|
|
Globální epidemiologie Staphylococcus aureus vyskytujících se ve zdravotnických zařízeních a v komunitě
Mrázková, Pavlína ; Tkadlec, Jan (vedoucí práce) ; Balíková Novotná, Gabriela (oponent)
Staphylococcus aureus je důležitým lidským patogenem, který je zodpovědný za široké spektrum infekcí vyskytujících se mezi pacienty ve zdravotnickém prostředí a v komunitě. Velká pozornost je věnována kmenům rezistentních na methicilin (MRSA), avšak i kmeny na methicilin citlivé (MSSA) zůstávají hlavní příčinou infekcí. Epidemiologie S. aureus, zejména kmenů MRSA, vykazovala v posledních letech rychlý vývoj, je charakteristická výskytem epidemických linií, které dominují v určitých geografických oblastech. Techniky molekulární typizace umožnily identifikovat hlavní úspěšné linie MRSA a MSSA, díky čemuž je možné pozorovat jejich rozšíření a zároveň reportovat prevalenci sledovaných klonů na daném území. Pro pochopení evoluce a šíření S. aureus, stejně jako pro nasazení efektivních preventivních opatření proti šíření tohoto nebezpečného patogenu, je znalost epidemiologie kmenů S. aureus naprosto nezbytná. V rámci bakalářské práce bude nejprve představen recentní přehled metod využívaných pro klonální analýzu Staphylococcus aureus. Dále bude provedena rešerše literatury s cílem vytvořit přehled o dominantních liniích S. aureus a MRSA cirkulujících v nemocnicích a komunitě s důrazem na situaci v České republice a v Evropě. Klíčová slova: Staphylococcus aureus, MSSA, epidemiologie, MRSA, klonální...
|
|
|
Metody charakterizace perzistentního stavu po působení vybraných antibiotik u Staphylococcus aureus
Valtová, Aneta ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Tkadlec, Jan (oponent)
Staphylococcus aureus je oportunní patogen, který může způsobit těžké a chronické infekce. Důvodem recidivy bakteriálních infekcí je často tzv. perzistence. Jde o přizpůsobení se stresovým podmínkám navozením dormantního stavu, který bakteriím umožní přežít vystavení antibiotikům a po jejich eliminici opět vyrůst. Bakterie, které v pacientovi perzistují, získávají různé adaptační mutace, které si předávají a vznikají tu tak subpopulace, které mají lepší schopnost perzistovat. Cílem této diplomové práce bylo porovnat jednotlivé metody studia perzistorů, které by se mohly v budoucnu používat v klinické praxi, a zároveň se pokusit o bližší molekulární charakterizaci perzistentního stavu pomocí metod stanovení genové exprese. K dispozici mi byly chronologické izoláty Staphylococcus aureus, kdy počáteční byl tzv. primoizolát, izolát odebraný při odhalení cystické fibrózy ještě před zahájením antibiotické léčby. Další pak odebraný s odstupem třičtvrtě roku a poslední s půlročním odstupem od předchozího. Po následné celogenomové sekvenaci byly zjištěny geny, ve kterých vznikly adaptační mutace. První metoda určuje míru schopnosti perzistovat podle stanovení CFU (Colony Forming Units) po působení antibiotika. Zjistila jsem, že tato schopnost závisí převážně na adaptaci izolátu a získaných adaptačních...
|
|
|
Rezistence ke glykopeptidovým antibiotikům u rodu Staphylococcus
Rozsypálková, Adéla ; Tkadlec, Jan (vedoucí práce) ; Balíková Novotná, Gabriela (oponent)
Cílem této práce je popsat mechanismy rezistence ke glykopeptidovým antibiotikům u rodu Staphylococcus, zejména u druhu Staphylococcus aureus, který je jedním z hlavních původců nozokomiálních infekcí, jejichž výskyt u pacientů je spojen s nákladnou a dlouhodobou léčbou. S. aureus byl dosud schopen získat rezistenci k většině antibiotikům používaných v klinické praxi k jeho léčbě. Z důvodu nevhodně zvolené léčby (způsob podání, množství léčiva, trvání terapie) se může rozvinout rezistence i v jejím průběhu a pokud není brzo zjištěna, může v nejhorších případech skončit úmrtím pacienta. Rezistence ke glykopeptidovým antibiotikům reprezentovaným vankomycinem u S. aureus lze rozdělit podle hodnoty MIC vankomycinu na VSSA, VISA, hVISA, a VRSA. Na rozdíl od intermediární rezistence, která je spojena s mutacemi, například ovlivňujícími syntézu buněčné stěny, je VRSA způsobena ziskem transponovatelného elementu (obsahující vanA nebo vanB operon) z rodu Enterococcus. K tomuto přenosu dochází díky koinfekci oběma patogeny. Glykopeptidová rezistence se ukázala být také velmi častou u koaguláza negativních stafylokoků (KNS), například u druhu S. capitis, který způsobuje infekce u předčasně narozených dětí. Glykopeptidová rezistence u KNS a typu VISA, hVISA nebo sVISA je spojena s charakteristickými...
|
|
| |
|
|
Vliv vyřazení genu yxkO při adaptaci na enviromentální stres u rodu Bacillus.
Tkadlec, Jan ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent)
V předchozích letech jsme v naší laboratoři popsali mutanta Bacillus subtilis, který vykazoval snížený růst při vystavení osmotickému stresu za limitující koncentrace K+ . Tento mutantní kmen nesl přerušení v genu yxkO kódujícím předpokládanou ribokinázu. Tento gen patřící do sigma B operonu je indukován osmotickým, teplotním a etanolovým šokem. Při srovnání s divokým kmenem, má tato mutace pleiotropní vliv na fenotyp nositelského kmenu. Kromě osmosenzitivity se mutant liší tvarem buňky, schopností motility a sporulace. Naším cílem bylo zaměřit se na projevy mutace v genu yxkO u dalších bakterií z rodu Bacillus. Připravili jsme mutanty s přerušením tohoto genu, pomocí plazmidu pMUTIN4, odvozené od kmenů lišících se okolím tohoto genu a úrovní laboratorní domestikace Bacillus amyloliquefaciens a Bacillus subtilis subsp. spizizenii. Obdobně jako v předchozích studijích (u laboratorního kmenu Bacillus subtilis 168) jsme popsali u mutantního kmenu odvozeného od Bacillus amyloliquefaciens zhoršenou schopnost růstu při limitaci draslíkem a za osmotického šoku. Tento fenomén jsme studovali na úrovni dynamiky růstu bakteriální kultury. Dále jsme detekovali zvýšenou citlivost kmenu odvozeného od Bacillus amyloliquefaciens k tetracyklinu, změnu morfologie těchto buněk a jejich motility. Mutace v přírodním...
|
|
|
Analýza kmenů Staphylococcus aureus rezistentních k meticilinu vyskytujících se v České republice a na Slovensku
Brajerová, Marie ; Tkadlec, Jan (vedoucí práce) ; Karpíšková, Renáta (oponent)
Meticilin rezistentní Staphylococcus aureus (MRSA) je významným nozokomiálním patogenem, který se však od 90. let 20. století čím dál více vyskytuje i v komunitě (CA-MRSA). Obecně jsou komunitní kmeny virulentnější, avšak méně rezistentní než nemocniční (HA- MRSA). Některé linie MRSA, jako např. sekvenční typ 8 byly v šíření úspěšnější než jiné a rozšířily se na více místech ve světě. Je známo hned několik příkladů, kdy byly dominující linie nahrazeny jinými. Klíčové faktory rozhodující o výběru dominantní linie nejsou vždy zcela zřejmé. V rámci této diplomové práce byla provedena longitudinální studie epidemiologie MRSA ve Fakultní nemocnici v Motole v období 2018-2020, s charakterizací výskytu klonálních komplexů. Zároveň byla provedena multicentrická studie epidemiologie MRSA na Slovensku v období leden - duben 2020. Dále bylo několik izolátů z dominantních linií fenotypově charakterizováno. Ve FN Motol byl zjištěn vysoký výskyt klonálního komplexu 5 se zastoupením spa-typu t586, což je ve shodě s recentními studiemi v ČR. Převážné zastoupení klonálního komplexu 5 bylo zjištěno i na Slovensku. Rozdílem však byly signifikantní záchyty i jiných sekvenčních typů a klonálních komplexů, jako např. EMRSA-15 (20 % izolátů). Dalším významným objevem byl záchyt klonu USA300, který je epidemickým klonem v...
|
|
|
Změny ve schopnosti perzistovat u chronologických izolátů Staphylococcus aureus
Kotková, Hana ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Tkadlec, Jan (oponent)
U imunodeficientních pacientů, např. s cystickou fibrózou (CF), oportunní patogen Staphylococcus aureus způsobuje chronické infekce respiračního traktu, které se léčí dlouhodobě antibiotiky (ATB). Vystavení antibiotik ovšem může vést k navození perzistence, což se v důsledku toho projeví opakovaným návratem infekce. Cílem této práce bylo sledovat u vybraných dvojic chronologických izolátů S. aureus pocházejících z dýchacího traktu pacientů s CF, jak se v časovém období mění míra schopnosti perzistovat. Zjistila jsem, že schopnost perzistovat se v rámci klonální dvojice po dvou letech přežívání v hostiteli příliš nemění a že schopnost perzistovat záleží na adaptačních mutacích izolátů. Tvorba perzisterů může záviset na mutacích v operonech pro alternativní sigma B faktor (sigB) a hlavní regulátor virulenčních genů (agr). Duálním barvením DioC2(3) a To-pro- 3 se mi podařilo v průběhu křivky hynutí po působení antibiotik určit změnu membránového potenciálu a propustnosti membrány. Rozdělení do subpopulací dle těchto parametrů závisí především na použitém antibiotiku. Z toho vyvozuji, že různá antibiotika mohou indukovat různé mechanismy pro navození perzistentního stavu. Dále jsem pro stanovení exprese sigB a agr operonů sestavila konstrukty plazmidů se značeným promotorem (sigB-GFP, agr-GFP), avšak...
|
|
|
Výskyt rezistence ke kolistinu u izolátů klinicky významných enterobakterií
Smělíková, Eva ; Tkadlec, Jan (vedoucí práce) ; Ježek, Petr (oponent)
Kolistin je rezervním antibiotikem pro léčbu závažných infekcí způsobených bakteriemi z čeledi Enterobacteriaceae a jinými gramnegativními bakteriemi vykazujícími mnohočetnou rezistenci k antibiotikům. Nedávno objevená plazmidově vázaná rezistence ke kolistinu mediovaná geny mcr však představuje vážné riziko omezení jeho použití. V předkládané diplomové práci byl kombinací selektivní kultivace a qPCR mapován výskyt Enterobacteriaceae nesoucích geny mcr-1-8 u hospitalizovaných pacientů, cestovatelů, klinických izolátů rezistentních ke kolistinu a v retrospektivní sbírce klinických izolátů enterobakterií. Izoláty nesoucí geny mcr byly charakterizovány celogenomovým sekvenováním. Byla určena lokalizace genů mcr, identifikovány další geny rezistence a přítomné plazmidy. Byl charakterizován fyziologický profil vybraných izolátů Escherichia coli a bylo zjištěno, že za přítomnosti subinhibičního množství kolistinu může být favorizován kmen nesoucí gen mcr-1. V průběhu řešení diplomové práce byl popsán také gen mcr-9, jehož výskyt byl následně retrospektivně otestován. Izoláty Enterobacter spp. s detekovaným genem mcr-9 byly většinou ke kolistinu citlivé, avšak v několika případech bylo možné rezistenci indukovat expozicí subinhibičním dávkám kolistinu. Výsledky diplomové práce ukazují, že výskyt plazmidově vázané...
|
|
|
Metody charakterizace perzistentního stavu po působení vybraných antibiotik u Staphylococcus aureus
Valtová, Aneta ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Tkadlec, Jan (oponent)
Staphylococcus aureus je oportunní patogen, který může způsobit těžké a chronické infekce. Důvodem recidivy bakteriálních infekcí je často tzv. perzistence. Jde o přizpůsobení se stresovým podmínkám navozením dormantního stavu, který bakteriím umožní přežít vystavení antibiotikům a po jejich eliminici opět vyrůst. Bakterie, které v pacientovi perzistují, získávají různé adaptační mutace, které si předávají a vznikají tu tak subpopulace, které mají lepší schopnost perzistovat. Cílem této diplomové práce bylo porovnat jednotlivé metody studia perzistorů, které by se mohly v budoucnu používat v klinické praxi, a zároveň se pokusit o bližší molekulární charakterizaci perzistentního stavu pomocí metod stanovení genové exprese. K dispozici mi byly chronologické izoláty Staphylococcus aureus, kdy počáteční byl tzv. primoizolát, izolát odebraný při odhalení cystické fibrózy ještě před zahájením antibiotické léčby. Další pak odebraný s odstupem třičtvrtě roku a poslední s půlročním odstupem od předchozího. Po následné celogenomové sekvenaci byly zjištěny geny, ve kterých vznikly adaptační mutace. První metoda určuje míru schopnosti perzistovat podle stanovení CFU (Colony Forming Units) po působení antibiotika. Zjistila jsem, že tato schopnost závisí převážně na adaptaci izolátu a získaných adaptačních...
|
|
|
Změny ve schopnosti perzistovat u chronologických izolátů Staphylococcus aureus
Kotková, Hana ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Tkadlec, Jan (oponent)
U imunodeficientních pacientů, např. s cystickou fibrózou (CF), oportunní patogen Staphylococcus aureus způsobuje chronické infekce respiračního traktu, které se léčí dlouhodobě antibiotiky (ATB). Vystavení antibiotik ovšem může vést k navození perzistence, což se v důsledku toho projeví opakovaným návratem infekce. Cílem této práce bylo sledovat u vybraných dvojic chronologických izolátů S. aureus pocházejících z dýchacího traktu pacientů s CF, jak se v časovém období mění míra schopnosti perzistovat. Zjistila jsem, že schopnost perzistovat se v rámci klonální dvojice po dvou letech přežívání v hostiteli příliš nemění a že schopnost perzistovat záleží na adaptačních mutacích izolátů. Tvorba perzisterů může záviset na mutacích v operonech pro alternativní sigma B faktor (sigB) a hlavní regulátor virulenčních genů (agr). Duálním barvením DioC2(3) a To-pro- 3 se mi podařilo v průběhu křivky hynutí po působení antibiotik určit změnu membránového potenciálu a propustnosti membrány. Rozdělení do subpopulací dle těchto parametrů závisí především na použitém antibiotiku. Z toho vyvozuji, že různá antibiotika mohou indukovat různé mechanismy pro navození perzistentního stavu. Dále jsem pro stanovení exprese sigB a agr operonů sestavila konstrukty plazmidů se značeným promotorem (sigB-GFP, agr-GFP), avšak...
|
host ::
RSS.