|
| |
|
|
Půdní mikromycety - potenciální zdroj N.sub.2./sub.O v půdách
Jirout, Jiří ; Šimek, Miloslav ; Elhottová, Dana
Cílem příspěvku je shrnout vědomosti o produkci N.sub.2./sub.O půdními mikromycety. Denitrifikace se předpokládala pouze u prokaryot, ale byly nalezeny důkazy produkce oxidů dusíku a N.sub.2./sub. i u hub. N.sub.2./sub.O houbového původu vzniká redukcí dusičnanů/dusitanů za anaerobních podmínek. Jelikož u hub byla nalezena schopnost používat denitrifikaci zároveň s respirací kyslíku, produkce N.sub.2./sub.O půdními houbami se dá předpokládat u širokého okruhu půd. Pro houby specifická nitrát/nitrit reduktáza (cytochrom P-450nor) byla objevena u druhu .i.Fusarium oxysporum./i.. Schopnost produkce N.sub.2./sub.O byla nalezena u dalších rodů mikromycetů (.i.Humicola, Cylindrocarpon, Trichoderma./i., atd.). Mnoho druhů mikromycetů nemá schopnost další redukce N.sub.2./sub.O na N.sub.2./sub.; u některých mikromycetů byla naopak popsána produkce N.sub.2./sub. pomocí tzv. kodenitrifikace.
|
|
|
Sbírka kultur půdních aktinomycetů v Ústavu půdní biologie BC AV ČR, v.v.i. České Budějovice
Krištůfek, Václav ; Chroňáková, Alica ; Elhottová, Dana ; Petrásek, Jiří ; Němec, Jan
Sbírka kultur aktinomycetů v Č. Budějovicích (CCACB) byla založena v roce 2006 a slouží jako úschovna kultur půdních aktinomycetů. Kultury mohou být použity pro výzkum, průmyslovou aplikaci, vzdělávání a další vědecké zájmy. Kultury jsou uchovávány hlavně jako glycerolové nebo lyofylizované konzervy. CCACB bude nabízet kmeny aktinomycetů, hlavně streptomycetů (více než 900 kultur) v Katalogu kultur www.upb.cas.cz, www.actinomycetes.cz.
|
|
|
Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Krištůfek, Václav ; Kasalický, Vojtěch ; Chroňáková, Alica ; Elhottová, Dana ; Němec, Jan
Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, .i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i.), archaea, actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, sfingobacteria.
|
|
|
Změny mikrobiálního společenstva způsobené pasáží trávicím traktem žížal
Němcová, Anna ; Pižl, Václav ; Elhottová, Dana
Selektivní vliv podmínek trávicího traktu žížal se podílí na redukci nebo stimulaci různých mikrobiálních skupin. Pasáž půdy zažívacím traktem žížaly obecně podporuje zvýšení celkové aktivní mikrobiální biomasy. Počet kultivovatelných bakterií přítomných ve střevě žížaly průkazně nevzrůstá ve srovnání s okolním půdním prostředím, ale dochází ke změnám v druhové bohatosti. Obvykle se během pasáže částečně mění také zastoupení mikrobiálních skupin. Pasáž trávicím traktem a exkrece do půdy může dlouhodobě ovlivnit i funkci významných mikrobiálních skupin. Cílem příspěvku je shrnout přehled kvantitativních a kvalitativních charakteristik doprovodné mikroflóry těchto významných zástupců půdní makrofauny.
|
|
|
Kultivace bakterií z netopýřího guána
Petrásek, Jiří ; Elhottová, Dana ; Krištůfek, Václav ; Kováč, L.
Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano rozkládá velmi pomalu. V průběhu času se v blízkosti netopýřích kolonií vytváří kopy guana staré i několik stovek let. Netopýří guano tak představuje unikátní prostředí, ve kterém panují specifické podmínky a tomu odpovídá také složení bakteriálního společenstva. V rámci této studie byla plotnovou metodou pomocí šesti kultivačních médií sledována bakteriální společenstva guana z jeskyně Domica a z Ardovské jeskyně (NP Slovenský kras). Celkové počty kultivovatelných aerobních bakterií v guanu byly hodnoceny pomocí růstu na zpevněném komplexním médiu TSBA (Becton & Dickinson). Celkové počty kultivovatelných anaerobních bakterií byly sledovány pomocí DifcoTM Anaerobic Agar (Becton & Dickinson) a krevního agarového média (Shadler + 5% beranní krev, Oxoid).
|
|
|
Microarthropods and microbial participation in oak and beech litter decomposition
Farská, Jitka ; Jínová, Kristýna ; Jirout, Jiří ; Petrásek, Jiří ; Čápová, Lenka ; Rusek, Josef ; Krištůfek, Václav ; Elhottová, Dana ; Starý, Josef
The aim of our work was to describe the impact of a simulated vegetation zone shift to higher altitudes (i) on the quantity and quality of microarthropods and microbial communities, and (ii) on the decomposition rate of allochthonous leaf litter. In November 2002, 480 litterbags filled with oak or beech leaf litter were placed into spruce and beech forests (950 m a. s. l.) on Kleť Mt. (1083 m; Blanský les Protected Landscape Area, South Bohemia). Three different mesh sizes were used for certain soil biota exclusion: > 2 mm, 0.5 mm and 42 μm. Litterbags were sampled after 2, 4, 6, 12, 24 and 36 months of exposure in the field. Litter pH and moisture were determined in the laboratory immediately after retrieval. Soil microarthropods (Oribatida, Gamasida and Collembola) were extracted using Tullgren funnels. Soil bacteria and micromycetes were isolated using the dilution plate method and specific growth media.
|
|
|
Vliv porostu a salinity na aktivitu a diverzitu mikroorganismů tropických mokřadů
Černá, B. ; Elhottová, Dana ; Rejmánková, E. ; Šantrůčková, H.
Změny mikrobiálních charakteristik způsobených zvyšující se eutrofizací byly sledovány na primárně oligotrofních, fosforem limitovaných a různě zasolených mokřadech v severní Belize. Množství a kvalita organického materiálu produkovaná autotrofy ovlivňuje složení a aktivitu sedimentární mikroflóry mokřadů a tedy koloběh P a N. Zastoupení autotrofů se vlivem vzrůstajícího zatížení P mění z dominance sinicemi v oligotrofním mokřadu, přes dominanci bahničky, k dominanci orobince v eutrofním mokřadu. Snížením porostu sinic a tím vstupu N autotrofní fixací N.sub.2./sub., se předpokládá posun od limitace systému P k limitaci N. Míra posunu bude záviset na rozsahu vnitřního koloběhu N a schopnosti heterotrofní mikroflóry, především fixátorů dusíku, poskytovat dostatečné množství dodatkového dusíku. Výsledky ukazují, že opad makrofyt, ve srovnání s opadem sinic, zvyšuje heterotrofní mikrobní aktivity, zejména fixaci N.sub.2./sub..
|
|
|
Archea - významná součást půdního mikrobiálního společenstva
Němcová, Anna ; Elhottová, Dana
Archea je evolučně velmi stará skupina prokaryotních mikroorganismů zcela odlišných od ostatních prokaryotních zástupců, která představuje třetí samostatnou doménu života. Biologie a ekologie archeí je předmětem intenzivního zájmu současného výzkumu, který přináší zcela nové informace o této skupině mikroorganismů a evoluci života obecně. Díky aplikaci molekulárních metod, nezávislých na kultivaci, je v současné době již zřejmé, že archea nejsou vázána pouze na extrémní podmínky, ale jsou široce rozšířena a koexistují s jinými mikroorganismy také v běžném prostředí. V oblasti půdní mikrobiologie znamená studium archeí významný přínos pro výzkum procesů přeměn dusíku a uhlíku spojených s tvorbou a emisemi skleníkových plynů z půd. Perspektivní je studium archeí z hlediska evolučních vztahů mezi mikroorganismy, interakcí půdních archeí s ostatními zástupci edafonu a vývoje biotechnologií založených na jedinečných vlastnostech těchto mikroorganismů.
|
|
|
Metody studia společenstev půdních hub - aplikace na půdy zatížené volně paseným skotem
Jirout, Jiří ; Elhottová, Dana
Houbové organismy představují fyziologicky a geneticky různorodou skupinu organismů, která hraje klíčovou roli v půdním ekosystému. Nicméně o dynamice, struktuře, diverzitě a biomase populací půdních hub existuje stále poměrně málo informací. Tradiční mikrobiologické metody umožňují pouze zběžný pohled na diverzitu hub. Posledních 15 let však přineslo mnoho technologických pokroků v získávání profilů společenstev a v kultivačně nezávislých přístupech pro studium půdních mikroorganismů. Změny diverzity hub spojené se zemědělskými postupy mohou ovlivnit úrodnost a stabilitu půdy, přesto ale vliv zemědělských postupů na komplexní společenstva hub zůstává nejasný. Tradiční i moderní metody v mikrobiální ekologii půdy byly použity pro studium mikrobiálních společenstev na pastvině využívané jako zimoviště skotu. Půdní prostředí zimoviště je významně narušeno vlivem paseného skotu.
|
host ::
RSS.