|
Epigenetické regulační faktory CTCF a SMARCA5 kontrolují expresi hematopoetického transkripčního faktoru SPI1 v buňkách akutní myeloidní leukémie a myelodysplastického syndromu.
Dluhošová, Martina ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Kozák, Tomáš (oponent)
CCCTC-vázající faktor (CTCF) má schopnost aktivovat a tlumit transkripci genů mechanizmem vytváření chromatinových smyček, jež spojují regulační oblasti s promotory, na nichž je zahájena transkripce RNA. Metylace DNA představuje modifikaci cytosinových nukleotidů, jež má regulační vlastnosti a je vytvářena jaderným enzymatickým aparátem. Regulační role CTCF tkví ve vazbě na nemetylovanou DNA a interakci s dalšími bílkovinami kohezinového komplexu vedoucí k ovlivnění transkripce sousedících genů; například genů pro H19 a Igf2. Role CTCF v krvetvorbě je předpokládána a řada prací ukazuje i na význam CTCF pro vznik leukemické transformace a nadúměrné produkci klonálních myeloblastů, avšak přesný mechanizmus těchto procesů není znám. Imprinting je epigenetický mechanizmus pro regulaci transkripce skrze metylaci DNA a CTCF, jež je využívána při maternálním a paternálním přenosu genetické informace do zygoty. Mezi molekulární mechanizmy CTCF patří takzvaný blokující efekt, kterým CTCF odstraní vliv regulační zesilovací (‚enhancerové') sekvence na funkci promotoru. V naší výzkumné práci jsme si položili otázky vedoucí ke zjištění role CTCF v krvetvorbě. Výsledky mé práce potvrzují, že se CTCF váže do kontrolní oblasti pro geny H19 a Igf2. V mé práci jsme identifikovali nového vazebného partnera pro CTCF,...
|
|
Členství ve spolku se sportovním zaměřením
Poláková, Kateřina ; Kohout, David (vedoucí práce) ; Svatoš, Martin (oponent)
Členství ve spolku se sportovním zaměřením Abstrakt Tato diplomová práce zachycuje problematiku členství ve spolku z pohledu platného práva, přičemž analyzuje vnitřní předpisy vydávané samotnými spolky. Cílem práce bylo komplexně představit institut členství ve spolku, jakožto nejčastější právní formy objevující se ve sportovním prostředí. První část práce je věnována obecně právu sdružovacímu, ze kterého spolkové právo vychází, a s ním související problematice dobrovolnosti členství sportovců ve sportovních organizacích. V druhé části práce je představena právní úprava ovlivňující podobu sportovních spolků. Pozornost je zaměřena nejenom na občanský zákoník jako ústřední dokument spolkového práva, ale i na zákon o podpoře sportu a další předpisy. Vedle občanského zákoníku jsou pro spolek významné stanovy, které podobu spolku konkretizují a bez nichž nemůže spolek vůbec fungovat. Důležitou roli ve spolku hrají i jím vydávané vnitřní předpisy, jejichž závaznost však není v zákoně výslovně zakotvena. Předtím, něž je pojednáno o samotné problematice členství ve spolku, je nejprve stručně představen institut spolku a s tím související spolek pobočný. Až poté je představen vznik členství ve spolku, které může vzniknout pouze na základě projevu vůle osoby ucházející se o členství a souhlasného projevu vůle spolku,...
|
|
Studium chování buněk na nanostrukturovaných TiO2 površích
Poláková, Kateřina ; Urbánková, Kateřina (oponent) ; Fohlerová,, Zdenka (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem interakce buněk na nanostrukturovaných površích z oxidu titaničitého, které jsou vytvářené pomocí elektrochemické metody zvané anodická oxidace. V teoretické části je vytvořen přehled výroby nanostrukturovaných povrchů pomocí metody anodické oxidace. Je zmíněn vliv vnějších faktorů na geometrické parametry struktur a popis metod charakterizace struktur. Dále je zpracován přehled využití pro biomedicínské aplikace a popis interakce buněk s povrchem. V praktické části je uveden postup výroby nanoporézních a nanotubulárních struktur na tenkých vrstvách titanu přímou metodou anodické oxidace, u kterých je sledován vliv vnějších faktorů. Dále je uveden postup a výroba tyčinkovitých struktur a nanoteček, vytvářených pomocí aluminové šablony (AAO), na kterých je následně provedeno studium chování buněk, které zahrnuje testy adheze, zkoumání morfologie adherovaných buněk, testy proliferace a diferenciace. Struktury jsou v rámci zkoumání interakce buněk s nanostruktutovanou vrstvou porovnávány s hladkým povrchem oxidu titaničitého.
|
|
Fluorescent Nanoprobes Emitting in Near-Infrared Region for Biomedical Applications
Kvaková, Klaudia ; Cígler, Petr (vedoucí práce) ; Bogdanowicz, Robert (oponent) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Hlavním cílem této práce je podrobný výzkum fluorescenčních nanosond emitujících v blízké infračervené oblasti a jejich využití v biomedicíně. Jsou studovány zejména fluorescenční nanodiamanty (FND) a zlaté nanoklastry (AuNC). Nejprve byl zkoumán potenciál FND pro in vivo vizualizaci sentinelových lymfatických uzlin v myším modelu. Tato studie ukázala, že FND modifikované manózou vykazují vyšší internalizaci makrofágy a lepší retenci v sentinelových lymfatických uzlinách v porovnání s výchozími FND. Kromě využití v bio-zobrazování byly FND použity i pro přesné měření teploty v buňkách s difrakčním rozlišením. V této práci byly FND použity jako sondy pro lokální měření změn teploty v důsledku aktivity hipokampálních neuronů. Dále byl zkoumán potenciál AuNC, jakožto možných fluorescenčních značek pro značení a zobrazování buněk. Jednoduchou syntetickou cestou byly připraveny stabilní AuNC. Dalšími modifikacemi pomocí různých ligandů bylo dosaženo zvýšení intenzity fotoluminiscence a prodloužení doby života fotoluminiscence. Práce dále popisuje reverzibilní světelně a tepelně indukované účinky na fotoluminiscenční vlastnosti syntetizovaných AuNC. Bylo též prokázáno zesílení fotoluminiscence AuNC pomocí použití konjugace s plazmonickým systémem - zlatými nanotyčemi. Nakonec byla dosažena internalizace...
|
|
Metabarcoding and environmental sequencing projects
Kandaurova, Ekaterina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Práce se zaměřuje na využití metabarcodingu v projektech odhalujících biologickou diverzitu a jeho aplikace v různých biologických oborech. Práce shrnuje principy a představuje základní pracovní postup v metabarcodingu, včetně výběru konkrétních molekulárních markerů pro různé skupiny organismů a bioinformatického zpracování dat. Práce rovněž diskutuje limity metabarcodingu, jako jsou nedostatečná standardizace, "primer bias" nebo cílení na metabolicky neaktivní organismy, a potenciální strategie pro překonání těchto překážek. Praktické využití metabarcodingu je demonstrováno na příkladech projektů zaměřených na sekvencování, jako jsou Human Microbiome Project nebo expedice TARA Oceans. Potenciál využití metabarcodingu pro výzkumné účely je diskutován z pohledu paleontologie, analýzy stravy a ochrany přírody. Celkově se práce zaměřuje na posouzení potenciálu metabarcodingu jako efektivního nástroje a mohla by sloužit jako počáteční vodítko pro ty, kteří mají zájem využít metabarcodingu pro svou vědeckou práci. Klíčová slova: metabarcoding, eDNA, molekulární markery, NGS, bioinformatika, biodiverzita.
|
|
The diversity of anaerobic ciliates from the subclass Scuticociliatia and their symbionts
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Nálevníci jsou v hypoxických a anoxických prostředích nejdiverzifikovanější protistní skupinou a často zde vstupují do symbióz s prokaryoty. Ačkoliv byla rozmanitost anaerobních nálevníků dlouhodobě přehlížena, jejich zástupce najdeme ve většině tříd nálevníků. Tato práce se soustřeďuje na anaerobní nálevníky z podtřídy Scuticociliatia, opomíjenou skupinu patřící do diverzifikované třídy Oligohymenophorea. Objevili jsme novou anaerobní linii nálevníků v rámci této podtřídy, v které byl dosud molekulárně popsán pouze jediný druh. Ukázali jsme, že se jedná o diverzifikovanou linii, která velmi pravděpodobně představuje nový řád. Díky sběru mnoha vzorků sladkovodních a mořských anoxických sedimentů vznikla na našem pracovišti největší sbírka kultur anaerobních skutikociliátů na světě. To nám umožnilo osekvenovat gen pro 18S rRNA 55 kultur skutikociliátů a studovat jejich morfologii pod světelným mikroskopem a různými metodami barvení stříbrem. Mimo to jsme využili techniky transmisní a skenovací elektronové mikroskopie ke studiu ultrastruktury jak nálevníků, tak i symbiontů. K identifikaci symbiontů jsme využili také další metody, jako jsou sekvenace mikrobiomu nálevníků či fluorescenční in-situ hybridizace. Jelikož všichni studovaní zástupci této linie hostí prokaryotické symbionty, došli jsme k...
|
|
Liniová plasticita leukemických buněk
Slámová, Lucie ; Mejstříková, Ester (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent)
Liniový přesmyk z lymfoidní do myeloidní linie během léčby B prekurzorové akutní lymfoblastické leukemie (BCP ALL) je raritní a byl dosud popisován především u pacientů s přestavbou MLL genu. Podařilo se nám objevit zcela novou skupinu BCP ALL, u které dochází k liniovému přesmyku do monocytoidní linie během časné fáze léčby - swALL ("switching" ALL). U žádného pacienta se swALL fenoménem jsme nenašli přestavbu genu MLL. Zastoupení swALL pacientů mezi BCP ALL bylo neočekávaně vysoké (3-4%). Všichni swALL pacienti měli aberantní expresi antigenu CD2 (LFA-2). Zvýšená exprese C/EBPα genu a hypomethylace CEBPA promotoru byly přítomny u většiny swALL pacientů již při diagnóze onemocnění, dříve než jsme pozorovali liniový přesmyk. U pacientů se swALL jsme identifikovali v průběhu liniového přesmyku subpopulaci buněk exprimujících současně B lymfoidní a monocytární znaky. V průběhu transdiferenciace typicky dochází k zvýšení exprese cytokinových receptorů pro M-CSF a GM-CSF. Liniový přesmyk je možné rekapitulovat v in vivo a v in vitro podmínkách. Dětští pacienti se swALL odpovídají pomaleji na iniciální léčbu, často vyžadují intenzivnější léčbu, ale jejich prognóza se zdá být srovnatelná s "ostatními" BCP ALL. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
| |
|
Fúzní geny TEL/AML1, BCR/ABL a TEL/ABL u dětských akutních lymfoblastických leukemií
Žaliová, Markéta ; Trka, Jan (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Pospíšilová, Dagmar (oponent)
Leukémie představují skupinu maligních onemocnění charakterizovaných klonální expanzí transformovaných hematopoetických buněk s poruchou diferenciace a deregulací buněčné proliferace. Dle liniového původu dělíme leukémie na lymfoidní a myeloidní, dle průběhu onemocnění na akutní a chronické. Na rozdíl od situace u dospělých převažují v dětském věku leukémie akutní. Nejčastějším typem, se kterým se setkáváme v 80% všech případů dětských leukémií, je akutní lymfoblastická leukémie (ALL). Samotná ALL pak představuje 25% ze všech malignit v dětství a je tak vůbec nejčastější malignitou tohoto věkového období. Incidence ALL v České republice je přibližně 3 nové případy na 100 000 dětí (tj. ve věku 0-18 let) ročně s vrcholem výskytu mezi 1. a 5. rokem života. Dětská ALL zahrnuje skupinu značně heterogenních onemocnění s odlišným biologickým a klinickým chováním. Akutní lymfoblastické leukémie klasifikujeme pomocí morfologických, imunofenotypových a genetických znaků. Na základě morfologie lymfoblastů určuje tradiční FAB klasifikační systém 3 podtypy ALL: L1 (nejčastější podskupina, 70-80% dětských ALL), L2 a L3. Dle liniově příslušných znaků rozlišujeme ALL B-buněčného a T-buněčného původu. Přibližně 80% všech dětských ALL pochází z nezralých B- buněčných prekurzorů (B-cell precursor; BCPALL)a tyto se dále dělí...
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|