Original title: Application of microbial identification system (Sherlock MIS) for identification of forest litter bacterial strains - preliminary results
Translated title: Použití metody Sherlock MIS System pro identifikaci bakteriálních izolátů z lesního opadu – předběžné výsledky
Authors: Jirout, Jiří ; Petrásek, Jiří ; Elhottová, Dana ; Krištůfek, Václav ; Nováková, Alena ; Rusek, Josef
Document type: Papers
Conference/Event: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. Methodological workshop /9./, České Budějovice (CZ), 2004-03-02 / 2004-03-03
Year: 2004
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
This work has been related to the effect of climatic changes (especially warming) on communities of forest litter bacteria. We simulated this effect with use of litter bags with beech and/or oak litter transported to beech and spruce forest. After 2, 6 and 12 months of exposition we collected and analysed the samples. We measured quantitative and qualitative characteristics of bacteria and micromycetes community structure in all variants of forest/litter combinations (number of CFU, description of bacterial morphotypes, identification of dominant bacterial morphotypes with MIDI Sherlock Microbial Identification System). We found out that there were differencies in diversity in all variants in exposition time. From the first to the third sampling the CFU bacterial number has decreased whereas CFU micromycetes number has increased. Multivariate comparison (PCA based on relative distribution of bacterial morphotypes in samples) separated the oak litter bacterial community in spruce forest soil as the most different variant among the others. Studie se vztahuje k vlivu klimatických změn (zejména globálnímu oteplování) na společenstva bakterií a mikromycét lesního opadu. Tento vliv byl simulován prostřednictvím manipulačního terénního pokusu s uměle zaneseným bukovým a dubovým opadem do smrkového lesa. Po 2, 6 a 12 měsících byla provedena kvalitativní a kvantitativní analýza bakteriálního a mikromycetového společenstva exponovaného opadu. Rozdíly v biodiverzitě byly zjištěny ve všech variantách během expozice opadu. Bakteriální počty během expozice klesaly zatímco počty mikromycétů vzrůstaly. Mnohorozměrná analýza (PCA), založená na relativním zastoupení bakteriálních morfotypů ve vzorcích, oddělila jako nejvíce odlišné společenstvo dubového opadu exponovaného ve smrkovém lese.
Keywords: forest litter bacterial strains; identification; Sherlock MIS
Project no.: CEZ:AV0Z6066911 (CEP)
Host item entry: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates, ISBN 80-86525-03-1

Institution: Institute of Soil Biology AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0012643

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-19942


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Soil Biology
Conference materials > Papers