|
|
Impact of Toll-like receptor 4 polymorphism on pro-inflammatory responsiveness in great tit (Parus major)
Vinklerová, Jitka ; Bryja, Josef (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Toll-like receptor 4 (TLR4) je jedním z nejdůležitějších Pattern recognition receptorů, jehož úkolem je včasné rozpoznání bakteriální infekce. Po navázání endotoxinu (lipopolysacharidu, LPS) na TLR4 dochází ke spuštění signální kaskády vedoucí k produkci imunomodulčaních molekul, cytokinů. Jednou z funkcí cytokinů je řídit infiltraci leukocytů z krevního řečiště do místa zánětu, která vede ke vzniku otoku. Patogen je následně eliminován těmito buňkami fagocytózou a oxidačním vzplanutím. Je známo, že polymorfismus v TLR4 může ovlivňovat resistenci hostitelského organismu k některým chorobám. TLR4 by tak mohl hrát důležitou roli v koevoluci hostitele a parazita. Ve své diplomové práci jsem se zaměřila na aminokyselinovou substituci Q549R v TLR4, která je u sýkory koňadry asociovaná s mírou exprese ornamentálního zbarvení. U jedinců, kterým bylo injikováno LPS, došlo k poklesu poměru heterofilů a lymfocytů (H/L) v krvi. Tento pokles mohla způsobit infiltrace krevních buněk do zanícené tkáně. Naopak u zvířat, kterým bylo injikováno pouze PBS, došlo k nárůstu H/L, patrně v důsledku stresu. Prokázala jsem, že substituce Q549R nemá vliv na celkovou kondici či hematologické parametry jedince. Zjistila jsem však vliv interakce mezi genotypem Q549R hostitele a typem LPS (Escherichia coli / Salmonella...
|
|
|
Epigenetická regulace genů HLA II. třídy a její modifikace během života
Lamborová, Věra ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Úvod: Molekuly hlavního histokompatibilního komplexu (MHC) hrají důležitou úlohu v regulaci imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese je proto klíčovým faktorem ovlivňujícím adaptivní imunitní odpověď. Jedním z mechanismů této regulace je methylace DNA v promotorových oblastech, která ovlivňuje dostupnost DNA pro transkripční faktory. Stárnutí organismu je spojeno se změnami v methylaci DNA a zvýšená predispozice k rozvoji autoimunitních onemocnění ve stáří by proto mohla být spojena právě se změnami v methylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza methylačního stavu regulačních oblastí genů DQA1 a DQB1 a porovnání rozdílů mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQA1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve odebrané dárcům ze tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla modifikována bisulfitovou konverzí, dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQA1 a DQB1 a tyto úseky byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly sekvenovány a podrobeny methylační analýze. RNA byla pomocí reverzní transkripce přepsána do cDNA a relativní úroveň její exprese byla poté určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Statisticky významný rozdíl v...
|
|
|
Regulation of mast cell activation at the level of the high-affinity IgE receptor and STIM1
Bugajev, Viktor ; Dráber, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Hašek, Jiří (oponent)
(CZ) Tato disertační práce je zaměřena na dva důležité regulátory signalizace žírných buněk. Prvním z nich je komplex vysoce afinního receptoru pro imunoglobulin E (IgE) (FcεRI), který se podílí na získaných (adaptivních) imunitních odpovědí a druhý je stromální interakční molekula 1 (STIM1), která monitoruje hladiny vápníku v endoplasmickém retikulu (ER) a po uvolnění Ca2+ z ER se podílí na otevření vápníkovým uvolněním aktivovaných vápníkových (CRAC) kanálů. I když je struktura FcεRI známá již mnoho let a byla popsána řada molekul asociovaných s tímto receptorem, přesný molekulární mechanismus zahájení a ukončení FcεRI signalizace zůstává nejasný. V této studii jsme vyhodnotili dosavadní poznatky o molekulárních mechanismech iniciace fosforylace FcεRI s důrazem na nově popsaný model, podle kterého vzájemné interakce mezi protein tyrosin fosfatázami (PTPs) a protein tyrosin kinázami (PTKs) nastaví práh tyrosinové fosforylace FcεRI (PTK-PTP interakční model). Dále jsme rozšířili poznatky týkající se topografie fosfatáz citlivých k oxidaci po stimulaci FcεRI v rámci klastrů transmembrálních adaptorových proteinů: T buňky neaktivující "linker" (NTAL) a "linker" aktivovaných T lymfocytů (LAT). Žírné buňky původem z kostní dřeně (BMMC) jsme použili jako modelový systém pro získání nových poznatků o...
|
|
|
Myosin 1c isoforms and their functions in the cell nucleus and in the cytoplasm
Venit, Tomáš ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Hašek, Jiří (oponent)
Souhrn Jaderný myosin 1 je první myosin, který byl nalezený v buněčném jádře. Účastní se procesů jako je transkripce polymerasami I a II, remodelace chromatinu a pohyby chromosomů. Dosud však nebyl popsán přesný mechanismus funkce NM1 v buněčném jádře. Proto jsme připravili myš, která má deleci v genu kódujícím NM1 (NM1 KO). Myo1c je izoforma NM1, která byla charakterizována jako cytoplasmatická. Jediným rozdílem mezi těmito dvěma izoformami je 16 aminokyselin, které obsahuje NM1 na svém N-konci a které byly dříve považovány za jaderný lokalizační signál. Nám se ale podařilo ukázat, že obě izoformy jsou translokovány do jádra, protože jaderný lokalizační signál se nachází v krku, což je doména, která je společná pro obě izoformy. Navíc jsme ukázali, že poměr mezi oběma izoformami je v jádře i v cytoplasmě stejný a delece NM1 nezpůsobuje kompenzační expresi Myo1c. NM1 KO myši jsou životaschopné a vykazují minoritní změny v minerální hustotě kostí a velikosti červených krvinek. Dále jsme zjistili, že Myo1c může NM1 zastoupit ve funkcích jako je transkripce polymerasou I, což naznačuje, že tyto dvě izoformy jsou v buněčném jádře zaměnitelné a duplicitní. V cytoplasmě byla popsána interakce mezi Myo1c a PIP2, lipidem ze skupiny fosfoinositolů. Ukázali jsme, že PIP2 se nachází i v jádře, kde přispívá k propojení...
|
|
|
Myosin-PIP2 interaction in the cell nucleus
Yildirim, Sükriye ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Forstová, Jitka (oponent)
SOUHRN Přestože jaderný myosin 1 (NM1) a myosin 1C (Myo1C) jsou produkty stejného genu, jejich struktura není stejná. Díky alternativnímu startu transkripce obsahuje NM1 navíc 16 aminokyselin na N-konci. Podle dosavadních vědeckých studií je Myo1c lokalizován v cytoplasmě, zatímco NM1 je přítomen v jádře buněk. Proto byla za jaderný lokalizační signál (NLS) považována právě N-terminální extenze NM1. V této práci ovšem ukazujeme, že NLS je obsažena ve druhé IQ doméně, která váže kalmodulin (CaM) v závislosti na hladině vápníku. Vzhledem k tomu, že NLS je obsažen v doméně, která je společná pro NM1 i Myo1C, obě izoformy jsou schopny lokalizovat do buněčného jádra, což jsme experimentálně prokázali. Je známo, že Myo1C v cytoplasmě váže fosfatidylinositol 4,5-bisfosfát (PIP2) ocasní doménou. Testovali jsme, zda NM1 a Myo1c mohou interagovat s PIP2 v jádře. Zjistili jsme, že obě izoformy vážou PIP2 ocasem a tato interakce umožňuje vazbu dalších jaderných proteinů do tohoto lipoproteinového komplexu. PIP2 vytváří komplex s proteiny účastnícími se transkripce polymerasou I (Pol I) a následného úpravy rRNA. Kromě toho byl pozorován významný pokles v transkripční aktivitě Pol I po snížení hladiny PIP2. NM1 a aktin jsou z literatury známy jako proteiny podporující transkripci. Z našich experimentálních dat vyplývá,...
|
|
|
Elucidating the interactions of interleukin-1alpha with components of the eukaryotic transcription machinery
Zámostná, Blanka ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Mělková, Zora (oponent)
5 ABSTRAKT Interleukin-1α (IL-1α) je pleiotropní cytokin, který hraje klíčovou roli v imunitní odpovědi organismu. Je produkován jako prekursor o molekulové hmotnosti 31 kDa, který je štěpen cysteinovou proteázou calpainem za vzniku maturovaného IL-1α (17 kDa) a tzv. N-terminálního peptidu IL-1α (IL-1αNTP; 16 kDa). Ačkoliv IL-1α může být sekretován a spouštět dráhu signální transdukce skrze povrchové receptory cílových buněk, bylo zjištěno, že IL-1α se účastní také některých procesů v buněčném jádře. IL-1αNTP je u vyšších eukaryot vysoce konzervován a obsahuje jaderný lokalizační signál, díky kterému prekursor i samotný IL-1αNTP vstupují do buněčného jádra. Při předchozím výzkumu byla popsána genetická interakce IL-1α s jadernými histonacetyltransferázovými (HAT) komplexy v savčích buňkách a překvapivě také v heterologním kvasinkovém modelu. Tato disertační práce se dále věnuje výzkumu jaderné funkce IL-1α a přináší důkazy o fyzické interakci IL-1α s "HAT/Core" modulem kvasinkových histonacetyltransferáz SAGA a ADA. Výsledky pokusů zahrnujících knock-out jednotlivých podjednotek kvasinkových HAT komplexů a následné koimunoprecipitace poukazují na nový model skládání SAGA komplexu, ve kterém ADA představuje pravděpodobně jen částečně aktivní HAT komplex. V savčích buňkách jakožto přirozeném modelu pro...
|
|
|
Processing of different substrates by mammalian Dicer
Faltýnková, Jana ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Dráhy malých RNA představují u eukaryotických organismů sekvenčně specifické mechanismy regulující genovou expresi nebo zprostředkující antivirovou obranu. Společnou vlastností těchto drah jsou ~20 až 30nukleotidové malé RNA, které fungují jako sekvenčně specifičtí průvodci. Dráhy malých RNA se od sebe a mezi různými organismy liší v rolích, biogenezi malých RNA a způsobu regulace cílových molekul. U savců jsou 3 klíčové dráhy malých RNA: RNA interference, mikroRNA (miRNA) dráha a PIWI-interagující RNA (piRNA) dráha. Tvoření malých RNA pro RNA interferenci a miRNA dráhu je závislé na proteinu Dicer, který štěpí malé interferující RNA (siRNA) a miRNA z jejich prekurzorů: dlouhých dvouřetězcových RNA a vlásenek. Tato bakalářská práce poskytuje vhled do struktury a funkce savčího Diceru a do rozdílů ve zpracování pre-miRNA a prekurzorů siRNA.
|
|
|
Sledování buněčných populací z regresivních zubních primordií během ontogeneze
Řadová, Marie ; Hovořáková, Mária (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
(v českém jazyce) Vývoj zubního primordia u myší je důležitý model pro studium odontogeneze. U myší se během embryogeneze vyvíjí několik zubních rudimentů. Jsou to struktury, které se u jejich fylogeneticky starších příbuzných vyvíjí ve funkční zuby. Stejně tak můžeme vznik zubů z těchto zárodků iniciovat u některých myších mutantů. V mé diplomové práci jsme se zaměřili na význam rudimentárních struktur s odontogením potenciálem u postnatálních jedinců. Jako model vývoje jsme vybrali buněčnou populaci pocházející z rudimentálního primordia MS (mesial segment), které se vyvíjí v diastemě dolní čelisti během 12,5 embryonálního dne. Pomocí inducibilní Cre-lox technologie jsme označili buňky, které jsou v tomto čase součástí signální domény tohoto primordia. Jako marker těchto buněk byl použit gen Shh. Zjistili jsme, že tyto buňky dále přetrvávají jak prenatálně, tak také u postnatálních jedinců. Tuto buněčnou oblast jsme dále izolovali a testovali pomocí různých metod. Přišli jsme na to, že v buňkách postnatálního jedince se exprimují markery kmenových buněk (Sox2, Bmi1, Gli1) a také geny pro významné strukturní proteiny matrix skloviny: ameloblastin a amelogenin. Markery kmenových buněk se exprimují také v kultuře in vitro izolovaných buněk. Tato buněčná populace má tak zřejmě během dalšího života...
|
|
|
Autofágie v imunitním systému
Vávra, Dan ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Janštová, Vanda (oponent)
Autofagie je základní homeostatický proces - jeden ze základních mechanismů přežití v nepříznivých podmínkách. Autofagie chrání buňky různými způsoby: buňky jsou schopné rozložit své vlastní komponenty, recyklovat živiny, přetvářet se a zbavovat nežádoucích cytoplazmatických složek (a to vše zvláště nejen za podmínek nedostatku výživy). Přísně regulované autofagické procesy se podílejí na degradaci proteinů s dlouhou životností a celých organel, paradoxně však v některých případech tyto funkce významné pro přežití mohou být i škodlivé. Autofagie hraje důležitou roli při vývoji i potlačení nádoru, v imunitě a je nezbytná pro adaptaci na různé stresy z prostředí jako např. hladovění. Nedávné studie dokazují, že role autofagie je klíčová v imunologické kontrole bakteriálních, parazitárních a virových infekcí. Proces autofágie může degradovat intracelulární patogeny. Tato práce popisuje mechanismus autofagie a zaměřuje se na roli autofagie ve vrozené a adaptivní imunitě, shrnuje některé nové poznatky v pochopení funkce autofagie a její možnou roli v příčinách a prevenci chorob.
|
|
|
Interaktom N-terminální domény IL-1α
Dolečková, Denisa ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Interaktom N-terminální domény IL-1α Cytokiny jsou vysoce účinné mediátory produkované nejrůznějšími buněčnými typy v rámci imunitního systému i mimo něj za účelem ovlivnění směru, intenzity a doby trvání imunitní odpovědi a zánětlivého procesu. Jejich biologické efekty zprostředkované vazbou na vysokoafinitní membránové receptory a spuštěním dráhy signální transdukce jsou většinou dobře definované. Stále častěji se však ukazuje, že některé cytokiny mohou kromě exokrinní funkce působit také intrakrinně. Pro takové cytokiny se vžilo označení "cytokiny s duální funkcí". Jedním z těchto cytokinů je interleukin-1α, u kterého se v poslední době výzkum zaměřil na nalezení jeho intracelulárních funkcí. Intracelulární funkce interleukinu-1α zatím nebyla přesně definována. Pro její existenci však, kromě absence klasické hydrofóbní sekretorické sekvence, svědčí také fakt, že v rámci jeho prekurzoru obsažený N-terminální peptid je vysoce konzervovaný a obsahuje jaderný lokalizační signál. Cílem této práce je definovat podmínky lokalizace N-terminálního peptidu interleukinu-1α v různých buněčných kompartmentech a pomocí fluorescenční mikroskopie studovat proteiny potenciálně s ní interagující. Klíčová slova: Interleukin-1α, N-terminální doména IL-1α, duální cytokin, intrakrin, jaderná relokalizace, tumor supresorový...
|
host ::
RSS.