Název: Analýza genové exprese na subgenové úrovni
Překlad názvu: Gene expression analysis on a subgene level
Autoři: Kloda, František ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2023
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
RNA sequencing allows investigation of expression of singular genes in cells. It is possible to interpret the arisen data on multiple levels, each level providing a different type of information. Apart from measuring expression of whole genes, it is possible to quantify expression of singular exons, or transcripts (gene isoforms), which allows more detailed study of regulatory mechanisms. The main difference between approaches is in determining the origin of short reads. This step is significantly more complex in analysis of expression of transcripts, as transcripts derived from the same gene have typically larger rate of sequential similarity. In this thesis, we describe eleven tools for subgene level expression analysis a as comparison we have tested three of these tools on real patient data. The results provided by all three tools proved to be very similar with the greatest difference being the time needed for the analysis. RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy.
Klíčová slova: analýza exprese; bioinformatika; RNA-seq; sekvenování; transkriptom; bioinformatics; expression analysis; RNA-seq; sequencing; transcriptome

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/185820

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-535540


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce