|
|
Prediction of ligand binding sites from protein structure
Krivák, Radoslav ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent) ; Brezovský, Jan (oponent)
Predikce vazebních míst pro ligandy z proteinové struktury je základním problémem v oblasti strukturní bioinformatiky, který má mnoho aplikací souvisejících s objasňováním funkce proteinů a objevováním léků na základě struktury (tzv. rational drug design). Tato práce se nejprve zaměřila na aplikaci strojového učení na tento a související problémy. Druhým zaměřením byl vývoj prakticky použitelných nástrojů na základě našeho výzkumu. Mezi nástroje založené na strojovém učení vytvořené jako výsledek práce na této dizertaci patří metoda pocket re-scoring PRANK, samostatní metoda predikce vazebních míst pro lig- andy P2Rank (společně s rozšířeným webovým rozhraním PrankWeb) a metoda predikce vazebních míst pro peptidy P2Rank-Pept. Ukázali jsme, že naše metody jsou presnejší než dostupné nástroje a zároveň poskytují další výhody, jako je rychlost predikce a stabilita. Dále jsme vyvinuli AHoJ, flexibilní nástroj pro vyhledávání a zarovnání Apo-Holo proteinových párů v PDB. AHoJ to je ideální pro vytváření Apo-Holo datasetů, které mohou v budoucnu pomoci lépe evalu- ovat metody pro predikcy vazebních míst. 1
|
|
|
Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
Mikeš, Marek ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Krivák, Radoslav (oponent)
Práce vychází ze SW projektu Molpher, který vznikl jako klient-server aplikace pro hledání cesty v chemickém prostoru mezi dvěmi vstupními molekulami. Cílem diplomové práce bylo rozšířit funkcionalitu o techniku scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Bylo potřeba definovat několik úrovní granularity daných scaffoldů a pro každou úroveň morfovací operátory. Serverová část aplikace byla upravena, aby se neporušila silná paralelizace. Součástí práce je i experimentální ověření schopnosti nalezení cesty mezi dvojicí molekul s touto funkcionalitou a bez ní. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Web Based Issue Tracker
Krivák, Radoslav ; Poch, Tomáš (vedoucí práce) ; Libič, Peter (oponent)
Predložená práca sa zaoberá analýzou, návrhom a implementáciou issue tracking systému s webovým rozhraním. V úvode je vysvetlené, čo je to issue tracker a aké sú prínosy jeho nasadenia v organizácii alebo fi rme. Následne je navrhnuté nové riešenie, ktoré je popísané pomocou usecases. Práca prináša prehlad existujúcich technológií a postupov používaných pri vývoji webových aplikácií v jazyku Java. Je popísaná architektúra aplikácie a spôsob použitia jednotlivých technológií. Hlavnou časťou práce je implementácia samotnej aplikácie v jazyku Java za použitia technológií Struts2, Spring, Hibernate a Lucene.
|
|
|
Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti
Patík, Vladimír ; Škoda, Petr (vedoucí práce) ; Krivák, Radoslav (oponent)
V bakalářské práci jsem navrhl a vypracoval platformu pro testování ligand- based virtual screening (LBVS) metod, která umožňuje komunikaci pomocí webo- vých stránek, spouštění testů na infrastruktuře Metacentrum nebo vzdálených počítačích pro urychlení zpracování testů, přidávat vlastní datové sady a LBVS metody. K programu je přiloženo několik základních metod a z internetových zdrojů zmíněných v textu lze stáhnout dva balíky základních datových sad. Po- užiltenost platformy byla ověřena na dvou vzorových případech užití. Prvním byla replikace a ověření správnosti publikovaného experimentu. Druhým příkla- dem bylo porovnání metody založené na počtu atomů v molekule s metodami z knihovny RDKit. 1
|
|
|
Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
Mikeš, Marek ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Krivák, Radoslav (oponent)
Práce vychází ze SW projektu Molpher, který vznikl jako klient-server aplikace pro hledání cesty v chemickém prostoru mezi dvěmi vstupními molekulami. Cílem diplomové práce bylo rozšířit funkcionalitu o techniku scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Bylo potřeba definovat několik úrovní granularity daných scaffoldů a pro každou úroveň morfovací operátory. Serverová část aplikace byla upravena, aby se neporušila silná paralelizace. Součástí práce je i experimentální ověření schopnosti nalezení cesty mezi dvojicí molekul s touto funkcionalitou a bez ní. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Algorithms for protein-ligand binding site discovery
Krivák, Radoslav ; Neruda, Roman (vedoucí práce) ; Mráz, František (oponent)
Prakticky každý proces v živých organismech je zajišťován promocí proteinů. Proteiny vykonávají svoji funkci buď vázáním se na další proteiny (protein-protein interakce), nebo na malé molekuly, tzv. ligandy (protein-ligand interakce). Aktivní místa pro protein-ligand interakce jsou tzv. kapsy v proteinové struktuře, kam se může ligand navázat. Predikce těchto kapes je obyčejně prvním krokem ke studiu funkce daného proteinu a taky zákledem k strukturálně orientovanému vývoji léků. V této práci jsme udělali přehled existujících metod a představili naše vlastní vylepšení. Vyvynuli jsme novou funkci pro ranking kapes, která je založená na predikci ligandability (schopnosti vázat ligand) budu vňe kapsy jen na základě chemických a geometrických vlastnosí lokálního okolí daného bodu.
|
|
|
Web Based Issue Tracker
Krivák, Radoslav ; Libič, Peter (oponent) ; Poch, Tomáš (vedoucí práce)
Predložená práca sa zaoberá analýzou, návrhom a implementáciou issue tracking systému s webovým rozhraním. V úvode je vysvetlené, čo je to issue tracker a aké sú prínosy jeho nasadenia v organizácii alebo fi rme. Následne je navrhnuté nové riešenie, ktoré je popísané pomocou usecases. Práca prináša prehlad existujúcich technológií a postupov používaných pri vývoji webových aplikácií v jazyku Java. Je popísaná architektúra aplikácie a spôsob použitia jednotlivých technológií. Hlavnou časťou práce je implementácia samotnej aplikácie v jazyku Java za použitia technológií Struts2, Spring, Hibernate a Lucene.
|
host ::
RSS.