|
|
Studium migrace mesenchymálních kmenových buněk na principu chemotaxe
Pošustová, Veronika ; Skopalík, Josef (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce je ověření migrace mesenchymálních kmenových buněk na principu chemotaxe. První část této studie se zaměřuje na popis a vysvětlení celého migračního procesu. Další část popisuje řadu metod chemotaxe a vybrané studie zabývající se klinickými aplikacemi MSC v různých odvětvích medicíny a biomedicíny. V dalším kroku je popsána konfokální mikroskopie, která je použita pro získání dat. Experimentální část této práce je zaměřena na kultivaci MSC v buněčné laboratoři. Dále jsou navrženy dva experimenty. Za prvé se jedná o 2D experiment s adherentními buňkami pro chemotaxi, který využívá nástroj -Slide Chemotaxis. Za druhé je navržen a proveden Transwell migrační test. Nakonec jsou obrazy, získané konfokální mikroskopií, použity pro zpracování a vyhodnocení výsledků, které probíhalo v programovacím prostředí Matlab R2020a. Výstupem tohoto zpracování je zhodnocení konfluence buněk a vyhodnocení jejich migrace. Experimentální část byla dále optimalizována podle doporučených studií. Výsledky jsou shrnuty společně s návrhem na další optimalizaci metod buněčné migrace.
|
|
|
Study of quantitative parameters of Norway spruce needle structure under the effect of elevated CO₂ concentration and different irradiance
Kubínová, Zuzana ; Lhotáková, Zuzana (vedoucí práce) ; Urban, Otmar (oponent) ; Gebauer, Roman (oponent)
Zuzana Kubínová: Study of Quantitative Parameters of Norway Spruce Needle Structure under the Effect of Elevated CO2 Concentration and Different Irradiance, Doctoral Thesis, Prague 2019 Abstrakt Koncentrace CO2 v atmosféře vzrůstá, zatímco její vliv na rostliny stále ještě není zcela objasněn. Smrk ztepilý (Picea abies L. Karst.) je hojně rozšířeným jehličnanem v evropských severských lesích a lesích mírného pásma, které jsou jedním ze sinků uhlíku v jeho globálním cyklu. Fyziologické odpovědi rostlin na zvýšenou koncentraci CO2 mohou být vzájemně propojeny s anatomickými a morfologickými změnami listu. Struktura listu je také ovlivněna dalšími faktory, přičemž nejvýznamnější z nich je ozářenost, která byla proto zařazena do našich studií. Vlivy zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na strukturu jehlic smrku ztepilého byly studovány pomocí nově uzpůsobených zavedených efektivních metod kvantitativní analýzy, které poskytují nevychýlené odhady daných parametrů. Metoda všeobecné Prokrustovy analýzy byla efektivní pro porovnání tvarů jehlic na příčném řezu a metoda disektoru umožnila přesný odhad počtu chloroplastů ve smrkových jehlicích. Vliv zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na strukturu jehlic byl zkoumán na dvou hierarchických úrovních: Na úrovni morfologie jehlice byla ozářenost silnějším morfogenním...
|
|
|
Improved Methods of Image Acquisition and Analysis of Tissues and Cells by Confocal and Multi-Photon Microscopy
Chernyavskiy, Oleksandr ; Kubínová, Lucie (vedoucí práce) ; Hašek, Jiří (oponent) ; Malínský, Jan (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Studijní program: Vývojová biologie (P1520) Studijní obor: Vývojová biologie (1501V000) Oleksandr Chernyavskiy Zdokonalené metody pro snímání obrazových dat a analýzu tkání a buněk pomocí konfokální a multifotonové mikroskopie Improved Methods of Image Acquisition and Analysis of Tissues and Cells by Confocal and Multi-Photon Microscopy Abstrakt disertační práce Školitel: RNDr. Lucie Kubínová CSc Praha, 2015 Souhrn Cílem této práce bylo vyvinout metody a přístupy snímání mikroskopických obrázků konfokální, multifotonovou mikroskopií a jejich kombinací, s následnou analýzou dat umožňující nové způsoby vizualizace a měření biologických tkání a buněčných struktur ve 3D. Zaměřili jsme se na metody, využívající výhod konfokální a multifotonové mikroskopie. Naším dalším cílem bylo ukázat použitelnost neinvazivních přístupů v aplikacích in vivo, užitečnost a význam těchto metod pro několik konkrétních biologických aplikací, s důrazem na zdokonalené metody snímání mikroskopických obrázků, analýzu a hodnocení reálných biologickych preparátů. Tato práce nebyla zaměřena na řešení konkrétního biologického problému, ale na metodologický přínos pro několik druhů biologických problémů. Ve výsledku bylo vyvinuto několik pokročilých metod snímání multifotonovou mikroskopii....
|
|
|
Anatomická analýza mezofylu stinného a slunného listu buku lesního pod vlivem zvýšené koncentrace CO2.
Horská, Jana ; Lhotáková, Zuzana (vedoucí práce) ; Urban, Otmar (oponent)
Práce se zabývá vyhodnocením vlivu koncentrace CO2 a ozářenosti na vybrané anatomické parametry listu buku lesního, Fagus sylvatica L. Proces fotosyntézy je zásadně ovlivňován řadou vnějších faktorů, mezi nimi atmosférickou koncentrací CO2 a ozářeností a úzce souvisí s anatomickými parametry listu. Jedním z těchto důležitých anatomických parametrů ovlivňujících rychlost asimilace je vnitřní povrch listu, který představuje plochu mezofylu, na které dochází k výměně plynů. Experimentální materiál využitý v této práci byly listy z juvenilních stromů buku lesního zasazených v r. 2005 a rostoucích v aktuální koncentraci CO2 (390ppm, AC) a ve zvýšené koncentraci CO2 (700 ppm, EC) na experimentálním stanovišti Bílý Kříž v Beskydech Centra výzkumu globální změny AV ČR. Vyhodnoceny byly anatomické parametry slunných a stinných listů z obou ošetření CO2 odebrané ve dvou sezónách s odstupem tří let (2009 a 2012). Ke stanovení anatomických parametrů listu byly využity stereologické metody, které poskytují nevychýlený odhad měřených parametrů, především metoda fakír pro stanovení vnitřního povrchu listu. Na listech odebraných v roce 2009 byl účinek EC zaznamenán pouze ve snížení zastoupení mezibuněčných prostor v mezofylu. V roce 2012 způsobila EC u listů navýšení mocnosti palisádového parenchymu a trend...
|
|
|
Kultivace vrstvy buněk v mikrofluidním systému
Kachan, Ksenia ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Teoretická část této práce se zabývá popisem principů kultivace buněk in vitro a moderních in vitro modelů pro kultivaci endoteliální buněčné vrstvy. V práci jsou dále popsány principy konfokální a fluorescenční mikroskopie. Praktická část je věnována práci s buněčnými kulturami a realizaci experimentu, který spočívá v kultivaci buněčné vrstvy v mikrofluidním systému. Buněčná vrstva byla během experimentu snímána konfokálním laserovým skenovacím mikroskopem Leica TCS SP8 X. Pro zpracování a analýzu pořízených snímku byl navržen algoritmus v programovacím prostředí MATLAB.
|
|
|
Využití elektrod na bázi uhlíku pro elektrochemickou detekci v průtokových metodách
Mika, Jan ; Dejmková, Hana (vedoucí práce) ; Fischer, Jan (oponent)
Uhlík je pro své elektrochemické vlastnosti oblíbeným pracovním materiálem používaným ke konstrukci detektorů, které jsou vhodné i pro průtokové metody. V této práci budou diskutovány dvě nejčastěji používané techniky detekce, a to amperometrická a coulometrická. Představitelem amperometrických detektorů jsou uhlíkové pastové elektrody (CPE), jejichž hlavním nedostatkem je nízká stabilita v prostředích s vysokým obsahem organických rozpouštědel, která jsou běžnou součástí mobilní fáze HPLC. Tímto nedostatkem již netrpí uhlíkové pasty ze skelného uhlíku (GCPE). V této práci jsou popsány změny povrchu a odezvy elektrody vyvolané působením methanolu a vysvětlen mechanizmus zvýšené stability GCPE. Konfokální mikroskopie prokázala, že vlivem methanolu dochází ke zhrubnutí povrchu, které vede k nárůstu výšky píků, šumu a pozadí měření a posunu potenciálu píku k méně pozitivním hodnotám při voltametrických měřeních. Tyto změny jsou závislé na době působení methanolu na elektrodu a na jeho koncentraci. Coulometrické detektory pracují s vysokým stupněm konverze a citlivostí, ale jejich reaktivace v případě pasivace je relativně komplikovanou záležitostí a vyžaduje výměnu pracovního materiálu. Úspory času a financí lze dosáhnout použitím detektorů s vyměnitelnou náplní. Tento způsob reaktivace je rozvíjen a...
|
|
|
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk
Tolde, Ondřej ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Kovář, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk Nádorové onemocnění má svůj původ v normálních tělních buňkách, které se vymknuly kontrole mateřského organismu. Nádorové buňky se pak mohou uvolnit z místa svého vzniku a šířit se po organismu. Pro průchod mezibuněčnou hmotou nebo vrstvou jiných buněk mohou tyto buňky využít mechanismy, které vedou k efektivnější migraci a invazivitě. Výzkum mechanizmů, které nádorové buňky využívají pro migraci, má význam pro pochopení vzniku a šíření metastáz a následně pro protinádorovou léčbu. V rámci mé disertační práce jsem se podílel na výzkumu vlastností invazivních nádorových buněk. Porovnávali jsme vlastnosti neinvazivní sarkomové buněčné linie a z ní odvozené, vysoce metastatické linie. Ukázali jsme, že buňky invazivní linie využívají améboidní způsob migrace a vykazují zvýšenou aktivitu Rho/ROCK signalizace. Na vedoucím okraji mají tyto buňky nabohacený aktin a myosin a dochází zde ke generování síly. Buňky neinvazivní linie využívají mezenchymální způsob migrace a generují sílu převážně na zatahujícím se konci. Dále jsme porovnávali buňky dvou linií odvozených od prsního karcinomu. Ukázali jsme, že invazivnější linie, odvozená od méně invazivní, vykazuje větší dynamičnost v přestavbě aktinového skeletu. Rovněž jsme u těchto linií popsali přítomnost...
|
|
|
Vliv zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na kvantitativní parametry mezofylových buněk smrku ztepilého
Kubínová, Zuzana ; Albrechtová, Jana (vedoucí práce) ; Radochová, Barbora (oponent)
KUBÍNOVÁ, Zuzana. Vliv zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na kvantitativní parametry mezofylových buněk smrku ztepilého. Praha, 2010. 74 s. Diplomová práce. Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze. Abstrakt Cílem práce bylo zvolit a upravit metodiku pro počítání částic v prostoru, aby byla použitelná pro nevychýlený odhad počtu chloroplastů v mezofylových buňkách jehlic. Pro počítání chloroplastů byla poprvé použita metoda disektoru, která umožňuje nevychýlený odhad počtu chloroplastů na objem jehlice z preparátů čerstvých řezů jehlicemi nasnímaných konfokálním mikroskopem bez nutnosti složité přípravy preparátů. Dalším cílem bylo porovnat vybrané fotosyntetické a anatomické charakteristiky ve slunných a stinných jehlicích smrku ztepilého pěstovaného dlouhodobě pod vlivem různé koncentrace CO2 v atmosféře. Stromy byly pěstovány v kultivačních sférách na experimentálním ekologickém pracovišti Ústavu systémové biologie a ekologie Akademie věd České republiky, v.v.i. na Bílém Kříži v Moravskoslezských Beskydech po dobu osmi let v současné atmosférické koncentraci CO2 (v době experimentu stoupající od 357 až po 370 µmol CO2 ∙ mol-1 ) a ve zvýšené koncentraci CO2 (700 µmol ∙ mol-1 ). Z korun stromů byly odebrány slunné jehlice ze třetího přeslenu (ozářenost 1000-1200 µmol(fotonů) ∙ m-2 ∙ s-1 ) a...
|
|
|
Simulation of adhesion and transmigration imune-cells through capillary wall
Morgaenko, Katsiarina ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Theoretical part of this study includes biophysical description of endothelial layer and cell transmigration through it. There is descripted characteristics of all important components used for creation of capillary model in vitro (endothelial cells, stem cells, white blood cells, Calcein AM, PKH26). Practical part of the study devotes to fabrication of two-dimensional and three-dimensional in-vitro models of endothelial layers, processing of visualization by microscope and testing interaction between leukocytes, stem cells and endothelial layer. In conclusion is proposed the best form and size of microfluidic models simulated capillary.
|
|
| |
host ::
RSS.