|
| |
|
| |
|
|
Diverzita nekultivovatelných a obtížně kultivovatelných zástupců čeledi Psalteriomonadidae (Excavata: Heterolobosea)
Uhrová, Kristýna ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Kmen Heterolobosea je skupinou améboflagelátů, améb a flagelátů patřící do říše Excavata. V současnosti je popsáno asi 150 druhů zástupců kmene Heterolobosea, z nichž je asi 20 druhů obligátně anaerobních. Většina z nich patří do čeledi Psalteriomonadidae. Cílem této práce bylo poznat diverzitu potenciálních obtížně kultivovatelných a nekultivovatelných anaerobních zástupců kmene Heterolobosea. Získali jsme mnoho nových izolátů zejména ze sladkovodních sedimentů. Izolovali jsme DNA z čerstvých kultur a určili jsme sekvence jejich genu pro SSU rRNA za použití primerů specifických pro skupinu Psalteriomonadidae. Získali jsme 123 nových sekvencí, které reprezentují 6 již popsaných druhů, dále bylo objeveno 16 potenciálně nových druhů. Nicméně mnoho nových druhů zaniklo v raných stádiích kultivování. Naše výsledky naznačují, že existuje velká diverzita nekultivovatelných a obtížně kultivovatelných druhů čeledi Psalteriomonadidae. Klíčová slova: diverzita, gen pro SSU rRNA, Heterolobosea, kultivace, Psalteriomonadidae
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|
|
|
Ekologie mikrobiálních společenstev v prostředí sulfidických rud
Falteisek, Lukáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Šabacká, Marie (oponent) ; Mandl, Martin (oponent)
1 Abstrakt Tato práce se zaměřuje na diverzitu mikroorganismů prokaryotického typu žijících v prostředí mikrobiální dekompozice i tvorby sulfidických minerálů a zkoumá zde vztah mezi složením mikrobiálních komunit a geochemickými procesy. V prostředí rozsáhlého a částečně vytěženého ložiska sulfidických rud byly poprvé charakterizovány mikrobiální komunity v gossanu a jejich role v rámci ekosystému. Kromě toho byla srovnána mikrobiální společenstva ze stanovišť typických pro tvorbu a přeměny kyselých důlních vod (AMD) a byla nalezena diferenciace nik mezi příbuznými mikroorganismy. Nález neobvykle variabilních mikrobiálních komunit v biostalaktitech rostoucích na vývěrech AMD byl využit pro detekci neutrální variability mikrobiálních společenstev. Bylo zjištěno, že jednoduché mikrobiální komunity nevykazují podobnost podle lokality, ačkoliv podobnost prostředí lokalitám odpovídala, ale převážně náhodně. Tím se jednoduché komunity liší od vysoce diverzifikovaných společenstev z půdy, sedimentů a dalších komplexních substrátů, které vykazují vysokou korelaci bioty s faktory prostředí. Předpokládaná příčina tohoto rozdílu je kompozitní charakter bohatých komunit a potlačení náhodných fluktuací průměrováním velkého počtu fyzicky oddělených mikrokomunit. Tomu nasvědčuje i fakt, že podobnost jednoduchých komunit...
|
|
|
Diverzita a evoluce anaerobních heteroloboseí
Pánek, Tomáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent) ; Vávra, Jiří (oponent)
8 ABSTRAKT Tato práce se zaměřuje na fylogenezi, diverzitu a buněčnou strukturu obligátně anaerobních zástupců kmene Heterolobosea (Excavata: Discoba). S použitím kultivačních přístupů odhaluje jejich skrytou druhovou diverzitu a prezentuje 11 nově popsaných druhů. Pomocí fylogenetických analýz ukazuje, že obligátně anaerobní linie heteroloboseí se vyvinuly nejméně dvakrát nezávisle na sobě (Creneidae and Psalteriomonadidae). Čeleď Psalteriomonadidae je možno označit za hlavní anaerobní linii skupiny Heterolobosea, neboť obsahuje drtivou většinu známých obligátně ananerobních zástupců (16 druhů a 5 rodů). Většina druhů skupiny Psalteriomonadidae má akristátní mitochondrie, ačkoliv Pseudoharpagon pertyi má zřejmě zachovány ještě zbytky mitochondriálních krist. Buněčná struktura a životní cyklus Creneis carolina, samostatné anaerobní linie blízce příbuzné linii Percolatea, je unikátní. Architektura jejího bičíkatého aparátu není jednoduše porovnatelná s jinými eukaryoty, neboť u C. carolina došlo k unikátním přeskupením cytoskeletárních elementů. Anaerobní Heterolobosea jsou jen vzácně detekována pomocí environmentálních, na kultivaci nezávislých metod. Z toho důvodu je velmi obtížné odhadovat jejich skutečnou druhovou diverzitu. Naše nejnovější data o anaerobních jakobidech, další linii patřící mezi Discoba...
|
|
|
Diverzita a fylogeneze archaméb
Zadrobílková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent) ; Valigurová, Andrea (oponent)
Zástupci skupiny Archamoebae jsou volně žijící nebo endobiotičtí améboidní bičíkovci nebo měňavky. Protože se vyskytují v anoxickém nebo mikrooxickém prostředí, jejich mitochondrie jsou značně redukované. Zpočátku se dokonce předpokládalo, že mitochondrie postrádají úplně, a proto byly považovány za jedny z nejpůvodnějších eukaryotických organismů vůbec. Tato hypotéza byla později vyvrácena a dnes víme, že archaméby náleží do říše Amoebozoa a spolu s aerobními hlenkami (Macromycetozoa) a sběrným taxonem Variosea vytváří skupinu Conosa. Charakteristickým znakem bičíkatých archaméb je poměrně jednoduchý mikrotubulární cytoskelet, který se skládá z jednoho bazálního tělíska, ze kterého vychází bičík, postranního kořene a mikrotubulárního koše. U bezbičíkatých zástupců byl tento cytoskelet zcela redukován. V minulosti bylo vytvořeno asi 350 jmen archaméb na druhové úrovni. Popisy druhů jsou převážně založeny na morfologických znacích, které jsou ale často nedostačující, a proto je identita druhů nejistá a je pravděpodobné, že řada druhů bude v budoucnu synonymizována. Problémem je také nedostatek sekvenčních dat. V našem projektu se nám podařilo výrazně rozšířit dataset DNA sekvencí převážně volně žijících archaméb. Na základě kombinace molekulárních a morfologických dat jsme popsali 13 nových druhů...
|
|
|
Evolutionary history of Parnassiinae
Kaman, Ondřej ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Král, David (oponent)
Tato přehledová práce je věnována evoluční historii Parnassiinae a to zejména nominátnímu rodu Parnassius, který představuje hlavní skupinu Parnassiinae. Nejdříve bude pojednáno taxonomické pojetí Parnassiinae, monofyletický charakter skupiny a její fylogenetické postavení. Bude ukázáno, že osm rodů Parnassiinae vytváří tři vývojové větve klasifikované jako triby. Dále bude představen možný časový scénář vzniku Parnassiinae spolu s popisem fosilních druhů. Následující část bude zaměřena na rod Parnassius, jehož vnitřní fylogenese z větší části potvrzuje tradiční klasifikaci na osm podrodů. Tyto jednotlivé evoluční větve budou systematicky diskutovány s důrazem na fylogeneticky zajímavé případy druhových komplexů a blízce příbuzných taxonů, přičemž výklad doprovodí taxonomický komentář. Poslední tři kapitoly se budou věnovat fylogeografii P. mnemosyne, P. apollo a komplexu P. phoebus, jejichž evoluční historie bude vyložena s ohledem na klimatické změny v pleistocénu a holocénu. Práce se snaží podat ucelený přehled založený na morfologických, molekulárních a biogeografických aspektech, který by umožnil základní fylogenetickou a taxonomickou diskusi.
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles) v plazech a členovcích
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Jirků, Kateřina (oponent)
Rod Blastocystis si v současnosti získává pozornost mnoha vědců, zejména parazitologů. Zástupci tohoto rodu ztratili bičíky, ale, obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k snadnému přenosu se s tímto prvokem můžeme setkat i u lidí, u kterých bývá spojován se syndromem dráždivého tračníku. Předpokládá se, že tento organismus má u lidí vysoký patogenní potenciál. Ten je dnes stále předmětem diskuse. Rod Blastocystis je pozoruhodný svou extrémně bohatou genetickou diverzitou, která mnohdy komplikuje výzkum. Navíc pojetí této genetické bohatosti je dnes nejednotné a problematické. Genetická diverzita bývá studována zejména u zástupců parazitujících u homoiotermních obratlovců. Ty dnes můžeme rozdělit do celkem 17 odlišných genetických forem, tzv. subtypů. Zástupci tohoto rodu jsou schopni parazitovat i ve střevech studenokrevných obratlovců a bezobratlých živočichů. Tyto blastocysty stojí při studiu genetické diverzity rodu Blastocystis samostatně, některé z nich jako samostatné druhy. Celkově je jejich genetická diverzita velmi málo prozkoumaná. Tato práce si klade za cíl objasnit genetickou diverzitu rodu Blastocystis. Celkem bylo studováno 38 izolátů ze studenokrevných obratlovců a...
|
|
|
Diverzita volně žijících diplomonád
Rmoutilová, Eva ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Řád Diplomonadida patří do říše Excavata a zahrnuje jak volně žijící, tak endobiotické prvoky. Více pozornosti bylo vždy věnováno endobiotickým zástupcům - zejména parazitu Giardia intestinalis, na kterém bylo provedeno velké množství studií. Diplomonády jsou anaerobní a postrádají aerobní mitochondrii, mají pouze redukované mitochondriální deriváty, hydrogenosomy nebo mitosomy. Podle stavby buňky se rozlišují unizoické (jeden karyomastigont) a diplozoické (dva propojené karyomastigonty). Evoluce stavby jejich buňky zůstává prozatím nevyřešena. Právě studium volně žijících diplomonád, kterým dosud bylo věnováno málo pozornosti, přitom může přispět k vyřešení tohoto problému. Diplomonády jsou významné i tím, že řada jejich zástupců je sekundárně volně žijící. Tato práce je zaměřena na fylogenezi a morfologii volně žijících diplomonád. Díky rozsáhlé sbírce kultur se nám podařilo určit celkem nových 65 sekvencí SSU rDNA převážně volně žijících zástupců řádu Diplomonadida. Fylogenetická analýza ukázala, že rody Trepomonas, Hexamita a unizoické diplomonády nejsou monofyletické. Také zřejmě existuje několik linií, které obsahují jak endobiotické, tak volně žijící zástupce. Provedli jsme podrobnou morfologickou studii izolátů rodů Trepomonas a Gyromonas. U rodu Hexamita podrobná studie morfologie nebyla...
|
host ::
RSS.