|
| |
|
|
Aspekty identifikace pacientů s primární ciliární dyskinezí
Djakow, Jana ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Vízek, Martin (oponent) ; Panczak, Aleš (oponent)
Primární ciliární dyskineze (PCD) je vzácné, avšak poddiagnostikované onemocnění. Jeho příčinou je genetická porucha struktury nebo funkce pohyblivých řasinek. Výsledná nefunkční mukociliární clearance způsobuje opakované záněty horních i dolních dýchacích cest, u některých pacientů může být také příčinou poruch plodnosti či abnormální polohy orgánů. Diagnostika tohoto onemocnění je mimořádně komplikovaná a složitá. Vyžaduje kombinaci několika různých diagnostických postupů a dostatek zkušeností i specifické personální a technické vybavení. I přes významné pokroky v poznání etiopatogeneze PCD a prudký rozvoj diagnostiky zůstávají možnosti terapie omezené a účinnost jednotlivých léčebných postupů dosud není podložena většími klinickými studiemi. Dizertační práce je tvořena komentovaným souborem vydaných publikací. Zabývám se v ní několika různými aspekty identifikace pacientů s PCD. Nejrozsáhleji jsme se věnovali genetickým základům PCD. V začátcích práce jsme se zabývali možnostmi diagnostiky pomocí sekvenování vybraných úseků v té době známých nejčastěji mutovaných genů DNAH5 a DNAI1 a prokázali jsme, že touto metodou je možné odhalit většinu pacientů s mutacemi v těchto genech. Recentní část práce se týkala využití postupů sekvenování nové generace (NGS) v kombinaci s klasickým Sangerovým...
|
|
| |
|
|
Genom enterovirů z dětské stolice: kombinace next-generation a klasického Sangerova sekvenování
Holková, Kateřina ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Cílem této práce je vývoj strategie pro vyhodnocování dat z next-generation sekvenování. Pomocí bioinformatických nástrojů (programu Galaxy, Velvet, Enterovirus genotyping tool) jsme optimalizovali metodu pro zpracování těchto dat. Analyzovali jsme 22 vzorků. Deset z těchto vzorků bylo pěstováno na buněčných kulturách, zbylých dvanáct pochází z reálných vzorků stolic. Všechny vzorky pocházejí od jednotlivců, kteří jsou geneticky predisponovaní k diabetu 1. typu a všechny byly pozitivní na enterovirus. Enteroviry a jejich infekce jsou po dlouhou dobu považovány za vážné kandidáty, kteří mohou být zapojeni do etiologie onemocnění diabetu 1. typu, což je onemocnění končící absolutním deficitem insulínu v důsledku autoimunitní destrukce beta buněk pankreatu. Genetická složka tohoto onemocnění se zdá být poměrně dobře definována (HLA, INS, CTLA4, PTPN22, CTLA4, IFIH1 a mnoho dalších genů), environmentální část etiologie zůstává nejasná. Dokázali jsme sestavit 22 genomů de novo, avšak s četnými mezerami mezi jednotlivými kontigy. U prvních devíti vzorků jsme tyto mezery překlenuli pomocí Sangerova sekvenování. Tímto způsobem jsme sestavili 9 celých virových genomů. Hlavním přínosem této práce je vytvoření univerzálního postupu analýzy dat z next- generation sekvenování, který se již používá pro další...
|
|
|
Genetika MODY diabetu
Dušátková, Petra ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Haluzík, Martin (oponent) ; Gašperíková, Daniela (oponent)
Nejčastější formou monogenního diabetu je MODY (Maturity-Onset Diabetes of the Young). Řadí se mezi genetické defekty ß buňky. Jedná se o klinicky heterogenní skupinu onemocnění, které se zpravidla projevují jako noninzulín-dependentní diabetes mellitus s autozomálně dominantním typem dědičnosti a s věkem v době diagnózy do 40 let. Pomocí molekulárně-genetických metod jsme stanovili diagnózu MODY u více než 240 českých rodin. Nejčastěji zastoupeným subtypem diabetu je GCK-MODY, který jsme prokázali u 376 osob ze 175 rodin. V porovnání se zdravými rodinnými příslušníky, kteří nenesou mutaci v genu GCK, jsme u pacientů s GCK-MODY neprokázali zvýšené riziko vzniku makrovaskulárních komplikací. Jelikož více než jedna třetina rodin s GCK-MODY nese jednu ze 4 mutací v GCK, testovali jsme pomocí genetických a statistických metod, zda se jedná o ancestrální mutace. Výsledky ukázaly, že tři nečastěji se vyskytující mutace v genu GCK (p.Glu40Lys, p.Leu315His, p.Gly318Arg) se rozšířily před přibližně 82-110 generacemi díky efektu zakladatele. Zabývali jsme se i vlivem polymorfizmu rs560887 v genu G6PC2 na fenotyp pacientů s GCK-MODY: genotyp GG byl asociován s vyšší hladinou glykovaného hemoglobinu. Při analýze pacientů suspektních pro HNF1A- nebo HNF4A-MODY jsme ukázali pravděpodobně první případ asociace makrosomie...
|
|
|
Genetické aspekty Crohnovy choroby
Hradský, Ondřej ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Petřek, Martin (oponent) ; Hubáček, Jaroslav (oponent)
J..mosmmkmý "'I/hm ,'ld/in4 u c"""""",, choroby (CO) byla nalez""" asoc:ia"" s II""Y 1/002, ATG/5I.! , IL2JR, Ioluoem 1005 a dali...; gen)' LOoahuji<"'; <10 In....."i <><IpovMi jed"'"e f re"-ence ~~ jednoouU.otidovýd1 poIymorfiomol (SN P) Olejně jaOo silo aooe"",e varian1 .., me.zi popu\a<:emi liL ŮIoIIa Iol...u IB05 genu C1t.M pii vzniku CO _~ z.1im _tečně oo,aw.... U _ientu s CO <IiaQnos1ikonnýe~ jak v dospělém tal; dět>.\ém věk u jsme vyieo';Ii vanO<l!)' vgenech 101002, ATGI6LI, IL23R, TNFA, PTPIYl2. ehromozom,u,i _ 180' . C1tA4. Mez; 469 oepiibuzn~ pa-''''' s CO 470 ~ootrolam; jsme p<lfOmiiVM lrek""""e olel o~. Nejs.tnójii uocia<i s CO jsme nalezli ve " ech variantá<l1 v genJ "002 ~onó d~. """""omi na 101<..... IB05 (IGR2003b_ ', ~596(75). O něco oIobii _mjsme nalezli s variantami v genech IL23R o ATGI6LI. Nenalezli jsme fádnoo """"ia", mezi CO _tou p.R620W v genJ PTPN22. van"""'" g.231l8G>A v ll<"" TNFA Ukázal jsme vysokou frek""",,; m_i ~ HKl7" v III'fHJ 101002 v ieN;; popuIm. jeji ~ Vliv na YH: v dobti diac}nÓZy iWo ileáini Iormy """"""",j. NltŠe pni"" lak'; po<vrdM dolle~ 101<..." IB05 pii vzniI<u CO. Nově jsme ukiz.ali, te za asoe"<i "eIého lol..... mohou býI zodpo\tédoé dvě na sobě nezá.....1é va"ianly. Oel"orlni IoI<Ior jednoho z I>apIoIypÓ CTU4 b)i pa!mj po _tft oci dle _oo.i<h voriont...
|
|
| |
|
| |
|
|
DNA virové infekce u pacientů po alogenní transplantaci kostní dřeně"
Hubáček, Petr ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Šterzl, Ivan (oponent) ; Mayer, Jiří (oponent) ; Žák, Pavel (oponent)
Infekční komplikace jsou po alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk (HSCT) velmi časté. Mimo bakteriálních a mykotických infekcí, se u těchto pacientů na morbiditě a mortalitě podílí významně také virové infekce. Z nich jsou pak nejčastější infekce DNA viry. Od ledna 2001 do října 2008 jsme vyšetřili vzorky od 217 dětských a 382 dospělých pacientů po alogenní HSCT. Vyšetřili jsme celkem 15 757 vzorků (medián 31 vzorků u dětí, 20 u dospělých). Z nich bylo 14 867 vzorků periferní krve a 890 vzorků dalších biologických materiálů (moč, stolice, likvor apd.). Kvantita HSV, VZV, CMV, HHV-6, HHV-7, EBV, adenovirů skupin A-C, BKV a genu lidského albuminu byla ve vzorcích testována pomocí kvantitativní real-time PCR. V případě CMV, HHV-6, HHV-7 a EBV jsme výsledky normalizovali na 10 000 lidských genomických ekvivalentů. HSV a VZV jsme detekovali pouze v malém počtu vzorků. Hranici virostatické terapie CMV reaktivace 100 normalizovaných kopií jsme detekovali u 55 dětí a 123 dospělých, z nich se přes terapii symptomatická CMV nemoc objevila u 68 pacientů. Pokročilá CMV nemoc samostatně, či v souvislosti s dalšími komplikacemi po HSCT se pak projevila u 20 pacientů, u 17 s fatálními následky. U 4 dětských pacientů jsme také prokázali výskyt ganciklovir rezistentní mutanty CMV, což vedlo k modifikaci...
|
|
| |
host ::
RSS.