|
|
Nanoporous Enzyme-Based Impedimetric Biosensor
Košelová, Z.
The ordered nanopores surfaces has been studied in the field of biosensors for the detection of affinity interactions such as antigen-antibody or nucleic acid hybridization. Nanopores are frequently fabricated by anodic oxidation of aluminium. This method is practically simple method of highly ordered pore formation, but is not suitable for massive production. The principle of detection is usually based on the degree of pore blockage by biomolecular interaction that allows a sensitive electrochemical response. Here we show the development and characterization of the nanopore-based enzymatic biosensor for the detection of analytes. We performed and tested the concept of the simple and versatile method of nanopores formation on the electrode using non-conductive polystyrene nanoparticles. The variability in pore size was modulated by nanoparticles diameter (40 and 80 nm). We measured response of our designed biosensor using electrochemical impedance spectroscopy in presence of redox mediator at low potential. The smaller diameter of nanopores increases charge transfer resistance. Biosensors with 80 nm nanoparticles had behaviour similar to reference without nanoparticles, therefore the pore was too wide for this design. The limit of detection from Rct showed to be at most 0.01 mM for every sample type. This proposed biosensor contributes to the basic knowledge about nanopores sensors, and it could have a potential, for example, in the development of ―point of care‖ devices.
|
|
|
The impact of synthetic chelators from the group of 4-acylpyrazole-5-ones on alcohol dehydrogenase
Sobolová, Zuzana ; Mladěnka, Přemysl (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakológie a toxikológie Študentka: Zuzana Sobolová Školiteľ: prof. PharmDr. Přemysl Mladěnka, Ph.D. Konzultant: Mgr. Marcel Hrubša Názov diplomovej práce: Vplyv syntetických chelátorov zo skupiny 4-acylpyrazol-5-ónu na alkoholdehydrogenázu Inhibítory alkoholdehydrogenázy majú kľúčové postavenie v terapii otráv metanolom, etanolom či etylénglykolom a ich toxickými metabolitmi, a preto ich môžeme považovať za život zachraňujúce. V klinickej praxi sa používa jediná látka, fomepizol. Táto práca sa venuje skúmaniu vplyvu jedenástich experimentálnych chelátorov zo skupiny 4-acylpyrazol-5-ónu na konskú a kvasinkovú alkoholdehydrogenázu, a prípadnému vymedzeniu štruktúrnych rysov, ktoré by boli najvyhovujúcejšie pre interakciu s týmto enzýmom. Na základe schopnosti týchto látok chelatovať zinočnaté ióny sa predpokladá, že by mohli inhibovať enzým, ktorý má vo svojej štruktúre práve molekulu zinku. Princípom samotného merania je zvýšenie absorbancie pri enzymatickej aktivite dané tvorbou NADH. Toto meranie je relatívne jednoduché a efektívne, a pri využití pre stanovenie kinetiky tiež menej náchylné na ovplyvnenie absorbanciou testovaných látok. Výsledky meraní preukázali, že 6 testovaných látok (HQph , HQphptBu , HQphpNO2 , HQthi , HQetCP...
|
|
| |
|
|
Sulfates as phase II metabolites of natural phenolic compounds
Hetman, Anastasiia ; Mladěnka, Přemysl (vedoucí práce) ; Siatka, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student/ka: Anastasiia Hetman Školitel: doc. PharmDr. Přemysl Mladěnka, Ph.D. Školitel specialista: doc. Ing. Kateřina Valentová, Ph.D. Název diplomové práce: Sulfáty jako metabolity 2. fáze biotransformace přírodních fenolových látek Přírodní monofenolové látky, které se vyskytují v rostlinách a také vznikají při metabolismu polyfenolů střevní mikrobiotou, jsou absorbovány a procházejí 2. fází biotransformace. To má za následek tvorbu různých konjugovaných metabolitů, jako jsou sulfáty, jejichž biologická aktivita nebyla dosud studována. Tato práce byla zaměřena na přípravu a izolaci čistých sulfatovaných metabolitů fenolových látek, a to 4- methylkatecholu, protokatechové, homoprotokatechové, a 2,3,4-trihydroxybenzoové kyseliny a floroglucinolu za použití arylsulfotransferázy z Desulfitobacterium hafniense. Byly připraveny dva sulfatované produkty v dostatečné čistotě, a to 4-methylkatechol-O- sulfát (nedělitelná směs 4-methylkatechol-1-O-sulfátu a 4-methylkatechol-2-O-sulfátu) a floroglucinol-O-sulfát. Jejich antioxidační aktivita byla porovnána s aktivitou výchozích látek pomocí následujících šesti in vitro testů: zhášení DPPH (1-difenyl-2- pikrylhydrazyl) a ABTS (kyselina 2,2'-azinobis-...
|
|
|
Imobilizace proteasy V8 na magnetických částicích pro použití k proteolytickému štěpení pepsinu A
Čepa, Adam ; Pacáková, Věra (vedoucí práce) ; Tichá, Marie (oponent)
Tato bakalářská práce navazuje na dlouholetý výzkum v oblasti diagnostiky onemocnění žaludku, který je založen na mapování žaludečního enzymu pepsinu A. Bylo zjištěno, že určité fosforylace v primární struktuře tohoto enzymu mohou sloužit jako marker počínající karcinogenity. Tato bakalářská práce je zaměřena na imobilizaci proteasy V8 izolované z mikroorganismu Stafylococcus aureus na agarosových magnetických kuličkách. Proteasa V8 je vhodným kandidátem pro tvorbu peptidové mapy pepsinu A. Byl studován vliv pH, teploty a reakční doby na aktivitu enzymu a určeny optimální podmínky pro hydrolytickou katalýzu tvorby peptidických fragmentů pepsinu A.
|
|
|
Preparation of Influenza Neuraminidase and Polymerase Inhibitors
Zima, Václav
Chřipka je infekční onemocnění způsobené virem chřipky. Tento vir způsobuje závažnou virovou infekci, která se snadno přenáší z osoby na osobu během sezonních pandemií. Nejefektivnější způsob jak zabránit infekci, je očkování, nicméně kvůli vysoké mutační schopnosti viru se musí každý rok vakcína přeformulovat. Další způsob, jak bojovat proti chřipce, je podávání antivirotik. Klinické studie izolovaných kmenů ptačí chřipky (H5N1, 2004) a prasečí chřipky (H1N1, 2009) ukázaly na zvyšující se rezistenci vůči známým neuraminidasovým inhibitorům (oseltamivir, zanamivir). Tato resistence je zapříčiněna strukturními změnami v blízkosti katalytického místa enzymu. Výše zmíněné skutečnosti jsou motivací pro vývoj nových neuraminidasových inhibitorů a také pro vývoj inhibitorů, které cílí na jiné chřipkové enzymy. Tato práce se zabývá návrhem a přípravou nových inhibitorů chřipkové neuraminidasy a RNA-dependentní RNA polymerasy (konkrétně na PA podjednotku a skladbu PA-PB1 heterodimeru, Schéma 1). Inhibitory chřipkové neuraminidasy byly připraveny pomocí modifikace oseltamiviru v pozici C-5. Oselatamivir byl následně modifikován skupinami, které byly navržené tak, aby vytvářely interakce v kavitě-150. Byly změřeny aktivity nových derivátů oseltamiviru proti dvěma kmenům chřipky. Další část disertační práce...
|
|
|
The impact of synthetic chelators from the group of 4-acylpyrazole-5-ones on alcohol dehydrogenase
Sobolová, Zuzana ; Mladěnka, Přemysl (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakológie a toxikológie Študentka: Zuzana Sobolová Školiteľ: prof. PharmDr. Přemysl Mladěnka, Ph.D. Konzultant: Mgr. Marcel Hrubša Názov diplomovej práce: Vplyv syntetických chelátorov zo skupiny 4-acylpyrazol-5-ónu na alkoholdehydrogenázu Inhibítory alkoholdehydrogenázy majú kľúčové postavenie v terapii otráv metanolom, etanolom či etylénglykolom a ich toxickými metabolitmi, a preto ich môžeme považovať za život zachraňujúce. V klinickej praxi sa používa jediná látka, fomepizol. Táto práca sa venuje skúmaniu vplyvu jedenástich experimentálnych chelátorov zo skupiny 4-acylpyrazol-5-ónu na konskú a kvasinkovú alkoholdehydrogenázu, a prípadnému vymedzeniu štruktúrnych rysov, ktoré by boli najvyhovujúcejšie pre interakciu s týmto enzýmom. Na základe schopnosti týchto látok chelatovať zinočnaté ióny sa predpokladá, že by mohli inhibovať enzým, ktorý má vo svojej štruktúre práve molekulu zinku. Princípom samotného merania je zvýšenie absorbancie pri enzymatickej aktivite dané tvorbou NADH. Toto meranie je relatívne jednoduché a efektívne, a pri využití pre stanovenie kinetiky tiež menej náchylné na ovplyvnenie absorbanciou testovaných látok. Výsledky meraní preukázali, že 6 testovaných látok (HQph , HQphptBu , HQphpNO2 , HQthi , HQetCP...
|
|
|
Preparation of Influenza Neuraminidase and Polymerase Inhibitors
Zima, Václav ; Machara, Aleš (vedoucí práce) ; Cibulka, Radek (oponent) ; Soural, Miroslav (oponent)
Chřipka je infekční onemocnění způsobené virem chřipky. Tento vir způsobuje závažnou virovou infekci, která se snadno přenáší z osoby na osobu během sezonních pandemií. Nejefektivnější způsob jak zabránit infekci, je očkování, nicméně kvůli vysoké mutační schopnosti viru se musí každý rok vakcína přeformulovat. Další způsob, jak bojovat proti chřipce, je podávání antivirotik. Klinické studie izolovaných kmenů ptačí chřipky (H5N1, 2004) a prasečí chřipky (H1N1, 2009) ukázaly na zvyšující se rezistenci vůči známým neuraminidasovým inhibitorům (oseltamivir, zanamivir). Tato resistence je zapříčiněna strukturními změnami v blízkosti katalytického místa enzymu. Výše zmíněné skutečnosti jsou motivací pro vývoj nových neuraminidasových inhibitorů a také pro vývoj inhibitorů, které cílí na jiné chřipkové enzymy. Tato práce se zabývá návrhem a přípravou nových inhibitorů chřipkové neuraminidasy a RNA-dependentní RNA polymerasy (konkrétně na PA podjednotku a skladbu PA-PB1 heterodimeru, Schéma 1). Inhibitory chřipkové neuraminidasy byly připraveny pomocí modifikace oseltamiviru v pozici C-5. Oselatamivir byl následně modifikován skupinami, které byly navržené tak, aby vytvářely interakce v kavitě-150. Byly změřeny aktivity nových derivátů oseltamiviru proti dvěma kmenům chřipky. Další část disertační práce...
|
|
|
Studium mechanismů regulace vybraných proteinkinas
Petrvalská, Olívia
Proteiny 14-3-3 skrze vazbu více než 300 vazebných partnerů regulují značné množství biologicky významných dějů, např. apoptosu, buněčný cyklus, přenos signálu či metabolické dráhy. V rámci této disertační práce byla studována úloha proteinů 14-3-3 v regulaci dvou vybraných proteinkinas ASK1 a CaMKK2. Hlavním cílem práce bylo pochopit strukturní podstatu mechanismů, kterými fosforylace a vazba proteinů 14-3-3 regulují aktivitu těchto proteinkinas pomocí různých biochemických a biofyzikálních metod, zejména metod bodové mutagenese, měření enzymové aktivity, analytické ultracentrifugace, maloúhlového rozptylu rentgenového záření, chemického zesítění, nukleární magnetické rezonance a fluorescenční spektroskopie. Na základě získaných dat z maloúhlového rozptylu rentgenového záření a chemického zesítění byl navrhnut model struktury komplexu katalytické domény proteinkinasy ASK1 s proteinem 14-3-3ζ, který ukazál, že tento komplex je v roztoku konformačně heterogenní. Tento strukturní model společně s daty z časově rozlišené fluorescence a nukleární magnetické rezonance částečně vysvětlují inhibiční mechanismus proteinu 14-3-3. Získané výsledky ukázaly, že protein 14-3-3ζ interaguje s katalytickou doménou ASK1 v těsné blízkosti aktivního místa, a proto by tato interakce mohla mít vliv na strukturu nebo...
|
|
|
Tandemová hmotnostní spektrometrie sfingolipidů s aplikací pro metabolické studie a diagnostiku sfingolipidos
Kuchař, Ladislav
V posledních letech se hmotnostní spektrometrie (MS) stala dominantní technologií používanou při lipidomické analýze a silně ovlivnila výzkum a diagnostiku onemocnění lipidního metabolismu jako např. lysosomální střádavá onemocnění (LSD) charakterisovaná poruchami funkcí lysosomů. Soubor poruch lysosomální degradace sfingolipidů (SFL) přísluší ke skupině sfingolipidos. Tento stav má vážné až fatální klinické důsledky. Prvotním cílem práce bylo zavedení kvantitativní a kvalitativní analýzy SFL pro výzkum a diagnostiku LSD. Na jejím počátku bylo třeba připravit semisynthesou lipidní hmotnostně značené standardy pomocí imobilizované sfingolipid ceramid N-deacylasy. Zavedené metody kvantitativní analysy byly posléze použity k průkazu zvýšené exkrece močových SFL u LSD s charakteristickým střádáním v ledvinách. Vyhodnocení SFL vylučovaných močí prokázalo svůj význam při diferenciální diagnostice deficitu prosaposinu a saposinu B kdy rutinní enzymologie selhává. MS navíc umožňuje sledování jednotlivých molekulárních druhů SFL (isoforem), jenž vedlo ke zjištění, že u některých LSD se jejich profil v moči mění. To následně vedlo k vývoji nové screeningové metody v suchém vzorku moče založeném na vyhodnocování profilu isoforem. Další aplikací MS byla analýza pitevních vzorků tkání nebo buněk u nevyjasněných...
|
host ::
RSS.