|
|
Analýza vybraných sekundárních struktur nukleových kyselin
Skružný, Petr ; Mokrejš, Martin (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Práce představuje databázi experimentálně ověřených sekundárních struktur nukleových kyselin. Tyto struktury byly čerpány z dostupné odborné literatury. Databáze je anotovaná a struktury jsou analyzovány z hlediska kvality a ukázalo se, že experimentálně získaná data nejsou vždy dostatečná - velice často jich je vzhledem k délce struktury málo a kvalita publikovaných struktur není přesvědčivá. Zároveň práce diskutuje některé problémy se kterými se lze u experimentálně ověřených struktur setkat. Databáze byla dále porovnána s databází RFAM, vůči které přináší i přes svůj malý rozsah 80 nových struktur. Možným využitím databáze všech 166 struktur je testování a optimalizace programů určených k predikci sekundární struktury nukleových kyselin. Práce dále představuje některé možné směry zlepšení kvality obsažených struktur.
|
|
|
Aptamery ovlivňující podjednotky eIF4F
Kopperová, Dana ; Schierová, Michaela (oponent) ; Feketová, Zuzana (vedoucí práce)
Eukaryotický translační iniciační faktor 4F se skládá ze tří podjednotek - eIF4A, eIF4G a eIF4E. Tyto podjednotky hrají klíčovou roli při iniciaci translace. eIF4G na svém povrchu váže jiné translační faktory. eIF4A je RNA dependentní helikáza, bez níž není iniciace translace možná. Také afinita eIF4E k čepičce je zvýšená pokud s eIF4G tvoří komplex. Pomocí metody Selex byly vytvořeny vysoce afinitní a specifické molekuly, které vážou různé povrchy a jiné molekuly v buňce - tzv. aptamery. Aptamer vázající eIF4A brání ATP hydrolýze. Proti eIF4G existuje více aptamerů, které jeho aktivitu ovlivňují různým způsobem, ale důsledek je stejný - bránění translaci. Také aptamer vázající eIF4E brání translaci a to tím, že znemožňuje vazbu na čepičku. Uvedené translační faktory jsou detekovatelné v nestandardních hodnotách při diagnóze nádorových onemocnění. Jejich aptamery by mohly být řešením při léčbě těchto onemocnění.
|
|
|
Analysis of short Argonaute isoforms from mouse oocytes
Jankele, Radek ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent)
Analýza kratkých isoforem proteinů Argonaůt z mýsích oocýtů Abstrakt: Proteiny z rodiný Argonaůtů, řízené malými molekůlami RNA, představůjí konzervované jádro mechanismů ůmlčování RNA (RNA silencing). Týto mechanismý potlačůjí prodůkci virů, šíření mobilní DNA, a regůlůjí genovoů expresi na základě sekvenční informace nesené asociovanou RNA. V somatických bůňkách savců je dominantním mechanismem regůlační microRNA (miRNA) dráha. Malé miRNA ovlivňůjí expresi většiný savčích genů. Argonaute proteiny inhibůjí translaci a indůkůjí deadenylaci mRNA s částečnoů homologií k navázané miRNA. Deadenylace obvykle výústí degradaci mRNA. Těmito mechanismý miRNA dráha citlivě kontrolůje hladiný prodůkovaných proteinů. Na rozdíl od příbůzného mechanismů RNA interference (RNAi) výůžívajícího katalyticky aktivní proteiny Argonaute schopné rozštěpit komplementárních molekuly RNA, miRNA ůmlčování je závislé na celé řadě dalších faktorů. Role miRNA regulace v komplexních biologických procesech od organogeneze, přes krvetvorbů až po rakovinu je dobře doložená. Mýší oocýtý postrádající kanonické miRNA jsoů překvapivě schopné oplození a úspěšně projdoů preimplantačním vývojem. Ani nejčetnější oocýtární miRNA však nejsou sto efektivně ůmlčet cílové gený, přestože příbůzný mechanismůs RNAi, sdílející s miRNA mechanismem klíčové...
|
|
|
Možnosti izolace nukleových kyselin v rostlinných a živočišných matricích
Truong, Thanh Huong
Izolace nukleových kyselin je prvním krokem ve většině molekulárních diagnostik. Hlavní část bakalářská práce je věnována vypracování literární rešerše zabývající se různými možnostmi izolace nukleových kyselin. Vypracovaná práce je průřezem nejpoužívanějších metod od nejstarších až po ty nejnovější, což se týká metod srážení pomocí solí a organickými činidel, chromatografie, fenol -- chloroformové extrakce a pomocí magnetických částic. V jedné ze tří kapitol literárního přehledu je popsána podstata nukleových kyselin. V malé kapitole literární části jsou uvedeny možné inhibitory separace nukleových kyselin. Minoritní část bakalářské práce je věnována experimentální části, v níž je porovnávána kvalita získané DNA z různých matric konopí setého u navážek 20 mg a 100 mg. Po vyhodnocení výsledků bylo zjištěno, že pro vyšší kvalitu izolátu je vhodné použití navážky 20 mg.
|
|
|
Analýza variability intronů
Kukačková, Hana ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Bakalářská práce se v teoretické části zabývá genovou expresí, významem a charakteristikou intronů a metodami jejich rozpoznávání. V praktické části se zaměřuje na analýzu intronů zvolených genů a vyhledávání konzervativních sekvencí . Nejprve je rozebrána struktura nukleových kyselin a popis jejich chemických a fyzikálních vlastností a genová exprese, její jednotlivé kroky – transkripce, posttranskripční úpravy a translace. Dále se práce zaměřuje na význam intronů, teorie jejich evoluce, podobnosti mezi různými skupinami organismů a některé metody jejich vyhledávání. Praktická část se zabývá analýzou počátečních a koncových oblastí intronů a ověřování konzervativnosti hraničních dinukleotidových sekvencí, dále analýzou hraničních oblastí intron – exon a exon - intron a dále se snaží navrhnout nové potenciálně konzervativní sekvence – motivy, vyhledat je a ověřit jejich konzervativnost.
|
|
|
Vyhledávání genů - webová aplikace
Stiborová, Lucie ; Koutný, Jiří (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je vytvořit uživatelské rozhraní a naimplementovat samotnou webovou aplikaci se zaměřením na vyhledávání genů. Jedná se o výukovou aplikaci, kdy každý uživatel má možnost zadání vlastní sekvence nukleotidů, popřípadě vybrání předdefinovaného řetězce. Tato aplikace musí být schopna načíst, zpracovat a rozhodnout o existenci potencionální genu. Na základě jednoduché statistické metody předá výsledek zpět uživateli.
|
|
|
Webová aplikace pro podporu výuky bioinformatiky - genetický kód
Kilián, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
V této práci jsou stručně popsány základní poznatky z molekulární biologie. Práce sa zabýva převodem informace z DNA přes RNA do proteinu, taktéž jsou stručně popsány metody a algoritmy zabývající se detekcí genů. Větší část práce se zabýva rozpoznáváním startovacích signálů a určovaním kódujících sekvencí a jejich následnou transkripcí a translací, čehož demonstrační program bylo potřeba vytvořit. Výsledkem je webová aplikace jako výukový systém.
|
|
|
Interpretace dat z biočipů
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.
|
|
|
Diagnostika genomem podmíněných onemocnění za využití mikro a nanočástic
Mondeková, Věra ; Prášek, Jan (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Bakalářská práce pojednává o možnostech detekce virového genomu prostřednictvím biosenzorů, konkrétně pomocí magnetických částic. Úvodní část je tvořena stručnou charakteristikou virů, jakožto původců genomem podmíněných onemocnění, na kterou dále navazují kapitoly o vybraných metodách extrakce a analýz nukleových kyselin. Největší část je věnována magnetickým částicím. Praktická část se zabývá možností detekce specifické sekvence virulentního patogenu pomocí biosenzoru, výběrem biokompatibilních molekul vhodných k modifikaci magnetických částic a popisu postupu izolace specifické sekvence DNA pomocí magnetických částic.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
host ::
RSS.