|
| |
|
|
Modified ribonucleotides as building blocks for enzymatic construction of functionalized RNA or as antiviral compounds
Milisavljević, Nemanja ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent) ; Krečmerová, Marcela (oponent)
Cílem této práce bylo studovat vliv sterické náročnosti nukleosidtrifosfátů (NTPs) s modifikovanou bází na enzymatickou inkorporaci do RNA a také studie inhibice různých virových RNA polymeras těmito NTPs in vitro. Zároveň byly připraveny příslušné nukleosidy a proléčiva a byla testována jejich protivirová aktivita. V první části práce byly připraveny NTPs s různě objemnými substituenty; od malých (methyl a ethynyl), přes střední (fenyl a benzofuryl) až po velké (dibenzofuran). Aromatické substituenty byly zavedeny pomocí Suzukiho cross-couplingové reakce na jodovaných trifosfátech, nebo (v případě modifikovaných guanosinů) fosforylací modifikovaných nukleosidů. Methyl a ethynyl NTPs byly připraveny Pd-katalyzovanou cross-couplingovou reakcí s AlMe3, resp. Sonogashirovou reakcí, po které následovala fosforylace modifikovaného nukleosidu. Pro studium inkorporace do RNA pomocí T7 RNA polymerasy byly navrženy templáty kódující RNA o 35 bázích, které obsahují jednu, tři nebo sedm modifikací. Modifikované pyrimidinové trifosfáty dobře fungovaly pro všechny sekvence s výjimkou největších dibenzofuryl derivátů, které nebyly inkorporovány do sekvence se sedmi modifikacemi. V případě AR TPs se nukleotid s dibenzofurylovou skupinou neinkorporoval vůbec, zatímco ostatní modifikace byly tolerovány. Aby bylo...
|
|
|
Studium redoxních reakcí a adsorpce 4-nitrofenyltriazolem značených nukleosidů a kresolů na borem dopovaných diamantových elektrodách pro vývoj elektroanalytických metod
Vosáhlová, Jana ; Schwarzová, Karolina (vedoucí práce) ; Havran, Luděk (oponent) ; Navrátil, Tomáš (oponent)
V této práci byly testovány borem dopované diamantové elektrody s různou úpravou povrchu pro vybrané oxidovatelné a redukovatelné modelové látky, konkrétně p- a o- izomery kresolu a 2'-deoxycytidin a 7-deazaadenosin značené 4-nitrofenyltriazolem (dCTRNO2 a dATRNO2 ). Cílem bylo studium elektrochemických a adsorpčních dějů s následným vývojem voltametrických metod detekce studovaných látek, popřípadě použití borem dopované elektrody jako pracovní elektrody v průtokových systémech. Kresoly byly použity jako modelové oxidovatelné analyty. Na O-terminované a leštěné BDD elektrodě poskytují oxidační signál díky oxidaci na methylfenoxyradikál. Bylo dosaženo porovnatelných hodnot oxidačního potenciálu jako na ostatních studovaných uhlíkových elektrodách, tj. elektrodě ze skelného uhlíku, elektrodě z pyrolytického grafitu a uhlíkové pastové elektrodě. Tyto elektrodové materiály vykazují relativně vysokou náchylnost k adsorpci reakčních produktů, přičemž na borem dopovaném diamantu je jejich adsorpce minimální. In situ anodická aktivace umožňuje rychlou regeneraci povrchu borem dopovaného diamantu před každým skenem. Vyvinutá diferenční pulsní voltametrická metoda s detekčním limitem v rozsahu 0,61 mol∙l−1 až 2,97 mol∙l−1 , která byla testována na modelových vzorcích říční vody, tak představuje rychlou a...
|
|
|
Synthesis of fluorinated nucleosides
Nguyen, Van Hai ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent)
Klíčový intermediát 6-amino-7-jodo-7-deazapurin 3'-deoxy-3'-fluororibonukleosid byl syntetizován přes vícekrokových sekvenčních reakcích, které byly zahájeny z komerčně dostupné D-xylózy a 6-chloro-7-deazapurinu. Syntetická strategie byla založena na fluorace cukru a následná glykosylace s odpovídající nukleobází. Fluorace 5-chráněného-1,2- isopropylidin xylózy s odlišnými chránicími skupinami v pozici 5 vždy vedla k eliminaci produktu. Později bylo zjištěno, že isopropylidin vnucuje konformaci, která nepreferuje substituci. Během rozsáhlé optimalizace bylo zjištěno, že DAST je optimálním fluoračním činidlem. Fluorace byla prováděna na 2,3-nechráněné xylózy, která následně byla použitá na glykosylace. Po několika neúspěšných pokusů o "protection group free" glykosylace, Vorbrüggenova glykosylace byla úspěšná a bylo získáno 3'-fluoro nukleosid s dobrým výtěžkem. Při použití Vorbrüggenovy glykosylace je potřeba ochránit OH skupinu na C2 benzoylem. Ochráněný nukleosid následně byl aminován a odchráněn pomocí roztoku NH3 a 1,4-dioxanu. Získaný klíčový intermediát byl použit na syntézu malou série 6-amino-7-hetaryl nuklesosid pomocí Pd-katalyzováné Suzuki reakce ve vodném prostředí. Série 6-amino-7- hetaryl-7-deazapurin-3-fluororibonukleosidy byla nasytetizována a otestována pro její biologické účinky....
|
|
| |
|
|
Development of new glycosylation methods for the synthesis of nucleosides
Downey, Alan Michael ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Křen, Vladimír (oponent) ; Kočovský, Pavel (oponent)
Nukleosidy jsou jako stěžejní složka DNA a RNA považovány za základ života. Na bázi nukleosidů je také založeno množství protinádorových a protivirových léčiv. Efektivnější metody pro získání těchto důležitých molekul by proto měly dopady, které přesahují rámec práce syntetického chemika a zasahují až do medicinální chemie a lékařského výzkumu. Jedním z nejnáročnějších kroků syntézy nukleosidů je glykosylační krok mezi heterocyklickým akceptorem (nukleobáze) a donorem na bázi sacharidu. Pro zabránění nežádoucích reakcí dalších reaktivních skupin a získání uspokojivých výtěžků s dobrými regio- a stereochemickými vlastnostmi je často nutné použít chránící skupiny. Tento proces protekce−glykosylace−deprotekce je pracný, neefektivní a často vyžaduje použití toxických činidel. Nová metoda, která by snižovala nebo odstraňovala potřebu použití protektivních skupin při glykosylaci, a přesto regio- a stereoselektivně poskytovala dostatečný výtěžek nukleosidů, by proto byla nanejvýš vítána. Tato disertační práce představuje moji snahu dosáhnout tohoto cíle. Bylo zjištěno, že za použití modifikovaných podmínek Mitsunobuovi rekce je možné bez potřeby chránění ostatních skupin přímo a stereoselektivně glykosylovat nukleobázi D-ribosou za vzniku β-ribopyranosyl nukleosidů. Použití 5-O-monochráněné ribosylové...
|
|
| |
|
|
Modified nucleosides derived from pyrimido[4,5-b]indole
Konč, Juraj ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Byly vyvinuty syntézy dvou sérií pyrimido[4,5-b]indolových nukleosidů modifikoványch v poloze 2'. Syntetický postup byl založen na transformaci 2'-hydroxylové skupiny 3',5'-chráněného ribonukleosidu. Klíčový intermediát byl připraven stereoselektivní glykosylací pomocí aniontu známé 4,6-dichloropyrimido[4,5-b]indolové nukleobáze a 2,3-O-isopropyliden-5-O-TBS-chráněné halogenosy, následované deprotekcí v kyselém prostředí a chráněním 3'- a 5'-hydroxylových skupin Markiewiczovým reagentem. Pyrimidoindolový arabinonukleosid byl připraven sekvencí oxidace-redukce 2'-hydroxy stereogenního centra. Syntéza pyrimidoindolového 2'-deoxy-2'-fluororibonukleosidu byla završena stereoselektivní SN2 fluorací THP-chráněného arabinosidu a následnou deprotekcí kyselou hydrolýzou. Pro testy biologické aktivity pak byly použitím nukleofilní substituce nebo Pd-katalyzovaných cross-couplingových reakcí připraveny dvě série 4-substituovaných arabinonukleosidů a 2'-deoxy-2'-fluororibonukleosidů.
|
|
|
Syntéza pyrimido[4,5-b]indolových nukleosidů s modifikovaným cukrem
Konč, Juraj ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Janeba, Zlatko (oponent)
Byly prostudovány glykosylační reakce pyrimidoindolové báze a modifikovaných cukrů a tyto postupy byly použity pro syntézu pyrimido[4,5-b]indolových nukleosidů. Jediným úspěšně připraveným byl 2′-deoxy-2′-fluoro-arabinonukleosid, který byl syntetizován glykosylací pomocí aniontu báze a halogenozy. Pro testy biologické aktivity byla připravena série 4-substituovaných derivátů tohoto nukleosidu.
|
|
|
Syntéza nových C-nukleosidů s modifikovaným cukrem
Havlíček, Vojtěch ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Janeba, Zlatko (oponent)
V rámci předložené bakalářské práce byla vyvinuta metoda přípravy nových C-nukleosidů odvozených od 2'-deoxy-2',2'-difluorribosy. V řešení bylo použito nukleofilní adice na furanolakton a pro tuto modifikaci byla vyvinuta metoda tzv. modulárního přístupu, kterou lze připravit sérii strukturně podobných sloučenin. Podařilo se připravit dva C- nukleosidy, potenciálně biologicky aktivní látky.
|
host ::
RSS.