|
|
Normality test of the gene expression data
Shokirov, Bobosharif ; Klebanov, Lev (vedoucí práce) ; Hušková, Marie (oponent) ; Kalina, Jan (oponent)
Tato práce se zabývá testování normality dat genové exprese. Na základě charakterizacni věty normální rozdělení test normalnosti je nahrazen testem sférické stejnoměrnosti. Vzhledem k silné korelace mezi dat genové exprese, test normalnosty se provádí aplikací $ \delta $ sekvencí. Je dokazano nová charakterizacni věta normálního rozdělení, a na základě toho, test normalnosti se provádí pouzitim Kolmogorovuv test. Získané charakterizacni výsledky pro normální rozdělení jsou rozšířeny do kompletneho typu rozdělení, a na zaklade toho testováno, zda že rozdělení dvou datových souborů genové exprese patří do stejného typu. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Bakteriální buňka musí umět rychle měnit svou genovou expresi, aby přežila nestálé okolní podmínky. Nejvýznamnější úrovní, na které dochází ke změnám genové exprese, je transkripce. Klíčovým enzymem transkripce je RNA polymeráza (RNAP), která je regulována transkripčními faktory (TF). Tyto faktory působí na RNAP různými způsoby. V této práci je vytvořen přehled různých bílkovin a jiných faktorů, vlivu jejich funkce na transkripci a mechanismy jejich účinku. Faktory se dají rozdělit podle mnoha kritérií. Hlavním kritériem, podle kterého je sepsána i tato práce, je způsob interakce s RNAP: TF dělíme podle toho, zda se vážou jen na RNAP, nebo vážou DNA a RNAP, nebo interagují s RNA a RNAP. Tato práce přináší ucelený pohled na různé TF, kombinací jejichž působení může bakteriální buňka vytvářet přesnou a žádoucí odpověď genové exprese na změny vyvolané vnějším prostředím.
|
|
|
The effect of 6S-like RNAs on physiological differentiation of Streptomyces coelicolor
Burýšková, Barbora ; Bobek, Jan (vedoucí práce) ; Branny, Pavel (oponent)
Rozmanitost bakterií a jejich genomů může zapříčinit konzervaci funkčních molekulárních motivů na úrovni strukturní místo konzervace na úrovni sekvencí. V případě regulační 6S RNA byly nalezeny sekvenční homology u více než sta bakteriálních druhů. U bakterií rodu Strepomyces však nebyl nalezen žádný. Jedinečný genom těchto bakterií, důležitých pro svou schopnost produkce antibiotik, má vysoký obsah G-C párů bází a je představitelem unikátních genomů fylogeneticky staré větve Aktinobakterií. Funkce nekódující 6S RNA je dána její sekundární strukturou. 6S RNA svou strukturou napodobují cílové promotorové sekvence a vychytávají tak sigma faktory, které jsou součástí transkripčního aparátu. Tímto napomáhají přepínání souborů exprimovaných genů během vývojových přechodů. Pomocí porovnání in silico predikovaných sekundárních struktur známých 6S RNA byl vytvořen počítačový model, který predikoval 6S-like RNA u Streptomycet. Cílem této práce bylo ověřit expresi těchto 6S-like RNA predikovaných u Streptomyces coelicolor pomocí RT-PCR a RNA koimunoprecipitace (RNA CoIP). Výsledkem této práce je detekce šesti nových ncRNA transkriptů, které by mohly být homology 6S RNA u Streptomycet. Tato zjištění rovněz potvrdila in silico predikční metodu, kterou byly nalezeny nekóducíjí bakteriální RNA na základě...
|
|
|
Sporadické buňky v diagnostice a monitoraci gynekologických onemocnění
Kiss, Imrich ; Bobek, Vladimír (vedoucí práce) ; Špaček, Jiří (oponent) ; Klézl, Petr (oponent)
V posledních dvou desetiletích je významná snaha nalézt neinvazivní markery v diagnostice, predikci a monitorování účinnosti terapie maligních onemocnění. Cirkulující nádorové buňky (CTC) mají možnost splnit všechny tyto kritéria. Monotematická práce se v úvodu věnuje problematice CTC a jejich současnému využití v klinické medicíně. V přehledném článku je shrnut aktuální stav využití CTC u gynekologických malignit. V další publikaci je originální článek na téma CTC u karcinomu endometria. Popisuje úspěšný záchyt vitálních CTC u 75% testovaných pacientek. Identifikuje CTC jako individuální marker onemocnění bez spojitosti se stadiem, stupněm (grade) nebo postižením lymfatických uzlin. V druhé polovině se práce věnuje endometrióze, benignímu, ale často recidivujícímu onemocnění zhoršující kvalitu života u žen v reprodukčním věku. Multicentrická studie popisuje úspěšnou izolaci cirkulujících endometriálních buněk (CEC) u žen s histologicky potvrzenou endometriózou v různém stadiu onemocnění i subjektivními potížemi pacientek. Z celkových 423 vzorků bylo úspěšně izolováno 78.4%. CEC byly sledovány u 11 pacientek v různých fázích menstruačního cyklu, při čemž nejvyšší počet CEC byl detekován těsně po ovulaci. Cytomorfologickou a následně molekulární analýzou byly zjištěny buněčné typy a geny...
|
|
|
Osteogeneze a kostní hojení u vrozeně krátkého femuru
Frydrychová, Monika ; Dungl, Pavel (vedoucí práce) ; Havlas, Vojtěch (oponent) ; Charvát, Jan (oponent)
Souhrn Úvod: Vrozeně krátký femur, neboli proximální femorální fokální deficience (PFFD), je vzácná komplexní vada dolní končetiny s maximem postižení na femuru. Nálezy zahrnují širokou škálu variant od kompletní absence femuru až po nenápadný zkrat. Cíl studie: 1. Molekulární analýza patologické kostní tkáně u vrozeně krátkého femuru se zaměřením na expresi angiogenních a osteogenních faktorů v porovnání s fyziologickou kostí. Očekávané byly rozdíly v genové expresi obou skupin genů, zejména v jejich množství. 2. Retrospektivní analýza hojení femuru po prolongaci s ohledem na závažnost postižení, věk, délku prolongátu a s tím spojené komplikace. Předpokladem bylo prodloužené kostní hojení u závažnějších defektů končetiny, u starších pacientů, u pacientů s PFFD v porovnání s kontrolní skupinou. Materiál a metody: Z bloku kostní tkáně byla izolována RNA a biočipovou technikou zjištěn transkripční profil (SuperArray Bioscience Corporation) s možností detekce 113 genů osteogeneze a 113 genů angiogeneze. Bylo analyzováno celkem 10 vzorků (7 PFFD, 3 kontrolní). K prolongaci končetiny byli indikováni pacienti s typy Pappas III a IV (s pakloubem femuru) a pacienti s typy VII, VIII a IX. Byla analyzována data u 57 pacientů s PFFD a 12 pacientů kontrolní skupiny. Statické zpracování probíhalo metodou GLS. Výsledky:...
|
|
|
Factors affecting gene expression in Bacillus subtilis
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Vohradský, Jiří (oponent)
Klíčovým enzymem bakteriální transkripce je DNA-závislá RNA-polymeráza (RNAP). Její aktivita musí být přesně kontrolována. Tato kontrola může nastat na úrovni rozeznání různých verzí promotorové DNA, v různém stavu nadšroubovicovitého vinutí. Dále také pomocí změn ve vnitrobuněčné koncentraci metabolitů, nebo pomocí vazby proteinů, které se nazývají transkripční faktory. I když byla RNAP a její regulační síť intenzivně studována po desítky let, stále nové a nové regulátory jsou objevovány. Hlavním cílem této doktorské práce je představit několik z nich: i) HelD, nový protein, který se váže na RNAP, a jehož trojrozměrná struktura zatím není známa; ii) RNázu J1, enzym s novým mechanismem funkce; iii) Spx, důležitý regulátor genové exprese v Bacillus subtilis, jehož všechny funkce zatím nejsou popsány a iv) vliv nadšroubovicovitého stavu promotorové DNA na transkripci. V Publikaci I jsme popsali HelD protein jako nového vazebného partnera RNAP z Bacillus subtilis a charakterizovali jsme jeho biochemické vlastnosti. HelD zvyšuje transkripci tím, že pomáhá recyklovat molekuly RNAP, a tato aktivace je závislá na ATP. V Publikaci III jsme prezentovali první vhled do trojrozměrné struktury HelD pomocí metody SAXS a popsali jsme doménové složení HelD proteinu. A v Publikaci VI jsme vyřešili strukturu...
|
|
|
Characterization of the Caenorhabditis elegans pop-1 gene
Jakšová, Soňa ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
Transkripční faktory TCF/LEF regulují cílové geny signální dráhy Wnt - klíčového mechanismu ve vývoji mnohobuněčných organismů. Geny TCF/LEF produkují mnoho různých proteinových izoforem, čímž rozšiřují pole působnosti TCF/LEF proteinů. Diplomová práce využívá modelový organismus Caenorhabditis elegans, u kterého studuje gen pop-1, ortolog TCF/LEF. Žádná alternatívní izoforma proteinu POP-1 nebyla doposud identifikovaná. Hybridizační metodou Northern blot jsme se pokusili ověřit přítomnost alternativní pop-1 mRNA. Pomocí kvantitativního RT-PCR jsme analyzovali hladinu pop-1 mRNA v sedmi vývojových stádiích C. elegans. Kromě toho jsme stanovili expresní profil dvou významných interačních partnerů proteinu POP-1 - genů bar-1 a sys-1, jejichž proteinové produkty mají ve Wnt signalizaci úlohu transkripčních koaktivátorů. Klíčová slova: kanonická Wnt signální dráha, transkripční faktory TCF/LEF, Caenorhabditis elegans, pop-1
|
|
|
Vztah nádorového genotypu a fenotypu k diagnostice, prognóze a predikci kolorektálního karcinomu
Pitule, Pavel ; Králíčková, Milena (vedoucí práce) ; Vožeh, František (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Kolorektální karcinom je jedním z nejvíce rozšířených typů maligních onemocnění. V jeho biologii a léčbě je stále velké množství otazníků a v této práci jsme se pokusili identifikovat nové prognostické znaky, které by mohly podat nové informace o vývoji tohoto nádoru a pomoci rozpoznat pacienty s těžším průběhem nemoci. V první části práce jsme se zaměřili na imunohistochemické značení dvou proteinů spojovaných s nádorovými kmenovými buňkami na vzorcích nádoru tlustého střeva a jeho jaterních metastáz. Cílem bylo vyhodnotit vztah mezi hladinou sledovaných proteinů CD44 a CD133 a celkovým a bezpříznakovým přežitím u studovaného souboru pacientů. Pozorovali jsme korelaci mezi zvýšeným množstvím CD133 pozitivních nádorových žlázek a prodloužením bezpříznakového přežití. Tento výsledek je v rozporu s obecným názorem ohledně vlivu CD133 na vývoj nádoru. Možným vysvětlením je použití vysoce specifikovaného souboru pacientů a odlišný metodický přístup, kdy jsme sledovali poměr CD133 pozitivních žlázek ke všem nádorovým žlázkám v zorném poli, nikoli absolutní intenzitu značení. Následně jsme se zaměřili na studium intenzity transkripce vybraného setu genů v zamražených vzorcích od pacientů s kolorektálním karcinomem. Hlavním cílem bylo detekovat rozdílnou hladinu odpovídajících mRNA mezi zdravou a...
|
|
|
Úloha tukové tkáně v rozvoji inzulinorezistence a dalších metabolických změn u nemocných s feochromocytomem
Klímová, Judita ; Petrák, Ondřej (vedoucí práce) ; Kříž, Jan (oponent) ; Mlíková Seidlerová, Jitka (oponent)
Feochromocytomy a funkční paragangliomy (PPGL) jsou vzácné neuroendokrinní tumory charakteristické nadprodukcí katecholaminů, která může vést mj. k poruchám glukózového, lipidového a energetického metabolismu. Role tukové tkáně v těchto procesech zůstává nejasná. Naším cílem bylo stanovit profil genové exprese v subkutánní a viscerální tukové tkáni pacientů s PPGL se zaměřením na endokrinní funkce tukové tkáně, výskyt hnědé (BAT) a béžové tukové tkáně (BeAT), vše v souvislosti s dalšími měřenými metabolickými a energetickými parametry a hladinami cirkulujících adipokinů. Ve vzorcích retroperitoneální VAT pacientů s PPGL jsme prokázali známky UCP1-mediované noradrenalinem indukované termogeneze s vyšší expresí DIO2 a klíčových transkripčních faktorů adipogeneze BAT/BeAT (PPARGC1A, CEBPB a PRDM16). VAT pacientů s PPGL neodpovídala na základě použitých markerů jednoznačně BAT ani BeAT. V subkutánní tukové tkáni (SAT) pacientů s PPGL jsme našli známky transformace v BeAT, ale bez známek současně probíhající UCP1-mediované termogeneze. Dále jsme prokázali, že pacienti s PPGL mají vyšší cirkulující hladiny FGF21 ve srovnání s kontrolami a po adrenalektomii dochází k jejich poklesu. Zvýšené hladiny FGF21 byly zvláště evidentní u pacientů s DM a byly pozitivně spojené s hladinami glykémie na lačno a BMI u...
|
|
|
Využití "omics" metod v molekulárně-epidemiologické studii novorozenců z různých lokalit České republiky
Hoňková, Kateřina ; Rössner, Pavel (vedoucí práce) ; Gábelová, Alena (oponent) ; Bláha, Luděk (oponent)
"Omics" je souhrnné pojmenování biologických disciplín, které se věnují globální charakterizaci a kvantifikaci biomolekul, jež mají zásadní význam pro zajištění základních funkcí organizmu. "Omics" metody jsou využívané například v molekulární epidemiologii, která na základě jejich výsledků vyhodnocuje potenciální biomarkery charakterizující dopad faktorů životního prostředí na lidské zdraví. Předložená Disertační práce se zabývá použitím těchto metod u biologických vzorků získaných od novorozenců, kteří se narodili v rozdílných lokalitách České republiky, lišících se zejména mírou průmyslové zátěže. Hlavním záměrem bylo zjistit, zda může vlivem vnějšího prostředí v průběhu prenatálního vývoje novorozenců docházet k významným změnám aktivity genů a jejich regulace, a vyhodnotit míru znečištění ovzduší v době, kdy byl odebírán biologický materiál. S využitím celogenomového přístupu bylo cílem popsat odlišně exprimované geny (DEGs) u novorozenců z Karviné a Českých Budějovic (ČB). U pilotní studie malého souboru novorozenců z Mostu a ČB bylo záměrem identifikovat rozdílně metylovaná CpG místa na DNA, která utlumují genovou aktivitu a mohla by být zodpovědna za dlouhodobé změny na genetické úrovni. Posledním cílem bylo nalézt odlišně exprimované malé nekódující RNA (DE miRNA) mezi novorozenci z Mostu...
|
host ::
RSS.