|
|
Produkce amoniaku koloniemi mutantů a stárnutí strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae
Nedbálková, Jana ; Janderová, Blanka (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Produkce amoniaku koloniemi mutantů a stárnutí strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae Cílem této diplomové práce je sledovat vývoj, respektive stárnutí buněk v kvasinkových koloniích Saccharomyces cerevisiae. Kvasinkové buňky S. cerevisiae tvoří na pevném substrátu mnohobuněčné organizované struktury - kolonie, ve kterých dochází k mezibuněčným interakcím. Tyto interakce mají vliv na formování, morfologii a stárnutí kvasinkové kolonie. Tato práce je zaměřena na změny v produkci amoniaku obřími koloniemi delečních mutant, a také na stárnutí kolonií se zvrásněnou morfologií. Charakterizovala jsem mutantní kmeny S. cerevisiae, s delecí v genech RTG1, RTG2, RTG3, FIS1, CIT2, jejichž produkty hrají významnou roli ve vývoji kolonie. Transkripce těchto genů se mění v průběhu vývoje kolonií při přechodu z acidické do alkalické fáze. Zjistila jsem, že míra produkce amoniaku byla ve shodě s výsledky alkalizace média v okolí obřích kolonií a že uvedené mutanty odvozené od kmene BY produkovaly amoniak od 15. dne. Míra produkce amoniaku koloniemi kmene rtg3∆ byla srovnatelná s rodičovským kmenem, nižší produkce oproti rodičovskému kmeni byla zjištěna u fis1∆, rtg1∆ a rtg2∆. Naopak u kmene cit2 byla produkce amoniaku vyšší-než u rodičovského kmene. Připravila jsem kmeny S. cerevisiae ƩSh , u kterých jsem pomocí...
|
|
|
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis
Dvořáček, Lukáš ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis. V této práci se zabývám regulací genové exprese u eubakterií. V první cásti shrnuji soucasné poznatky o klícové fázi genové exprese - transkripci, blíže se pak zameruji na regulaci iniciace transkripce pomocí malých efektorových molekul (guanosin tetrafosfát, iniciacní nukleosid trifosfát) u genu pro ribozomální RNA. Ve druhé, experimentální cásti této práce se zabývám rolí relativne málo studované podjednotky RNA polymerázy z gram pozitivních bakterií - proteinu _ - pri iniciaci transkripce a jejího vlivu na regulaci RNA polymerázy pomocí koncentrace iniciacního nukleosid trifosfátu.
|
|
|
Vliv zearalenonu na reprodukční parametry a expresi vybraných genů u myší
Dvořáková, Eva ; Pěknicová, Jana (vedoucí práce) ; Nedvídek, Josef (oponent)
Mnoho chemických látek může ovlivňovat pozemní i vodní životní prostředí a některé z nich mohou mít i negativní vliv na reprodukci živočichů. Endokrinní disruptory (ED) s estrogenní aktivitou mohou napodobovat činnost endogenních hormonů a ovlivňovat tak jejich přirozenou funkci. Mezi takové látky patří zearalenon (ZEA) produkovaný plísněmi rodu Fusarium. Přestože strukturou není steroid, má ZEA a jeho deriváty silnou estrogenní aktivitu. Vliv ZEA na reprodukční parametry a změny v expresi vybraných genů byly testovány na samcích outbrední linie myší od prenatálního období do 70. dne jejich života. Předložená studie prokázala významné účinky ZEA na savčí organismus a reprodukční parametry. Tento efekt byl zjištěn jak u nízké dávky, se kterou mohou lidé běžně přijít do styku, tak u vyšší dávky, obě vykazovaly změny v testovaných parametrech.
|
|
|
Cis a trans elementy uplatňující se v odezvě rostlin na sucho (se zvláštním zřetelem na regulaci fotosyntetických genů)
Panchártek, Daniel ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Feketová, Zuzana (oponent)
Abiotické stresory jako sucho, vysoká koncentrace soli či chlad dokážou velkou měrou ovlivnit vývoj a růst rostlin. Cis a trans elementy jsou jednou z možností, jak mohou rostliny regulovat svůj metabolismus v případě, kdy se jejich aktuální životní podmínky změní v nepříznivé. Tímto způsobem je indukována exprese řady genů, které nefungují pouze ve smyslu navození tolerance, ale i jako obecná odpověď na tyto stresory. Těchto dějů se účastní velká škála transkripčních faktorů a dalších trans faktorů, které se často vážou na specifické sekvence v promotorech - cis elementy. V posledních letech bylo provedeno mnoho prací na toto téma, sucho ale zůstává stále jednou z nejméně probádaných oblastí. Přesto byly popsány hlavní signální dráhy a komplexy kaskád směřující k regulaci exprese cílových genů. Některé z těchto cílových genů souvisejí s fotosyntetickým aparátem a jejich regulace může u rostlin stresovaných suchem výrazně ovlivnit účinnost fotosyntézy. Tato práce stručně popisuje hlavní cis a trans elementy rostlin uplatňující se v odezvě na sucho (se zvláštním zřetelem právě na regulaci fotosyntetických genů). Klíčová slova: sucho, genová exprese, cis-element, transkripční faktor, kyselina abscisová, fotosyntéza, promotor.
|
|
|
The characterisation of organ-specific phytohormone responses to nutrient deficiency and biotic stress
Kramná, Barbara ; Vaňková, Radomíra (vedoucí práce) ; Hronková, Marie (oponent) ; Plíhalová, Lucie (oponent)
Abiotické a biotické stresy snižují výnosy pěstovaných plodin a v konečném důsledku negativně ovlivňují zemědělskou produkci. Objasnění mechanismu rostlinných stresových odpovědí a jejich regulace by pomohlo přispět ke zlepšení jejich odolnosti vůči stresu. Fytohormony regulují rostlinný růst a vývoj a mají také důležitou roli v obranných reakcích. Tato práce shrnuje výsledky dvou publikací, které se soustředily na dynamiku fytohormonů v odpovědi na abiotické a biotické stresy, konkrétně nedostatek fosfátu a infekci pathogenem Plasmodiophora brassicae. Souhrnný článek se detailně zabývá strigolaktony, které jsou hlavními regulátory odpovědí na deficit fosfátu. Důraz je kladen na orgánové-specifické odpovědi vůči stresovým podmínkám a také na dopad exogenních aplikací fytohormornů za účelem podpořit odolnost rostlin vůči stresům. V případě nedostatku fosfátu bylo společnou reakcí pro všechny orgány snížení aktivního cytokininu trans-zeatinu a giberelinu GA4 spolu se zvýšením kyseliny abscisové. Stimulace exprese fosfátových transportérů s vysokou afinitou (PHT1;4 a PHT1;7) představovalo další společnou odpověď v celé rostlině. Nedostatek fosfátu nejsilněji ovlivnil vzrostný vrchol, kde jsme zaznamenali nejvíce změn na úrovni genové exprese. Pouze v kořenech jsme detekovali zvýšenou hladinu...
|
|
|
Vliv kancerogenního azobarviva Sudanu I na expresi biotransformačních enzymů
Hejduková, Žaneta ; Svášková, Dagmar (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Sudan I je poměrně hojně používaným azobarvivem, které má schopnost vyvolat tvorbu nádorů v orgánech a tkáních experimentálních zvířat. V průběhu reakcí katalyzovaných mikrosomálními monooxygenasovými enzymovými systémy nebo cytoplazmatickými derivatizačními enzymy je Sudan I oxidován na reaktivní metabolity, které se kovalentně vážou na nukleové kyseliny a způsobují jejich poškození. Sudan I může být metabolizován i redukční cestou, např. enzymem DT-diaforasou (NQO1). Redukce Sudanu I jsou považovány za reakce detoxikační. Působení Sudanu I in vivo je v této práci zkoumáno z hlediska schopnosti indukovat expresi biotransformačního enzymu DT-diaforasy ve tkáních potkanů premedikovaných daným azobarvivem. Cílem práce bylo konkrétně kvantifikovat míru indukce na úrovni mRNA. Po provedení izolace celkové RNA z orgánů potkanů premedikovaných Sudanem I byla RNA převedena na cDNA pomocí reverzní transkripce s využitím náhodných hexamerů jako primerů. Metodou "real-time" PCR s použitím specifických sond bylo kvantifikováno zastoupení mRNA pro enzym NQO1 v orgánech premedikovaných potkanů, relativně vůči kontrolnímu genu s konstantní expresí (β-aktin). Porovnáním takto stanovených množství mRNA v jednotlivých orgánech pro premedikované a nepremedikované potkany bylo zjištěno, že Sudan I vyvolal...
|
|
|
Vliv Vps34p na růst a vývoj kvasinkových kolonií
Červenka, Jakub ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Fosfatidylinositol-3-kinázová (PI3K) signální dráha je evolučně konzervována u všech eukaryotických organizmů a její hlavní funkcí je regulace autofágie a cílení proteinů do vakuoly/lyzozomu. Pro patogenní kvasinky druhů Candida albicans a Cryptococcus neoformans je PI3K signální dráha nezbytná pro jejich virulenci. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae je PI3K signální dráha tvořena dvěma proteiny - Vps34p, který je fosfatidylinositol-3-kinázou, a jeho regulátorem Vps15p. V rámci této diplomové práce jsem se zabýval vlivem PI3K signální dráhy na růst a vývoj kolonií přírodních i laboratorních kmenů S. cerevisiae. Ověřil jsem, že delece VPS34 či VPS15 má u laboratorních haploidních kmenů významný vliv na velikost kolonií a na invazivní růst (u kmene ΣSh vps15Δ). Delece VPS34 nebo VPS15 také zvyšuje citlivost buněk k oxidativnímu stresu a detergentům. Kmeny bez VPS34 odvozené od přírodních kmenů se nepodařilo připravit, pravděpodobně pro jeho esencialitu u těchto kmenů. Konstitutivní exprese VPS34 neovlivňuje rezistenci buněk při inhibitorových testech, velikost a diferenciaci kolonií ani amoniakovou signalizaci, rozdíly však lze pozorovat v morfologii makrokolonií a způsobu jejich zarůstání do média. Značení Vps34p na C-konci pomocí GFP negativně ovlivňuje funkci Vps34p a u haploidních kmenů vede k...
|
|
|
Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry
Pagáčová, Lucie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Papilomaviry jsou malé DNA viry, které jsou spojovány s indukcí epiteliálních nádorů. HPV je známý jako infekční agens způsobující téměř 100 % nádorů cervixu, ale může být též původcem karcinomů v dalších místech anogenitálního traktu či nádorů hlavy a krku mužů i žen. Aktivní infekce HPV navozuje změny exprese miRNA, které mohou dále přispívat ke vzniku a progresi nádorů. Je již známo, že papilomaviry nekódují své vlastní virové miRNA, ale mohou ovlivňovat expresi buněčných miRNA. V této diplomové práci jsem u vybraných typů epiteliálních nádorů (vulvy, cervixu, anu a tonsil) určila jejich etiologii. Výskyt miRNA v tkáních jsem otestovala pomocí sekvenování nové generace. Ze získaných dat jsem určila expresní profily deregulovaných miRNA ve vztahu ke zdravé tkáni příslušné lokalizace. Ačkoli byl analyzován dostatečný počet vzorků, z důvodu nepřítomnosti statisticky relevantních diferenciálně exprimovaných miRNA ve vulvárních nádorech pozitivních na HPV, nebylo možné prokazatelně určit HPV-core miRNA společné pro všechny testované nádory vyvolané HPV. Mezi nádory ostatních lokalizací jsem nalezla překryv ve třech miRNA. Jedna z těchto miRNA (miR-139-5p) a dále miR-9-5p, které jsem určila na základě studia ostatních publikovaných dat, byly následně vybrané pro funkční testování in vitro. U HPV...
|
|
|
Bakteriální RNA polymeráza a molekuly ovlivňující její funkci
Jirát Matějčková, Jitka ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Staněk, David (oponent)
RNA polymeráza (RNAP) přepisuje DNA do RNA a je jediným takovým enzymem provádějící transkripci u bakterií. Tento klíčový enzym rozhoduje o odpovědi buňky na vnější i vnitřní signály, rozhoduje o míře transkripce jednotlivých genů a tím reguluje genovou expresi. RNAP ovlivňují nejen vlastní podjednotky, ale i proteinové faktory, malé molekuly či malé RNA (sRNA). Cílem této disertační práce bylo přispět k poznání regulace RNAP a doplnit tak chybějící střípky do tohoto rozsáhlého tématu. Tato práce se zabývá vlivem vybraných proteinů (δ, YdeB, GreA) na citlivost RNAP vůči koncentraci iniciačního nukleosid trifosfátu ([iNTP]) při iniciaci transkripce u Bacillus subtilis. Ukázali jsme, že δ zvyšuje citlivost RNAP k [iNTP] na [iNTP]-senzitivních promotorech, nikoliv však u [iNTP]-nesenzitivních promotorů in vitro ani in vivo. Podjednotka δ je zásadní při soutěži o přežití, neboť umožňuje buňce okamžitě zareagovat na změnu podmínek. Protein YdeB se neváže na RNAP v B. subtilis a zároveň neprokázal žádný viditelný efekt na transkripci in vitro. Zjistili jsme tedy, že proteiny GreA a YdeB na rozdíl od podjednotky δ nejsou schopny ovlivnit citlivost RNAP k [iNTP] u [iNTP]-senzitivních promotorů in vitro. Charakterizovali jsme nově objevenou sRNA u Mycobacterium smegmatis - Ms1, silně produkovanou ve...
|
|
| |
host ::
RSS.