Název: Počítačové modelování membránových proteinů
Překlad názvu: Computational Modeling of Membrane Proteins
Autoři: Šimko, Pavol ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2023
Jazyk: slo
Abstrakt: [eng] [cze]
The present work deals with the application of steered molecular dynamics simulations on medically interesting biomolecular systems. At first, methods for determi- ning the free energy profile were tested on the (Ala)10 model system. Then we focused on determining the free energy profile for binding of a ligand to the adenosine A2A GPC receptor. We further studied the free energy profile associated with ion passage through the Gramicidin A ion channel. Finally, we applied this methodology to the TRPM2 ion channel. 1 Předkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1
Klíčová slova: A2A adenosinový receptor|TRP iontové kanály|Deca-alanin|Gramicidin A|Molekulární dynamické simulace|Řízená molekulární dynamika; A2A adenosine receptor|TRP ion channels|Deca-alanine|Gramicidin A|Molecular dynamics simulations|Steered molecular dynamics

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/179545

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-521262


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce