|
|
Zarovnávání částí DNA
Pejř, Václav ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce si klade za cíl zjistit, jaké jsou možnosti v oblasti zarovnávání DNA sekvencí. Na základě těchto zjištění nalézt nejlepší řešení s ohledem na rychlost výpočtu a kvalitu zarovnání. Následně toto řešení implementovat a vytvořit tak fungující program, který bude zarovnání provádět. Práce se nejprve zaměřuje na uvedení do problematiky týkající se biologie, DNA a genetiky. Po uvedení následuje přehled algoritmů, které se pro zarovnávání používají, jejich zhodnocení a výběr nejvhodnějšího algoritmu pro implementaci. Dále se také práce zaměřuje na oblast využití paralelního programování pomocí knihoven OpenCL. Zarovnání se provádí nad mnoha sekvencemi současně, zkoumají se tedy metody jak toto zarovnání provádět a jak dosáhnout nejlepších výsledků.
|
|
|
Vzájemná podobnost sekvencí aminokyselin různých organismů
Vysoudil, Ladislav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce je pokusit se prostudovat a popsat práci se sekvencemi proteinů různých organismů a to především přiřazení sekvencí a vyhodnocení podobnosti sekvencí. Na začátku práce se zabýváme biochemií proteinů, jejich složením a strukturou. Dále text pokračuje teorií pro práci se sekvenčními daty, globálním, lokálním a mnohočetným přiřazením. V poslední části zkoumáme možnostmi programu Matlab pro výše zmíněné přiřazení.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
|
Detekce pohybu v obraze
Zítka, Michal ; Richter, Miloslav (oponent) ; Horák, Karel (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na detekci pohybu v obraze. Práce shrnuje základní metody pro detekci pohybu v obraze a metodu segmentace pomocí aktivních kontur. V praktické části je zaměřena na detekci pohybu osob ze snímků kamery.
|
|
|
Molecular Characterisation of Parvalbumin Gene: Evolutionary Insights and Forensic Applications for Fish Species Identification and Authentication
Mukherjee, Subham ; Horká, Petra (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent) ; Flajšhans, Martin (oponent)
Abstract Parvalbumin (pvalb), a low molecular weight calcium-binding protein, plays a crucial role in regulating Ca2+ switching in fast-twitch muscle fibres and has been identified as a major cause of fish-induced food allergies. The molecular evolution of pvalb genes in teleost fish and its cause, duplication of the whole genome, was investigated, revealing high diversity and complex gene repertoires, making detection and identification challenging. This study provides robust genomic evidence of the complex evolution of parvalbumin genes in teleost fish. In addition to its role as a potent allergen, the pvalb gene, a nuclear gene, can serve as a valuable molecular marker. Keeping this in mind, a real-time PCR assay is developed to detect and quantify two European anglerfish species simultaneously, Lophius piscatorius and Lophius budegassa, which are susceptible to illegal species substitutions in the global seafood trade. The assay targets the intronic region of the pvalb gene, demonstrating high specificity, efficiency, and robustness, making it a potential forensic tool to prevent food fraud and ensure the accurate identification of fish species. Furthermore, a standardised quantitative PCR-based method is presented for the β-pvalb gene in Lophius piscatorius, utilising a plasmid DNA calibrator...
|
|
|
Kompatibilita vybraných dentálních slitin s metodou vyšetření magnetickou rezonancí
Linetskiy, Igor ; Hubálková, Hana (vedoucí práce) ; Suchánek, Jakub (oponent) ; Dostálová, Taťjana (oponent)
Vyšetření magnetickou rezonancí (MR) je jednou z moderních a perspektivních metod medicínské vizualizace. Je ceněno pro absenci ionizujícího záření, neinvazivitu, získávání vysoce přesných zobrazení tvrdých a zejména měkkých tkání v libovolné rovině. Je metodou volby pro vyšetření centrální nervové soustavy. V poslední době se velmi často využívá v diagnostice onemocnění v maxilofaciální krajině. Hlavní slabinou MR je interakce magnetických polí s kovovými předměty přítomnými v těle člověka, její následkem může docházet k jejich ohřevu, pohybu a výskytu artefaktů MR obrazů. Vzhledem k tomu, že se v moderní stomatologii velmi často používají různé kovové konstrukce (fixní zubní náhrady, implantáty, dlahy, ortodontické aparáty aj.), otázka jejich kompatibility s MR prostředím je velmi aktuální. Cílem této práce bylo ověřit kompatibilitu dentálních slitin s prostředím MR, klasifikovat vybrané dentální slitiny dle stupně kompatibility s MR prostředím a stanovit rozsah jejich možného negativního vlivu na kvalitu MR vyšetření v oblasti hlavy a krku. Pro vyhledání dentálních kovů a slitin byl použit číselník VZP (Stomatologické výrobky), katalogy výrobců a distributorů dentálních slitin a nabídka zpracovávaných kovů a slitin v pražských zubních laboratořích. Jsou zde popsány metodiky stanovení magnetické...
|
|
|
Bioinformatics analysis of sequences required for localization of RNA during development
Naraine, Ravindra ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Fulková, Helena (oponent) ; Tichý, Boris (oponent)
Vývoj komplexního organismu po spojení dvou buněk (vajíčka a spermie) je jedním z fascinujících aspektů vývojové biologie. Je známo, že embryogeneze je řízena pomocí prostorové a časové produkce molekul, které tvoří asymetrické gradienty v buňce nebo ve skupině buněk a pomáhají tak regulovat diferenciaci jednotlivých částí vyvíjejícího se embrya. Animálně-vegetativní gradienty transkriptů ve vajíčcích ryb a žab dávají vzniknout první vývojové ose, která je následně využita v tvorbě ektodermu, mezodermu a endodermu. Přes důležitost tohoto procesu je většina vědomostí o distribuci molekul podél animálně-vegetativní osy u obratlovců získána studiem modelu drápatky, založena na několika málo transkriptech a analyzovány jsou zejména póly vajíček. Tato práce doplňuje dosavadní poznatky využitím RNA sekvenování k charakterizaci a srovnání maternálního transkriptomu a jeho rozložení v rámci vajíček čtyř vzdáleně příbuzných modelových organismů - drápatky vodní (Xenopus laevis), axolotla mexického (Ambystoma mexicanum), jesetera malého (Acipenser ruthenus) a dánia pruhovaného (Danio rerio). Nalezli jsme několik animálně-vegetativních gradientů a můžeme je rozdělit do podskupin extrémně animální, animální, centrální, vegetativní a extrémně vegetativní. Existuje velmi nízká shoda u vegetativních transkriptů...
|
|
|
Barcoding českých denních motýlů
ŠKOPEK, Patrik
Cílem této práce bylo vyizolovat DNA denních motýlů z území ČR a osekvenovat u všech mitochondriální gen cytochrom c oxidázu podjednotku 1 (tzv. barcode), abych zjistil jejich genetickou příbuznost, vnitrodruhové vztahy a geografické odlišnosti. Druhým úkolem bylo porovnat získané sekvence DNA s ostatními státy Evropy. Vyizoloval jsem DNA z noh motýlů, naklonoval vybraný úsek DNA pomocí PCR (polymerázové řetězové reakce) a ověřil kvalitu PCR produktů pomocí elektroforézy. Produkty PCR byly osekvenovány. Celkově bylo v této práci použito 500 sekvencí z 87 druhů (61,7 % fauny). Z těchto sekvencí byl sestaven fylogenetický strom metodami maximální věrohodnosti a Baysovské inference. Za účelem nalezení potencionální kryptické biodiverzity a odlišných linií byly pomocí analýzy GMYC všechny druhy rozděleny do čtyř skupin: 71 druhů (81,6 %) patřící do jedné entity, 4 druhy (4,6 %) sloučené do dvou entit, 10 druhů (11,5 %) rozděleno na více entit (potencionální kryptická diverzita) a 2 druhy (2,3 %) rozdělené a sloučené s jiným druhem. K českým vzorkům 33 druhů z čeledi Lycaenidae byly přidány vzorky pocházející s Rumunska a Německa a jejich příbuznost byla porovnána na základě fylogenetického stromu. Pro 10 druhů (30,3 %) chyběla data pro jednu ze srovnávacích zemí, 19 druhů (57,7 %) bylo příbuzných jak rumunským, tak německým vzorkům, 1 druh (3 %) byl příbuzný rumunským vzorkům, 1 druh (3 %) byl příbuzný německým vzorkům a 2 druhy (6 %) tvořily samostatnou českou větev. Tato práce sloužila jako předběžná studie české motýlí mitochondriální diverzity a účinnosti barcodingu, ale k dokončení studie je potřeba více dat.
|
|
|
Pohádka jako prostor pro výtvarnou reinterpretaci
Švajková, Monika ; Velíšek, Martin (vedoucí práce) ; Kafková, Helena (oponent)
Pohádka jako prostor pro výtvarnou reinterpretaci Bc. Monika Švajková Abstrakt Diplomová práce představuje autorský pohled na vývoj pohádky v Evropě a její proměnu od 19. století do současnosti v literatuře, výtvarném umění přidružených oborech. Jejím cílem bylo vytvořit výtvarný projekt, který by spojoval kulturu České republiky a Finska skrze pohádky a výtvarné umění. Vzniklé didaktické úlohy rozvíjí v jedné zemi pohádky druhé země skrze současné umění. V úlohách se uplatňuje na několik pojetí výuky, jelikož realizace proběhla na základní umělecké škole, gymnáziu a laponské umělecké galerii. Výtvarný projekt uzavírá autorská výtvarná řada rozvíjející tématiku lesa jako prostoru pro aktualizaci pohádek a současně zachycuje autorský pohled na tematiku pohádky. Výsledkem a přínosem diplomové práce bylo ověření didaktických úloh, které by v současném výtvarném umění aktualizovali klasickou dětskou literaturu a to v kontextu dvou zemí.
|
|
|
Štúdium variability sekvencie v géne MC1R u rôznych druhov zvierat
Dolnáková, Lenka
Zbarvení je důležitým fenotypovým znakem živočichů a významnou roli hraje i při charakteristice jednotlivých živočišných druhů. Zásadní roli v zbarvení plní gen MC1R. Diplomová práce je zaměřena na studium variability sekvence v tomto genu a následnou tvorbu fylogramů u vybraných druhů Bos Primigenius Taurus, Sus Scrofa, Equus Caballus a Canis Lupus Familiaris. Pro zvolený úsek sekvence exonů byly v pro-gramu Oligo navrženy vlastní primery. Na základě sekvenování byly detekovány známé polymorfismy u Canis Lupus Familiaris a Equus Caballus. U Canis Lupus Familiaris se jednalo o polymorfismus na pozici 790 A>G. Všech N osekvenovaných vzorků (N = 10) bylo nositelem alely E (790AA). U Equus Caballus se jednalo o polymorfismus 901 C>T, přičemž ve vzorcích se nacházely zástupci všech genotypů nEE(901CC) = 2, nEe(901CT) = 2, nee(901TT) = 6. Práce poskytuje i ucelený přehled postupu tvorby fylogenetických stromů. Na fylogenetickou analýzu byly vlastní sekvence navýšeny o sekvence dalších druhů zvířat získaných z volně dostupných genomických databází. Rekonstrukce proběhla v pro-gramu MEGA X vybranými vzdálenostními a znakovými metodami. Interpretovány mohly být jen uzly s bootstrapovou podporou ≥ 70. Jako substituční model byl zvolen JC69 a HKY85 model. Výběr modelů byl statisticky podpořen testovanou věrohodností v programu Model Generator s podporou P < 0,0001. Stromy, získané jednotlivými metodami, byly porovnávány Pearsonovým korelačním koeficientem.
|
host ::
RSS.