Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 30 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Počítačové modelování inhibice SARS-CoV-2 proteázy
Hanák, Martin ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Práce se zabývá různými metodami výpočtu volné energie pomocí molekulárně-dy- namických simulací za účelem studia inhibice biologických makromolekul a identifikace možných léčiv. Konkrétně byla prozkoumána možnost využití nerovnovážných metod na základě Jarzynského rovnosti a Crooksova fluktuačního teorému. Použité metody byly otestovány na jednoduchých systémech aminokyselin a komplexu éterové koruny s draslí- kem. Následně byly zkoumané metody aplikovány na komplexy adamantánů s cyklodex- triny a především na inhibici hlavní proteázy SARS-CoV-2 Mpro. 1
Computational Modeling of Membrane Proteins
Šimko, Pavol ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Předkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1
Geneticky manipulované produkty z krmiv v ledvinách kuřat
POSPÍŠIL, Miroslav
Bakalářská práce podává přehled o zvládnutí detekce genově manipulovaných produktů z krmiv v ledvinách kuřat, jejichž dieta obsahovala krmiva, která prošla genovou modifikací. K tomuto pokusu byly zapotřebí dvě GM rostliny. První byla insekt rezistentní Bt-kukuřice a druhá herbicid tolerantní Roundup Ready sója. Obě rostliny byly použity jako přísada v krmných směsích pro drůbež. Detekce hledaných transgenů byla prováděna pomocí molekulárně genetických metod - PCR a elektroforézy. Na základě výsledků práce budou zhodnocena rizika zjištěná pro konzumenty.
Molecular simulations of organic-inorganic hybrid materials.
Novotný, Radek ; Pospíšil, Miroslav (vedoucí práce) ; Drahokoupil, Jan (oponent)
Podvojné vrstevnaté hydroxidy (LDH) jsou slibným materiálem pro použití jako nosič léčiv díky své schopnosti interkalace různých aniontů a také velmi nízké toxicitě pro lidský organismus. Atorvastatin (ATS) je lék používaný ke snížení hladiny cholesterolu v krvi a prevenci kardiovaskulárních onemocnění. Současné způsoby podávání ATS jsou poměrně málo efektivní, což vede k potřebě předepisování vysokých dávek ATS, a to může pa- cientům způsobit nepohodlí v důsledku nežádoucích vedlejších účinků léku, nejčastěji v podobě nevolnosti, zažívacích potíží nebo bolestí kloubů a svalů. Interkalace ATS do LDH by mohla usnadnit kontrolované, cílené uvolňování léku do těla pacienta, čímž by byl lék účinný i při nižší dávce, a tím by se zmírnily vedlejší účinky ATS. Molekulární simulace využívající silové pole COMPASS byly použity k posouzení tří různých modelů ATS interkalovaných do Mg2Al LDH s koncentracemi ATS 61,99 %, 73,64 % a 70,64 %, což odpovídá mezirovninné vzdálenosti vrstev LDH 3,751 nm, 3,808 nm a 3,823 nm, které byly převzaty z experimentů rentgenové difrakce. Byly zkoumány různé výchozí orien- tace ATS aniontů v mezivrstvách LDH. Nejvyšší koncentrace ATS se jevila jako nejslib- nější a vedla k nejstabilnější struktuře. Optimalizace geometrie a následné molekulárně- dynamické simulace ukázaly, že anionty...
2D structures based on metal phosphonates; relationships between arrangement and properties studied by molecular simulations methods
Škoda, Jakub ; Pospíšil, Miroslav (vedoucí práce) ; Čapková, Pavla (oponent) ; Praus, Petr (oponent)
Tato práce se zabývá strukturní analýzou vrstevnatých sulfofenylfosfonátů zirkonia a jejich interkalátů za pomoci metod klasických molekulárních simulací. V rámci práce byla určena vnitřní struktura plně i částečně sulfonovaných vrstev v souladu s výsledky dostupných experimentálních metod, zejména chemické analýzy, termogravimetrických měření a rentgenové difrakce. Výpočty objasnily pozici molekul vody v rovině sulfo skupin, které výrazně ovlivňují výsledný difrakční záznam. Dále bylo vyřešeno uspořádání vrstev zirkonium sulfofenylfosfonátu interkalovaných opticky aktivními molekulami na bázi dipyridylaminu a kationty sodíku, mědi a železa vzhledem k výsledkům experimentů a hodnotám potenciální energie. V případě modelů dipyridylaminu a jeho derivátů byla výsledkem částečně neuspořádaná struktura interkalovaných organických molekul v mezivrství, jež ovlivňuje celkový dipólový moment interkalátu. Z tohoto hlediska byl vybrán nitro derivát jakožto nejvhodnější materiál pro možné využití v nelineární optice. U modelů interkalovaných kationtů zaujímá sodík původní pozice vody podél rovin sulfo skupin, kdežto kationty mědi a železa jsou distribuovány v řadě uprostřed mezivrství zirkonium sulfofenylfosfonátu.
Molecular modeling of lipid membranes with fluorescent probes
Dékány Fraňová, Miroslava ; Pospíšil, Miroslav (vedoucí práce) ; Vácha, Robert (oponent) ; Barvík, Ivan (oponent)
Název práce: Molekulární modelování lipidových membrán s fluorescenčními sondami Autor: RNDr. Miroslava Dékány Fraňová Katedra / Ústav: Katedra chemické fyziky a optiky MFF UK Vedoucí doktorské práce: RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D., Katedra chemické fyziky a optiky MFF UK Abstrakt: Skúmali sme biologické membrány pomocou fluorescenčných sond. Prvá časť práce opisuje vlastnosti lipidovej dvojvrstvy zloženej z molekúl DPPC (dipalmitoylfosfatidylcholín) a rôznej koncentrácie cholesterolu (5 mol % a 20 mol %) skúmaných pomocou sondy DPH (difenylhexatrién), ktorá je v rôznych koncentráciách ponorená do oboch vrstiev membrány. Druhá časť práce skúma vlastnosti DOPC (dioleoylfosfatidylcholín) membrány pomocou pyrénovej sondy umiestnenej na 4., 6., 8. a 10. uhlík oboch acylových reťazcov hosťujúceho lipidu a porovnáva ako sa vlastnosti membrány menia v závislosti od pozície pyrénu. Zamerali sme sa aj na dimerizáciu pyrénov v závislosti od ich pozície a zisťovali vzťah s profilom laterálneho tlaku. Klíčová slova: molekulární simulace, membrána, fluorescenční sonda, lipidy, profil laterálneho tlaku
Charakterizace a chemická modifikace halloysitů
Vašutová, Vlasta ; Hradil, David (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Vznik halloysitů je spojen se zvětráváním magmatických hornin nebo s hydrotermální alterací vulkanických hornin často na kontaktu v vápenci. Halloysit patří do skupiny kaolinitu, od kterého se liší obsahem vody v mezivrství. Vyskytuje se ve dvou základních formách, hydratované 10 ? a dehydratované 7 ?. Obecně platí, že hydratovaný halloysit vzniká ve větších hloubkách než halloysit dehydratovaný. Získané vzorky halloysitů ze světových ložisek byly charakterizovány pomocí rtg práškové difrakce, infračervené spektroskopie, chemické analýzy a vysokorozlišovací transmisní elektronové mikroskopie. Z analýz vyplývá, že hydratované halloysity jsou mineralogicky čistší než halloysity dehydratované. Typickými příměsemi ve vzorcích jsou kaolinit, křemen, cristobalit, alunit, gibbsit, v jednom případě i draselná slída. U všech vzorků byla také stanovena kationtová výměnná kapacita (CEC), která byla provedena metodou interakce vzorku s komplexem Ag-thiomočovina (AgTU). Koncentrace stříbra v roztoku před a po interakci byly stanoveny pomocí atomové absorpční spektrometrie (AAS). Hodnoty CEC závisejí výrazně na poměru pevné a kapalné fáze při reakci. Pro halloysity je proto třeba pracovat s poměrem P:K alespoň 1:20. Pro účely experimentů s porfyrinem byly nakonec vybrány dva čisté hydratované halloysity s nejvyšší CEC,...
Molekulární modelování podvojných vrstevnatých hydroxidů interkalovaných malými organickými anionty
Kovář, Petr ; Pospíšil, Miroslav (vedoucí práce)
Title: Molecularmodeling of layered double hydroxides intercalated with small organic anions Author: Petr Kovdr Department: Department of Chemical Physics and Optics Supervisor: RNDr. Miroslav Pospisil, Ph.D. Supervisor's e-mail address:pospisil@karlov.mff.cuni.cz Abstract: The samples of Zru-Al2 and Mg4-Al2 layered double hydroxides (LDHs) intercalated with benzoate anions and its derivatives (p-methylbenzoate and p-bromobenzoate) were prepared and characterized by powder X-ray diffraction, chemical analysis and thermogravimetry. The interlayer arrangement was calculated by molecular modeling combined with X-ray diffraction. Molecular mechanics and classical molecular dynamics were carried out in C&rius2 modeling environment. In the case of LDH intercalated with benzoate the guests adopt as the best a parquet arrangement in the interlayer space. The addition of CH3 groups and Br atoms in the p-positions of the benzoate ring causes a disorientation of the guests. The interlayer water molecules are located in the planes with COO"groups near the LDH layers. The strategy leading to solving of interlayer arrangement of LDH (LDH layers were kept as rigid units during the energy minimization and NVT statistical ensemble was used during the dynamics simulations) was successfully applicated in the case of LDH...
Studium elektronových přeskoků v systému konjugovaných molekul metodami kvantové mechaniky.
Fatková, Kateřina ; Pospíšil, Miroslav (vedoucí práce) ; Pittner, Jiří (oponent)
Tato práce používá již dříve vypracovanou metodiku pro simulace all-trans- polyenů s konjugovanými dvojnými vazbami od butadienu po dokosaundekaen. Systematicky zpracovává dynamické vlastnosti, zejména střední doby života prv- ních dvou excitovaných stavů. Ukázalo se, že pro výpočty polyenů s více než 20 uhlíky, a tedy i pro většinu karotenoidů, je tato metodika stále příliš časově ná- ročná. Proto byly na modelové molekule tetradekaheptaenu studovány důsledky zmenšování aktivního prostoru, a to zejména vliv na střední doby života exci- tovaných stavů těchto molekul. Pro novou méně časově náročnou metodiku, již by bylo možné použít na simulace karotenoidů, je potřeba ještě dalších simulací. Také byla studována statická spektra těchto molekul a výsledky různých DFT a ab-initio metod byly porovnány. 1

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 30 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
20 POSPÍŠIL, Martin
8 POSPÍŠIL, Miroslav
8 Pospíšil, Marek
20 Pospíšil, Martin
1 Pospíšil, Matyáš
5 Pospíšil, Matěj
1 Pospíšil, Michael
6 Pospíšil, Michal
17 Pospíšil, Milan
4 Pospíšil, Miloslav
1 Pospíšil, Miloš
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.