|
|
Benchmark of the Computational Tools for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stability
Berezný, Matej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
Protein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.
|
|
|
Barcoding společenstva makrozoobentosu Křesánovského potoka
PEJCHAROVÁ, Eliška
Molekulární genetické metody, mezi které se řadí i barcoding, jsou v posledních letech stále častěji a častěji využívány pro analýzu společenstev nejen makrozoobentosu. Morfologická determinace přesných druhů jepic, pošvatek či chrostíků v jejich larválním stádiu je náročná a vyžaduje množství času a znalostí. Analýza pomocí barcodingu může pomoci přesněji zařadit sporné druhy. Cílem této diplomové práce je pomocí metody barcodingu determinovat vybrané zástupce makrozoobentosu a ověřit morfologickou determinaci zástupců makrozoobentosu. Sledovanou lokalitou je Křesánovský potok v jižních Čechách. Z odebraných vzorků byla extrahována dna a s pomocí mitochondriálního genu CO1 a primerových párů LCO1490, HCO2198 a jgLOC1490 a jgHCO2198 byly vytvořeny sekvence které byly testovány v programu BLAST. Byly získány nejpodobnější sekvence z veřejně dostupných databází a následně byl jejich porovnáním určen přesný druh. Celkem bylo studováno 57 vzorků z nichž bylo morfologicky určeno 29 druhů (šest druhů pošvatek osm druhů jepic, sedm druhů chrostíků, tři zástupce brouků, čtyři druhy dvoukřídlých a jeden druh blešivce) a barcodingem 30 druhů (11 druhů jepic, osm druhů pošvatek, pět druhů chrostíků, dva druhy dvoukřídlých, tři druhy brouků a jeden druh blešivce). Morfologická determinace byla úspěšná v 63 % případů. U jepic byla úspěšnost 74 %, u pošvatek 67 %, u chrostíků 33 % a u dvoukřídlých 25 %. Zástupce blešivců byl morfologicky určen správně. Barcoding se jeví jako vhodná metoda pro studium makrozoobentosu a vynikající doplněk k morfologické analýze vzorků. Má však svá omezení a není vhodné jej uvažovat jako jedinou metodu při determinaci vzorků makrozoobentosu.
|
|
|
Modulátor s rozprostřeným spektrem
Lejsková, Alena ; Kováč, Michal (oponent) ; Maršálek, Roman (vedoucí práce)
Práce se zabývá metodou rozprostření spektra datových signálů určených k přenosu rádiovým kanálem. Existují tři různé způsoby aplikace rozprostírání, k jejich realizaci se využívají tzv. pseudonáhodné posloupnosti, nebo také vzájemně ortogonální posloupnosti. V těchto systémech nalezneme uplatnění řady modulací, z nichž jedna z nich (čtyřstavové fázové klíčování) je uvedena na konci práce. Metoda rozprostírání tvoří také základ ortogonálního multiplexu OFDM. Cílem práce je seznámení s principem metody rozprostírání spektra a popis systémů, vysílačů a přijímačů, které pracují na základě této metody.
|
|
|
Analýza scény založená na 2D obrazech
Hejtmánek, Martin ; Drahanský, Martin (oponent) ; Orság, Filip (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou povrchu objektů v jednoduché scéně reprezentované dvourozměrným obrazem. Shrnuje běžně používané metody v tomto oboru informačních technologií a popisuje jejich výhody a nevýhody. Na základě získaných znalostí a zkušeností představuje vlastní návrh algoritmu pro analýzu povrchu objektů založený na světelné informaci. Obsahuje podrobný popis algoritmu implementovaného v rámci této práce a diskutuje výsledky provedených experimentů. Na základě zkušeností s implementovaným algoritmem navrhuje možné předpoklady pro jeho další vylepšení.
|
|
|
Bioinformatika lidského genomu
Kupková, Karolína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá úseky DNA obsahujícími pouze adenin a guanin. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a o konformacích řetězců obsahujících adenin s guaninem. Praktickou část tvoří program, který vyhledá požadované úseky v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných pro člověka a šimpanze, které byly zkoumány pro stanovení náhodnosti, funkčnosti a konzervovanosti těchto úseků.
|
|
| |
|
|
Algoritmické generování estetických rytmických sekvencí
Mahnert, Jakub ; Klepárník, Petr (oponent) ; Beran, Vítězslav (vedoucí práce)
Cílem projektu je navrhnout a implementovat systém, který se snaží potvrdit, nebo vyloučit domněnku, že je možné generovat unikátní rytmické sekvence, které člověk vnímá jako estetické. V práci je potom navržen a implementován framework, umožňující tvorbu algoritmů, generujících rytmické sekvence technikou kompozice. V jeho rámci jsou potom navrženy a implementovány algoritmy, zkoumající v uživatelském testování korelaci pravidelnosti formy a vlivů náhody na výslednou míru estetičnosti sekvence.
|
|
|
Hledání nejkratších cest grafem
Jágr, Petr ; Ohlídal, Miloš (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je hledání, porovnání, úprava a implementace vhodných grafových algoritmů vedoucích k nalezení všech nejkratších cest mezi všemi dvojicemi vrcholů v neorientovaných grafech. Pro tento účel jsou využity modifikace již existujících algoritmů a jejich fragmentů tak, aby bylo docíleno co možná nejnižší časové náročnosti výpočtu. Porovnáme si Dijkstrův, Floyd-Warshallův a Bellman-Fordův algoritmus.
|
|
|
Měření aktuální rychlosti vozidla
Štencel, Jakub ; Petyovský, Petr (oponent) ; Horák, Karel (vedoucí práce)
V teoretické části této práce jsou shrnuty metody pro analýzu pohybu v obraze. Podrobněji jsou rozebrány metody, které slouží pro detekci pohybu v obrazových sekvencích. Praktická část je zaměřena na nalezení významných bodů v obraze (zaměřovacích terčíků na karoserii vozidla), díky kterým je následně vypočítána rychlost vozidla.
|
|
|
Sestavování fragmentů DNA
Paulenda, Ján ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zaobírá problematikou sestavování fragmentů DNA. Problém je převeden na problém sestrojení nejkratšího superřetězce. V rámci teoretického řešení jsou popsány různé sestavovací techniky a metody porovnávání textových řeťezců. Práce se dál v širším kontextu zaobírá jazykem Perl, který byl použit při implementaci daného problému. Závěr práce obsahuje statistiky testů implementovaného řešení.
|
host ::
RSS.