|
|
Tiplíci jako přenašeči infekčních onemocnění a jejich výskyt na území ČR
Galková, Zdeňka ; Votýpka, Jan (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Tiplíci (rod Culicoides) jsou drobný krevsající hmyz (Diptera) patřící do čeledi Ceratopogonidae. Vyskytují se po celém světě a jsou známí zejména pro svůj medicínský a veterinární význam. Působí jako trapiči a přenašeči onemocnění člověka i hospodářských zvířat. V současné době představují tito dvoukřídlí aktuální problém v souvislosti s šířením onemocnění zvaném katarální horečka ovcí, působeného Bluetongue virem a přenášeného tiplíky. Toto onemocnění se od roku 2006 rozšířilo v podstatě po celé Evropě včetně ČR, kde byl první případ zaznamenán na podzim roku 2007. Na území ČR probíhá od roku 2008 monitoring přenašečů a tato práce shrnuje výsledky tohoto projektu za první dva roky. Během let 2008 a 2009 bylo odchyceno cca 200 tisíc jedinců rodu Culicoides náležící ke 31 druhům, z nichž 3 druhy nebyly doposud na území ČR zaznamenány. Dále proběhla detekce patogenů tiplíků, která u nich potvrdila výskyt jednohostitelských trypanosomatid z rodů Herpetomonas, Crithidia a Wallaceina a několika druhů vícehostitelských trypanosomatid (rod Trypanosoma). Zároveň byli v tiplících zaznamenáni zástupci parazitických červů (Mermithidae). Okrajově jsme se zaměřili i na parazity koutulí (podčeleď Psychodinae), u nichž jsme detekovali zástupce jednohostitelských trypanosomatid a parazitických nálevníků. KLÍČOVÁ...
|
|
|
Whole-genome analysis of the house mouse hybrid zone
Janoušek, Václav ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent) ; Chan, Yingguang Frank (oponent)
Hybridní zóny poskytují cennou příležitost ke studiu procesu speciace v reálném čase. Dochází zde k porušení genovych interakcí a následnému vzniku reprodukční izolace v důsledku kontaktu předem netestovanych kombinací genů pocházejících z divergujících populací. Dva druhy myší (Mus musculus musculus/Mus musculus domesticus) tvoří napříč střední Evropou úzkou zónu sekundárního kontaktu, která, jak se předpokládá, je udržována prostřednictvím rovnováhy mezi selekcí hybridů se sníženym fitness a disperzí jedinců. V průběhu mého PhD studia jsem spolu s mymi kolegy používal set asi 1400 SNP markerů ke studiu celogenomové introgrese napříč dvěma/třema transekty v hybridní zóně myši domácí. Naším cílem bylo identifikovat genomové oblasti obsahujících geny potenciálně způsobující reprodukční izolaci mezi dvěma poddruhy myši domácí, charakterizovat jejich rozložení v myším genomu a charakterizovat vlastnosti genomu typické pro tyto regiony. Náš vyzkum potvrdil na celogenomové škále vyznamnost chromozomu X při evoluci reprodukční izolace. Tento chromozom vykazoval introgresi odpovídající silné negativní epistázy a tato introgrese byla konzistentní mezi oběma studovanymi transekty, což poukazuje na společny geneticky základ reprodukční izolace mezi rozdílnymi oběma transekty. Na rozdíl od chromozomu X...
|
|
| |
|
|
Poziční klonování genu Hst1 (Hybrid sterility 1) a molekulární analýza jeho kandidátních genů
Mihola, Ondřej ; Trachtulec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Pravenec, Michal (oponent)
Souhrnpub|ikací 1. PozičníklonovánígenuHsÍí(Hybridsterility1):jemné genetickémapovánía zhodnoceníkandidaturyvybraných kandidátníchgenů Gíle:Konstrukcefyziká|nímapyHsťíkandidátníob|astipomocíBAC k|onů. lso|ace nouýchgenetickýchmarkerů,pomocíkteých by by|o moŽnézúŽítHst1 kandidátníob|ast.Mým úkolemby|oověřeníkandidaturydvou vybranýchgenů z Hsťíob|asti'u kteýchby|azaznamenánazuýšenáexpreseve spermatogenezi. Metody: BAC (BacterialArtificialChromosome)klonypokýající HsÍíob|ast by|yisoloványz knihovnyBAC k|onůnatečkovanéna ny|ovovémembránypomocí hybridizaces radioaktivněznačenýmipróbami. Ke zmapováníiso|ovanýchBAC k|onůby|opouŽitoPCR amplifikujícícelkemosmznámých|okusůroz|oŽenýchpodé| ce|éHsťíob|asti.K|ony|emujícíHsťíob|astbylysubk|onoványa náhodněvybrané Úsekysekvenovány.Nově na|ezenémikrosatelitovémarkery,amp|ifikovanépomocí PCR a po|ymorfnímezi kmeny B10 a C3H' by|y pouŽityk mapováníHsfí na zvířatechze zpětnéhokříŽení.A||e|ickéC3H varianý genůlbp a Psmb1 by|y získány sekvenovánímPCR produktůamp|ifikovanýchz C3H cDNA knihovny. Kvantifikacetranskriptůobou genů byla provedena pomocí iso|ace RNA z patnáctidenníchferti|nícha steri|níchhybridů'jejím přepsánímdo cDNA a nás|ednýmPCR v reá|némčase. Výs|edky:V procesu pozičníhok|onovánígenu HsÍí by|a zkonstruována tyziká|nímapapomocíBAC k|onů'stabi|nějšícha...
|
|
|
Hybridní původ bobrů ve střední Evropě
Albrechtová, Alena ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce se zabývá původem našich populací a studiem genetické variability populací bobra evropského (Castor fiber) na většině jeho areálu rozšíření. Podařilo se nám shromáždit vzorky DNA z našich populací, reintrodukované populace z ruské Kirovské oblasti a všech evropských a asijských refugií. V 19. století byl bobr evropský vinou přílišného lovu téměř vyhuben na celém území Eurasie. Toto kritické období přečkal jen v osmi refugiálních oblastech. V této době už přežívalo jen asi 1 200 jedinců. Díky ochraně a reintrodukcím se do dnešní doby populační stavy opět výrazně zvýšily na více než 640 000 jedinců. Je tedy evidentní, že populace bobra prošly výrazným snížením stavů (bottleneckem). Na našem území byli bobři v 18. století zcela vyhubeni. Díky migraci ze sousedních států a reintrodukčním programům se k nám však začínají od 80. let 20. století vracet. O původu bobrů v České republice se toho příliš nevědělo. Ukázalo se, že se na našem území vyskytují jedinci francouzského, německého, norského a východoevropského původu. U žádného českého bobra nebyla objevena sekvence kanadských bobrů. Studiem mikrosatelitových lokusů (u evropského bobra byly použity poprvé) a kontrolní oblasti mitochondriální DNA jsem zjistila velké diference mezi jednotlivými populacemi. Celková variabilita těchto genetických...
|
|
|
The impact of geography and subsistence on distribution of NRY haplogroups in Europe and Africa
Nováčková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Chromozóm Y je v dôsledku špecifických vlastnosti ideálnym nástrojom archeogenetických štúdií. Jeho diverzita je ovplyvnená viacerými faktormi a dvom z nich (geografická poloha a spôsob života) sa venuje aj táto dizertačná práca, ktorá bola založená na analýze SNP a STR lókusov vzoriek pochádzajúcich zo Slovenska (156 vzoriek, 5 oblasti) a subsaharskej Afriky, kde boli zastúpené populácie praktikujúce usadlý farmársky (481 vzoriek, 18 oblasti) a kočovný pastiersky (405 vzoriek, 16 oblasti) spôsob života. Slovensko leží v mieste stretu dvoch migračných vĺn. Jedna sa šírila z oblasti dnešnej Ukrajiny smerom na západ a súvisí s rozšírením haploskupiny R1a v Európe a druhá šla z oblasti Pyrenejského poloostrova smerom na východ a je dávaná do súvislosti s rozšírením haploskupiny R1b. Výsledky MDS grafu kopírujú geografickú mapu Európy, kde vzorky zo Slovenska ležia medzi ruskými, balkánskymi a pyrenejskými vzorkami. Závislosť medzi genetickými a geografickými vzdialenosťami bola preukázaná aj hierarchickou AMOVOU a Mantelovými testami. V oblasti subsaharskej Afriky vedľa seba žijú populácie, ktoré sa líšia typom životnej subsistencie a tento ich odlišný spôsob života sa odráža aj v diverzite chromozómu Y. Kočovné pastierske a usadlé farmárske populácie sa líšia zastúpením haploskupín chromozómu Y,...
|
|
|
Příprava mikrosatelitových markerů pro studium koroptve polní (Perdix perdix)
Vaněčková, Dominika ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Burri, Marta (oponent)
Cílem mé práce byla konstrukce setu mikrosatelitových markerů pro koroptev polní (Perdix perdix). Podařilo se mi vyizolovat sedm nových mikrosatelitů specifických pro tento druh a další lokusy jsem pak převzala od blízce příbuzných druhů ze třídy hrabavých (Galliformes). Celkově jsem tak získala set 18ti lokusů, který jsem následně použila k otestování charakteristik populační struktury tří studovaných populací koroptví ze Stodůlek, Písecka a Milešína. Analýza ukázala jasnou strukturovanost populací a překvapivě malé (menší než 100) efektivní populační velikosti. Vybraných sedm mikrosatelitových lokusů jsem pak použila k provedení analýzy paternity u vybraného vzorku hnízd. V některých hnízdech se mi skutečně podařilo nalézt důkaz o existenci mimopárové paternity u tohoto domněle monogamního kura. Na závěr jsem na základě sekvenace kontrolní oblasti mitochondriální DNA několika vzorků z každé z populací dospěla k názoru, že studované populace koroptví náleží k západní linii mitochondriální DNA.
|
|
|
Haemoproteus u pěvců: prevalence a dynamika infekce
Chalupová, Barbora ; Svobodová, Milena (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Rody Haemoproteus a Plasmodium jsou kosmopolitně rozšířené rody krevních parazitů z kmene Apicomplexa. Oba tyto rody mají dvouhostitelský životní cyklus a jejich definitivním hostitelem jsou zástupci řádu Diptera. Oba se vyskytují u ptáků, ve kterých probíhá asexuální množení. Infekce rody Haemoproteus a Plasmodium jsou většinou asymptomatické, v ptácích dlouhodobě přetrvává latentní fáze, během které může docházet k relapsům infekce. Během sezon 2017-2019 bylo v Milovickém lese získáno 1 092 krevních vzorků ze 29 odchycených druhů pěvců. Parazité byli detekováni u 48 % jedinců. Prevalence rodu Plasmodium byla 16 %, prevalence rodu Haemoproteus 22 % a u 10 % pozitivních vzorků nebylo možné určit linii parazita. Bylo nalezeno šest nových linií rodu Haemoproteus, pracovně pojmenovaných Haemoproteus sp. linie coccoc_1, coccoc_2, coccoc_3, coccoc_4, embcit, fricoe jejichž celková prevalence byla 14 %. Nejčastější linie Haemoproteus sp. coccoc_1 dosáhla prevalence 12 %. Druhým nejčastějším zaznamenaným druhem bylo Plasmodium relictum klon Peng14-121Br2AF a izolát Cc_P1, které dosáhlo prevalence 13 %. Dynamika infekce rodů Haemoproteus a Plasmodium byla studována u vzorků získaných v letech 2014-2019. Mezisezónně bylo vyšetřeno 40 jedinců, v rámci sezóny bylo vyšetřeno 27 jedinců. Tři jedinci byli...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.