Original title: Aplikace pro zarovnávání částí DNA
Translated title: Application for Alignment of DNA Parts
Authors: Kašpárek, Tomáš ; Žák, Jakub (referee) ; Rozman, Jaroslav (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2012
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL. This thesis deals with DNA sequences alignment methods with focus on execution speed of given task and its optimality. The outcome of this thesis results in multiple programs, which presents DNA alignment algorithms and their versions programmed with OpenCL libraries, which are optimized on calculation rate. Text of this thesis apprises reader with DNA alignment problematic and its importance in biology. Further, algorithms for DNA alignment and options of their speed-up using libraries like CUDA or OpenCL are presented.
Keywords: alignment; ATI Stream; bioinformatics; biology; BLAST; Clustal; CUDA; DNA; genetics; MMX; Needleman-Wunsch; OpenCL; parallelism; Smith-Waterman; SSE; ATI Stream; bioinformatika; biologie; BLAST; Clustal; CUDA; DNA; genetika; MMX; Needleman-Wunsch; OpenCL; paralelismus; Smith-Waterman; SSE; zarovnání

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/55153

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-238103


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses