|
|
Epigenetické mechanismy
Šornová, Veronika ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Koc, Michal (oponent)
Epigenetika je studium dědičných změn genové aktivity, které nejsou způsobeny změnou sekvence v DNA. Epigenetické mechanismy se mohou uplatnit na celé řadě úrovní, od transkripce až po translaci. Patří mezi ně metylace DNA, modifikace histonů, a s tím spojená modifikace chromatinu, a RNA interference. Výsledkem je změna konformace chromatinu vedoucí ke snížené nebo zvýšené expresi určitého genu, inaktivaci jednoho z chromosomů X nebo genovému imprintingu. Epigenetická regulace hraje důležitou roli v etiopatogenezi multifaktoriálních onemocnění. Na jejich vzniku se podílejí genetické predispoziční faktory (u autoimunitních chorob se jedná o geny hlavního histokompatibilního komplexu) a environmentální faktory, které působí na náš genom právě prostřednictvím epigenetických modifikací. Klíčová slova: Epigenetické mechanismy, metylace DNA, modifikace histonů, RNA interference, genomový imprinting, inaktivace chromozomu X, multifaktoriální onemocnění.
|
|
|
Processing of different substrates by mammalian Dicer
Faltýnková, Jana ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Dráhy malých RNA představují u eukaryotických organismů sekvenčně specifické mechanismy regulující genovou expresi nebo zprostředkující antivirovou obranu. Společnou vlastností těchto drah jsou ~20 až 30nukleotidové malé RNA, které fungují jako sekvenčně specifičtí průvodci. Dráhy malých RNA se od sebe a mezi různými organismy liší v rolích, biogenezi malých RNA a způsobu regulace cílových molekul. U savců jsou 3 klíčové dráhy malých RNA: RNA interference, mikroRNA (miRNA) dráha a PIWI-interagující RNA (piRNA) dráha. Tvoření malých RNA pro RNA interferenci a miRNA dráhu je závislé na proteinu Dicer, který štěpí malé interferující RNA (siRNA) a miRNA z jejich prekurzorů: dlouhých dvouřetězcových RNA a vlásenek. Tato bakalářská práce poskytuje vhled do struktury a funkce savčího Diceru a do rozdílů ve zpracování pre-miRNA a prekurzorů siRNA.
|
|
| |
|
|
Vývoj leishmanií podrodu Viannia v přenašeči
Hlaváčová, Jana ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Dostálová, Anna (oponent)
Leishmanie podrodu Viannia jsou parazitičtí prvoci přenášení flebotomy (Diptera: Phlebotominae). Vyskytují se v tropických a subtropických oblastech Jižní Ameriky, kde způsobují kutánní a mukokutánní leishmaniózy. Naše práce se zabývala vývojem zástupců podrodu Viannia v trávicím traktu přenašeče a faktory, které jejich vývoj ovlivňují. V první části jsme zkoumali, jakým způsobem se vyvíjí Leishmania (Viannia) braziliensis v trávicím traktu Lutzomyia longipalpis. Pomocí GFP značeného kmene jsme potvrdili, že se jedná o peripylární typ vývoje. Po úniku z endoperitrofického prostoru promastigoti nejprve kolonizovali zadní střevo a poté migrovali anteriorně. Ve střevě se vyskytovaly 4 morfologické formy: dlouhé nektomonády, krátké nektomonády, metacykličtí promastigoti a paramastigoti. Pomocí histologických metod jsme demonstrovali přichycení leishmanií v pyloru, zatímco v mesenteronu byli přítomní pouze volní promastigoti. Přichycení promastigotů k epitelu mesenteronu, které je běžné u podrodu Leishmania, u L. braziliensis nebylo pozorováno. Další část práce byla věnována vlivu teploty na zástupce podrodu Viannia v přenašeči. Sledovali jsme vývoj dvou blízce příbuzných druhů L. peruviana a L. braziliensis ve střevě Lu. longipalpis při 20 řC a 26 řC. Leishmania braziliensis se vyvíjela dobře za obou...
|
|
|
Studium mechanismu posttranskripčního a transkripčního umlčování transgenů v buněčné linii tabáku BY-2
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
RNA interference je jedním z mechanismů, který umožňuje buňkám regulovat aktivitu genů, ovlivňovat tvorbu a udržování heterochromatinu a chránit je před invazivními nukleovými kyselinami. U rostlin je RNA interference spouštěna přítomností dvoušroubovicové RNA, která je štěpena proteinem Dicer na malé RNA o délce převážně 20-24nt. Tyto malé RNA mohou v komplexu s proteinem Argonaut na základě sekvenční komplementarity řídit štěpení mRNA, blokování translace, či modifikace chromatinu. V důsledku tak může být genová exprese umlčována buď posttranskripčně (tím že je bráněno vzniku proteinu z již vytvořené mRNA, PTGS) a nebo transkripčně (tím že je bráněno vzniku transkriptu, TGS). Záměrem této práce bylo připravení různých způsobů spouštění posttranskripčního umlčování a porovnání jejich funkčnosti a účinnosti. Dalším krokem pak byla příprava systému, který by měl umožnit sledování jednotlivých kroků přechodu posttranskripčního umlčování na umlčování transkripční. Tyto tzv. indikátorové linie by měly dovolit sledovat časování a dynamiku tohoto procesu s využitím fluorescenčních proteinů. Připravovaný systém umožní také vyhodnocení různých faktorů na průběh tohoto procesu - jedním z nich je RNA-dependentní RNA polymeráza 6, která hraje hlavní roli v samovolném spouštění PTGS. V práci je použita jako modelový...
|
|
|
Studium a podjednotky lidského translačního iniciačního faktoru 3 (eIF3) metodou RNA interference.
Peclinovská, Lucie ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Iniciace translace je klíčovým krokem proteosyntézy, který umožňuje regulaci genové exprese. Regulace na úrovni přepisu mRNA je nejrychlejším možným mechanismem. Celý proces je ovlivňován mnoha iniciačními faktory. Jedním z eukaryotických iniciačních faktorů, který participuje na celé řadě procesů během iniciace translace je eIF3. Za jeho velice efektivní, a pro iniciaci translace nezbytnou, alespoň v kvasinkách, byla označena největší podjednotka p170, též nazývaná eIF3a. Tato práce si klade za cíl, utvořit komplexní náhled na eIF3a, přičemž hodlá vycházet z poznatků nabytých sledováním této podjednotky v Saccharomyces cerevisiae. Snížení exprese eIF3a, které umožňuje pozorovat vliv této podjednotky pomocí různých experimentů v porovnání s kontrolní skupinou, je "navozeno" metodou RNA interference. Na eIF3a je zde nahlíženo z pohledu i) životaschopnosti buněk metodou využívající 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-difenyl- -tetrazolium bromid (MTT testu) ; ii) sleduje se vliv podjednotky na celkovou expresi proteinu inkorporací 35 S-methioninu a iii) v neposlední ředě je v této práci ukázán vliv snížené exprese eIF3a na tvorbu polysomů.
|
|
|
Interakce chřipkového viru s buněčnými obrannými mechanismy
Vochyánová, Klára ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Mikušová, Gabriela (oponent)
Infekce chřipkovým virem patří mezi nejaktuálnější problémy dnešní doby. Unikátní schopnost tohoto viru silně inhibovat imunitní odpověď buněk na mnoha úrovních a jeho pandemický potenciál z něj činí předmět zájmu mnoha vědeckých skupin. Chřipkový virus používá k inhibici imunitní odpovědi především protein NS1. Protein NS1 je jednak schopen vázat se na RNA, a maskovat jí před rozpoznáním buněčnými senzory a dalšími proteiny. Protein NS1 obsahuje také katalytickou doménu. Pomocí této domény interaguje s mnoha buněčnými proteiny, zasahuje do signální transdukce a zajišťuje tak úspěch celé infekce. Protein NS1 je jedním z hlavních nástrojů patogenicity chřipkového viru a zaslouží si patřičnou pozornost.
|
|
| |
|
|
Molecular and biochemical characterization of serine protease SmSP1 in \kur{Schistosoma mansoni}
OPAVSKÝ, David
SmSP1 is a chimerical serine protease consisted of three domains (cub, LDLa and trypsin-like) and found in Schistosoma mansoni. Its characterization was performed by molecular techniques such as PCR screen, qRT-PCR and RNA interference (RNAi) to gain information about expression profile, level expression and susceptibility to RNAi. Further, protein expression was carried out to gain an antigen for immunization and recombinant for biochemical studies. Results of PCR screen and qRT-PCR suggested possible function of SmSP1 in egg and adult stages but SmSP1 gene was not found susceptible to RNAi in NTS. Recombinant from E. coli was successfully used for immunization. Active recombinant was likely expressed in Pichia pastoris but expression conditions are unstable and expression optimization is necessary.
|
|
| |
host ::
RSS.