|
| |
|
|
Maternální a fetální mikrochimérismus.
Hynková, Marie ; Tlapáková, Tereza (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
Mikrochimérismus je definován jako přítomnost malého množství geneticky odlišných buněk v těle člověka. Nejčastěji vzniká během těhotenství a kojení, dále také krevní transfuzí a transplantací. Během těhotenství dochází k obousměrné transplacentární migraci buněk mezi matkou a dítětem. Buňky přenesené v průběhu těhotenství a kojení, mohou přetrvávat v organismu dítěte až do dospělosti. Prostřednictvím mateřského mléka je během kojení do těla dítěte přenášeno velké množství imunitních buněk, které dítě chrání před patogeny a podílí se na modulaci jeho imunitního systému. Fetální buňky přetrvávají v organismu matky až několik desítek let a mohou mít dlouhodobý vliv na její zdravotní stav. Mohou se účastnit obnovy poškozených tkání matky, ale také přispět ke vzniku závažných autoimunitních onemocnění.
|
|
|
Současné metody analýzy genomu a jejich využití v hledání genetických příčin nemocí
Stránecký, Viktor ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Kleibl, Zdeněk (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Studium vzácných onemocnění je vhodným přístupem pro nalezení genetické a molekulární podstaty lidských znaků a výrazně napomohlo k identifikaci genů, objasnění jejich funkce a přispělo k charakterizaci funkce metabolických drah a buněčných procesů. V průběhu posledních 30-ti let byla vazebná analýza nejúspěšnějším přístupem k hledání genů podmiňujících Mendelovská onemocnění a přispěla k identifikaci řady genů, přesto podstata mnohých onemocnění zůstává stále neznámá. Nové metody studia lidského genomu, zejména technologie DNA čipů, masivně paralelní sekvenování (next generation sequencing) a metody analýzy takto získaných dat, představují způsob jak efektivně identifikovat příčinu geneticky podmíněných onemocnění na základě přímého pozorování mutací v celém genomu postižených jedinců. Tyto metody nahrazují tradiční způsob identifikace genů reprezentovaný vazebnou analýzou a sekvenovaním kandidátních genů a stávající se standardním přístupem pro objasnění molekulární podstaty onemocnění. V této práci popisuji možnosti studia vzácných genetických podmíněných onemocnění a výsledky dosažené s využitím těchto postupů - identifikaci genů podmiňujících mukopolysacharidózu typ IIIC (TMEM76), izolovaný defekt ATP syntázy (TMEM70), Rotorův syndrom (SLCO1B3 a SLCO1B1), autozomálně dominantní ANCL (DNAJC5) a...
|
|
|
Cellular and molecular mechanisms of naive T-cell priming
Kramářová, Ilona ; Musil, Jan (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
Priming T-lymfocytů je komplikovaný signalizační proces zahrnující několik úrovní molekulární a časoprostorové regulace. To, zda je zahájena TCR signalizace, závisí na signalizačním prahu TCR, který je pravděpodobně nastaven pomocí molekul CD5 a CD6 během vývoje T-lymfocytů v thymu. Vlastní TCR signalizace ("Signal 1") zahrnuje několik drah, které vedou k produkci hlavních prozánětlivých transkripčních faktorů - NF-κB, NFAT a AP-1. Tyto transkripční faktory se účastní transkripce prozánětlivých cytokinů, z nichž nejdůležitější roli hraje IL-2. Molekulární úroveň primingu T-lymfocytů zahrnuje signalizaci z kostimulačních receptorů CD28, CD27 a HVEM, které jsou lokalizovány v imunologické synapsi. Signální dráhy kostimulačních molekul a TCR sdílejí významnou část signálních molekul, což zajišťuje, že aktivita kostimulačních molekul TCR signalizaci zesiluje. Krátce po aktivaci T-lymfocytů je zvýšena exprese koinhibičních molekul CTLA-4 a PD-1, které naopak TCR signalizaci a signalizaci z kostimulačních molekul tlumí. Souhra mezi kostimulačními a koinhibičními molekulami představuje "Signal 2", který je zodpovědný za další šíření signálu během T-lymfocytové signalizace. Klíčová slova priming T-lymfocytů, TCR signalizace, kostimulace T-lymfocytů, koinhibice T-lymfocytů, TCR signalizační práh,...
|
|
|
Využití nových metod analýzy genomu ve studiu molekulární podstaty vzácných geneticky podmíněných onemocnění.
Přistoupilová, Anna ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Sedláček, Zdeněk (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Vzácná onemocnění představují heterogenní skupinu více než ~7000 různých onemocnění, která postihují 3,5-5,9 % celosvětové populace. Většina vzácných onemocnění je genetických, ale kauzální geny jsou známy jen u některých z nich. Řada pacientů se vzácným onemocněním zůstává bez diagnózy, která je klíčová pro genetické poradenství, prevenci a léčbu. S rozvojem nových metod analýzy genomu, klesající cenou sekvenování a rostoucími znalostmi o lidském genomu byl nastolen nový koncept identifikace onemocnění podmiňujících genů, založený na porovnávání genetické variability pacienta s genetickou variabilitou běžné populace. Tato disertační práce popisuje nové metody sekvenace genomu (NGS), bioinformatickou analýzu získaných dat a jejich využití ve studiu molekulární podstaty vzácných, geneticky podmíněných onemocnění. Tyto postupy vedly k určení a charakterizaci kauzálních genů a genových mutací u autosomálně dominantního tubulointersticiálního onemocnění ledvin (SEC61A1, MUC1), autosomálně dominantní neuronální ceroidní lipofuscinózy (CLN6, DNAJC5), neurodegenerativního onemocnění neznámé etiologie (VPS15), Akadské varianty Fanconiho syndromu (NDUFAF6) a spinální svalové atrofie (SMN1). Zavedením nových metod analýzy genomu se zvýšila diagnostická výtěžnost vzácných onemocnění z původního 1 % na 50 %....
|
|
|
NK buňky a KIR receptory: jejich význam v transplantacích hematopoetických kmenových buněk u leukemií
Ledvinková, Anna ; Vraná, Milena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
NK buňky a KIR receptory: jejich význam v transplantacích hematopoetických kmenových buněk u leukemií Abstrakt Tato bakalářská práce pojednává o významu NK (natural killer) buněk u leukémií. Je zaměřena na strukturu a reaktivitu NK buněk, a především pak na transmembránové KIR receptory (killer cell immunoglobuline-like receptors) NK buněk, které hrají důležitou roli v likvidaci leukemických buněk (reakci štěpu proti leukemii, GvL) a tedy v celkové prognóze nemoci. Aktivační a inhibiční receptory KIR svou kooperací řídí cytotoxickou aktivitu NK buněk. Typizací genů pro KIR receptory u dárců hematopoetických kmenových buněk tak lze předpovědět úspěšnost léčby. Vyšetření genů KIR se využívá především u pacientů diagnostikovaných akutní myeloidní leukémií. Klíčová slova: KIR receptor, NK buňky, transplantace hematopoetických kmenových buněk, HSCT, leukémie, donor, recipient
|
|
|
Úloha buněčného prionového proteinu v buňkách imunitního systému
Havlík, Martin ; Holada, Karel (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Prionový protein (PrPC) je spojen především s původem transmisivních spongiformních encefalopatií (TSE), smrtelných onemocnění, jejichž molekulární podstatou je konverze buněčné formy proteinu PrPC na infekční formu PrPTSE. Ta je odolná vůči proteázám a běžným dekontaminačním metodám, hromadí se v tkáních a způsobuje degenerativní poškození centrální nervové soustavy. Potenciální fyziologická funkce PrPC v buňkách organismů zůstává nejasná, i když výzkumu tohoto tématu bylo v posledních letech věnováno značné úsilí. Exprese PrPC byla detekována především v nervových buňkách, vysoké hladiny proteinu se však vyskytují i v různých buňkách imunitního systému. Zatímco některé imunokompetentní buňky byly již široce zkoumány, jiné zůstávají z hlediska funkce PrPC nepoznány. PrPC zřejmě hraje roli při diferenciaci a aktivaci řady typů imunitních buněk, podílí se na regulaci produkce cytokinů a dalších imunitních procesů, ovlivňuje růst populace CD4+ T-buněk a také utváření sekundárních lymfatických orgánů. V této bakalářské práci byly shrnuty dosavadní poznatky z oblasti výzkumu úlohy PrPC v imunitních buňkách, jež je důležitý i z hlediska výzkumu diagnostiky a léčby prionových chorob. Klíčová slova: prionový protein, PrPC, PrPTSE, prionové choroby, imunitní systém, imunokompetentní buňky, fagocyty,...
|
|
| |
|
|
Uspořádání genů v genomech eukaryot: analýza s využitím sekvenačních genových expresních dat
Divina, Petr ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Mokrejš, Martin (oponent)
ZÁVĚRY 61 6. ZÁVĚRY 6.1. Analýza genů exprimovaných v myším varleti a jejich uspořádání v genomu Pomocí expresního profilování metodou SAGE (sériová analýza genové exprese) byl vytvořen katalog genů exprimovaných ve varleti dospělých myší. Byly identifikovány poziční klastry genů na chromosomech obsahující geny s preferenční expresí ve varleti. Tyto klastry obsahovaly signifikantně vyšší počet genů než v náhodně vygenerovaných genomech. Geny specificky exprimované v somatických buňkách myšího varlete byly signifikantně obohacené na chromosomu X, což podporuje teorii o hromadění genů preferenčně exprimovaných v samčích tkáních na chromosomu X. Geny exprimované z chromosomu X byly ochuzené v transkriptomu celého myšího varlete, což je v souladu s představou o inaktivaci chromosomu X během prvního meiotického dělení. Byla vytvořena veřejně přístupná internetová databáze Mouse SAGE Site, která shromažďuje expresní data z myších tkání a buněčných liniích vytvořená pomocí metody SAGE. 6.2. Genový obsah chromosomu Z kura domácího Chromosom Z kura domácího byl signifikantně obohacený o geny preferenčně exprimované v samčím mozku. ZÁVĚRY 62 Geny s preferenční expresí v samičím mozku vykazovaly náznak ochuzení na chromosomu Z. Podobně, geny specificky exprimované ve vaječnících byly na chromosomu Z...
|
|
|
Metagenomické profilování mikrobiálních společenstev
Rídl, Jakub ; Pačes, Jan (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Novák, Petr (oponent)
Metody molekulární biologie umožňují studium mikrobiální diverzity a analýzu genů kódujících procesy a biochemické dráhy jednotlivých mikroorganismů a celých mikrobiálních společenstev. K tomu zásadně přispěl vývoj technologií masivně paralelního sekvenování DNA. Tyto metody rozšířily možnosti zkoumání diverzity od studia jednotlivých genomů modelových a v laboratoři kultivovatelných mikroorganismů přes jednoduché komunity v extrémním prostředí až k výzkumům komplexních mikrobiálních konsorcií. Tento experimentální přístup je založen na analýze celého metagenomu. Pozornost je věnována ekosystémům negativně ovlivněným lidskou aktivitou, kde mikroorganismy dokáží nejen přežít, ale také adaptovat metabolismus k využívání a odbourávání látek toxických pro vyšší organismy. Příkladem je bakterie Achromobacter xylosoxidans A8 izolovaná z půdy kontaminované toxickými chlorbenzoáty. Sekvenace a analýza genomu Achromobacter xylosoxidans A8 umožnila studium genů kódujících enzymy zapojené do degradace chlorbenzoátů v kontextu kompletní genetické informace. V extrémně kyselém prostředí bývalého dolu ve Zlatých Horách (Česká republika) vznikají zajímavé útvary bakteriálního biofilmu, želatinové stalaktity. Ty jsou tvořené jednou z taxonomicky nejjednodušších komunit s majoritním zastoupením dvou bakterií rodu Ferrovum a...
|
host ::
RSS.