Original title: Počítačové modelování membránových proteinů
Translated title: Computational Modeling of Membrane Proteins
Authors: Šimko, Pavol ; Barvík, Ivan (advisor) ; Pospíšil, Miroslav (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2023
Language: slo
Abstract: [eng] [cze]
The present work deals with the application of steered molecular dynamics simulations on medically interesting biomolecular systems. At first, methods for determi- ning the free energy profile were tested on the (Ala)10 model system. Then we focused on determining the free energy profile for binding of a ligand to the adenosine A2A GPC receptor. We further studied the free energy profile associated with ion passage through the Gramicidin A ion channel. Finally, we applied this methodology to the TRPM2 ion channel. 1 Předkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1
Keywords: A2A adenosine receptor|TRP ion channels|Deca-alanine|Gramicidin A|Molecular dynamics simulations|Steered molecular dynamics; A2A adenosinový receptor|TRP iontové kanály|Deca-alanin|Gramicidin A|Molekulární dynamické simulace|Řízená molekulární dynamika

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/179545

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-521262


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses