|
|
EF-Tu PROTEIN DOMAINS Functions and Thermostability
Šanderová, Hana ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent) ; Mikulík, Karel (oponent)
Souhrn disertačnípráce Bakteriá|níe|ongačnífaktorTu (EF-Tu)je jiŽ po deseti|etípodrobněstudovánpro svou k|íčovouro|i v proteosyntéze.Je to modelovámu|tifunkčníGTP-bí|kovina.Tato bí|kovinaje téŽv centruzájmu,protoŽepředstavujevhodnýcí|pro nová antibiotika'Kromě tohojsou bí|kovinyEF-Tudíkyvysokéhomo|ogiive struktuřea funkcivhodnéprostudium evo|učníchvztahůmeziorganismya prozkoumánístrukturníchv|astností,kterépodmiňují adaptačnímechanismyk různýmŽivotnímpodmínkám.VšechnyznámébÍlkovinyEF-Tujsou s|oŽenyze tří domén,a protojsou vhodnýmimode|ovýmibí|kovinamipro zkoumání architekturyuspořádnídoménv bí|kovinách. Jednímz h|avníchvýzkumnýchprojektůna oddě|enígenovéexpresev Ústavu mo|eku|árnígenetikyAV ČR,kde jsem vypracova|asvou disertačnípráci,by|ostudium primárnístruktury,regu|acetranskripcea regulacefunkcíbakteriá|níhoe|ongačníhofaktoru Tu z Gram pozitivnítermofilníbakterieBacillusstearothermophilusa z Gram negativní mezofi|níbakterieEscherichiacoli. V tétoprácijsme se zabývalivztahemstrukturya funkcemezibí|kovinamiEF-Tua jejichdoménami.V|ivdoménbyldoposudvětšinouzkoumánpomocízkrácenýchforemEF- Tu, kterépostráda|yjednu nebo dvě doménybílkoviny.My jsme se rozhod|istudovat v|astnostijednot|ivýchdoménv rámciintaktníchtřídoménovéchbí|kovinEF-Tu (za použiti chimerníchbí|kovins|oŽenýchz rŮznýchkombinacídoménEF-Tuz...
|
|
|
Jiří Mucha. Portrét autora
Jonák, Jiří
Studie si klade dva hlavní cíle: 1)Zachytit Muchův pohnutý život, který měl pro jeho tvorbu mnohem bezprostřednější význam, než bývá u českých spisovatelů zvykem; život charismatického umělce, dobrodruha, cestovatele, dobrovolného vězně pracovních táborů, život člověka s nekompromisními občanskými postoji, život muže, který se nebál smrti. 2) Vytipovat základní tématické okruhy Muchových děl, zdokumentovat jeho jednotlivé autorské počiny a jejich kritické ohlasy a pokusit se o objektivní zařazení autora do kontextu české poválečné literatury. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
|
Structural studies and tissue distribution of human GCPII and characterization of its rat and porcine orthologs
Rovenská, Miroslava ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Jonák, Jiří (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent)
Vzhiedem ke sr ]aboratořích světa a na potenciiíJnímu k,Iinickén Publikace zde obsažen ha různých úrovních..o .'u u*''o je GCPI studována v mnoha rnterakcí s ligandy; 2. ;e se tÝtaji auou r,taunictr te.se odrážíi v předkládané di ze,rtaěnÍ práci. oruhů (krysa. o.u.., u * ,uo'u distribuce ccPn v tiasrrn : 1. ana|ýzy struktury GCPII a jejích Struktumí ..uo,. 'n".,.u, "r,u.utt..i'u.. prr.ru;ých tkáních a ftáních dvou modelových rozšiŤitznalosti, u*., *.,un*o mrsta ccpu ; ;;"u.n orthologů lidské GCPil. r..vuŽitelných bud,jal<o.by moh'y napomoci *."nJ'o' substrátu jsou mofivovány úsilím rakoviny. Dvě z publik ibitory při ""*oou.o,o*i"n' u, *j:ffi:ffiT:[:T: r'aktivním 'í..ě GcPIIu.í obsažených v této práci podmísto sl' Na zráklac a to vjednom případě sou.." o",u''n. zabývají vazbou ligandu G CPtr k s u bs trá-',;ilil: *í*:r*ffi {}"l.il$.n:ů;::H;schopné, limitykladenénalin"na."::'..^j: a{nvnl místo GCPII během vazby ligandu Všechny tyto informace :::*::."*" tolerance enzymu k modifikacím molekuly,ligandu' vhodnýrni farmakokinetic sou užitečnépro design s,Ioučenin s vysokou arinitou te ccptl' s vysokou inhibiční..nooo.' a farmakodyrramickými vlastnostmi a v pffpadě inhibitoni též *il:."illiÍ*;ill.''";:lffiffi1*né v tomto směru jiste oo"...' omezením pot.n.ial GJu424 [rukopis " o,,o*".,. a dalších,která analyzuje...
|
|
|
Ribosom Bacillus subtilis: regulace biosyntézy ribosomální RNA a identifikace nového ribosomálního proteinu YbxF
Sojka, Luděk ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Valášek, Leoš (oponent) ; Lichá, Irena (oponent)
1 Abstrakt Tato disertační práce se zabývá biologií bakteriálního ribosomu u gram pozitivní bakterie Bacillus subtilis a zahrnuje studium obou jeho složek - ribosomální RNA (rRNA) a jednoho z ribosomálních proteinů. První část popisuje studium regulace syntézy rRNA. Druhá část popisuje identifikaci a charakterizaci nového ribosomálního proteinu kódovaného genem ybxF. Hlavním regulačním mechanismem tvorby rRNA v buňce je regulace transkripce na úrovni iniciace. Iniciační nukleosid trifosfáty (iNTP) jsou důležitým regulátorem iniciace transkripce na promotorech pro rRNA. Fyziologicky se měnící koncentrace iNTP ovlivňuje aktivitu RNA polymerázy (RNAP) na těchto promotorech. Takové promotory obecně označujeme jako "senzitivní". Nejvíce znalostí o této regulaci bylo doposud získáno ze studia bakterie Escherichia coli, kde je klíčová pro tuto regulaci promotorová sekvence. Avšak pravidla vztahující se na sekvenční požadavky takto regulovaných promotorů u gram negativní bakterie E. coli nejsou platná pro promotory gram pozitivní bakterie B. subtilis, neboť jejich sekvence se diametrálně liší. V rámci disertační práce jsme u B. subtilis, pomocí in vitro a in vivo přístupů určili promotorové sekvenční elementy zodpovědné za senzitivitu promotorů pro rRNA a další vybrané geny ke koncentraci iNTP. Druhá část práce se...
|
|
|
Gene expression in early development of Xenopus laevis
Šindelka, Radek ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Beneš, Vladimír (oponent) ; Svoboda, Petr (oponent)
Každývyššíorganismusse sk|ádá z něko|ikaset různýchbuněčnýchtypů. Buněčnádiferenciaceje proces, který vyžadujevysoce přesnou regulaciprodukce mRNA a nás|ednětaképroteinovousyntézu.Během vývojezískávákaždábuňka unikátnísadu mRNA a proteinovýchmo|eku|,kteréurčujíbuněčnýosud. Pro pochopenízák|adnífunkce a regu|acernivojových genůje nezastupite|nýmnástrojemurčeníčasovéhoa prostorovéhoprůběhujejich expresena úrovnimRNA. Bohuže|Většina technik pro stanoveníobsahu mRNA, jako Northern blotting, microarraysa in sítuhybridizace,trpí určitýmiomezenímiz h|ediska specificity, dynamickéhorozsahu a/nebo cit|ivosti. KVantitativníPCR v reá|némčase (qPCR) vypracovaná pro kvantifikacinuk|eov'ýchkyse|in v pos|ednímdeseti|etívšak překonává rnýšezmíněnéne{hody. qPcR se tak rych|e sta|a standartnímnástrojempro kvantifikacimRNA nejen vzák|adnímuýzkumu,a|e iveýzkumu ap|ikovaném,jako jsou např. moleku|árnídiagnostika,detekcepatogenův jíd|e,ana|ýzagenetickymodifikovanýchorganismů(GMo) atd. My jsme se rozhod|iVyužítqPcR k pochopenÍzák|adníchbio|ogickýchprocesůodehrávajícíchse ve vyvíjejícímse organismu.Jednou z oblastízájmu Laboratořegenovéexpresena Ústavu mo|eku|árnígenetikyAV ČR,kam jsem nastoupilna doktorandskéstudium,by|o objasněníú|ohySrc tyrosinov1ichkináz v časnémvývojiobratlovců,studovanéna žábědrápatce...
|
|
|
EF-Tu PROTEIN DOMAINS Functions and Thermostability
Šanderová, Hana ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent) ; Mikulík, Karel (oponent)
Souhrn disertačnípráce Bakteriá|níe|ongačnífaktorTu (EF-Tu)je jiŽ po deseti|etípodrobněstudovánpro svou k|íčovouro|i v proteosyntéze.Je to modelovámu|tifunkčníGTP-bí|kovina.Tato bí|kovinaje téŽv centruzájmu,protoŽepředstavujevhodnýcí|pro nová antibiotika'Kromě tohojsou bí|kovinyEF-Tudíkyvysokéhomo|ogiive struktuřea funkcivhodnéprostudium evo|učníchvztahůmeziorganismya prozkoumánístrukturníchv|astností,kterépodmiňují adaptačnímechanismyk různýmŽivotnímpodmínkám.VšechnyznámébÍlkovinyEF-Tujsou s|oŽenyze tří domén,a protojsou vhodnýmimode|ovýmibí|kovinamipro zkoumání architekturyuspořádnídoménv bí|kovinách. Jednímz h|avníchvýzkumnýchprojektůna oddě|enígenovéexpresev Ústavu mo|eku|árnígenetikyAV ČR,kde jsem vypracova|asvou disertačnípráci,by|ostudium primárnístruktury,regu|acetranskripcea regulacefunkcíbakteriá|níhoe|ongačníhofaktoru Tu z Gram pozitivnítermofilníbakterieBacillusstearothermophilusa z Gram negativní mezofi|níbakterieEscherichiacoli. V tétoprácijsme se zabývalivztahemstrukturya funkcemezibí|kovinamiEF-Tua jejichdoménami.V|ivdoménbyldoposudvětšinouzkoumánpomocízkrácenýchforemEF- Tu, kterépostráda|yjednu nebo dvě doménybílkoviny.My jsme se rozhod|istudovat v|astnostijednot|ivýchdoménv rámciintaktníchtřídoménovéchbí|kovinEF-Tu (za použiti chimerníchbí|kovins|oŽenýchz rŮznýchkombinacídoménEF-Tuz...
|
|
|
Jiří Mucha. Portrét autora
Jonák, Jiří
Studie si klade dva hlavní cíle: 1)Zachytit Muchův pohnutý život, který měl pro jeho tvorbu mnohem bezprostřednější význam, než bývá u českých spisovatelů zvykem; život charismatického umělce, dobrodruha, cestovatele, dobrovolného vězně pracovních táborů, život člověka s nekompromisními občanskými postoji, život muže, který se nebál smrti. 2) Vytipovat základní tématické okruhy Muchových děl, zdokumentovat jeho jednotlivé autorské počiny a jejich kritické ohlasy a pokusit se o objektivní zařazení autora do kontextu české poválečné literatury. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
|
Microsatellite region in the murine oncogene src - its primary structure and variability during evolution
Fučík, Vladimír ; Šindelka, Radek ; Beran, Jaroslav ; Ferjentsik, Zoltán ; Jonák, Jiří
In the fifth intron of the Mus musculus oncogene src a complex microsatellite was discovered that consists of a CA run and 31 bp apart followed by track of TG dinucleotides interrupted by extra Gs in specific intervals. As the 31 bp interlink can assume a hairpin structure, the whole region can be viewed as an imperfect inverted repeat. The microsatellite was sequenced in imbred lines of M. m. musculus and M. m. domesticus, as well as in mice of both subspecies trapped near the hybrid zone. Differences in the length of repeat regions, insertion/deletions and simple base changes characterize the strains. Hybrids between the two species could be identified by sequencing of cloned PCR products. The structure of the microsatellite in more distant species was found to be conspicuously different. Instead of frequent (CA)18-25, we can see only (CA)8 in M. spretus, CATGCGCCCCCCA in Mus pahari and CACCCCCC in Mus caroli. No similar structure is present in the corresponding human src intron.
|
host ::
RSS.