|
|
Meta-analýza kostních nádorových lézí v páteřních CT snímcích s využitím konvolučních neuronových sítí
Nantl, Ondřej ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím konvolučních neuronových sítí při meta-analýze kostních nádorových lézí v CT obrazových datech. Teoretická část pojednává o anatomii a patologii kostní tkáně, strojovém učení, popisuje funkci konvolučních neuronových sítí a shrnuje vybrané existující počítačově podpůrné metody pro detekci kostních nádorových lézí v obratlech. V praktické části byly různé typy modelů využívající konvoluční neuronové sítě implementovány a sítě byly trénovány na dostupném augmentovaném datasetu. Nakonec byly výsledky jednotlivých typů modelů statisticky vyhodnoceny, srovnány s dostupnými publikacemi a toto vše je diskutováno.
|
|
|
Charakterizace perinukleárních aktinových vláken a jejich funkce v buněčné migraci
Hlaváčková, Tereza ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Binarová, Pavla (oponent)
Fyziologické a patologické jevy jako je hojení ran, embryonální vývoj, imunitní odpověď nebo rozsev nádorových buněk primárního nádoru, úzce souvisí s buněčnou migrací. Tento děj je spojený s procesy polarizace buňky, translokace jádra a přestavby buněčného cytoskeletu. Významnou roli zde hraje aktinový cytoskelet. Součástí aktinového cytoskeletu, zatím s málo prozkoumanou funkcí, jsou perinukleární aktinová vlákna tvořící nad jádrem strukturu aktinové čepičky. Vlákna jsou nad jádrem asociována s LINC komplexem a přichycena na obou koncích fokálními adhezemi, čímž tvoří nad jádrem kopulovitou strukturu. Předpokládá se, že tato vlákna mohou generovat síly regulující pohyb jádra při buněčné migraci. Cílem práce bylo objasnění mechanizmu, který se podílí na přichycení perinukleárních aktinových k LINC komplexu a jádru a reguluje tak vznik perinukleární aktinové čepičky. Dalším cílem bylo zavedení metody pro kvantifikaci perinukleárních aktinových vláken pomocí nově vyvinutého digitálního nástroje. Pro experimenty byly využité potkaní fibroblasty, protože obsahují dobře vyvinutá perinukleární vlákna. Inaktivací genů pro specifické proteiny nespriny, které jsou součástí LINC komplexu, jsme chtěli lépe porozumět buněčné migraci s absencí perinukleární aktinové čepičky. Nicméně se ukázalo, že inaktivace...
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
| |
|
|
Úloha mitochondriálního dýchacího řetězce v invazivitě a metastázování nádorových buněk a možnosti terapeutických zásahů
Legátová, Anna ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Truksa, Jaroslav (oponent)
Mitochondriální dýchací řetězec, jinak nazývaný jako elektron transportní řetězec (ETC), má důležitou roli v klíčových vlastnostech nádorových buněk, jako je nekontrolovaná proliferace, metabolický posun z oxidační fosforylace (OXPHOS) na aerobní glykolýzu nebo schopnost metastázování. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o ETC a jeho vztahu k nádorům, a to především k invazivitě a tvorbě metastáz. Nejprve se zaobírá tzv. Warburgovým efektem a komplexitou metabolismu v nádorovém mikroprostředí. Následně ukazuje, jaký má aktivita OXPHOS vliv na invazivitu a metastázování nádorových buněk, a také poukazuje na souvislost mezi invazivitou a zvýšenou hladinou mitochondriálních reaktivních forem kyslíku generovaných díky ETC. Závěr je věnován možnostem využití inhibitorů ETC v protinádorové terapii.
|
|
|
Meta-analýza kostních nádorových lézí v páteřních CT snímcích s využitím konvolučních neuronových sítí
Nantl, Ondřej ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím konvolučních neuronových sítí při meta-analýze kostních nádorových lézí v CT obrazových datech. Teoretická část pojednává o anatomii a patologii kostní tkáně, strojovém učení, popisuje funkci konvolučních neuronových sítí a shrnuje vybrané existující počítačově podpůrné metody pro detekci kostních nádorových lézí v obratlech. V praktické části byly různé typy modelů využívající konvoluční neuronové sítě implementovány a sítě byly trénovány na dostupném augmentovaném datasetu. Nakonec byly výsledky jednotlivých typů modelů statisticky vyhodnoceny, srovnány s dostupnými publikacemi a toto vše je diskutováno.
|
|
|
The role of galectins in cancer cell invasiveness
Remišová, Michaela ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Kovář, Marek (oponent)
Galektiny jsou skupinou proteinů vázajících β-galaktozidázu, které mají mnoho funkcí ve všech druzích savčích buněk. V uplynulých letech se ukázalo, že galektiny, jmenovitě galektin-1 a galektin-3, mají důležitou roli v procesech nádorové progrese, včetně invazivity nádorových buněk, procesu nezbytného pro tvorbu metastáz. Jak extracelulární, tak intracelulární formy galektinů modifikují proces invazivity různými způsoby, a to interakcí s různými komponentami buňky nebo buněčných signalizačních drah. Cílem této bakalářské práce je shrnout mechanismy, kterými galektiny zvyšují invazivitu nádorových buněk. Klíčová slova: galektiny, galektin-1, galektin-3, invazivita, nádorová onemocnění, metastázy
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.