|
|
Compression of biological sequences
Šurín, Tomáš ; Mráz, František (vedoucí práce) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
Objem dát získavaných sekvenovacími technológiami novej generácie rastie podstatne rýchlejšie ako kapacity úložných médií. Výstupy sekvenátorov okrem samotných prečítaných krátkych úsekov DNA obsahujú ďalšie informácie napr. o spoľahlivosti/kvalite čítania každého symbolu DNA. Takéto dáta je treba ďalej uchovávať aj po zostavení sekvencie kompletného genómu. Štandardným formátom pre ukladanie dát v tejto oblasti je formát SAM (Sequence Alignment/Mapping Format) a jeho binárna komprimovaná verzia BAM, ktorá umožňuje náhodný prístup k svojmu obsahu. V tejto práci popíšeme konštrukciu lepšej kompresnej schémy pre bezstratovú kompresiu súborov vo formáte SAM/BAM. Táto kompresná schéma dosahuje podstatne menšiu veľkosť komprimovaného súboru ako pri formáte BAM. Navyše však zostáva zachovaná možnosť náhodného prístupu k dátam v komprimovanom súbore. Implementácia tejto kompresnej schémy je platformovo nezávislá a umožňuje jednoduchú konfiguráciu použitých kompresných metód. Navrhovali sme ju tak, aby bola v budúcnosti možná jej jednoduchá rozšíriteľnosť - vďaka tomu bude možné reagovať na zmeny v sekvenovacích platformách, ako aj na zmeny vo formáte SAM.
|
|
|
The Screen of Laughter and Remembering: Cinematography and Post-Socialist Memory
Hladík, Radim ; Dvořák, Tomáš (vedoucí práce) ; Kusá, Zuzana (oponent) ; Hanáková, Petra (oponent)
PLÁTNO SMÍCHU A ZAPOMNĚNÍ: kolektivní paměť a reprezentace státního socialismu v české kinematografii V disertační práci se zabývám otázkou, jak se kinematografické reprezentace vztahují ke kolektivní paměti státního socialismu v České republice, respektive v Československu. V práci řeším nejprve teoretický problém, zda-li je vhodné subžánr historických filmů studovat jako typ vědění odpovídající historii, nebo sociální paměti.Tvrdím, že důležitý není rozdíl v médiu reprezentace, ale ve způsobech utváření vědění o minulosti. Přestože mohou existovat "historiofotické", tedy historiografické filmy, běžnou produkci dlouhých hraných filmů je vhodné studovat jako sociologický problém z hlediska kolektivní paměti. Zatímco historie představuje druh vědění utvářených poměrně jednoznačně vymezenou sociální skupinou, kolektivní paměť vzniká b bezpočtu sociálních lokací. Nemožnost hovořit o obsahu určité paměti bez analýzy sociálních charakteristik skupiny, jež ji vytváří, vyžadovala, abych se zabýval českými filmaři pomocí teorie sociálních polí Pierra Bourdieuho. Tato perspektiva umožňuje sledovat konflikt mezi úsilím některých filmařů o uměleckou autonomii na straně jedné a politikou či ekonomikou na straně druhé. Jejich celkové postavení ve společnosti se pak symbolicky pozvedává díky statusu intelektuálů, který...
|
|
|
Suffix tree construction with minimized branching
Bašista, Peter ; Dvořák, Tomáš (vedoucí práce) ; Kadlec, Rudolf (oponent)
Sufixový strom je datová struktura, která v textu umožňuje rychle vykonávat operace podobné vyhledávání. Aby ji bylo možné používat efektivně, musí být vytvořená rychle. V této práci se zaměříme na nový způsob simulace sufixových hran nazývaný "minimalizace větvení", který se snaží zvýšit rychlost konstrukce sufixového stromu pomocí znížení počtu větvícich operací. Naš hlavní cíl je předvést porovnání současných metod pro konstrukci sufixového stromu a poukázat na některé výhody a nevýhody jednotlivých postupů. Představíme, implementujeme a prakticky posoudíme několik variant standardních algoritmů jako jsou McCreightův a Ukkonenův, stejně tak jako algoritmu PWOTD, který byl původně navržen pro diskově orientovanou konstrukci. Náším hlavním výsledkem je ucelený popis a implementace těchto algoritmů, na kterých se dá dále stavět. Také předložíme jednoduchá doporučení ohledně toho kdy je vhodné použít konkrétní algoritmus a proč.
|
|
|
Komprese bitových map pomocí Grayova kódu
Škorvaga, David ; Dvořák, Tomáš (vedoucí práce) ; Gregor, Petr (oponent)
Práce se zabývá kompresí bitmapových indexů. Ke zmenšení bitmapových indexů se často používají specializované algoritmy, které hledají dlouhé řetězce stejných bitů. Řádky indexu je pak výhodné vhodně přerozdělit, aby algoritmus poskytoval co nejlepší kompresní poměr. Nalezení optimálního přerozdělení je sice NP-těžký problém, existují však účinné heuristiky, které setřídí index v polynomiálním čase. V poslední době se objevily experimentální studie, které místo klasického lexikografického třídění využívají třídění podle Grayova kódu. V této práci nahrazujeme klasický Grayův kód novou konstrukcí, která generuje komprimovaný Grayův kód. Konstrukci podrobně popisujeme a na reálných i náhodně generovaných datech zkoumáme, zda je při kompresi algoritmem WAH tento kód účinnější než klasický.
|
|
|
Kompaktní sufixový automat v posuvném okně
Filip, Ondřej ; Dvořák, Tomáš (vedoucí práce) ; Senft, Martin (oponent)
Kompaktní sufixový automat (CDAWG) je prostorově šetrnější variantou datové struktury pro indexaci slov zvané sufixový strom. Cílem této práce je implementace algoritmů pro CDAWG v posuvném okně a porovnání jejich vlastností. Posuvné okno je výhodné v případech, kdy není možné v paměti udržovat indexovou strukuturu pro celá indexovaná data. Jeden přesný posun okna je možné provést v čase lineárním k délce okna. Rovněž existuje aproximativní algoritmus vyžadující pro posun okna pouze konstantní čas. Korektnost tohoto algoritmu ovšem byla v této práci vyvrácena.
|
|
|
Rekonstrukce pořadí slov ve větách
Dvořák, Tomáš ; Vidová Hladká, Barbora (vedoucí práce) ; Mírovský, Jiří (oponent)
Rekonstrukcí původního pořadí slov věty je v této práci myšleno přerovnání slov věty takovým způsobem, aby vznikla gramaticky korektní věta v daném jazyce. Rekonstrukce původního pořadí slov ve větách je velice užitečná část au- tomatického zpracování přirozeného jazyka počítačem, která může nalézt široké uplatnění. Především velice důležitou roli hraje při automatickém překladu přirozeného jazyka, rozpoznávání řeči nebo při konstrukci umělých komunikačních partnerů. Řešení této úlohy je korpusově orientované a při řešení jsou použity dva přístupy: morfologický a syntaktický. Každý přístup využívá výstup externího modulu, který poskytuje požadované morfologické či syntaktické informace. Re- konstrukční procedura je navržena tak, aby byla jazykove nezávislá. Cílovými jazyky jsou čeština a angličtina. 1
|
|
|
Proměna postavení dítěte ve společnosti: mizející nebo nevinné dětství?
Papoušková, Kristina ; Balon, Jan (vedoucí práce) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
V bakalářské práci se zabývám tématem dětství, jeho vývojem a proměnou ve společnosti. Představuji zde disciplínu sociologie dětství, vymezuji oblast jejího zájmu, pozadí vývoje a stěžejní autory. Chci dokázat, že dětství není pouze životní etapa jednotlivce. Věnuji se zde dětství jako sociální entitě; v tomto kontextu lze dětství přirovnat k sociální konstrukci, jakou je gender nebo společenská třída. Vymezuji možné podoby dětství, mezi které patří například téma mizejícího dětství. Snažím se zdůraznit, že dětství nebylo ve společnosti obsaženo vždy ve stejné podobě. V neposlední řadě se zde snažím dekonstruovat mýtus nevinného dětství, který je typický pro západní společnost. Kromě teoreticky orientované části bakalářské práce obsahuje moje práce i empirickou část, v které analyzuji obrazy dětství tří generací žen, které prožívaly své dětství v různých obdobích 20. století v Československu. V analýze se zejména věnuji obrazu dětství v kontextu společenských změn, dále v souvislosti působení vzdělávacích institucí nebo o vztazích v dětském kolektivu. Snažím se zde zachytit obraz mizejícího dětství a mýtus dětské nevinnosti.
|
|
|
Odpoutané obrazy: archeologie (českého) virtuálního prostoru
Svatoňová, Kateřina ; Hanáková, Petra (vedoucí práce) ; Vojvodík, Josef (oponent) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
Postverbální směřování společnosti, nové technologie, digitalizace a prorůstání obrazů veřejnou i soukromou sférou vede teoretiky umění k zvýšenému zájmu o vizualitu jako takovou (W. J. T. Mitchell hovoří o "bouři obrazů", která se přehnala přes planetu).1 S vizuálním vyjádřením je pak nezbytně spojená kategorie prostoru2 a divácká prostorová zkušenost.3 Právě těmto tématům se věnovala má předchozí práce. V ní jsem obhájila tezi, že pro film je prostor primární kategorie. Prostor umožňuje nejen vyprávět příběh, zkonstruovat jasnou fikci, ale zároveň je nejdůležitější pro dešifrování předkládaných obrazů. Prostor omezený hranicemi a plochou plátna se totiž otvírá do prostoru ve filmu, do fikčního světa, který divák může pochopit za pomoci sestavování kognitivních map (mentálních prostorových konfigurací zobrazovaných informací).5 Prostor je tedy na jedné straně spoután limity média, na druhé straně umožňuje bezbřehou hru imaginace, a proto poskytuje pole otevřené mnohostranné komunikaci mezi divákem a autorem, skutečností a fikcí, a také mezi více médii. V práci jsem tak obhájila druhou tezi, že film je ze své podstaty intermédium. Stává se totiž rámem, ve kterém dochází k vrstvení a násobení mediálních fragmentů, jež obohacují narativní strukturu, pevné limity zdánlivě rozevírají a oživují vzdálené kulturní...
|
|
|
DJ - postmoderní fenomén : studie proměn identity narativní optikou
Marcinovová, Ivana ; Tuček, Milan (vedoucí práce) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
Diplomová práce se zabývá konstrukcí identit DJu. Jejím cílem je zjistit, jak DJové hovorí o umení DJingu, jak reflektují technologickou evoluci a jak operují v soucasných podmínkách informacního chaosu. Kvalitativní výzkum probíhal formou polostrukturovaných rozhovoru s predními ceskými a britskými DJi. Výchozí tematický rámec tvorí predevším teoretické koncepty soucasných autoru, zabývajících se principy postmoderního umení. Hlavním zámerem tohoto textu je predstavit významný kulturní fenomén, který ceské sociologii zatím uniká.
|
|
|
Hierarchická komprese
Kreibichová, Lenka ; Lánský, Jan (vedoucí práce) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
Většina textových kompresních metod je založena na podobném principu. Vstupní text je rozdělen na posloupnost textových jednotek. Těmito textovými jednotkami jsou zpravidla znaky, slabiky nebo slova. Vyhledávání redundancí nad delšími textovými jednotkami je u velkých souborů zpravidla efektivnější. Výběrem slov jako textových jednotek ale ztrácíme možnost minimalizovat redundance nad slabikami a písmeny. V této práci jsme navrhli kompresní metodu, která konstruuje hierarchickou gramatiku zachycující redundance slabik, slov a delších částí textu. Následně namísto textových jednotek kóduje tuto gramatiku. Navrhli jsme strategii pro vytvoření této gramatiky na základě vstupního textu a popsali efektivní způsob jejího kódování. Součástí práce je porovnání efektivity této kompresní metody s jinými textovými metodami.
|
host ::
RSS.