|
|
Interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanizmy přirozené imunity
Vávrová, Petra ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanismy přirozené imunity. Důraz bude kladen na srovnání role virových proteinů před a po exportu z infikované buňky. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude zohledněn vliv virových proteinů během akutní, chronické a okultní infekce.
|
|
|
Vliv posttranslačních modifikací minoritních proteinů a acetylace mikrotubulů na průběh infekce myším polyomavirem
Mariničová, Zuzana ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Virion myšího polyomaviru (MPyV) je složen z hlavního kapsidového proteinu VP1 a minoritních kapsidových proteinů VP2 a VP3. Minoritní proteiny nejsou nutné pro sestavení kapsidy, jsou ale klíčové pro infektivita virových částic. Tato práce se v první části zabývá modifikacemi VP2 a VP3, deamidací Asn na pozici 253 VP2 (137 VP3) a N-koncovou acetylací Ala VP3, které by mohly být důvodem dvojitých proužků VP2 a VP3 na SDS- PAGE. V minulosti byly připraveny mutantní genomy MPyV N253D (Asn nahrazen Asp) a N253E (Asn nahrazen Glu) simulující deamidaci a A117V (Ala nahrazen Val) se sníženou acetylací. Připravili jsme mutantní viry ve třech izolacích a potvrdili jsme, že deamidace je příčinou dvojitých proužků. Mutantní viry byly porovnány s divokým typem z hlediska efektivity infekce, vliv deamidace se ale nepodařilo prokázat. Virus s mutací A117V je neinfekční, důvodem může být snížení acetylace nebo aminokyselina na této pozici. Dále se tato práce zabývá vlivem acetylace -tubulinu na průběh infekce MPyV. Acetylace - tubulinu je studována z hlediska virové infekce z důvodu vývoje nových antivirových strategií. Po infekci MPyV se acetylace zvyšuje, není to ale důsledek změny exprese mRNA acetylačního (TAT1) nebo deacetylačního enzymu tubulinu (HDAC6). Inhibice HDAC6 pomocí tubacinu, specifického...
|
|
|
Význam molekul MHCI v protinádorové imunitě
Lhotáková, Karolína ; Poláková, Ingrid (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Povrchové glykoproteiny MHC I. třídy (MHC I) prezentují na svém povrchu antigenní peptidy, které jsou rozeznávány CD8+ T lymfocyty. Většina těchto peptidů pochází z degradace buněčných proteinů a CD8+ T lymfocyty na ně nereagují. V případě nádorového bujení dochází ke změnám exprese různých proteinů a objevují se i nové epitopy, což se projeví v repertoáru peptidů, které jsou vystaveny na molekulách MHC I. Peptidy pocházející z nádorových antigenů aktivují CD8+ T lymfocyty, které proti nádorovým buňkám zahájí řízenou imunitní odpověď. U většiny nádorů ovšem dochází ke snížení povrchové exprese molekul MHC I, což znemožňuje efektivní imunitní odpověď. K imunitní odpovědi vedené T lymfocyty dochází pouze proti nádorovým buňkám s dostatečnou expresí MHC I, čímž se selektují buňky se sníženou expresí MHC I. Toto snížení může být reverzibilního či ireverzibilního charakteru a kromě exprese genů pro lehký a těžký řetězec MHC I může postihovat zejména geny mašinerie zpracovávající antigeny (APM). Imunoterapeutika zaměřená na zvýšení povrchové exprese MHC I často vedou k jiným nepříznivým dopadům na imunitní systém. Objevuje se tedy snaha vyvinout takové imunoterapeutické postupy, které počítají se sníženou expresí MHC I a dokážou ji obejít, např. stimulací vrozené imunity.
|
|
|
Minoritní strukturní proteiny polyomavirů: Vlastnosti a interakce s buněčnými strukturami
Vinšová, Barbora ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
I když jsou polyomaviry intenzivně zkoumány více než 60 let, stále není dostatečně objasněna role minoritních strukturních proteinů VP2 a VP3 v některých důležitých krocích životního cyklu viru, a to zejména jejich úloha při dopravení virového genomu do jádra a také jejich zapojení v pozdní fázi životního cyklu viru. Tato diplomová práce je zaměřena na studium minoritních proteinů Myšího polyomaviru (MPyV) a lidského polyomaviru BK (BKV). V rámci této práce byly připraveny čtyři králičí polyklonální protilátky proti minoritním proteinům virů MPyV nebo BKV. Dvě připravené protilátky jsou namířeny proti minoritním proteinům MPyV (α-MPyV VP2/3) nebo BKV viru (α-BKV VP2/3) a další dvě připravené protilátky rozeznávají společnou C-koncovou sekvenci minoritních proteinů VP2 a VP3 MPyV (α-MPyV C-termVP2/3) nebo BKV viru (α-BKV C-termVP2/3). V druhé části práce jsme se zaměřili na studium toxicity minoritních proteinů polyomaviru BKV při jejich samostatné produkci v savčích buňkách. Získaná data naznačují, že v porovnání s minoritními proteiny VP2 a VP3 viru MPyV, nevykazují minoritní proteiny BKV viru tak vysokou míru cytotoxicity. Třetí část práce je věnována studiu interakcí minoritních proteinů polyomavirů BKV a MPyV s buněčnými proteiny a mezi sebou navzájem. Pomocí připravených protilátek byly...
|
|
|
Interakce retrovirových env glykoproteinů s receptory a vstup retroviru do buňky
Přikryl, David ; Pečenka, Vladimír (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Lidé už si přizpůsobili mnoho druhů zvířat, rostlin a bakterií tak, aby sloužili jejim potřebám. Nyní nadešel čas využít také viry. Nejvýznamnější aplikace pro ně se zřejmě nacházejí v oblasti lidského zdraví. Konkrétně čeleď retrovirů je perfektní vektor pro přenos genů při léčbě genetických onemocnění nebo ke zničení nežádoucích, například nádorových buněk. K efektivnímu použití těchto vehiklů je potřeba překonat řadu problémů a hlouběji prozkoumat některé úseky života retrovirů. Tato práce některé z nich popisuje společně s možnými cestami jejich řešení. První popisovanou oblastí je nespecifická adsorpce virionu na buněčné povrchy, druhou je zajištění efektivní interakce mezi obalovými glykoproteiny a receptory vysoce specifickými pro cílený typ buněk a konečně řízená fúze membrán. Klíčová slova: retrovirus, adsorpce, env, receptor, fúze
|
|
|
Hostitelské faktory účastnící se replikace viru Rousova sarkomu
Štafl, Kryštof ; Svoboda, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus Rousova sarkomu (RSV) zaujímá čestné místo mezi retroviry. Jeho výzkum nám poodhalil tajemství vzniku a vývoje života, mechanizmy rakovinného bujení a interakce mezi viry a jejich hostiteli. Viry nejsou schopné replikace bez hostitelských buněk, zneužívají mnoho jejich procesů a faktorů, dokážou buňky přeprogramovat, aby produkovaly velké množství virového potomstva. Vytvářejí tlak na svého hostitele, který se snaží infekci bránit, čímž dochází k vývoji a uplatnění nových variant bunečných proteinů, které buňkám dávají schopnost rezistence. Tato práce se zabývá hostitelskými faktory, které RSV ve svém replikačním cyklu využívá. Shrnuje současné poznatky o replikačním cyklu retrovirů a faktory, které jsou pro produktivní infekci nutné: buněčné receptory pro virus, endocytotické a sekretorické dráhy, jaderný transport, proteosyntetický aparát, replikaci provirů a její stimulaci. Nejsou opomenuty ani buněčné obranné mechanizmy. Současné poznatky jsou srovnány se savčími patogeny, je poukázáno na mezery ve výzkumu. Zmíněn je také důsledek nepřítomnosti hostitelských faktorů, který se projevuje v hostitelské specifitě a permisivitě.
|
|
|
Acetylace mikrotubulů a jeji role ve virové infekci
Mariničová, Zuzana ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Recentní poznatky o posttranslačních modifikacích nás nutí uvažovat o mikrotubulech jako o důležitém aspektu regulace buněčných funkcí a signalizace. Nejinak je tomu u té nejprozkoumanější, acetylace α- tubulinu na lysinu 40. Desítky let jsou acetylované mikrotubuly považovány za stabilní, nicméně teprve nedávno byly identifikovány konkrétní tubulin acetyltransferázy a deacetylázy. I když byla popsána důležitá role acetylace při neurodegenerativních onemocněních nebo rakovině, stále si nejsme jisti významem acetylace, jelikož její roli v patogenezi protiřečí výsledky prezentující téměř normální fenotyp mutantů v některém z enzymů acetylace. Acetylace byla také studována v souvislosti s virovou infekcí. Z dostupných poznatků vyplývá, že viry modulují signální dráhy, jejichž součástí jsou i enzymy modulující acetylaci. Po vstupu viru do buňky totiž často dochází ke zvýšení acetylace, její zabránění většinou vede k znemožnění vstupu viru do buňky. Z tohoto důvodu je potřeba se acetylací mikrotubulů a její regulací dále zabývat, bližší pochopení těchto procesů nám umožní vyvinout nová terapeutika nejen proti virové infekci, ale i dalším onemocněním. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Chemically modified Murine Polyomavirus-like particles and their interaction with Prostate-Specific Membrane Antigen (PSMA)
Blažková, Kristýna ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Rakovina prostaty patří mezi nejčastější nádorová onemocnění u mužů a je tedy velká poptávka po cílené léčbě. V této diplomové práci popisuji využití Glutamát karboxypeptidázy II (GCPII) jako vhodného cíle pro možné cílení. GCPII je transmembránový protein, který internalizuje po navázání ligandu, a jeho exprese v nádorech prostaty je významně zvýšená. Virům-podobné částice z myšího polyomaviru (VLPs) jsou vhodným nosičem pro vizual- izaci a léčbu. Zde popisuji modifikace VLPs inhibitory GCPII a charakterizaci jejich vazby na GCPII pomocí povrchové plasmonové rezonance a vazby na buňky exprimující GCPII pomocí konfokální mikroskopie. VLPs s inhibitory GCPII vykazují specifickou vazbu GCPII na povrchové plasmonové re- zonanci, bohužel se tato specificita ztrácí při vazbě na buňky. Jedním přístupem, jak tuto ne- specifitu odstranit, byla substituce v BC smyčce kapsidového proteinu VP1 na vnějším povrchu VLPs, která by měla být spoluodpovědná za vazbu kyseliny sialové. Tato substituce však neomezila nespecifitu částic. Dalším testovaným přístupem bylo obalení VLPs velkými poly- mery nesoucími fluorescenční značku i inhibitor GCPII. Po obalení VLPs vykazovaly tyto čás- tice v předběžných experimentech specifickou vazbu a internalizaci v buňkách exprimujících GCPII. Tyto výsledky...
|
|
|
Význam replikačně defektních prasečích endogenních retrovirů při xenotransplantaci
Daniel, Petr ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Nedostatek lidských tkání a orgánů pro transplantace může být vyřešen xenotransplantací. Jako zdroj orgánů je mimořádně vhodné miniaturní prase. Přítomnost pathogenů, které mohou infikovat příjemce, zvláště prasečích endogenních retrovirů (PERV), představuje ovšem riziko úspěšné xenotransplantace. Infekční PERV se rozpadá na tři skupiny podle svých obalových glykoproteinů. PERV-A a PERV-B jsou polytropní viry, které infikují lidské, prasečí a norčí buňky in vitro. PERV-C je evolučně mladší ekotropní izolát. V minulosti jsme popsali nový, replikačně defektní provirus PERV-A MAMBA, který se vysoce exprimoval v tkáních velkého bílého prasete z českého chovu. V rámci projektu jsem se zabýval epigenetickou regulací transkripce PERV-A MAMBA v prasečích tkáních a orgánech. Abych podpořil získané výsledky, provedl jsem in vitro DNA methylační esej se dvěma PERV LTR. Methylované a nemethylované reportérové plazmidy, obsahující 5' LTR provirovou oblast, byly transfekovány do buněk a zároveň byla stanovena aktivita luciferázy sdružené s LTR. V obou případech methylace LTR snížila významně expresi reportérového genu. Transkripce z PERV proviru je tedy citlivá k methylaci. Také jsem použil PERV-A MAMBA ke studiu rekombinace PERV. Připravil jsem 293T a BeWo buňky, které produkovaly virovou RNA. Tyto buňky jsem...
|
|
|
Studium replikace a patogeneze retrovirů s rozšířeným hostitelským rozsahem.
Přikryl, David ; Pečenka, Vladimír (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Koevoluce patogenů a jejich hostitelů vedla k selekci celé řady mutací. Z pohledu hostitele se dají nahromaděné mutace v jeho genomu charakterizovat jako restrikční faktory bránící efektivní replikaci cílového patogenu, například retroviru. Tyto faktory působí na úrovni vstupu virionu do buňky, jeho integrace, exprese a maturace. Naopak z pohledu viru se mutace projevují ve schopnosti výše zmíněné restrikční faktory překonávat. Jedním z mechanizmů je například změna receptorové specifity, která umožňuje viru infikovat hostitele i v případě, že původní specifický receptor je z nějakého důvodu nedostupný. Tato práce se zabývá efektem bodové mutace L154S v obalovém glykoproteinu viru MAV-B a jeho vlivem na replikaci a patogenezi in vitro a in vivo. Pro tyto účely byly infikovány a analyzovány kuřecí plemena bílých a hnědých leghornek a rozličné buněčné kultury. Výsledky infekce kuřat ukázaly zvýšenou incidenci osteopetrózy, onemocnění projevující se zbytněním kostní tkáně. V souladu s literaturou jsme prokázali, že se jedná o neoplázii polyklonálního původu. Řadou experimentů jsme odhalili abnormální chování obalového glykoproteinu kódovaného virem způsobující toto onemocnění. Abnormalita tkví v teplotní labilitě a neutralizaci nízkým pH. Na základě našich pozorování navrhujeme model předčasné...
|
host ::
RSS.