|
|
Narušení metabolismu proteinů a jeho efekt na signalizaci cytokininů
Dufek, Martin
Cytokininy jsou N6 substituované deriváty adeninu, které ovlivňují mnoho aspektů rostlinného růstu a vývoje. Dvoukomponentní signalizační dráha zahrnující receptor v podobě hybridní kinázy, histidinové fosfotransférové proteiny a dvě sady regulátorů odpovědi je klíčovou částí cytokininové signalizace. Nicméně nejnovější poznatky indikují podstatnou roli proteazom-ubikvitinového systému (UPS) v cytokininové odpovědi. V mé práci nazvané Narušení metabolismu proteinů a jeho efekt na signalizaci cytokininů popisuji hlavní mechanismy proteinové degradace a současný model metabolismu a signalizace cytokinů. V experimentální části jsem pozoroval vliv UPS-cytokininové interakce na rostlinu Arabidopsis thaliana. Pozoroval jsem efekt na růstovou odezvu a analyzoval pomocí LC-MS účinek inhibice proteazomu na proteom a brzkou odpověď na cytokinin. Moje výsledky a analýza dat z předchozích proteomických studií odhalují zajímavou rovnováhu mezi koncentrací cytokininu a efektem inhibice proteazomu a také velký vliv proteazomové inhibice na proteiny v odpovědi na cytokininy.
|
|
|
Diurnální variace v proteomu rostlin
Dobešová, Markéta
Proteom je dynamická komponenta buňky, která se neustále mění. Některé z těchto změn se opakují periodicky v závislosti na biorytmech. Pravidelnost těchto změn je udržována pomocí vnitřních hodiny rostlin, regulací genové exprese, translací a degradací těchto proteinů. Tato práce s názvem "Diurnální variace v proteomu rostlin" shrnuje současné znalosti o vnitřních hodinách rostlin a mechanismu cílené degradace proteinů zprostředkovaného proteazomem. V experimentální části byly diurnální variace v proteomu Arabidopsis thaliana analyzovány pomocí LC-MS profilování kontrolních klíčních rostlin (Col-0) a klíčních rostlin transgenní linie Arabidopsis s potlačenou inhibicí proteazomové degradační dráhy. Pro detailnější analýzu bylo vybráno 199 nejvíce abundantních proteinů, z nichž 25% nebylo významně ovlivněno diurnálními rytmy a 72% mělo výrazně odlišnou odpověď v případě inhibice proteazomu.
|
|
|
Detection of Sap2 in the secretome of Candida albicans cell wall and secretory mutants
Kollárová, Nikola ; Janďourek, Ondřej (vedoucí práce) ; Konečná, Klára (oponent)
Kandidát: Nikola Kollárová Názov diplomovej práce: Detekcia Sap2 proteínu v sekretóme kmeňov Candida albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd Complutense University of Madrid, Faculty of Pharmacy, Department of Microbiology II Študijný program: Farmácia Cieľ práce: Cieľom tejto diplomovej práce bolo hľadať proteíny C. albicans podieľajúce sa na sekrécii Sap2 enzýmu vyhodnotením schopnosti degradovať BSA ako zdroj dusíka u niektorých kmeňov C. albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii. Práca bola vykonaná na Department of Microbiology II, Faculty of Pharmacy, Complutense University of Madrid. Metódy: Vzorky supernatantov niekoľkých mutantov C. albicans boli testované SDS- PAGE elektroforézou a zafarbené. Na geli boli pozorované prúžky odpovedajúce BSA a porovnané s kontrolami. Druhá metóda bola vyhodnotená s 96-jamkovými doskami. Výsledky: Bola zistená korelácia medzi absorbanciou a degradáciou BSA. V pilotnom skríningu, kde bola testovaná schopnosť degradovať BSA pomocou metódy s 96-jamkovými doskami boli nájdení niektorí mutanti, ktorí nemali schopnosť degradovať BSA. Tento fakt bol potvrdený SDS-PAGE elektroforézou. Mutanti C. albicans s týmto defektom, čo bolo dokázané obomi metódami,...
|
|
|
Stanovení acetylcholinu pomocí LC-MS ve vzorcích mozkových mikrodialyzátů LC-MS/MS
Vrobel, Ivo ; Solich, Petr (vedoucí práce) ; Kujovská Krčmová, Lenka (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra analytické chemie Kandidát: Ivo Vrobel Školitelé: Prof. RNDr. Petr Solich, CSc; Katedra analytické chemie, Farmaceutická fakulta, Univerzita Karlova v Praze Prof. Seppo Auriola, MSc.(Chem.) Marko Lehtonen; Katedra farmaceutické chemie, Škola farmacie, Univerzita Východního Finska v Kuopiu Název diplomové práce: Stanovení acetylcholinu pomocí LC-MS/MS ve vzorcích mozkových mikrodialyzátů Byla vyvinuta nová rychlá a jednoduchá analytická metoda na stanovení acetylcholinu (ACh) ve vzorcích mozkových mikrodialyzátů založena na kapalinové chromatografii spojené s tandemovou hmotnostní spektrometrií (LC-MS/MS), využívající isotopicky značený vnitřní standard. Pentafluorofenylpropylová (PFPP) stacionární fáze spolu s mobilní fází složené z 0.05% vodného roztoku TFA a 4% ACN zabezpečuje dostatečnou retenci ACh a jeho separaci od anorganických solí. Ionizace ACh a vnitřního standardu, odolná vůči použití TFA, byla dosažena pomocí ionizace termosprejem za atmosférického tlaku (APTSI). Detekce ACh a vnitřního standardu byla docílena pomocí selektivního reakčního monitoringu (SRM) v lineární iontové pasti. Křížová validace byla provedena porovnáním nově vyvinuté metody s validovanou metodou rutinně používanou ke stanovení ACh. Soubor...
|
|
|
Studium struktury receptoru DCL-1 pomocí hmotnostní spektrometrie
Růžičková, Barbora ; Kavan, Daniel (vedoucí práce) ; Mrázek, Hynek (oponent)
DCL-1 (CD302) je transmembránový C-lektinový receptor typu I, který je exprimován na monocytech, makrofázích, granulocytech a dendritických buňkách. Jeho extracelulární doména však postrádá aminokyselinové motivy, esenciální pro vazbu sacharidových struktur v přítomnosti vápenatých kationtů, což naznačuje, že nemá klasickou vazebnou aktivitu typickou pro C-lektinové receptory jako například manosový receptor. Žádné jeho exogenní nebo endogenní ligandy ovšem nebyly dosud nalezeny. V důsledku vnitřní kolokalizace s F-aktinem lze předpokládat, že tento nekonvenční lektinový receptor hraje důležitou roli nejen v endocytóze a fagocytóze, ale také v buněčné adhezi a migraci. Receptor DCL-1 byl poprvé identifikován jako genetický fúzní partner lidského multilektinového receptoru DEC-205 v buněčné linii Hodgkinova lymfomu. Experimentální část této práce se zabývá identifikací zapojení disulfidických vazeb a získání dat k validaci krystalové struktury DCL-1. Nejprve byla provedena optimalizace podmínek produkce a renaturace za účelem získat co největší množství proteinu DCL-1, resp. jeho extracelulární domény. Optimální podmínky byly využity k přípravě proteinu, se kterým bylo provedeno štěpení v gelu specifickými endopeptidasami za přítomnosti cystaminu následované LC-MS analýzou. Porovnáním naměřených dat z LC-MS...
|
|
|
Struktura a reaktivita aniontů aromatických uhlovodíků
Obluková, Michaela ; Čabala, Radomír (vedoucí práce) ; Jašík, Juraj (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá výzkumem reaktivity aniontů aromatických uhlovodíků, vyskytujících se v ionosféře Titanu - měsíce Saturnu. K experimentu byla použita metoda tandemové hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizační technikou, kvadrupólovým hmotnostním analyzátorem a kolizní celou. Cílem bylo přispět k celkovému poznání procesů probíhajících v ionosféře Titanu. Konkrétně byla provedena experimentální studie, jak z kyseliny ftalové, isoftalové a tereftalové vytvořit příslušné isomery benzyn anion radikálů (o-, m-, p- C6H4˙- ), a bylo prozkoumáno, jakým způsobem reagují s vybranými neutrálními plyny v kolizní cele (C2H2, HC3N, CH3CN, SO2, O2).
|
|
|
Využití hmotnostní spektrometrie ke stanovení markerů oxidativního stresu a mykotoxinů
Čumová, Martina ; Večeřa, Zbyněk (oponent) ; Hajšlová, Jana (oponent) ; Vávrová, Milada (oponent) ; Čáslavský, Josef (vedoucí práce)
Prvním tématem předkládané dizertační práce bylo stanovení isoprostanů – markerů oxidativního stresu a dalších látek, které mohou být přítomností oxidativního stresu ovlivňovány. Sledování isoprostanů iPF2-III, iPF2-VI, iPF2-VI, astaxanthinu a polynenasycených mastných kyselin (PUFA), zejména pak kyseliny arachidonové (AA) probíhalo v jikrách lososa obecného (Salmo salar). Byly vyvinuty a optimalizovány metody stanovení těchto látek pomocí chromatografických metod ve spojení s konvenční nebo hmotnostně spektrometrickou detekcí. Výsledné metodiky byly použity pro kvantifikaci sledovaných analytů v jikrách Salmo salar, lišících se svojí životaschopností a vývojovým stadiem. V nepřeživších jikrách bylo obsaženo větší množství sledovaných isoprostanů a kyseliny arachidonové a zároveň nižší množství astaxanthinu než v kontrolních vzorcích jiker (reprezentujících nezatížené jedince). Také relativní zastoupení PUFA bylo ve vzorcích nepřeživších jiker vyšší než v kontrolních vzorcích. Čerstvě nakladené jikry obsahovaly srovnatelnou hladinu sledovaných isoprostanů s kontrolními vzorky. Pouze isoprostan iPF2 IV byl obsažen v kontrolních vzorcích pod limitem stanovitelnosti, zatímco čerstvě nakladené jikry obsahovaly nízké, avšak kvantifikovatelné množství. Vyšší hladiny PUFA a kyseliny arachidonové ve srovnání s kontrolou byly pozorovány u čerstvě nakladených jiker. Nicméně statisticky významný byl pouze rozdíl v množství astaxanthinu. Rozdílná hladina PUFA a astaxanthinu v jikrách mohla souviset s jejich biochemickou spotřebou během vývoje. Životaschopnost jiker Salmo salar proto mohla být ovlivněna přítomností oxidativního stresu. Druhá část této práce se zabývá sledováním mykotoxinů v potravinách a krmivech. Mykotoxiny jsou sekundární metabolity produkované plísněni. Jsou to všudypřítomné nežádoucí přírodní kontaminanty, které mohou vážně poškodit zdraví lidí a zvířat. V současné době je známo více než 500 druhů mykotoxinů. Evropskou legislativou je však regulováno pouze velmi malé množství z nich. Evropská komise však žádá Evropský úřad pro bezpečnost potravin (EFSA) o data vedoucí k zavedení regulačních limitů pro další mykotoxiny. V této studii byla vyvinuta multireziduální metoda pro stanovení 17 mykotoxinů v biotických materiálech. Metoda zahrnuje jak mykotoxiny regulované EU, tak i další mykotoxiny v souladu s požadavky EFSA (aatoxiny, deoxynivalenol, nivalenol, zearalenon, fumonisiny, ochratoxin A, T-2 toxin, HT-2 toxin, enniatiny a beauvericin). Analyty jsou z matrice izolovány pomocí modifikované metody QuEChERS a analyzovány s použitím ultraúčinné kapalinové chromatografie s tandemovou hmotnostní spektrometrií (UPLC-MS/MS). Metoda navíc umožňuje ze stejného extraktu stanovit i ergotové alkaloidy (ergokornin, ergosin, ergokryptin, ergokristin a jejich odpovídající epimery). Vyvinutá metoda byla použita pro monitoring mykotoxinů a ergotových alkaloidů v krmivech a surovinách pro jejich výrobu a v pivovarském ječmeni a sladu z něj připraveném.
|
|
|
Preparation of hyaluronan oligosaccharides with N-acetylglucosamine at both ends of the chain using enzymatic catalysis
Gadová, Martina ; Hermannová,, Martina (oponent) ; Šílová, Tereza (vedoucí práce)
This bachelor thesis deals with preparation of odd-numbered hyaluronan oligosaccharides with N-acetylglucosamine at both ends of the chain using enzymatic catalysis by -Glucuronidase. The theoretical part focuses on present knowledge of hyaluronic acid and it fragments. It focuses on properties, enzymatic hydrolysis, application in different branches of science, but also analysis of oligosaccharides. One chapter is devoted to properties of enzyme -Glucuronidase. The experimental part deals with preparation of oligosaccharides type HANN. The reaction conditions for preparation of HA oligosacharides were optimized (pH, temperature) and the progress of enzymatic hydrolysis and the mixture composition after digestion were monitored by method UHPLC.. After optimization the mixture of oligosaccharides HANN was prepared and consenquently it was analysed by methods UHPLC and LC-MS. All the data were acquired in company Contipro Pharma, a.s., Dolní Dobrouč, Czech republic.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.