Název: Aplikace pro zarovnávání částí DNA
Překlad názvu: Application for Alignment of DNA Parts
Autoři: Kašpárek, Tomáš ; Žák, Jakub (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2012
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL. This thesis deals with DNA sequences alignment methods with focus on execution speed of given task and its optimality. The outcome of this thesis results in multiple programs, which presents DNA alignment algorithms and their versions programmed with OpenCL libraries, which are optimized on calculation rate. Text of this thesis apprises reader with DNA alignment problematic and its importance in biology. Further, algorithms for DNA alignment and options of their speed-up using libraries like CUDA or OpenCL are presented.
Klíčová slova: ATI Stream; bioinformatika; biologie; BLAST; Clustal; CUDA; DNA; genetika; MMX; Needleman-Wunsch; OpenCL; paralelismus; Smith-Waterman; SSE; zarovnání; alignment; ATI Stream; bioinformatics; biology; BLAST; Clustal; CUDA; DNA; genetics; MMX; Needleman-Wunsch; OpenCL; parallelism; Smith-Waterman; SSE

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/55153

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-238103


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce