|
|
Moderní technologie ve výzkumu populační biologie vysoce mobilního savce
Tkáčová, Nikola ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Apfelová, Mária (oponent)
Předkládaná bakalářská práce se věnuje metodikám vhodným k výzkumu populační biologie vysoce mobilních savců na příkladu rysa ostrovida. Rys ostrovid (Lynx lynx) je v rámci kočkovitých šelem jedním z nejrozšířenějších druhů. Vzhledem k jeho velkému areálu se vyskytuje v různých ekologických, klimatických a demografických podmínkách, což z něj dělá dobrý modelový druh. Jakožto vrcholový predátor se zásadně podílí na formování celého ekosystému. Návrat rysa do oblastí jeho původního výskytu má vliv na skladbu druhů. Použití vhodných metod monitoringu k získání informací ohledně areálu rozšíření, početnosti a také populačních trendů je zcela zásadní pro účinnou ochranu tohoto druhu. V případě rysů, kteří se vyznačují nízkou populační hustotou, převážně soumračnou a noční aktivitou a rozsáhlými domovskými okrsky, vyžaduje monitoring značné úsilí. Vzhledem k náročnosti monitoringu se používají hi-tech metody (GPS telemetrie, fotopasti, genetický monitoring). Různé metody monitoringu vyhovují různým studijním cílům. Telemetrie představuje nejčastěji využívanou a pravděpodobně nejúčinnější metodu k získání detailních údajů o biologii a ekologii rysa, ale zároveň se jedná o invazivní metodu, kterou lze sledovat jen omezený počet jedinců. Pro sledování většího počtu jedinců jsou vhodným nástrojem fotopasti,...
|
|
|
Phylogeography and adaptive evolution of the grey wolf
Veselovská, Lenka ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Vlk dravý je vysoko mobilný vrcholový predátor, kľúčový a dáždnikový druh v rámci ekosystémov po celom holarktickom areáli. Výskyt jeho populácií je ovplyvňovaný glaciálnou históriou, environmentálnymi podmienkami a ľudskou činnosťou. V súčasnej dobe sa vlci vracajú do človekom pozmenenej krajiny, kde boli vyhubení a prispôsobujú sa na život v nej. Ľudia sa veľkou časťou pričinili o jeho vyhynutie v mnohých oblastiach po svete, čo malo za následok pokles genetickej diverzity. Vďaka rôznym životným podmienkam vzniklo mnoho odlišných línií, ktoré sa dajú rozlíšiť na základe morfologických a hlavne genetických analýz. Klimatické podmienky môžu podmieniť vznik ekotypov, ktoré sa stanú dedičné a geneticky odlíšiteľné. Cieľom práce je poskytnúť ucelený prehľad o fylogeografii a adaptívnej evolúcii vlka dravého v kontexte kombinácie genetických, geografických a morfologických dát. Kľúčové slová: vlk dravý, Canis lupus, fylogeografia, ekotypy, adaptívna evolúcia
|
|
|
Genetické důsledky dramatických změn kontaktu a velikosti populací bobra evropského (Castor fiber)
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Bobři prošli v posledních několika staletích dramatickým snížením velikosti populací následovaným expanzí podpořenou reintrodukcemi. V důsledku tohoto bottlenecku je zřejmě genetická variabilita velmi ochuzena. Je známo 31 recentních mitochondriálních haplotypů, přičemž některé byly popsány vícekrát nezávisle na sobě. Tyto haplotypy jsou rozděleny do dvou větví, na jejichž základě je rozpoznávána západní a východní ESU. Lokusy mikrosatelitů mají středně velkou variabilitu, naopak diverzita lokusů na chromozomu Y je velmi nízká. U druhého exonu MHC genu DRB bylo popsáno pouze deset alel. Žádný mitochondriální haplotyp ani MHC alela nejsou sdíleny napříč reliktními populacemi. Tato výrazná genetická struktura není u vzorků z doby před bottleneckem patrná. Popsané poddruhy bobra evropského jsou tedy pouze artefaktem posledního bottlenecku. Nově ustavené populace jsou často tvořeny bobry s různým původem a jsou více či méně prokřížené. Zdá se, že tyto admixované populace vykazují vyšší životaschopnost, a naopak u některých reliktních populací lze najít známky inbrední deprese. Při reintrodukcích je tedy výhodné použít jedince z několika zdrojových reliktních populací, popřípadě použít bobry z admixovaných populací. Více druhů prošlých bottleneckem a recentní expanzí vykazuje podobnosti s populační strukturou...
|
|
|
Population trends of African mammals
Homová, Viktória ; Storch, David (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Africký kontinent je známy svojou bohatou druhovou diverzitou (biologickou rozmanitosťou). O tom, ako dochádza k poklesu populácií afrických cicavcov sa môžeme dočítať v rôznych zdrojoch. Medzi hlavné dôvody patrí strata habitatov a lovenie. Aj napriek všeobecnej predstave o znižovaní stavu cicavcov, je v niektorých prípadoch populačný trend stabilný až rastúci. Cieľom mojej bakalárskej práce je zistiť, čo sa v skutočnosti vie o zmenách v populáciách všetkých známych druhov cicavcov v kontinentálnej Afrike za posledné dekády. Pozornosť verejnosti je venovaná hlavne veľkým vlajkovým druhom, ktoré sú veľmi dobré preštudované a pre ich ochranu sú zavedené rôzne opatrenia. K najvýraznejšiemu poklesu v počte jedincov dochádza v západnej časti Afriky, čo je pravdepodobne spôsobené kombináciou nedostatku finančných a ľudských zdrojov v ochranárstve, veľký rozsah poškodzovania biotopov a rozrastajúci sa obchod s bushmeatom. Druhy s rastúcim populačným trendom sa vyskytujú prevažne v južnej Afrike, kde dochádza k zlepšeniu manažmentu a väčšej pozornosti venovanej záchrane voľne žijúcich živočíchov. U malých cicavcov nie sú vo väčšine prípadov k dispozícií žiadne relevantné dáta k určeniu stavu populácie. Najmenej preskúmané populačné trendy sú u druhov vyskytujúcich sa v pralesoch. Pre detailnejšie určenie...
|
|
|
Allopatric evolution in rousettine fruit bats: from population and landscape genetics to phylogeography
Stříbná, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Vallo, Peter (oponent)
V západní části areálu výskytu kaloňů rodu Rousettus byla studována jejich biogeografie, populační struktura a fylogenetické vztahy. Současné populační vzorce tohoto rodu kaloňů na území Starého světa jsou ovlivňovány různými vlastnostmi prostředí souvisejícími s topografií, klimatem a krajinným pokryvem. Tyto proměnné se odráží v plesiomorfiích kaloňů spojených s ekologickou nikou tropických létajících plodožravců, stejně jako v apomorfiích rodu Rousettus, které zahrnují schopnost echolokace, osídlování jeskyní a schopnost šířit se i v nezalesněné krajině. Fylogenetické vztahy mezi druhy a poddruhy rodu jsou naznačeny a konfrontovány s dosavadními scénáři kolonizace. Ostrovní populace (včetně biotopů v pouštních oázách) vykazují častou genetickou diferenciaci od svých příbuzných na pevnině, což naznačuje úspěšné zakládání kolonií po překonání úseků nevhodných stanovišť. Genetická odlišnost kaloňů vyvíjející se na méně vzdálených ostrovech naznačuje zapojení behaviorálních mechanismů, které udržují soudržnost izolovaných oblastí, jako jsou filopatrie a upřednostňování natálního habitatu. Na obrovské ploše sub-saharské pevninské Afriky, která sahá od jižní hranice Sahary až ke Kapskému poloostrovu, sdílí kaloň egyptský homogenní jaderný fond, avšak tvoří dvě mitochondriální haploskupiny, které se...
|
|
| |
|
|
Genomic approaches for studying speciation
Vozárová, Zuzana ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Pokrok v oblasti technologií sekvenace DNA spolu se vznikem nových informatických přístupů, vedly ke vzniku nových možností na poli biologie. V této bakalářské práci se zaměřuji na informatické přístupy používané v speciační genomice,což je vědecký obor, který se soustředí na problematiku vzniku nových druhů. Představím statistické metody, které tyto přístupy využívají. Čtyři konkrétní metody, o kterých píšu, jsou Odhad maximální věrohodnosti, Bayesovské modely, Markovovské řetězce Monte Carlo a Iterativní přístup. Přiblížím několik metod používaných v detekci mezidruhových hybridů a určovaní jak nedávného tak historického mezidruhového genového toku. Tyto metody zahrnují program NewHybrids, hybridní index, genomické a prostorové klíny a metody založené na koalescenčních modelech. Tato práce vyzdvihuje prospěšnost propojení aplikované matematiky a genomiky při řešení obecných biologických problémů a speciace konkrétně.
|
|
|
Ochranářská genetika vlka obecného a levharta sněžného: vliv krajiny na mikroevoluci populační struktury
Benešová, Markéta ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Kreisinger, Jakub (oponent)
Přístupy krajinné genetiky umožňují zkoumat vliv krajiny na mikroevoluci populací. Krajina může ovlivňovat genový tok i u velkých šelem s dobrými disperzními schopnosti. Pochopení vlivu krajiny na genový tok mezi populacemi je zásadní pro ochranu druhů, obzvlášť jedná-li se o druhy s nízkou populační hustotou. Cílem práce bylo popsat genetickou strukturu populací vlka obecného (Canis lupus) a levharta sněžného (Panthera uncia) ve vybraných územích a zjistit, jaký vliv mají na pozorovanou strukturu vlastnosti krajiny. Byly analyzovány neinvazivní genetické vzorky levhartů sněžných z Nepálu a neinvazivní i invazivní vzorky vlků obecných ze střední Evropy. Populační struktura byla určena a posteriori pomocí Bayesiánských přístupů, které integrují genetická a geografická data, a srovnána s modely konektivity krajiny. Populační struktura sněžných levhartů je nejvíce ovlivněna přítomností lidí a frekventovaných cest, které pro ně představují disperzní bariéru. Habitat vhodný pro tento druh je výrazně omezen nadmořskou výškou, přesto jsou během disperze schopni překonat i oblasti s vyšší nadmořskou výškou, než jaká je pro ně optimální. Byla nalezena výrazná genetická odlišnost mezi vlky ze středoevropské nížinné a z karpatské populace, přestože mezi nimi není přímá bariéra genového toku. Tuto roli hraje...
|
|
| |
|
|
Distribuce kryptických linií blešivců druhového komplexu Gammarus fossarum na rozhraní Českého masivu a Západních Karpat
Rutová, Tereza ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Sladkovodní blešivci jsou významnou složkou permanentního makrozoobentosu tekoucích vod mírného pásu. Mají sníženou schopnost aktivní disperze, postrádají ve svém vývoji dormantní stádium, a tak jejich genetická variabilita často odráží dávnou geologickou historii daného areálu. Samotný rod Gammarus zahrnuje více než 200 popsaných druhů rozšířených v Palearktické oblasti. Mnohé dříve popsané taxony jsou ale ve skutečnosti diverzifikované druhové komplexy, což platí i pro našeho nejběžnějšího blešivce potočního (Gammarus fossarum). V této studii jsme se věnovali jejich diverzitě na rozhraní Českého masivu a Západních Karpat, mezi nimiž probíhá významná biogeografická hranice pro řadu dalších organizmů. Testovali jsme, jestli se projevuje i ve fylogeografii zástupců permanentní vodní fauny. Analýza dvou mitochondriálních markerů odhalila přítomnost osmi divergentních linií G. fossarum, jež se liší i v jaderném genomu. Všech osm linií se vyskytuje v Západních Karpatech, zatímco Český masiv je osídlen pouze dvěma. Mikroendemické areály některých linií a běžný výskyt zřejmě dvou bazálních linií komplexu, jež nebyly nalezeny v jižnějších oblastech, podporují hypotézu, že tito blešivci přežili pleistocenní glaciální cykly i v západokarpatských refugiích. Předpokládáme, že klíčovou roli mohly hrát oteplené...
|
host ::
RSS.