|
|
Příprava DNA s lokálními strukturami
Lofítková, Ellen ; Pernicová, Iva (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V práci jsem se soustředila na kvadruplexy a křížové struktury DNA. Byly zkoumány plazmidy pBluescript a od něj odvozené vložením oligonukleotidové sekvence. In silico analýzou v QGRS Mapper a Palindrome analyser byly vyhledány sekvence tvořící kvadruplexy a křížové struktury. Plazmidy byly transformovány do E. coli, izolovány a poté podrobeny štěpení enzymy S1 nukleázou a restrikční endonukleázou ScaI. Rozštěpení S1 nukleázou vypovídalo o přítomnosti lokální struktury. Kombinované štěpení S1/ScaI nepřineslo přesvědčivé výsledky kvůli ztrátě DNA při přečištění.
|
|
|
Vliv teploty a sucha na obsah proteinů gliadinové frakce u dvou odrůd pšenice
Seidlová, Kateřina ; Brázda, Václav (oponent) ; Hrstka, Miroslav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem teploty a sucha na obsah proteinů gliadinové frakce u dvou odrůd pšenice. Vybranými odrůdami byly Hyfi a Julie kultivované při teplotách 26, 29, 32, 35 a 38 °C v podmínkách, kde bylo kontrolováno zavlažování. Pro vzorky kultivované za vlhka měla půda vlhkost větší než 70 %, za sucha měla půda vlhkost nižší než 30 %. Po sklizni byla zrna rozemleta na mouku, ze které byly gliadiny extrahovány 2-chlorethanolem. Pro separaci gliadinů byla použita metoda A PAGE, kvantifikace byla provedena počítačovou denzitometrií. Byl zjištěn výrazný vliv genotypu na lepkové proteiny. Zatímco u odrůdy Hyfi při současném působení sucha neměla teplota v rozmezí 26–38 C výrazný vliv na obsah gliadinů, u odrůdy Julie vykazoval obsah gliadinů zřetelné maximum při 32 °C. Odrůda Hyfi se tedy vyznačovala větší odolností vůči teplotnímu stresu než odrůda Julie. U obou odrůd byl obsah gliadinů vyšší za sucha než při zavlažování.
|
|
|
Příprava konstruktů pro izolaci proteinů a jejich testování
Osadchuk, Olha ; Kostovová, Iveta (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřená na popis produkce rekombinantních proteinu. Pro studium dané problematiky byl zvolen protein p53, který je jedním z hlavních nádorových supresorových proteinu. Protein p53 je zodpovědný za regulaci mnoha genů, které mohou kontrolovat buněčný cyklus a replikaci DNA, a je nejčastěji mutovaným genem u nádorových onemocněni člověka. Pro danou prací byly zvolený různé varianty bodových mutaci proteinů p53, které mohou ovlivnit jeho vazebné vlastnosti a funkce. Znalosti mechanizmu působení mutovaných p53 proteinů v buňce je důležité pro efektivní léčbu rakoviny. V teoretické části jsou popsaný vlastnosti proteinu a jednotlivé expresní systémy, metody Gateway klonováni, a metody použité při purifikaci a izolaci proteinů (afinitní chromatografie, SDS-PAGE analýza a Western blot analýza). V experimentální časti jsou popsané postupy přípravy expresních vektoru pomoci Gateway technologie, transformace do buněk a izolace plazmidové DNA. Klonováním byly připraveny tři expresních klony a po jejich transformace do kompetentních buněk byla provedena izolace DNA.
|
|
|
Optimalizace izolace DNA jogurtových kultur a její detekce pomocí RT-PCR
Šurková, Alice ; Němcová, Andrea (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V rámci práce byla optimalizována izolace DNA z čistých jogurtových kultur i z jogurtových výrobků. Izolovaná DNA byla následně podrobena analýze pomocí RT-PCR. V první části práce byla vyhodnocena izolace DNA z čistých jogurtových kultur pomocí komerčního kitu jako efektivnější než izolace fenolovou extrakcí a pomocí magnetických mikročástic. K posouzení kvality a kvantity získané DNA bylo použito spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty a qPCR. Pomocí komerčního kitu pak byla získána DNA v kvalitě vhodné pro PCR celkem z deseti čistých jogurtových kultur. V druhé části práce byla provedena izolace bakteriální DNA z jogurtových výrobků pomocí komerčního kitu s předchozím promytím vzorků lyzačním roztokem. Takto byla DNA izolována ze šesti jogurtových výrobků. Dále byly z těchto výrobků zaočkováním do mléka vyrobeny dvě várky domácích jogurtů, z nichž byla izolována DNA stejným způsobem. DNA získaná z jogurtů byla podrobena RT-PCR se šesti dvojicemi primerů (V3_F a V3_R, V6_F a V6_R, V1_F a V1_R, GroHRM_F a GroHRM_R, UPF a UPR, P1V1 a P2V1) a s DNA z čistých kultur jako pozitivními kontrolami. Z výsledků byla potvrzena přítomnost deklarovaných kultur v jednotlivých jogurtech a jejich schopnost množit se i po zaočkování do nového média (mléka).
|
|
|
Testování viability nádorových linií buněk po působení chemických látek a chemoterapeutik
Horáčková, Lucie ; Zemanová, Jana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V teoretické části jsou rozebrány jednotlivé typy testů viability založené na kolorimetrických změnách roztoku. Dále jsou charakterizovány proteiny HSP, které nejsou spojovány pouze s teplotním šokem, ale projevují se také během jiných stresů, například při vystavení buňky UV záření, chladu, extrémnímu pH či těžkým kovům. Pro buňku jsou důležité, protože pomáhají vytvořit správnou konformaci proteinů, které byly poškozeny buněčným stresem. Interagují také s novými nesbalenými proteiny a zajišťují jejich správné skládání. Proteiny, které jsou molekulárními chaperony ovlivňovány se souhrnně nazývají klientské proteiny. Některé HSP se také podílejí na transportu přes membránu či degradaci. S těmito proteiny kooperují tzv. kochaperony, ty jsou u proteinů teplotního šoku důležité, protože jim pomáhají při sbalování proteinů, a to zejména tím, že katalyzují hydrolýzu ATP na ADP. Také je zde popsána cisplatina a její deriváty, včetně mechanismu působení a nežádoucích účinků. Práce byla zaměřena na zjištění cytotoxicity cisplatiny a jejích derivátů. Po navození stresových podmínek v buňce působením cytostatik byly zjištěny změny v množství proteinů teplotního šoku a kochaperonů. Pomocí konfokální mikroskopie byla zjištěna lokalizace proteinů teplotního šoku a proteinu p53 v buňce.
|
|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Produkce a purifikace izoforem proteinu p53 v bakteriálním expresním systému
Vadovičová, Natália ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Protein p53 není jediným proteinem, který je kódován tumor-supresorovým genem TP53. Alternativním sestřihem, alternativním použitím promotoru a alternativními počátky translace může dojít k expresi až jedenáct dalších izoforem. Tyto izoformy byly ve zvýšeném množství pozorovány v nádorových tkáních. Jelikož jsou izoformy proteinu p53 sekvenčně, a tedy i strukturně odlišné oproti proteinu p53, mění se tím i jejich vazebné vlastnosti a funkce v buňce. Izoformy modulují funkci samotného proteinu p53, některé podporují jeho tumor-supresorovou funkci, jiné ji naopak potlačují. Objasnění mechanismu působení izoforem na děje v buňce by mohlo být využito k cílenému alternativnímu sestřihu vhodných izoforem a v léčbě rakoviny pomocí terapie založené na proteinu p53. Teoretická část diplomové práce shrnuje základní poznatky o proteinu p53 a o jeho izoformách, doplněné o výsledky výzkumů z posledních let týkajících se těchto izoforem. Dále je probrána použitá metoda, Gateway klonování. Cílem experimentální části práce byla produkce izoforem v bakteriálním expresním systému. Produkci předcházela příprava DNA sekvencí těchto dvanácti izoforem pomocí PCR a Gateway klonování. Klonováním bylo připraveno celkem dvanáct entry klonů obsahujících sekvence všech izoforem a také osm expresních klonů. Zároveň byly izolací získány a pomocí SDS-PAGE a Westernového přenosu ověřeny čtyři izoformy proteinu p53, a to p53, 40p53, 40p53 a 40p53. U izoforem budou v rámci navazujícího výzkumu testovány jejich DNA vazebné vlastnosti.
|
|
|
Biologické účinky látek izolovaných z jedinců řádu Isoptera
Dušková, Simona ; Hrstka, Miroslav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce byla zaměřena na sledování viability eukaryotických a prokaryotických buněk po působení chemických látek izolovaných z termitů. V poslední době přibývají důkazy především o antibakteriálních a antifungálních vlastnostech těchto obranných látek, které mohou najít široké využití nejen ve farmaceutickém průmyslu. V této práci byly studovány tři termití obranné látky: nerolidol, nitropentadecen a methylantranilát. Byly sledovány jejich antibakteriální účinky, minimální inhibiční koncentrace a minimální baktericidní koncentrace vůči kmenu STBL3 Escherichia coli. Dále byly studovány jejich cytotoxické účinky na eukaryotické nenádorové (HEK293FT) a nádorové buňky (MCF7) a vliv na plazmidovou DNA. Jako kontrolní látky sloužily antibiotikum ampicilin pro antibakteriální účinky a cytostatikum cisplatina pro cytotoxické účinky. V případě působení nerolidolu, nitropentadecenu a methylantranilátu na kmen STBL3 se antibakteriální aktivita neprokázala. Cytotoxické účinky se projevily u nerolidolu a nitropentadecenu. Zkoumané látky nezpůsobovaly modifikaci plazmidové DNA.
|
|
|
Earth-space path propagation characteristics in the climatic conditions of the Czech Republic from Alphasat Ka/Q band experiment
Fišer, Ondřej ; Brázda, Vladimír ; Pešice, Petr ; Grabner, M.
The objective of the activity is to prepare, realize and conduct experimental research of the influence of atmospheric phenomena on the Earth-space path propagation characteristics at 20 and 40 GHz (Ka/Q) bands in the specific climatic conditions of the Czech Republic (CR). The scientific approach is based on the comprehensive measurements of physical parameters of atmosphere together with concurrent measurements of propagation characteristics on the Earth-space path and on 10 collocated terrestrial paths with star configuration. The proposed activity will utilize the ESA Alphasat Mission Ka/Q experiment that is designed to investigate the propagation characteristics on slant paths in Europe and elsewhere.
|
|
| |
host ::
RSS.