Original title: Analýza genové exprese na subgenové úrovni
Translated title: Gene expression analysis on a subgene level
Authors: Kloda, František ; Fišer, Karel (advisor) ; Novotný, Marian (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2023
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
RNA sequencing allows investigation of expression of singular genes in cells. It is possible to interpret the arisen data on multiple levels, each level providing a different type of information. Apart from measuring expression of whole genes, it is possible to quantify expression of singular exons, or transcripts (gene isoforms), which allows more detailed study of regulatory mechanisms. The main difference between approaches is in determining the origin of short reads. This step is significantly more complex in analysis of expression of transcripts, as transcripts derived from the same gene have typically larger rate of sequential similarity. In this thesis, we describe eleven tools for subgene level expression analysis a as comparison we have tested three of these tools on real patient data. The results provided by all three tools proved to be very similar with the greatest difference being the time needed for the analysis. RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy.
Keywords: bioinformatics; expression analysis; RNA-seq; sequencing; transcriptome; analýza exprese; bioinformatika; RNA-seq; sekvenování; transkriptom

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/185820

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-535540


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses