|
|
Buněčné faktory potlačující v hostitelských buňkách infekci myším polyomavirem: Studie PML proteinových izoforem
Anderová, Karolína ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Promyelocytární leukemická jaderná tělíska (PML NBs) jsou multifunkční jaderné sférické struktury tvořené schránkou PML proteinů a dalšími interakčními partnery, které byly popsány v mnoha buněčných procesech i imunitní obraně. Při antivirové imunitní odpovědi působí PML NBs a jejich komponenty jako přímé restrikční faktory i v rámci regulace interferonové odpovědi. Viry zároveň vyvinuly antagonistické mechanismy, jak se této inhibici bránit. Tato práce se zabývá rolí PML NBs při infekci modelovým myším polyomavirem (MPyV) a zaměřuje se na studium izoforem PML proteinu. Prvním cílem práce byla analýza tvorby lidských (hPML) i myších (mPML) NBs v modelu myších embryonálních fibroblastů (MEF). Následně byla zjišťována lokalizace hPML i mPML NBs při infekci. Pro oba druhy byla pozorována lokalizace v těsné blízkosti center replikace virových genomů. V dalším kroku byl testován vliv infekce nebo interferonu α (IFNα) na expresi mPML proteinů. Infekce i ošetření IFNα vedlo k nárůstu exprese mPML na úrovni genové transkripce i syntézy proteinů. Data současně naznačovala největší zvýšení transkripce pro izoformu mPML3. Práce se dále zabývala potenciální restrikční rolí izoformy mPML2. Výsledná data nicméně nenaznačovala, že by nadprodukce mPML2 proteinu infekci signifikantně ovlivňovala. V poslední části...
|
|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
|
|
POSITIVE AND NEGATIVE HOST FACTORS OF AVIAN SARCOMA AND LEUKOSIS VIRUSES
Krchlíková, Veronika ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Růžek, Daniel (oponent) ; Španielová, Hana (oponent)
Identifikace a charakterizace hostitelských faktorů, které umožňují, nebo inhibují virovou replikaci, představuje významný směr ve virologickém výzkumu. V této práci se zaměřujeme na takovéto hostitelské faktory u ptačích buněk. Kuřecí Tva, receptor pro podskupiny A a K ptačích sarkomových a leukózových virů (avian sarcoma and leukosis virus, ASLV), byl určen jako ortolog lidského receptoru pro transport kobalaminu (cobalamin, Cbl). Zde popisujeme transport Cbl v kuřecích buňkách a jeho závislost na Tva. Dále charakterizujeme in vivo kuřecí knockout Tva. Kuřecí Tvb receptor zprostředkuje infekci ASLV podskupinami B, D a E. Již dříve byl prokázán jeho vliv na virem indukovaný cytopatický efekt. V této práci identifikujeme přirozený ligand Tvb a zkoumáme jeho účast v apoptóze. RIG-I-like receptory (RLR) jsou klíčová rodina cytosolových sensorů virové RNA. Jejich aktivace vede k ustavení protivirového stavu buňky. V této práci popisujeme opakované evoluční ztráty RLR genů u ptáků: ztrátu MDA5 u dvou řádů ptáků a ztrátu RIG-I u mnoha ptačích druhů. Tetherin je protivirový restrikční faktor blokující uvolňování nově vytvořených virových partikulí. Zde jsme identifikovali ortology tetherinu u ptáků a popsali protivirovou aktivitu proti ASLV u tetherinu z hrabavých ptáků (Galliformes). Dále jsme...
|
|
|
Vliv proteinu HBx viru hepatitidy B na aktivaci MEK1/2-ERK signalizace a inhibici IFN typu I v hepatocelulární linii Huh7
Berehovska, Olena ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Zábranský, Aleš (oponent)
Infekce virem hepatitidy B (HBV) je jednou z hlavních příčin chronického a nádorového onemocnění jater. Eliminace HBV z chronicky infikovaných pacientů monoterapií založené na rekombinantním interferonu α (IFNα) ukazuje, že mechanizmy přirozené imunity hrají důležitou roli při potlačení virové infekce. Mechanismy rozpoznávání genomu HBV a jeho úniku před mechanismy přirozené imunity jsou však stále málo známy. Jedním z principiálních faktorů umožňujících viru uniknout před buněčnými restrikčními mechanizmy je virový protein HBx. HBx je pleiotropní multifunkční protein složený ze 154 aminokyselin ovlivňující transkripci, přenos signálu, buněčný cyklus, degradaci proteinů, apoptózu a chromozomální stabilitu v hostitelské buňce. Předchozí výsledky z naší laboratoře ukázaly, že aktivace signální dráhy MEK1/2-ERK v plasmacytoidních dendritických buňkách vede k inhibici produkce IFNα. Cílem mojí práce bylo zjistit, zdali HBx aktivuje dráhu MEK1/2-ERK a inhibuje tím produkci IFN typu I rovněž v hepatocytech. K tomu účelu jsem sledovala tvorbu HBx v hepatomové linii Huh7 pomocí transfekce bicistronického plasmidu pHBx-IRES-EGFP a metody Western blot. Stejnou metodou jsem sledovala aktivaci signální dráhy MEK1/2-ERK pomocí fosforylace kinázy ERK. Moje výsledky ukazují, že maximum exprese HBx v buňkách Huh7...
|
|
|
Vnitrobuněčné restrikční faktory malých virů s DNA genomem
Anderová, Karolína ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Pokrývková, Barbora (oponent)
Tématem této práce je shrnutí poznatků o proteinových restrikčních faktorech, které se uplatňují v infikovaných buňkách při infekci malými viry s DNA genomem čeledí Hepadnaviridae, Parvoviridae, Polyomaviridae a Papillomaviridae. Do práce jsou zahrnuty jak restrikční faktory indukovatelné interferonem, tak faktory přirozené (intrinsic) imunity, produkované v buňkách konstitutivně. Zároveň jsou zmíněny mechanismy, jakými viry inhibiční účinky restrikčních faktorů překonávají. Jsou popsány faktory potlačující infekci viru Hepatitidy B jako PML jaderná tělíska a jejich komponenty, dále proteiny Smc5/6, SAMHD1, APOBEC, TRIM, ZAP a Tetherin. U čeledi Parvoviridae byly identifikovány jako restrikční faktory deaminázy APOBEC a PML protein. Při infekci viry čeledi Polyomaviridae byly prozatím popsány restrikční faktory FAM111A a SRSF1. Pro čeleď Papillomaviridae je diskutována restrikce PML jadernými tělísky a jejich složkou - proteinem Sp100, dále proteiny APOBEC, IFI16 a IFIT1. Klíčová slova: malé viry s DNA genomem, vnitrobuněčné rozpoznání (sensing) DNA, restrikční faktory, virové antagonistické mechanismy
|
|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
|
|
Interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanizmy přirozené imunity
Vávrová, Petra ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanismy přirozené imunity. Důraz bude kladen na srovnání role virových proteinů před a po exportu z infikované buňky. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude zohledněn vliv virových proteinů během akutní, chronické a okultní infekce.
|
|
|
Vliv restrikčních faktorů na replikaci viru hepatitidy B
Kunteová, Kateřina ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše vlivu buněčných restrikčních faktorů na replikaci viru hepatitidy B. Důraz bude kladen na srovnání vrozené a přirozené imunity a vlivu stejných nebo analogických restrikčních faktorů ovlivňujících replikaci virů HBV a HIV-1. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude rovněž zohledněn vliv restrikčních faktorů na replikaci a genovou expresi HBV při akutní, chronické a okultní infekci. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.