|
|
Alkohol dehydrogenázy parazitických protist
Šipková, Anna ; Mach, Jan (vedoucí práce) ; Smutná, Tamara (oponent)
Bakalářská práce se zabývá přehledem alkohol dehydrogenáz u parazitických protist. Tyto širokém spektru organismů od bakterií až po člověka. Díky různorodosti struktur těchto enzymů je substrátová specifita široká a jejich funkce rů je například tetramerní enzym s katalytickými ionty zinku. Základní funkcí je reverzibilní katalýza oxidace alkoholů na aldehydy a ketony za současné redukce koenzymu, kterým je NADP . U většiny organismů se Adh nachází ve více typech. Na základě současných přístupů je klasifikace Adh velmi obtížná a není ještě přesně stanovena. Současná klasifikace je do tří základních skupin: MDR ("středně dlouhé" Adh), SDR ("krátké" Adh) a železné Adh. Specifické zastoupení a ických protist, které využívají Adh především kvůli flexibilitě přizpůsobení na prostředí hostitele. V této práci se zabývám především anaerobním prostředí, kde Adh figurují ve fermentativních ch drahách. Důležitou roli mají Adh i při rezistenci na určitá léčiva, jak tomu je například u parazita Adh intenzivně zkoumána a stala se perspektivním enzymem pro využití například ve farmaceutickém a chemickém průmyslu. Klíčová slova
|
|
|
Vliv kompetice na strukturu společenstev protist
Škvorová, Marie ; Bestová, Helena (vedoucí práce) ; Svoboda, Pavel (oponent)
Práce se zabývá kompeticí a mechanismy koexistence druhů. V úvodu je popsána koexistenční teorie. Dle ní existují mezi druhy dva typy rozdílů, nikové a fitness. Fitness rozdíly zvyšují mezidruhovou kompetici, převažují-li nad nikovými, vede vyšší rozdílnost druhů k vyšší mezidruhové kompetici. Tento závěr je nový, předchozí teorie předpokládala, že každý rozdíl kompetici snižuje. Ve své práci shrnuji výsledky experimentálních studií, které koexistenční teorii testují. Zaměřuji se především na protista, která jsou důležitou ale opomíjenou skupinou organismů. Všechny studie ukazují kompetici jako významnou sílu při strukturování společenstev, vyvození obecných závěrů je však komplikované. V souladu s competition-relatedness hypothesis u některých linií kompetice klesá spolu s příbuzností. Ve většině případů tento vztah neexistuje, neboť musí být splněny tyto podmínky: funkční vlastnosti musí mít fylogenetický signál a musí být evolučně konzervované. Z protistních studií vyplývá, že k odvození vztahů ve společenstvech je vhodné testovat vyšší počet druhů namísto párových kombinací. Podobný vztah může platit také u funkčních vlastností. Jak bylo prokázáno u rostlin, vliv vlastností na kompetici může vznikat až kombinací jejich vyššího počtu, a jednotlivé vlastnosti mohou přispívat různou měrou k...
|
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
|
|
Reductive Evolution of Mitochondria - Related Organelles in Anaerobic Protist
Rada, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Embley, Martin (oponent) ; Eliáš, Marek (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta Katedra Parazitologie Doktorský studijní program: Parazitologie Abstrakt k disertační práci Reduktivní Evoluce Organel Mitochondriálního Původu u Anaerobních Protist Petr Rada Školitel: RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Školitel-konzultant: Doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D. Praha, 2011 ABSTRAKT Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis patří mezi parazitacká protista skupiny Excavata. Oba prvoci obsahují anaerobní formy mitochondrie, které se nazývají hydrogenosomy (Trichomonas) a mitosomy (Giardia). Hydrogenosomy produkují vodík a ATP substrátovou fosforylací. Mitosomy představují vysoce redukovanou formu mitochondrie, nepodílejí se na energetickém metabolismu buňky a neprodukují ani ATP. Během vývoje hydrogenosomu a mitosomu došlo k přenosu genetické informace do jádra hostitelské buňky a vzniku specializovaných transportérů, které zajišťovaly přenos metabolitů, iontů a transport proteinů kódovaných jádrem zpět do organel. Do dnešní doby máme pouze velmi omezené znalosti o proteinech a mechanismech, které se podílejí na biogenezi a transportu metabolitů a proteinů přes membrány obou typů organel. Dosavadní znalosti o proteomech mitosomů pocházejí většinou z analýz genomů vybraných protist a z ověřených mitosomálních lokalizací vytipovaných proteinů. Rozhodli jsme se...
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Protein import into mitochondria and peroxisomes of parasitic protists
Žárský, Vojtěch ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Předkládaná práce vychází ze tří projektů, kterým je společný zájem o evoluci eukaryotických organel a molekulárních systémů importu proteinů. První projekt poukazuje na možnost, že se peroxisomy (typické organely aerobních eukaryot) zachovaly u anaerobní skupiny Archamoebae, která zahrnuje parazita Entamoeba histolytica a volně žijícího prvoka Mastigamoeba balamuthi. Nejsilnějším vodítkem byl nález proteinů homologních ke známým komponentám peroxisomálního importu proteinů. Cílem druhého projektu je charakterizovat neznámou proteinovou translokázu vnitřní membrány mitosomů (redukovaných mitochondrií) u anaerobního prvoka Giardia intestinalis, kde se podařilo objevit podjednotku Tim44 této translokázy. Poslední projekt ukazuje, že translokáza vnější mitochondriální membrány trypanosomatid je příbuzná typické eukaryotické translokáze Tom40. Toto zjištění je důležité, neboť nepřítomnost Tom40 byla dříve považována za jeden z ancestrálních znaků trypanosomatid.
|
|
|
Morfologické strategie fotoautotrofních protist v různých podmínkám prostředí.
Ševčíková, Tereza ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Pichrtová, Martina (oponent)
Cílem této práce je poskytnout ucelený přehled morfologických přizpůsobení fotoautotrofních protist různým podmínkám prostředí a popsat význam jejich tvaru a velikosti pro různé životní strategie. Práce shrnuje přehled hlavní faktory ovlivňující přírodní mikrořasová společenstva a ukazuje jejich význam pro život fotoautotrofních protist; konkrétně se jedná o množství živin, pH, teplotu, dostupnost světla a přítomnost predátorů. Dále jsou uvedeny také různé metodické přístupy a názory, jak lze morfologické vlastnosti zkoumat, měřit a reprodukovat.
|
|
|
Sezónní dynamika a diverzita protistních organismů v rašeliništních mikrobiotopech.
Mutinová, Petra ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Šťastný, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje literaturu týkající se diverzity protist v rašeliništích. Nejdříve je do rešerše zařazena stručná obecná charakteristika rašelinišť pro získání základního povědomí o daném ekosystému. Dále se tato práce blíže zabývá prostorovou dynamikou protist v rašeliništích s důrazem na mikrobiotopy. Závěrečná část je věnována dostupným informacím o sezónní dynamice protistních organismů v rašeliništích a faktorům, které sezonalitu společenstev protist ovlivňují. Z rešerše vyplývá, že se protistní společenstvo v rašeliništích značně liší od těch, které byly pozorovány v jiných ekosystémech. Skladba společenstva protist v rašelinišítch je velice heterogenní, přičemž závisí zejména na typu mikrobiotopu a převládajících fyzikálně-chemických podmínkách. Společenstva protist v rašeliništích podléhají také sezónní dynamice. Nicméně tato problematika je z velké části zatím neprozkoumaná, protože recentních studií o rašeliništích existuje podstatně méně v porovnání např. s jinými vodními ekosystémy, hojně využívanými pro monitoring kvality vod.
|
|
|
Pohlavní rozmnožování ochrofytních řas
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Pohlavní rozmnožování je jedním ze specifických znaků eukaryot. Téměř veškeré znalosti, které o pohlavním procesu máme, vycházejí ze studií provedených na živočiších a rostlinách. Ve skutečnosti však víme jen nepatrný zlomek toho, co by nám o distribuci a dalších aspektech pohlavního procesu mohly prozradit protistní organismy. U naprosté většiny z nich nich chybí jakékoliv důkazy o tom, že k pohlavnímu procesu skutečně dochází. Není však vyloučeno, že domnělá asexualita protist je pouze lidským artefaktem. Také u většiny ochrofytních řas, kterým je věnována značná část této bakalářské práce, pohlavní proces neznáme. Pozorován byl pouze u jedinců, kteří náleží do šesti z šestnácti doposud popsaných tříd skupiny Ochrophyta. V některých případech byl zjištěn také environmentální faktor, který stimuluje tvorbu pohlavních buněk. Postupné vyjasňování fylogeneze, které můžeme očekávat v následujících let spolu se znalostí biologie ochrofytních řas nám může poskytnout informace o případné sexualitě této skupiny.
|
|
|
Diverzita a biogeografie protistních organismů
Ryšánek, David ; Kulichová, Jana (oponent) ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce sestává ze dvou částí. První částí je literární rešerše, druhou částí je pak praktická kapitola, která obsahuje výsledky mého vlastního výzkumu. V první části mé bakalářské práce se věnuji literární rešerši, ve které se zabývám dvěma současnými názory na biodiverzitu a biogeografii protist. První hypotézou je model ubikvitního rozšíření, který popisuji v několika bodech a ilustruji několika příklady. Podobně jsem představil i druhou teorii umírněného ubikvitního modelu. V závěru oba modely srovnávám a poukazuji na výhody a nevýhody jednotlivých teorií. Ve druhé části své bakalářské práce stručně charakterizuji rod Klebsormidium a následně popisuji optimalizaci molekulárních metod, které mi umožní studium biodiverzity a biogeografie tohoto rodu v rámci mé diplomové práce.
|
host ::
RSS.