bacterial environment requires adaptation to emerging novel conditions. One proposed way of adaptation involves increased generation of genetic variability in response to harmful conditions - a phenomenon called adaptive mutagenesis. However, the details of mechanisms of adaptive mutagenesis, and even its very existence, are far from clear. Our goal was to subject the Gram-positive model bacterium Bacillus subtilis to variety of environmental stresses, examine the rate of mutagenesis occuring and compare it to unstressed conditions. Next we wondered if there was a role for mismatch-repair system (MMR), the major pathway for mutation avoidance, in these processes. To accomplish this, we constructed systems to monitor the expression of MMR components both on transcription and translation level. We also developed a mathematical model for precise mutation rate determination in order to quantify the intensity of mutagenic processes. The monitoring of MMR proteins translation failed due to high background endogenous fluorescence present in B. subtilis cells. However, we found out, using transcription reporter system, that the expression of MMR is not influenced by imposition of harsh hyperosmotic shock upon cells. The expression of MMR was also barely influenced by nutrient limitation...
|
|
| |
|
| |
|
|
Studium fenoménu perzistence u Staphylococcus aureus
Kubištová, Lucie ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent)
Bakterie Staphylococcus aureus jsou lidské patogeny, které způsobují onemocnění různě závažného charakteru od lehkých infekcí kůže po těžké septické stavy. S. aureus často osidluje plíce pacientů s cystickou fibrózou a způsobuje dlouho trvající pneumonie, které pro tyto pacienty mohou být smrtelné. Infekce způsobené bakteriemi S. aureus se jako většina infekcí léčí antibiotiky. Neúspěšnost léčby často způsobuje přítomnost rezistentních kmenů. Bylo ale zjištěno, že na selhávání léčby má podíl i jiný typ odolnosti k antibiotikům - perzistence. Perzisteři jsou fenotypové varianty isogenní bakteriální populace, které jsou odolné k působení antibiotikům, i když nemají genetické determinanty podmiňující rezistenci. Fenomén perzistence u bakterií je zatím poměrně málo prozkoumaný jev. Cílem mé diplomové práce bylo přispět k charakterizaci perzistence u S. aureus. Optimalizovali jsme metodu rychlé identifikace počtu perzisterů v bakteriální populaci po působení antibiotik metodou měření křivek hynutí. Touto metodou jsme dále zjistili, že vystavení osmotickému stresu způsobuje zvýšení počtu perzisterů v populaci o 1 - 2,5 řádu oproti nestresované kultuře. Dále jsme metodou kvantitativní PCR analyzovali expresi alternativního sigma faktoru sigB. Zjistili jsme, že sigB se exprimuje v podmínkách růstu s...
|
host ::
RSS.