|
|
Comparison of adsorption capacity and adsorption efficiency of diosmectite and charcoal on selected compounds that often cause acute intoxication in adult population of the Czech Republic
Mináriková, Michaela ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Mrízová, Iveta (oponent)
Při léčbě akutních intoxikací je jedním z léčebných postupů podání antidota, např. diosmectit a aktivní uhlí, kde antidotum představuje látku, která působí antagonisticky a rušivě na toxický účinek jedovaté látky. Cílem této práce bylo porovnat adsorpční schopnosti diosmectitu a aktivního uhlí u vybraných modelových sloučenin, které jsou nejčastějšími původci akutních intoxikací u dospělé populace České republiky. Samotnému porovnání adsorpčních schopností těchto sorbentů předcházelo rešeršní zpracování problematiky deseti skupin látek způsobujících nejčastější akutní intoxikace a následné otestování navrhnuté metody pro budoucí testování adsorpce a efektivity adsorpce různých sorbentů. Z deseti skupin látek bylo vybráno pět modelových sloučenin: dosulepin, acetylsalicylová kyselina, ibuprofen, promethazin a fenobarbital, na kterých byla v experimentální části této bakalářské práce porovnána adsorpce diosmectitu, aktivního uhlí a směsi těchto sorbentů. Toto porovnání adsorpčních schopností daných sorbentů bylo vykonáno nejen v neutrálním prostředí, ale také v alkalickém a kyselém prostředí, která jež simulovala fyziologické podmínky v různých částech gastrointestinálního traktu, kde mohou tyto sorbenty teoreticky působit. Klíčová slova: smecta, diosmectit, aktivní uhlí, otravy
|
|
|
Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Streptococcus pneumoniae
Čížová, Kateřina ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Bakterie Streptococcus pneumoniae je v současnosti jedním ze závažných patogenních mikroorganismů ohrožujících děti do věku 5 let, zejména v rozvojových zemí. Nástrojem v boji s tímto patogenním mikroorganismem je vhodná metoda detekce. Předkládaná bakalářská práce se zabývá porovnáním molekulárně-biologických metod detekce bakterie Streptococcus pneumoniae, konkrétně kvantitativní polymerasovou řetězovou reakcí a izotermální amplifikací DNA pomocí smyček. Byl zaveden standardní protokol pro detekci bakterie Streptococcus pneumoniae pomocí "zlatého standardu" molekulární diagnostiky, tedy kvantitativní polymerasovou řetězovou reakcí. Alternativou detekce pomocí kvantitativní polymerasové řetězové reakce, bylo praktické zavedení metody izotermální amplifikace DNA pomocí smyček využívající publikované "primery". S cílem rozšířit diagnostické okno metody izotermální amplifikace pomocí smyček, a bojovat s falešnou pozitivitou negativní kontroly, byla navržena a testována sada nových "primerů" pro detekci bakterie Streptococcus pneumoniae. Výsledkem práce byl nový, rychlý a spolehlivý protokol detekce bakterie Streptococcus pneumoniae, využívající kombinaci nově navržených a publikovaných "primerů". Novým protokolem detekce jsme optimalizovali diagnostické okno a metoda během několika minut bezpečně...
|
|
|
Studium využití uracil-DNA glykosylasy s cílem zamezit kontaminací testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí
Zrnová, Adéla ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Prošková, Veronika (oponent)
Amplifikace DNA je velmi důležitý nástroj diagnostiky infekčních nemocí. Nejběžněji používanou metodou v laboratořích je polymerázová řetězová reakce, která však nesplňuje potřebu rychlé a vybavením nenáročné metody. Bylo tedy nutné vyvinout metodu, která bude citlivá, rychlá, specifická a dostupná i například pro rozvojové země s omezeným přístupem k přístrojovému vybavení. Zdá se, že touto metodou by mohla být LAMP. Metoda LAMP se bohužel setkává se značnou falešnou pozitivitou, které je třeba zabránit, aby ji bylo možné využít v praxi. Předmětem předkládané bakalářské práce je zavedení unikátní LAMP metody detekce přítomnosti DNA Streptococcus pneumoniae a dále studium využití uracil-DNA glykosylasy k zamezení kontaminace vzorků pomocí DNA vzniklé v předchozích amplifikačních reakcích. LAMP metoda detekce DNA Streptococcus pneumoniae byla úspěšně zavedena, poté byla metoda optimalizována i v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu. Po zjištění vhodné koncentrace deoxyuridintrifosfátu pro LAMP amplifikaci, byly takto vzniklé produkty amplifikace DNA Streptococcus pneumoniae ošetřeny pomocí uracil-DNA glykosylasy. Bylo prokázáno, že tento postup má potenciál zamezit falešné pozitivitě dalších amplifikačních reakcí pro detekci DNA Streptococcus pneumoniae v laboratoři. Klíčová slova: polymerázová...
|
|
|
Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Haemophilus influenzae
Smrčka, Tomáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Haemophilus influenzae patří mezi hlavní původce meningitidy a zápalu plic u dětí. Zavedení rychlé, levné a přístrojově nenáročné metody detekce tohoto patogenu by zásadní měrou přispělo k včasné a cílené léčbě pacientů. Rozvoj amplifikačních metod v posledních dekádách umožňuje, krom běžně používané metody PCR, aplikaci alternativních přístupů, mezi něž patří i metoda LAMP. Předmětem zájmu této bakalářské práce proto bylo studium alternativní metody LAMP jakožto nástroje pro detekci Haemophilus influenzae. LAMP metoda byla pro Haemophilus influenzae úspěšně zavedena, nicméně se potýkala s falešnou pozitivitou negativní kontroly v případě delších inkubačních časů. Byla proto navržena optimalizovaná metoda LAMP v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu a uracil-DNA glykosylasy. Jejím cílem bylo za pomocí inkorporace uracilů do amplifikovaných úseků DNA a následného odštěpení uracilů působením uracil-DNA glykosylasy pozměnit strukturu amplifikačních produktů, zabránit tak jejich replikaci při případné kontaminaci reakčních směsí při dalších stanoveních a tím snížit riziko falešné pozitivity negativních kontrol na minimum. Byla optimalizována koncentrace deoxyuridintrifosfátu v reakční směsi pro výše uvedené účely. Zásadním přispěním předkládané bakalářské práce k optimalizaci LAMP metody pro detekci...
|
|
|
Příprava a základní charakterizace eukaryotického iniciačního faktoru 2α a jeho hemem regulované kinasy
Ovad, Tomáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Stráňava, Martin (oponent)
Hemové senzorové proteiny se podílejí na řadě významných funkcí v prokaryotických i eukaryotických organismech. Příkladem eukaryotického hemového senzorového proteinu je hemem regulovaný inhibitor (HRI), který katalyzuje fosforylaci α-podjednotky eukaryotického iniciačního faktoru 2 (eIF2α). V rámci této bakalářské práce byl nejprve amplifikován plasmid pET-21c(+)/eIF2α a jeho vhodnost pro expresi proteinu eIF2α byla ověřena pomocí dvou nezávislých metod. Následně byly připraveny proteiny HRI a eIF2α rekombinantní expresí v buňkách E. coli BL-21(DE3) transformovaných plasmidem pET-21c(+)/eIF2α, resp. HRI. Oba proteiny byly z buněčných preparátů izolovány a purifikovány pomocí afinitní a gelové permeační chromatografie. Protein eIF2α byl získán v dostatečně vysokém výtěžku (560 μg z 1 l TB média) i čistotě (90 %). Nižšího výtěžku (25 μg z 1 l TB média) i čistoty (20 %) bylo dosaženo v případě proteinu HRI, autenticita získaného preparátu byla nicméně potvrzena spektrofotometrickou charakterizací a ověřením jeho enzymové aktivity. V rámci pilotních experimentů bylo dálo zjištěno, že GTP může nahradit ATP při fosforylaci eIF2α, zatímco UTP a CTP nikoli.
|
|
|
Hemové senzorové proteiny detekující hem a zároveň CO
Andrlová, Dominika ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Libus, Jiří (oponent)
Hem, komplex protoporfyrinu IX s iontem železa, je důležitou součástí mnoha proteinů, které jej využívají pro přenos, uskladnění a aktivaci kyslíku nebo pro přenos elektronů. Jinou skupinu hemových proteinů tvoří hemové senzorové proteiny. Ty jsou buď schopné detekovat hem, který svou interakcí přímo reguluje funkci proteinu (senzory hemu) a/nebo hem tvoří vazebné místo pro malé plynné molekuly (O2, CO a NO) a teprve tyto molekuly řídí funkci daných senzorů (senzory plynů). V případě některých konkrétních proteinů se však ukazuje, že je můžeme současně zařadit do obou těchto podskupin, neboť je jejich funkce regulována navázáním samotného hemu, a zároveň dochází k dalšímu pozměnění funkce po navázání molekuly plynu na hem. Tato souhrnná rešerše je zaměřená na konkrétní zástupce hemových senzorových proteinů (jejichž funkce je regulována navázáním hemu), v jejichž případě byl v poslední době zaznamenán vliv molekuly CO na jejich funkci. V práci jsou shrnuty nejdůležitější objevené poznatky o těchto hemoproteinech a na jejich příkladu je diskutováno, zda se v případě některých senzorů hemu jedná zároveň i o hemové senzory plynu detekující CO. Klíčová slova: hem, hemové senzorové proteiny, hemové senzory plynu, CO senzory, senzory hemu, hemové redoxní senzory
|
|
|
Studium struktury a funkce modelových hemových proteinů
Lengálová, Alžběta ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent) ; Muchová, Lucie (oponent)
Hem je jedním z nejdůležitějších a nejlépe prostudovaných kofaktorů potřebných pro správné fungování mnoha proteinů. Proteiny obsahující hem tvoří obrovskou skupinu biologicky významných molekul, které se účastní mnoha fyziologických procesů. Předkládaná disertační práce se věnuje dvěma skupinám hemových senzorových proteinů, a to prokaryotickým hemovým senzorům plynných molekul a eukaryotickým senzorům detekujících hem. Hemové senzory, které detekují plynné molekuly, hrají důležitou roli v regulaci mnoha bakteriálních procesů a jsou obvykle tvořeny dvěma doménami, doménou senzorovou a doménou funkční. Disertační práce se zaměřuje na studium dvou zástupců ze skupiny bakteriálních senzorů detekujících plyny, histidinkinasy AfGcHK a diguanylátcyklasy YddV. Hlavním cílem práce bylo objasnit mechanismus mezidoménového přenosu signálu u těchto dvou modelových hemových senzorů. Za pomoci rentgenové krystalografie a metody vodík-deuteriové výměny v kombinaci s hmotnostní spektrometrií byly odhaleny významné rozdíly ve struktuře proteinu AfGcHK při přechodu z jeho aktivní na neaktivní formu. Příjem určitého signálu senzorovou doménou AfGcHK ovlivní strukturní vlastnosti proteinu, a tyto konformační změny mají pak nepřímo vliv na enzymovou aktivitu domény funkční. Disertační práce se dále detailněji věnuje...
|
|
| |
|
| |
|
|
Biochemická charakterizace modelového zástupce hemových senzorových proteinů
Tajovská, Eva ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Jeřábek, Petr (oponent)
Hemoproteiny plní v živém organismu mnoho důležitých rolí. Jednou takovou úlohou je senzorová funkce. Senzorové proteiny, které detekují hem, jsou schopny rozpoznat měnící se koncentraci hemu v daném organismu. Jako signální molekula v případě těchto proteinů slouží samotný hem. Senzorové proteiny, které detekují změny v koncentraci plynů, využívají jako signální molekulu právě biatomickou molekulu plynu. K zahájení přenosu signálu v případě těchto senzorových proteinů dochází po navázání molekuly plynu na molekulu hemu, která je pevně navázána k senzorové doméně proteinu. Oba typy signalizace regulují řadu fyziologických procesů prokaryotických i eukaryotických organismů. V teoretické části této bakalářské práce je uveden souhrn dosavadních poznatků vědeckých studií, které se zabývají hemovými senzorovými proteiny. Experimentální část této práce se zabývá vlastnostmi konkrétního modelového senzorového hemoproteinu. Jedná se o hemoprotein EcDOS, který detekuje kyslík. Dále se tato práce věnuje zkrácené formě tohoto proteinu, izolované senzorové doméně s PAS strukturou (EcDOS-PAS). Úkolem experimentální části této práce bylo oba zmíněné proteiny exprimovat a izolovat z buněk E. coli BL-21 (DE3). Nakonec byly proteiny EcDOS i EcDOS-PAS předběžně charakterizovány a byly porovnány jejich vlastnosti....
|
host ::
RSS.