|
|
Studium biosyntetické dráhy antibiotika linkomycinu
Novotná, Jitka ; Spížek, Jaroslav (vedoucí práce) ; Weiser, Jaroslav (oponent) ; Gašparík, Juraj (oponent)
1. L.3'4-Dihydroxyphenyl a|anine.extraďo|cleavage cyclizationin lincomycin biosynthesis. is followed by intra-molecular The aim of the work gene,characterizeit better DOPA aromaticring is the lincomycinsynthesis. was to assignfunctionto the proteincodedfor by an lmbBl and confirm the assumptionthat2,3-extradiolfission of the actualreactioninvolvedin the metabolicpathwayleadingto fooH HrN-) aOH tyÍo8|n cooH cooH ,,"1 ,,"4 .Ť:+*.i'} 2'3.6ÓcoDoPA /t{3€Íboxy+ox}prcponý}2'34|hyÚ} 1/í pyÍrolc2€íboxy|lo rc|d Fig' 1 |nitia|steps of the amino acid subpathway oÍthe |incomycin biosynthesis The resultsof the feedingexperimentswith labeledintermediatesand subsequent NMR analysis(BRAHME etal., 1984),bearedwitnessof thefactthattheaminoacid sub- pathwayof thelíncomycinbiosynthesisincludes2,3-extradiolcleavageof DoPA (Fig. 1). Neusser and coworkers (NEUSSER et al., 1998) showed that LmbBl catalyzes conversionof DOPA to anunspecifiedyellowcompound. It appearedinapplicableto isolatethe LmbBl reactionproductdirectlyfrom in y,itroreacÍioncatalyzedby thepurifiedLmbBl partlyas LmbBl lost mostof its activity duringdialysis.mostprobablydue to oxidationof theferrousion proposedas a cofactor, andpartlydue to thefact thatmanydiÍ.ferentDoPA oxidationproductswereproducedin the system.Instead,a system simrlar to that applied Íbr...
|
|
| |
|
|
Růst Mycobacterium smegmatis na agarovém médiu a agarovém médiu pokrytém celofánovou folií - morfologická a proteomová studie
Ramaniuk, Volha ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Tvorba biofilmů je jednou z nejčastěji používaných strategií umožňujících bakteriím přežít nepříznivé podmínky. Většina bakterií, včetně patogenů jako je například Mycobacterium tuberculosis, je schopna tvořit tyto trojrozměrné struktury. Zástupci rodu Mycobacterium se hojně vyskytují v přírodě, ale mohou způsobit i vážné problémy v případě výskytu ve zdravotnických zařízeních a na umělých náhradách v lidském těle. V našich experimentech jsme použili jako modelový organismus nepatogenní kmen Mycobacterium smegmatis mc2 155. Pomocí binokulární lupy a rastrovací elektronové mikroskopie jsme zkoumali morfologii tří- a šestidenních kolonií (v podstatě biofilmů) na agarových plotnách a agarových plotnách pokrytých celofánem. Zjistili jsme, že typ povrchu, stejně jako zdroj uhlíku, mají velký vliv na morfologii kolonií M. smegmatis. Následně jsme izolovali proteomy z kultur rostoucích na povrchu agaru a celofánu, a z planktonicky rostoucí kultury. Dvojrozměrná elektroforéza byla použita jako hlavní proteomická metoda. Proteinové profily, získané pomocí elektroforetických gelů, byly analyzovány pomocí softwaru PDQuest. Výsledky kvalitativních a kvantitativních analýz jsme porovnali pomocí Vennových diagramů. Identifikovali jsme 7 unikátních bílkovin, které by mohly být specifické pro adhezi M. smegmatis...
|
|
|
Tvorba biofilmu Mycobacterium smegmatis na skleněných a zirkoniových kuličkách-proteomová studie
Sitařová, Barbora ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tvorba biofilmů Mycobacterium smegmatis na skleněných a zirkoniových mikrokuličkách - proteomová studie Tvorba biofilmů je univerzální strategie bakterií pro přežití, tvorbou biofilmu bakterie získávají řadu výhod oproti planktonním buňkám. Přibližně 99% světové bakteriální populace se nachází ve formě biofilmů. Existence mikrobiálních biofilmů má pro lidstvo pozitivní i negativní dopad. Biofilmy předurčují úspěšnost patogena zvýšenou rezistencí vůči antibiotikům a imunitní reakci hostitelského organismu. Mykobakterie, které mají schopnost vytvářet biofilmy na různých povších se liší od ostatních bakterií unikátní stavbou buněčné stěny. Ta poskytuje bakterii vysokou odolnost vůči fyzikálnímu a chemickému poškození. To je jeden z důvodů proč je Mycobacterium tuberculosis považováno za velmi potentního patogena. Studium mykobakteriálních biofilmů je motivováno snahou zdokonalit a nalézt nové léčebné postupy. Tato práce je zaměřena na morfologickou a proteomickou srovnávací analýzu biofilmů získaných kultivací Mycobacterium smegmatis na povrchu skleněných a silica- zirkoniových mikrokuliček, biofilmu na povrchu média a planktonicky žijící kultury. Pro analýzu plovoucího biofilmu jsme vytvořili techniku přípravy preparátu umožňující pozorování v SEM. Ukázali jsme, že plovoucí biofilm vzniká ze shluků...
|
|
| |
|
|
Ptáci ve vyučování na středních školách s novými poznatky v oboru
Weiser, Jiří ; Řezníček, Jan (vedoucí práce) ; Kopřivová, Kateřina (oponent)
Souhrn V úvodu teoretické části diplomové práce je přehledně shrnuto systémové zařazení ptáků. Další části jsou zaměřeny nejen na obecná a běžně užívaná témata ve školních učebnicích, populárně-naučných publikacích i v médiích, ale také na zdůraznění zvláštních znaků, charakteristických pouze pro ptáky. Těmito tématy jsou historické a evoluční otázky, morfologie pokryvu, působení jednotlivých smyslů, tělěsná stavba a funkce orgánů. Podrobněji je rozebrána problematika tělesné stavby ptáků a kosterního systému. V závěrečných částech jsou zmíněny zvláštnosti v chování a doruzumívání ptáků a také jejich životní zvyklosti. V praktické části je uvedena SWOT analýza dostupných učebnic pro čtyřletá gymnázia s ohledem na kapitoly a informace týkající se živočišné třídy ptáků. Údaje uvedené v analyzovaných učebnicích lze považovat pouze za základní s potřebou rozšíření a doplnění učitelem. Přílohou práce jsou dvě prezentace v Powerpointu, obsahující jak základní informace, tak i zvláštní znaky charakteristické pouze pro ptáky. K prezentacím jsou vytvořeny pracovní listy. Pro sledované třídy bylo vypracováno laboratorní cvičení v podobě praktického zkoumání vybraných tématických bloků, probraných teoretickým výkladem. Znalosti studentů výše uvedených tříd byly ověřeny dotazníkovým šetřením. Byla potvrzena průměrná...
|
|
|
Povrchový růst a diferenciace streptomycet na inertních mikrokuličkách - morfologická a proteomová analýza
Tesařová, Eva ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Streptomycety jsou vláknité, Gram-pozitivní bakterie, které jsou producenty více než 70 % všech prakticky využívaných antibiotik. Jsou zajímavé svým poměrně komplikovaným životním cyklem (morfologická diferenciace), který ústí ve vznik dormantních spor odolných vůči nepříznivým podmínkám a umožňujícím dlouhodobé přežití organizmu. Jejich přirozeným prostředím je hlavně půda. V laboratorních podmínkách jsou pěstované na pevném agaru a v tekutém médiu. V naší laboratoři byl vyvinut nový dvoufázový kultivační systém, který umožňuje reprodukovatelnou a kvantitativní přípravu vzorků pro proteomickou, transkriptomickou a metabolomickou analýzu diferenciace streptomycet. Tento systém je tvořen inertními mikrokuličkami a kapalným médiem. V naší studii byly použity dva druhy mikrokuliček - skleněné a zirkoniové. Sledovali jsme povrchový růst a diferenciaci streptomycet na těchto dvou druzích mikrokuliček optickou a elektronovou mikroskopií (SEM). Zjistili jsme podstatně větší nárůst streptomycet a vyšší produkci antibiotik na skleněných mikrokuličkách. Dalším rozdílem byl i tvar a velikost kolonií. V další části jsme se snažili pomocí srovnávací proteomiky identifikovat proteiny, které se podílejí na rozpoznání a přichycení vegetativních hyf na rozdílné povrchy. Ve třech experimentech a prostřednictvím...
|
|
|
Tvorba biofilmů u bakterií
Sochorová, Zuzana ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Biofilmy jsou útvary tvořené mikroorganismy žijícími pohromadě v hydratované extracelulární matrix. Formace takových uskupení přináší bakteriím řadu výhod. Tou hlavní je zvýšená rezistence k antibiotikům. Vytváření biofilmu je analogické k vývoji mnohobuněčného organismu. Buňky v biofilmu spolu navzájem komunikují signálními molekulami, což tvoří biofilm kompaktnější strukturou. Extracelulární matrix, ve které bakterie žijí, udržuje strukturu biofilmu, ovlivňuje adhezi buněk a chrání buňky před vlivy prostředí. Prostřednictvím extracelulární matrix bakterie také komunikují s okolím. Matrix je tvořena různými biopolymery a proteiny. Biofilmy jsou častou příčinou infekcí spojených s implantáty. Způsobů, jak se bakterie v biofilmu brání působení antibiotik, je několik. Patří mezi ně zpomalená difúze látek, pomalý růst nebo adaptace na stres. Příčinou jejich přežití je i vytvoření perzistentních buněk, které jsou k antibiotiku tolerantní a ze kterých může vzniknout nová populace. Důležitým prvkem pro vznik biofilmu jsou povrchové proteiny, které napomáhají adhezi a následnému vzniku biofilmu. Prvním proteinem, který byl identifikován, byl protein Bap. Později byly nalezeny i jeho homology, například BapA, Esp, LapA či Bhp. Mezi bakterie, které tvoří biofilmy, patří mykobakterie. Na utváření jejich...
|
|
|
Analýza expresse intracelulárního patogena Francisella tularensis kultivovaného za stresových podmínek a v průběhu interakce s hostitelskou buňkou
Lenčo, Juraj ; Stulík, Jiří (vedoucí práce) ; Rychlík, Ivan (oponent) ; Weiser, Jaroslav (oponent)
Studium patogeneze bakteriálních infekcí v současné době patří mezi oblasti biomedicínského výzkumu, kterým je věnována značná pozornost. Tento stav je zapříčiněn zejména stále se rozšiřující rezistencí na antibiotika a antimikrobiální chemoterapeutika, v druhé řadě se tak děje v důsledku reálné hrozby zneužití vysoce patogenních bakteriálních kmenů jako teroristických prostředků. Urychlení výzkumu patogeneze infekčních onemocnění spolu s vývojem účinnějších vakcín a pokrokem v oblasti rychlých detekčních a typizačních technologií jsou logickou odpovědí států západního světa na události z 11. září 2001. Poznatky o molekulární patogenezi infekčních chorob mohou vést k objevu nových farmakologických cílů nebo ke konstrukci účinnějších a bezpečnějších vakcín pro aktivní či pasivní imunizaci. Významným zdrojem informací o molekulární patogenezi bakteriálních infekcí je mimo jiné studium reakcí mikroba na prostředí, se kterým se setkává v průběhu interakce s hostitelským organizmem. Evoluce této interakce se z pohledu hostitelských organizmů nesla ve znamení neustálého zdokonalování strategií, jak se účinně bránit vzniku bakteriální infekce, nebo strategií, které vedou k eliminaci infekce. Na straně mikroorganizmů mezitím docházelo ke zdokonalování nástrojů, jak zmiňované mechanizmy přežít či obejít....
|
|
| |
host ::
RSS.