|
|
Analýza spektra genetických variant asociovaných s rozvojem Parkinsonovy choroby
Stočesová, Lucie ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Parkinsonova choroba (PD, z angl. Parkinson's disease) je jedno z nejčastějších neurodegenerativních onemocnění u lidí. Postihuje všechny věkové kategorie a počet pacientů s tímto onemocněním stále roste. Genetická příčina PD však zatím není příliš osvětlena a jsou objevovány stále nové a nové kandidátní geny. Cílem této práce je provést mutační analýzu u souboru pacientů a kontrol z české populace a nalézt tak možné genetické příčiny parkinsonismu u kohorty zkoumaných pacientů. Druhým cílem je vyhodnotit korelaci dat získaných různými metodami. Za těmito účely bylo použito sekvenování nové generace. Výsledky tohoto sekvenování byly ověřeny metodami MLPA (Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification), analýzou krátkých tandemových repetic a Sangerovou sekvenací. Pomocí uvedených metod jsme získali široké spektrum možných genetických příčin parkinsonismu ve studovaném souboru pacientů. Patogenní či rizikové varianty byly nalezeny nejen v klasických kandidátních genech typických pro PD (s označením PARK), ale také v genech spojených s jinými neurodegenerativními onemocněními. U necelé poloviny pacientů (42,64 %) nebyla genetická příčina parkinsonismu nalezena. Za použití několika metod jsme zjistili, že sekvenování nové generace je velice přesnou metodou, jež dokáže v genomu dobře odhadnout...
|
|
|
Analýza genů SH3TC2 a LMNA a klinická studie u českých pacientů a rodin s autozomálně recesívními typy dědičné neuropatie - Charcot-Marie-Tooth typ 1 a 2
Laššuthová, Petra ; Seeman, Pavel (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Hlavními tematickými oblastmi této disertace jsou: 1. Dědičné neuropatie Charcot-Marie-Tooth 2. Vybraná svalová onemocnění Největší rozsah práce a výsledků je z první oblasti - tedy dědičných periferních neuropatií. V každé z výše uvedených oblastí byly získány původní a do té doby v našich podmínkách neznámé a nepublikované výsledky. Jako prioritní v Česku byla autorkou provedena a zavedena následující vyšetření a metody: 1. Sekvenování a první průkazy mutací v genu pro SH3TC2 u pacientů s dědičnými neuropatiemi. 2. Určení prevalentní mutace v genu SH3TC2 u českých pacientů s dědičnou neuropatií CMT typ 4C. 3. Zavedení vyšetření na přítomnost prevalentní mutace p.Agr954Stop v genu SH3TC2 metodou real-time PCR. 4. Zavedení vyšetření genu SH3TC2 do běžného vyšetřovacího schématu pro pacienty s dědičnou neuropatií. 5. Upřesnění fenotypu pacientů s CMT typ 4C. 6. Sekvenování genu pro lamin A/C (LMNA) u pacientů s dědičnými neuropatiemi. 7. Sekvenování a průkaz prvních mutací v genu pro lamin A/C (LMNA) u pacientů s dědičnou svalovou dystrofii typu Emery-Dreifuss. 8. Testování genu pro lamin A/C (LMNA) pomocí metody MLPA na přítomnost duplikací a delecí, které nejsou zachytitelné sekvenováním. 9. Sekvenování a první průkaz mutace v genu myotubularin 1 (MTM-1) u pacientů s X-vázanou myotubulární svalovou...
|
|
| |
|
|
Molekulární syndromologie: molekulárně genetické příčiny vzácných onemocnění na příkladu Kabuki a Kabuki-like syndromů
Paděrová, Jana ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Kabuki syndrom (KS) je dominantně dědičné onemocnění způsobené většinou de novo patogenními mutacemi v genech KMT2D (dříve MLL2) nebo KDM6A. Jedná se o vzácné multisystémové onemocnění charakterizované především intelektovou nedostatečností (ID - "intellectual disability") a typickou obličejovou dysmorfií. KS je klinicky velmi heterogenní, což znesnadňuje jeho klinickou diagnostiku. Prvním cílem této dizertační práce bylo zavedení testování patogenních mutací ve dvou známých KS kauzálních genech metodou Sangerova DNA sekvenování a následně metodou MLPA (Multiple Ligation Probe Amplification) na pracovišti Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN Motol a následně pak identifikace mutací v genech KMT2D či KDM6A u reprezentativního souboru 43 pacientů s fenotypem typickým pro KS, kteří byli indikováni k tomuto molekulárně genetickému vyšetření z několika spolupracujících genetických ambulancí v České republice. Výsledkem této studie bylo potvrzení či vyvrácení klinické diagnózy pacienta, studium spektra mutací v genech KMT2D/KDM6A v české populaci, korelace fenotypu s genotypem a zhodnocení využití fenotypového "MLL2-skóre" (publikovaného Markrythanasisem et al., 2013) jakožto predikčního nástroje k selekci pacientů pro sekvenování genu KMT2D. U 40% (17/43) analyzovaných pacientů s KS...
|
|
|
Genetické a molekulární příčiny neurodegenerativních a neuropsychiatrických onemocnění
Jedličková, Ivana ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent) ; Laššuthová, Petra (oponent)
Metody sekvenování DNA druhé (NGS) a třetí generace (TGS) zásadním způsobem ovlivnily strategii identifikace genetických příčin nemocí. Především použití exomového sekvenování zvýšilo účinnost identifikace kauzálních variant ve studovaných souborech pacientů z jednotek na desítky procent. Vzácné neurodegenerativní nemoci jsou unikátní svou klinickou i genetickou heterogenitou a širokou diferenciální diagnostikou. NGS a TGS technologie sehrály klíčovou roli v porozumění patomechanismu vzácných neurodegenerativních nemocí. Použití těchto technologií cestou výzkumu je u mnoha pacientů jedinou možností pro stanovení správné diagnózy, poskytnutí genetického poradenství a pro indikaci adekvátní léčby. Tato dizertační práce se zaměřuje na studium molekulární příčiny vybraných vzácných neurodegenerativních nemocí - adultní neuronální ceroidní lipofuscinózy (ANCL), spinální svalové atrofie (SMA) a neuronální intranukleární inkluzní nemoci (NIID). Studium molekulární příčiny těchto klinických jednotek s využitím moderních metod sekvenování a analýzy DNA vedlo k identifikaci kauzálních variant v souboru ANCL pacientů, vytvoření metodického postupu pro genetické testování SMA pacientů s negativním SMN1 nálezem a navržení metody pro vyšetření expanze tandemových repetic u NIID. Klíčová slova: adultní neuronální...
|
|
|
Molekulární syndromologie: molekulárně genetické příčiny vzácných onemocnění na příkladu Kabuki a Kabuki-like syndromů
Paděrová, Jana ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Kabuki syndrom (KS) je dominantně dědičné onemocnění způsobené většinou de novo patogenními mutacemi v genech KMT2D (dříve MLL2) nebo KDM6A. Jedná se o vzácné multisystémové onemocnění charakterizované především intelektovou nedostatečností (ID - "intellectual disability") a typickou obličejovou dysmorfií. KS je klinicky velmi heterogenní, což znesnadňuje jeho klinickou diagnostiku. Prvním cílem této dizertační práce bylo zavedení testování patogenních mutací ve dvou známých KS kauzálních genech metodou Sangerova DNA sekvenování a následně metodou MLPA (Multiple Ligation Probe Amplification) na pracovišti Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN Motol a následně pak identifikace mutací v genech KMT2D či KDM6A u reprezentativního souboru 43 pacientů s fenotypem typickým pro KS, kteří byli indikováni k tomuto molekulárně genetickému vyšetření z několika spolupracujících genetických ambulancí v České republice. Výsledkem této studie bylo potvrzení či vyvrácení klinické diagnózy pacienta, studium spektra mutací v genech KMT2D/KDM6A v české populaci, korelace fenotypu s genotypem a zhodnocení využití fenotypového "MLL2-skóre" (publikovaného Markrythanasisem et al., 2013) jakožto predikčního nástroje k selekci pacientů pro sekvenování genu KMT2D. U 40% (17/43) analyzovaných pacientů s KS...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.