|
|
Cystická fibróza a novorozenecký screening cystické fibrózy v ČR
Balaščáková, Miroslava ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Kadlecová, Jitka (oponent) ; Hřebíček, Martin (oponent)
Cystická fibróza (CF; OMIM #217900; patří mezi nejčastější závažné autozomálně recesivní onemocnění u evropských populací. Údaje o jejím výskytu se však značně liší. Obecně se udává incidence v evropské populaci 1:2500 -1: 4500. V České republice byla incidence CF stanovena dřívějšími epidemiologickými (3,4,5) a následně molekulárně genetickými metodami (6,7) na 1:2736 novorozenců. Jedná se o multiorgánové onemocnění primárně postihující plíce, exokrinní funkci pankreatu, játra, střeva a mužský reprodukční systém. Dosud není k dispozici kauzální léčba, nicméně délka a kvalita života pacientů s CF se v posledních desetiletích významně zlepšila. Zatímco v 50. letech minulého století umírala většina dětí v kojeneckém věku, v současnosti se ve vyspělých zemích nemocní mohou dožít i 50 let. Zlepšuje se i kvalita života nemocných. V České republice podle dat z národního registu (www.cfregistr.cz) je medián věku 25,3 roků a např. v USA činí medián 36,9 let. Intenzivní léčba na jedné straně prodlužuje střední délku života, ale na druhou stranu přispívá k rozvoji sekundárních komplikací CF. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice
Paulasová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Téma: Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice Chromosomové abnormality jsou jednou z hlavních příčin vrozených vad, poruch fertility a/nebo lidské infertility. Přibližně 40-50% lidských plodů je chromosomově abnormálních. Chromosomové abnormality jsou příčinou asi 6% potratů v prvním trimestru těhotenství a vyskytují se u přibližně u 0,6% živě narozených dětí. Většina těchto CA má svůj původ v gametogenezi a vzniká poruchou procesu meiosy. Každá gameta je finálním a originálním produktem meiosy, nesoucí originální chromosomovou výbavu. Cytogenetické vyšetření gamet představuje proto důležitý úkol z hlediska porozumění mechanismu, původu a etiologie výše zmíněných chromosomových abnormalit. V tomto ohledu vyšetření gamet však představuje technicky náročný úkol. Moje Ph.D. práce je zaměřena na rozvoj nových technik pro detekci chromosomových abnormalit v gametách a embryích. Vyvinuli jsme PNA-FISH metodu jako alternativu ke konvenční FISH a PRINS metodě, pro rychlou, účinnou a robustní in situ detekci chromosomových abnormalit v lidských gametách, polárních tělíscích a blastomerách. S použitím přímo značených PNA sond pro chromosomy 1, 4, 9, 16, X a Y jsme provedli jednoduchou i vícebarevnou PNA-FISH metodu. Tato práce potvrzuje efektivitu multibarevné PNA-FISH reakce jako...
|
|
|
Studium aneuploidie v gametách a embryích
Diblík, Jan ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Forejt, Julius (oponent) ; Rubeš, Jiří (oponent)
Doktorská disertační práce se zabývá vypracováním a zavedením zdokonalených molekulárně cytogenetických vyšetření pro reprodukční genetiku. Zahrnuje metody klinické přímo užívané ke zlepšení diagnostiky a terapie pacientů z neplodných párů i metody experimentální, které pokud se jejich přínos prokáže, mohou být základem nových diagnostických postupů. Práce se soustřeďuje na studium aneuploidií, neboť představují závažnou komplikaci lidské reprodukce a jsou zásadním problémem léčby metodami asistované reprodukce. Cíle Z klinického hlediska bylo hlavním cílem práce bylo zavedení vyšetření chromosomů spermií, polárních tělísek a blastomer pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH) pro prefertilizační a preimplantačního diagnostiku aneuploidií Hlavním výzkumným cílem bylo provedení studie lokalizace chromosomů v jádrech blastomer odebraných pro preimplantační vyšetření po mimotělním oplození. Záměrem bylo zjistit, zda pro polohu chromosomů z hlediska umístění ve středu nebo na periferii jádra platí u blastomer podobná pravidla jako u jiných buněčných typů v pozdějších stádiích vývoje a zda je poloha chromosomů ovlivněna aneuploidií. Dále jsme si dali za cíl pátrat pro periferní lokalizaci chromosomu X v buňkách s více kopiemi chromosomu X. Ta by mohla být projevem inaktivace chromosomu X, která dle...
|
|
|
Molekulární syndromologie: molekulárně genetické příčiny vzácných onemocnění na příkladu Kabuki a Kabuki-like syndromů
Paděrová, Jana ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Kabuki syndrom (KS) je dominantně dědičné onemocnění způsobené většinou de novo patogenními mutacemi v genech KMT2D (dříve MLL2) nebo KDM6A. Jedná se o vzácné multisystémové onemocnění charakterizované především intelektovou nedostatečností (ID - "intellectual disability") a typickou obličejovou dysmorfií. KS je klinicky velmi heterogenní, což znesnadňuje jeho klinickou diagnostiku. Prvním cílem této dizertační práce bylo zavedení testování patogenních mutací ve dvou známých KS kauzálních genech metodou Sangerova DNA sekvenování a následně metodou MLPA (Multiple Ligation Probe Amplification) na pracovišti Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN Motol a následně pak identifikace mutací v genech KMT2D či KDM6A u reprezentativního souboru 43 pacientů s fenotypem typickým pro KS, kteří byli indikováni k tomuto molekulárně genetickému vyšetření z několika spolupracujících genetických ambulancí v České republice. Výsledkem této studie bylo potvrzení či vyvrácení klinické diagnózy pacienta, studium spektra mutací v genech KMT2D/KDM6A v české populaci, korelace fenotypu s genotypem a zhodnocení využití fenotypového "MLL2-skóre" (publikovaného Markrythanasisem et al., 2013) jakožto predikčního nástroje k selekci pacientů pro sekvenování genu KMT2D. U 40% (17/43) analyzovaných pacientů s KS...
|
|
|
Využití sekvenačních metod nové generace pro objasnění fenotypu podobného CF u pacientů s nejasnou molekulární podstatou onemocnění.
Matějčková, Iva ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Cystická fibróza (CF) je geneticky podmíněné, autozomálně recesivní onemocnění, které se vyskytuje s prevalencí v evropské populaci přibližně 1:2500 - 1:1800. U tohoto onemocnění dochází k mutaci v CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) genu s následnou poruchou chloridových kanálů. U takto postižených jedinců pozorujeme zejména chronické dýchací obtíže, pankreatickou insuficienci, vysokou koncentraci chloridových iontů v potu a obstruktivní azospermii. Genetické vyšetření CFTR genu je indikováno u jedinců, kteří splňují klinický obraz CF a mají pozitivní potní test (zvýšená koncentrace chloridů v potu). Genetické vyšetření CFTR genu se většinou provádí pomocí komerčních kitů detekujících nejčastější mutace CFTR genu na území České republiky. Při negativním nálezu je dále prováděna metoda MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification), která zachycuje rozsáhlejší delece a duplikace v genu. V případě negativního nálezu se provádí sekvenace všech exonů CFTR genu. I přes velmi dobře zavedený algoritmus vyšetření zůstávají někteří pacienti trpící projevy CF bez objasnění příčiny jejich onemocnění na genetické úrovni. Díky rozvoji sekvenování nové generace je možné diagnostiku CF zefektivnit a odhalit varianty, které nebyly zachyceny předešlými metodami.
|
|
|
Molekulární analýza vybraných dědičně podmíněných onemocnění
Mrázová, Lenka ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Jirsa, Milan (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Urcení vztahu mezi onemocnením a jeho molekulární podstatou je jedním z hlavních cílu lékarské genetiky. V rámci studie: "Molekulární analýza vybraných dedicne podmínených onemocnení" byly popsány postupy, které vedou k objasnení molekulární podstaty u onemocnení s již známými odpovednými geny i u onemocnení, u kterého byl odpovedný gen teprve identifikován. Studie prispela k rozšírení znalostí zkoumaných dedicných onemocnení. Zavedené postupy molekulárních analýz jsou soucástí diagnostiky na Ústavu dedicných metabolických poruch v Praze. Výsledky techto analýz slouží k prevenci, prognóze i lécbe onemocnení a u postižených rodin byla umožnena prenatální diagnostika. Výsledky byly publikovány v nekolika domácích i zahranicních odborných casopisech a prezentovány na mezinárodních konferencích. Nekteré z publikací byly dále citovány.
|
|
|
Genetic factors in aetiology and phatogenesisof low gamma-glutamyltransferase cholestasis and hereditary jaundice
Cebecauerová, Dita ; Jirsa, Milan (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Souhrn (Česky) Identifikace genů kódujících hepatocelulární přenašeče a funkční charakterizace jednotlivých proteinů v posledním desetiletí umožnily vedle zrychlení a zpřesnění diagnostického procesu cholestázy i bližší studium regulace genové exprese a tím potenciální možnosti jejího ovlivnění. Tato práce ilustruje současný pokrok na poli geneticky podmíněných cholestáz a zaměřuje se na cholestázy s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy (γGT) a dědičně podmíněné žloutenky. Studie popisuje různé poruchy transportního systému hepatocytů, charakterizuje mutace a jejich fenotypické následky a rozšiřuje tyto analýzy o podrobnou charakterizaci regulačních oblastí genu ATP8B1. Oddíly týkající se cholestáz s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy - popisují vzácný nalezený typ inserčně-deleční mutace asociované s benigním průběhem progresivní familiární intrahepatální cholestázy 1. typu a diskutují možný mechanismus vzniku mutace a její pravděpodobný vliv na funkci proteinu FIC1. - shrnují rozsáhlou genetickou analýzu pacientů se závažnou formou progresivní intrahepatální cholestázy 2. typu, podmíněnou mutacemi v BSEP (Bile Salt Export Pump). Studie se zabývá korelací genotypu a fenotypu u 109 postižených rodin, diskutuje vliv jednotlivých mutací, zejména typ, lokalizaci a stupeň konzervace, na...
|
|
|
Zvýšení diagnostické efektivity QF-PCR pro vyšetření aneuploidií z plodové vody
Sedláková, Zdeňka ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Šolc, Roman (oponent)
Kvantitativní fluorescenční polymerázová řetězová reakce (QF-PCR) je molekulárně genetická metoda založená na amplifikaci krátkých tandemových repetic (Short tandem repeats, STR) a měření výšek píků amplikonů na elektroforeogramu. V současné době je QF- PCR považována za spolehlivou, rychlou a levnou metodu nahrazující postupně běžné cytogenetické analýzy aneuploidie (vyšetření z dlouhodobých kultur buněk plodové vody). Přesto však v některých případech nelze pomocí QF-PCR určit parentální a meiotický původ aneuploidie. Cílem mé práce bylo ověřit nové dinukleotidové STR markery na chromozomech 13, 16, 18, 21 a 22. Dále zvýšit diagnostickou efektivitu QF-PCR přibráním dalších tetranukleotidových STR markerů na chromozomech 15, 16, 22 a zjistit populační a analytické charakteristiky těchto markerů. U všech dinukleotidových STR markerů se vyskytovaly ve větší míře stuttery, a proto nejsou vhodné pro účely rutinní diagnostiky. STR markery pro chromozomy 15, 16 a 22 byly ověřeny na 100 pacientech. Byly vybrány 4 informativní markery pro chromozom 16, 4 pro chromozom 22 a 3 pro chromozom 15. V diplomové práci jsem tak rozšířila spektrum diagnostických STR markerů. Klíčová slova: QF-PCR, STR markery, prenatální diagnostika, trizomie.
|
|
|
Sledování genetických faktorů ovlivňujících riziko vzniku a průběh karcinomů kolorekta a pankreatu
Mohelníková Duchoňová, Beatrice ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Úvod: Cílem této práce bylo sledování genetických faktorů ovlivňujících riziko vzniku a průběh karcinomů kolorekta a pankreatu. První část se zabývá etiologickými faktory, a to vlivem polymorfismů v biotransformačních enzymech a genetických alterací v genu CHEK2 na vznik těchto malignit. V druhé části jsou analyzovány geny transportu cytostatik jako případné prognostické a prediktivní markery odpovědi na onkologickou léčbu. Materiály a metody: Polymorfismy a další genetické alterace byly zjišťovány pomocí real-time PCR, alel-specifické PCR a PCR-RFLP metody v DNA získané z krve pacientů. Byla hodnocena frekvence polymorfismů a posuzován jejich význam s ohledem na dostupná epidemiologická data. Exprese genů byly stanoveny metodou qPCR v párových vzorcích tkání nádoru a okolního parenchymu. Výsledky: Pro většinu námi sledovaných polymorfismů se nepodařilo prokázat vztah mezi jejich přítomností a rizikem vzniku obou těchto malignit. Variantní alela CYP2A13*7, byla nalezena u 7 z 265 hodnocených zdravých kontrol, ale nebyla nalezena u žádného pacienta s karcinomem pankreatu. Výskyt variantní alely GSTP1-Val a genotypu GSTT1-null byl naopak spojen se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu pankreatu (OR=2,38; 95% CI=1,17- 4,83). V souboru pacientů s kolorektálním karcinomem byl genotyp GSTT1-null v kombinaci...
|
|
|
Detekce minimální reziduální choroby v kostní dřeni a periferní krvi u pacientek s karcinomem prsu.
Čabiňaková, Michaela ; Tesařová, Petra (vedoucí práce) ; Konopásek, Bohuslav (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Úvod: Výskyt diseminovaných nádorových buněk (DTCs) a cirkulujících nádorových buněk (CTCs) je spojen se špatnou prognózou a zvýšeným výskytem úmrtí v důsledku onemocnění u pacientek s nemetastatickým karcinomem prsu. Cílem dizertační práce bylo stanovit DTCs v kostní dřeni a CTCs v periferní krvi u pacientek s primárním karcinomem prsu, zhodnotit korelaci výskytu DTCs/CTCs s přítomností dalších prognostických markerů a monitorovat výskyt DTCs/CTCs v průběhu léčby. Metody: Do studie bylo zařazeno 50 pacientek s primárním karcinomem prsu. K analýze CTCs z periferní krve byla použita imunomagnetická separace a k jejich detekci byl použit diagnostický kit AdnaTest Breast Cancer™ (AdnaGen GmbH, Langenhagen, Německo). Detekce DTCs v kostní dřeni probíhala pomocí imunocytochemické analýzy s pomocí pancytokeratin protilátky konjugované s FITC (monoklonální anti-cytokeratin protilátka F3418, Sigma Aldrich, USA). Výsledky: DTCs jsme stanovili u 30% (15/50) a CTCs u 22% (11/50) pacientek. Studie potvrdila, že DTC pozitivita signifikantně korelovala s velikostí primárního nádoru (p- hodnota 0,011) a infiltrací lymfatických uzlin (p-hodnota 0,002). CTC pozitivita nekorelovala ani s velikostí nádoru či infiltrací axilárních uzlin. DTCs byly převážně detekovány u pacientek ER/PR negativních a HER-2 pozitivních....
|
host ::
RSS.