Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 47 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Vyhledávání homologních genů pomocí metod zpracování signálů
Kamar, Yana ; Jugas, Robin (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce obsahuje teoretický úvod do molekulární biologie a genetiky na potřebné úrovní, včetně popisu stavby DNA a homologních genů. Jsou popsané pevné a fyzikálně- chemické typy mapování nukleotidů, metody zpracování digitálních signálů. V prostředí MATLAB byli naprogramované numerické reprezentace genů, jmenovitě: rozbalená a kumulovaná fáze, denzitní vektory. S použitím rozbalené fáze a denzitních vektorů s různou délkou bylo uskutečněno vyhledávání CDS úseku v celém genomu pomocí metrických vzdálenosti (euklidovské a canberrské) a korelace. Dále s použitím metrických vzdálenosti byl vyhledán homologní gen v více či méně podobných bakteriálních genomech. Výsledkem je orientační práh vzdálenosti(euklidovské a canberrské) pro nalezení homologních genů v genomech.
Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Kupková, Kristýna (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá problematikou pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu. Práce je rozdělena na dvě části. První část se věnuje teorii a vysvětlení základních pojmů, konkrétně popisuje mitochondriální genom, nukleotidové mutace, pozitivní a negativní selekci a v neposlední řadě evoluční modely. Druhá část je zaměřena na praktické zpracování mitochondriální DNA a vytvoření funkcí v programovacím prostředí R. Důraz je kladen především na zarovnání sekvencí genů a hledání substitucí. Získané výsledky jsou následně porovnávány s výstupy z programů PAML a KaKs Calculator.
Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Klouba, Lukáš ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání.
Identification of LTR retrotransposons in human genome
Trott, Eduard ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The goal of this thesis is to provide a literature review on methods for searching of LTR retrotransposons in the human genome. The thesis characterizes the potential problems related to a given topic and provides implementation of novel suitable searching algorithm. The result of algorithms containing all found LTRs were statistically compared with several existing tools for de novo identification of retroelements.
Predikce replikačního počátku v prokaryotních genomech
Lebó, Marko ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá problematikou detekcie replikačných počiatkov (oriC) v genómoch prokaryotických organizmov. Popisuje rozdiely v procesoch iniciácie replikácie u organizmov dvoch domén prokaryotických organizmov – Bacteria a Archea, zaoberá sa možnostami prevodu znakových sekvencií DNA do numerických reprezentácií DNA a zároveň vyhodnocuje ich použiteľnosť pre detekciu oriC. Ďalej objasňuje spôsoby detekcie oriC a popisuje funkciu už existujúcich programov na detekciu oriC. Na záver predkladá návrh nového nástroja na detekciu oriC v genómoch baktérií – FindOri a diskutuje výsledky dosiahnuté pri testovaní tohoto nástroja.
Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
Numerické reprezentace proteinových sekvencí pro klasifikaci
Bartoň, Vojtěch ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
S rozmachem bioinformatiky vyvstala možnost analyzovat a~srovnávat i~rozsáhlé soubory nejen genomických, ale i~proteomických sekvencí. Byla tedy nutnost zavést numerické reprezentace sekvencí pro jejich počítačové zpracování. Reprezentace proteinových sekvencí má svá specifika a~často vyšší výpočetní náročnost, než reprezentace genomických sekvencí. V~práci je představeno několik různých metod přístupu k~numerickým reprezentacím proteinů. Vybrané metody jsou poté testovány na setu mitochondriálně kódovaných proteinů a srovnány se standardní taxonomií a s běžně používanou symbolickou reprezentací.
Metody predikce genů v prokaryotických genomech
Nykrýnová, Markéta ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodami predikce genů v prokaryotických organismech. V první části je popsána prokaryotická buňka včetně genomu, exprese genetické informace a rozdělení metod pro predikci genů. Dále je zde uveden popis tří vybraných softwarů, které predikci provádějí. V praktické části je rozebráno testování softwarů a vyhodnocení jejich účinnosti na daném genomu. Nakonec je zde popsán vytvořený program pro hledání genů a jsou zde uvedeny výsledky jeho účinnosti.
Metody vyhledávání tandemových repetic v DNA sekvencích
Havlík, Kryštof ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této práci je objasněna základní problematika repetitivní DNA a jsou zde zhodnoceny vyhledávače tandemových repetic bezplatně dostupné široké veřejnosti. V praktické části práce je popsán algoritmus sloužící k vyhledávání tandemových repetic založený na převodu sekvence DNA do číselného formátu. Následuje zpracování vzniklého signálu pomocí krátkodobé Fourierovy transformace, vytvoření spektrogramu, jehož analýza slouží k nalezení pozice a obsahu repetitivních oblastí. Výsledkem práce je porovnání výstupů vybraných volně dostupných programů s vytvořeným programem a zhodnocení výhod a nevýhod.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 47 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
1 Maděránková, D.
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.