Název: Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti
Překlad názvu: Platform for benchmarking efficiency of molecular similarities
Autoři: Patík, Vladimír ; Škoda, Petr (vedoucí práce) ; Krivák, Radoslav (oponent)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2017
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
V bakalářské práci jsem navrhl a vypracoval platformu pro testování ligand- based virtual screening (LBVS) metod, která umožňuje komunikaci pomocí webo- vých stránek, spouštění testů na infrastruktuře Metacentrum nebo vzdálených počítačích pro urychlení zpracování testů, přidávat vlastní datové sady a LBVS metody. K programu je přiloženo několik základních metod a z internetových zdrojů zmíněných v textu lze stáhnout dva balíky základních datových sad. Po- užiltenost platformy byla ověřena na dvou vzorových případech užití. Prvním byla replikace a ověření správnosti publikovaného experimentu. Druhým příkla- dem bylo porovnání metody založené na počtu atomů v molekule s metodami z knihovny RDKit. 1 In the bachelor thesis I designed and developed a platform for testing of the ligand-based virtual screening (LBVS) methods, which allows communication via web sites, running tests on the Metacentrum infrastructure or remote computers for speeding up the processing of tests, adding own data-sets and LBVS methods. Several basic methods are attached to the program and two packages of basic datasets can be downloaded from the Internet sources mentioned in the text. The use of the platform has been verified in two exemplary use cases. The first goal was to replicate and verify the accuracy of the published experiment. The second example was the comparison of method based on the count of atoms in molecule with the RDKit library methods. 1
Klíčová slova: benchmarkování; chemická informatika; ligand-based virtuální screening; molekulární podobnost; benchmarking; chemoinformatics; ligand-based virtual screening; molecular similarity

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/90450

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-365047


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce