|
|
Fylogeneze vybraných druhových skupin rodu Torymus (Hymenoptera: Torymidae)
Křížková, Barbora ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Skuhrovec, Jiří (oponent)
Chalcidky (Chalcidoidea) jsou nadčeledí v rámci blanokřídlého parazitického hmyzu, která cizopasí na jiných členovcích. Tato práce se zabývá fylogenezí vybraných druhových skupin rodu Torymus Dalman, 1820 z čeledi krásenek (Chalcidoidea: Torymidae), který napadá hlavně larvy hálkotvorných bejlomorek a žlabatek. Pomocí genů 28SD2 rDNA, COI a CytB byly zkonstruovány fylogenetické stromy, které posloužily k diskutování dříve ustanoveného třídění rodu a k vyvození nových poznatků o jeho koevoluci s hostiteli. Druhové skupiny, které byly navrhované jako morfologicko-ekologické členění rodu, nebyly v mnoha případech potvrzeny. Morfologické znaky se zdají být v některých případech konvergentní a nejsou apomorfní pro některé zjištěné monofyletické skupiny druhů. Naopak ekologii a přirozený habitat druhů lze považovat za sdílené charakteristiky jednotlivých skupin. Bylo zjištěno, že recentní nejčastější hostitelé druhů rodu Torymus nemusí být jeho původními hostiteli. Došlo pravděpodobně k adaptivní radiaci druhů v rámci několika biotopů. Tato radiace mohla proběhnout díky přeskoku na hálkotvorné bejlomorky a žlabatky. Klíčová slova: Chalcidoidea, Torymus, fylogeneze, parasitoid, hostitelská specifita, koevoluce
|
|
|
Evoluce morálky, morálka evoluce, aneb, Frans de Waal, Richard Dawkins a teorie dvojí dědičnosti
Šafránek, Jakub ; Komárek, Stanislav (vedoucí práce) ; Stella, Marco (oponent)
Cílem této práce je představit přístupy dvou současných autorů, Richarda Dawkinse a Franse de Waala, kteří se zabývají tématem evolučního původu morálky. Moje kritická reflexe jejich prací na toto téma se bude zabývat "stavebními bloky morálky" a předpokládaným "smyslem pro morálku", který podle nizozemského primatologa člověk sdílí s některými svými žijícími evolučními příbuznými. V případě Richarda Dawkinse je cílem přezkoumání jeho memetické teorie a parazitického charakteru některých částí kultury. Dále zmíním postoje zastánců teorie dvojí dědičnosti, která podle mého soudu oba představené autory a jejich postoje může do jisté míry smířit, tedy spojuje "stavebních bloky morálky" a parasiticko/nezávislý charakter memů. Tímto způsobem pak budeme moci vysvětlit některé fenomény lidské morálky a její omezení. Klíčová slova: morálka, evoluce, teorie dvojí dědičnosti, koevoluce, memy
|
|
|
Multilokusová charakteristika symbiontů entomopatogenních hlístovek rodu \kur{Steinernema}
FAKTOROVÁ, Lucie
During the evolution some groups of organisms have become coevolutionary associated with other groups, as is the case of host symbiont systems. To explore coevolutionary history of hosts and their associated symbionts, phylogenetic reconstruction of symbionts and phylogenetic reconstruction of hosts are usually compared. Coevolution is described by coevolutionary events (cospeciation, host switch, duplication, failure to diverge events and linage sorting events). The aim of this work was to test the suitability of MLST method for the complex of entomopathogenic nematodes from the genus Steinernema (with detailed analysis of Steinernema feltiae) and their symbiotic bacteria Xenorhabdus bovienii and subsequently use cophylogenetic comparative analysis to determine their level of cospeciation.
|
|
|
Koevoluce v evolučním návrhu obvodů
Veřmiřovský, Jakub ; Hrbáček, Radek (oponent) ; Drahošová, Michaela (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá evolučním návrhem obvodů za pomoci kartézského genetického programování a jeho optimalizaci za pomoci koevoluce. Algoritmus koevolvuje fitness prediktory, které jsou optimalizovány pro populaci kandidátních obvodů. Práce popisuje teoretická východiska, zejména pak genetické programování, koevoluci v genetickém programování, návrh obvodů, a zabývá se návrhem využití koevoluce v evolučním návrhu kombinačních obvodů. Na základě tohoto návrhu je implementována aplikace, která umožňuje navrhovat a optimalizovat kombinační obvody. Funkčnost aplikace byla ověřena na pěti testovacích úlohách. Srovnání proběhlo mezi kartézským genetickým programováním s koevolucí a bez koevoluce. Poté řešení navržené pomocí evoluce bylo srovnáno s klasickými metodami návrhu. S použitím koevoluce se snížil počet evaluací obvodu během evoluce a v některých případech našla řešení, která mají lepší parametry (např. méně logických hradel, menší zpoždění), než řešení navržená konvenčně.
|
|
|
Symbolická regrese a koevoluce
Drahošová, Michaela ; Žaloudek, Luděk (oponent) ; Sekanina, Lukáš (vedoucí práce)
Symbolická regrese je úloha identifikace matematického popisu skryté závislosti experimentálně získaných dat. Symbolická regrese je úzce spjata se základními úlohami strojového učení. Tato práce se zabývá symbolickou regresí a jejím řešením založeném na principu genetického programování a koevoluce. Genetické programování je evolucí inspirovaná metoda strojového učení, která automaticky generuje celé programy v určitém programovacím jazyce. Koevoluce fitness prediktorů je optimalizační metoda modelování fitness, která snižuje náročnost a frekvenci výpočtu fitness. Tato práce se zabývá návrhem a implementací řešení symbolické regrese s užitím koevoluce fitness prediktorů a srovnáním s řešením bez užití koevoluce. Experimenty byly provedeny s použitím kartézského genetického programování.
|
|
|
Detection of Correlated Mutations
Ižák, Tomáš ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work explores existing possibilities and methods of correlated mutations detection in proteins. At the beginning a theoretical background into explored area is provided. Exploitation of detected correlated mutations lies in a protein's tertiary structure prediction or searching functionally important sites. A state-of-the-art of existing tools and methods follows. In this work, methods based on statistics (for example Pearson correlation coefficient or Pearson's chi^2 test), Information theory (Mutual information - MI) and likelihood models (ELSC or Spidermonkey) are examined. The next part is devoted to the searching for an optimal algorithm for correlated mutations detection. To combine results from multiple different algorithms, is proposed as an optimal solution. It is also advised to exploit physico-chemical properties of amino acids during the detection. In practical part, the algorithm for detection of correlated mutations was developed. It is based on physico-chemical properties of amino acids and phylogenetic trees. Results gained using this method were compared with results gained from CAPS, CRASP and CMAT tools.
|
|
|
Koevoluční algoritmus v FPGA
Hrbáček, Radek ; Vašíček, Zdeněk (oponent) ; Drahošová, Michaela (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem hardwarové jednotky urychlující návrh obrazových filtrů pomocí koevolučních algoritmů. V práci je nejprve představena technologie rekonfigurovatelných logických obvodů, na kterých je akcelerační jednotka založena. Teoretická část dále stručně popisuje evoluční a koevoluční algoritmy, jejich principy a aplikace. Tradiční metody návrhu obrazových filtrů jsou porovnány s metodami inspirovanými procesy pozorovanými v přírodě. Navržená hardwarová jednotka využívá dvojici procesorů MicroBlaze doplněných o vlastní periferie pro akceleraci kartézského genetického programování. Koevoluční návrh obrazových filtrů je tak urychlen až 58 krát oproti optimalizované softwarové implementaci. Funkčnost jednotky je ověřena na úlohách návrhu filtru impulzního šumu a detektoru hran.
|
|
|
Koevoluce kartézských genetických algoritmů a neuronových sítí
Kolář, Adam ; Král, Jiří (oponent) ; Zbořil, František (vedoucí práce)
Cílem práce bylo ověřit možnost spojení metod kartézského genetického programování a neuronových sítí. Výsledek práce reprezentuje sada experimentů s úlohami vyvažování tyče, průchodu agenta bludištěm a detekce buňek rakoviny prsu, provedených za pomocí implementované knihovny. Použil jsem jak nepřímé, tak přímé zakódování dopředné i rekurentní sítě. Zaměřil jsem se na nalezení nejlepší konfigurace výpočtu, detekci přeučování jedinců během evoluce, míru robustnosti řešení a možnosti stimulace řešení pomocí fitness funkce. Zjistil jsem, že obecně nejlépe konvergují řešení s nižšími hodnotami parametru n_c a n_r a jsou také méně náchylné k přeučování. Úpravami fitness funkce jsem evolvoval kontrolér, který redukoval rozkmit vyvažované tyče. Klasifikátor buňek rakoviny rozpoznával korektně více než 98% vzorků, čímž překonal většinu srovnávaných metod. Podařilo se také navrhnout model bludiště, ve kterém agent úspěšně plnil vícekrokové úlohy.
|
|
|
Symbiotické bakterie vší rodu \kur{Polyplax}: základní fylogenetická a genomická charakterizace
ŘÍHOVÁ, Jana
Krevsající vši rodu Polyplax hostí dva bakteriální endosymbionty z čeledi Legionellales a Neisseriales. Fylogenetické a genomické analýzy naznačují typické znaky endosymbiotických bakterií a koevoluční historii s hostitelem. V genomu endosymbionta z čeledi Legionellales jsem objevila operon, který kóduje biosyntézu biotinu, esenciálního vitamínu, obzvláště důležitého pro krevsající hmyz živící se potravou s nedostatkem těchto vitamínů. Tento operon byl pravděpodobně horizontálně přenesen z bakterie Wolbachia, nutričního endosymbionta štěnice Cimes lectularius.
|
|
| |
host ::
RSS.