|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
|
Interakce struktur polyomavirů se složkami buněčné vrozené imunity
Portychová, Tereza ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Schreiberová, Lucie (oponent)
Tématem této práce jsou poznatky o interakcích struktur polyomavirů se složkami vrozené imunity v infikovaných buňkách. Práce je soustředěna na modelové polyomaviry SV40 a MPyV a lidské BKPyV, JCPyV a MCPyV. Studium vzájemného působení mechanismů vrozené buněčné imunity a polyomavirových struktur je v začátcích. Infekce všemi uvedenými viry indukuje prostřednictvím virového časného LT antigenu odpovědi na poškození DNA (DDR; DNA damage response) nutné pro účinnou virovou replikaci. Poškození DNA může však aktivovat jak kanonicku, tak nekanonicku dráhu indukce interferonové produkce, která vede k antivirovému stavu. Polyomaviry se zdají být rozpoznány imunitním systémem až během replikace jejich genomů v buněčném jádře. Prozatím bylo prokázáno, že indukce interferonu polyomaviry může být zahájena DNA sensorem cGAS a dále aktivací STING (kanonická dráha), ale také po rozpoznání virové RNA proteinem RIG-I. Časné virové LT a st antigeny a pozdní agnoprotein některých polyomavirů prokázaly potenciál regulovat odpovědi vrozené buněčné imunity a ovlivnit tak navození persistence polyomavirů. Klíčová slova: polyomaviry, vrozená buněčná imunita, velký T antigen, malý t antigen, agnoprotein, geny stimulované interferonem
|
|
|
Buněčné faktory potlačující v hostitelských buňkách infekci myším polyomavirem: Studie PML proteinových izoforem
Anderová, Karolína ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Promyelocytární leukemická jaderná tělíska (PML NBs) jsou multifunkční jaderné sférické struktury tvořené schránkou PML proteinů a dalšími interakčními partnery, které byly popsány v mnoha buněčných procesech i imunitní obraně. Při antivirové imunitní odpovědi působí PML NBs a jejich komponenty jako přímé restrikční faktory i v rámci regulace interferonové odpovědi. Viry zároveň vyvinuly antagonistické mechanismy, jak se této inhibici bránit. Tato práce se zabývá rolí PML NBs při infekci modelovým myším polyomavirem (MPyV) a zaměřuje se na studium izoforem PML proteinu. Prvním cílem práce byla analýza tvorby lidských (hPML) i myších (mPML) NBs v modelu myších embryonálních fibroblastů (MEF). Následně byla zjišťována lokalizace hPML i mPML NBs při infekci. Pro oba druhy byla pozorována lokalizace v těsné blízkosti center replikace virových genomů. V dalším kroku byl testován vliv infekce nebo interferonu α (IFNα) na expresi mPML proteinů. Infekce i ošetření IFNα vedlo k nárůstu exprese mPML na úrovni genové transkripce i syntézy proteinů. Data současně naznačovala největší zvýšení transkripce pro izoformu mPML3. Práce se dále zabývala potenciální restrikční rolí izoformy mPML2. Výsledná data nicméně nenaznačovala, že by nadprodukce mPML2 proteinu infekci signifikantně ovlivňovala. V poslední části...
|
|
|
Interference vybraných DNA virů s procesy apoptózy
Sauerová, Pavla ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Štěpánek, Luděk (oponent)
Tato práce je zaměřena na vybrané DNA viry a některé jejich mechanismy uplatňující se v inhibici či indukci procesu apoptózy. Vybranými DNA viry jsou virus hepatitidy B, polyomaviry, papilomaviry a herpesviry. Viry vyvinuly v rámci evoluce různé strategie v boji proti hostitelské obraně. Jednou z obranných odpovědí hostitele na virovou infekci je apoptóza. U virů zaznamenáváme fenomén potlačení či indukce apoptózy v závislosti na fázi životního cyklu, ve kterém se virus nachází. V některých strategiích, zasahujících do procesu apoptózy, nalézáme jisté podobnosti. Typickým příkladem je zacílení a manipulace na úrovni onkosupresoru p53 či produkce Bcl-2 homologů. Jiné strategie jsou výrazně specifické. Cílem těchto manipulací je zajištění úspěšné replikace, uvolnění viru z buňky a tedy jeho šíření organismem či mezi organismy. Některé viry dokonce disponují mechanismy, které jim umožní perzistovat v organismu po dlouhý časový úsek, nebo do konce jeho života.
|
|
|
Vlastnosti a funkce středního T antigenu myšího polyomaviru
Fabiánová, Anna ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Polyomaviry jsou malé DNA viry, které jsou schopné indukovat širokou škálu nádorů. U myšího polyomaviru (MPyV) se v indukci nádorové transformace uplatňuje zejména střední T antigen (MT antigen). MT antigen nemá vlastní enzymatickou aktivitu. Jeho funkce spočívá v aktivaci drah signální transdukce buňky, díky jeho schopnosti interagovat s určitými buněčnými proteiny. K těmto proteinům patří například protein fosfatáza 2A (PP2A), Src kináza, fosfatidyl inositol 3 kináza (PI3K), protein Shc, 14-3-3 protein nebo fosfolipáza Cγ1 (PLCγ1). Tato práce je zaměřena na interakci MT antigenu s těmito buněčnými proteiny a na dopad této interakce na transformaci buněk. Protože je MT antigen silným onkogenem, práce se zabývá i charakterem transformovaných buněk a vývojem nádoru v epitelu mléčné žlázy myši. Klíčová slova: polyomaviry, MT antigen, PP2A, PI3K, PLCγ1, protein Shc, protein 14-3-3 protein
|
|
|
MikroRNA kódované polyomaviry.
Zachovalová, Veronika ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
MicroRNA jsou malé regulační molekuly RNA kódované v genomu organismu. Biogeneze mikroRNA probíhá částečně v jádře a částečně v cytoplazmě. Výsledkem je funkční, 22 nt dlouhá molekula mikroRNA. MikroRNA jsou schopné umlčovat geny za pomoci sekvenčně specifické degradace cílové mRNA, nebo za pomoci represe translace cílových, komplementárních mRNA. U savců je běžnější mechanismus represe translace, kdy je mikroRNA neúplně komplementární k 3'UTR cílové mRNA. Polyomaviry jsou malé, neobalené DNA viry s cirkulárním dsDNA genomem a ikosahedrální kapsidou tvořenou pentamerami VP1 proteinu. Tyto viry se řadí mezi tzv. onkogenní viry, neboť mohou přispět k transformaci buněk a rozvoji vážných onemocnění jako je například karcinom Merkelových buněk. Ve svém genomu kódují regulační proteiny nazývané T antigeny, strukturní geny kapsidy, ale také mikroRNA. Právě na mikroRNA kódované genomem SV40, MPyV, MCPyV, BKPyV a JCPyV bude zaměřená tato práce. Klíčová slova: polyomaviry, malé interferující RNA, mikroRNA, siRNA, RNA interference, myší polyomavirus, BK virus, JC virus, SV40
|
|
|
Sensing of MPyV infection by innate immunity sensors
Rjabčenko, Boris ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Anděra, Ladislav (oponent) ; Mělková, Zora (oponent)
Senzory hostitelských buněk rozpoznávající molekulární motivy vlastní patogenům a mechanismy vrozené imunitní odpovědi na infekci myším polyomavirem (MPyV), byly hlavními tématy této práce. Zjistili jsme, že během ranné faze infekce neindukuje MPyV produkci interferonu (IFN) ale indukuje produkci interleukinu-6 (IL-6) a dalších cytokinů aniž by byla inhibována replikace virů. Cytokinové mikroprostředí změnilo fenotyp sousedních neinfikovaných fibroblastů směrem k fenotypu podobnému fibroblastům spojeným s buněčnou transformací (cancer-associated fibroblast; CAF). Identifikovali jsme Toll-like receptor 4, senzor vrozené imunity, který je zodpovědný za produkci IL- 6 během infekce. Ve snaze určit, zda a kde se viriony uvolňují z endozomálních kompartmentů do cytosolu, jsme zjistili, že hydrofobní domény minoritních kapsidových proteinů vystavené na povrchu virionů po jejich částečném rozložení v ER, hrají důležitou roli v účinné translokaci virionů z lumen endoplazmatického retikula do cytosolu. Ačkoliv se částečně rozložené viriony objevují před transportem do jádra "nahé" v cytosolu, virová DNA není v této fázi infekce rozpoznána cytosolickými sensory. Rozpoznání MPyV vedoucí k produkci IFN nastává až během replikace virových genomů v buněčném jádře. Mutantní virus, defektní ve vstupu do jádra,...
|
|
|
Analýza protilátkové odpovědi u BK virové infekce
Tomanová, Tereza ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
BK virus je lidský polyomavirus s vysokou prevalencí v populaci. Obvykle je pro svého hostitele neškodný, komplikace působí při imunosupresi, často při transplantacích ledvin, jelikož perzistuje v epiteliálních buňkách ledvin. Exis- tují čtyři subtypy BK viru a zdá se, že je důležité identifikovat, na jaký subtyp je dárce a příjemce ledviny pozitivní. Takové určení subtypově specifických pro- tilátek pomocí jednoduchého testu by mohlo pomoci s eliminací komplikací po transplantaci ledvin. Při předchozím výzkumu byl vytvořen návrh ELISA testu, který by mohl sérologicky rozlišit hlavní BK virové subtypy (I a IV), ale jeho vývoj je komplikován tím, že mezi jednotlivými subtypy BK viru a protilátkami dochází ke křížové reaktivitě. Klíčem k úspěchu může být modifikace antigenu používaného pro ELISA test. Proto bylo cílem této diplomové práce zmapovat významná místa kapsidového VP1 proteinu BK viru, konkrétně ve smyčkách EF a DE, která by se mohla podílet na interakci s protilátkami. Toho bylo dosaženo cílenou mutagenezí v genu pro VP1, v oblasti EF smyčky nebo DE smyčky, kde došlo k záměně nukleotidů pro dvě povrchové aminokyseliny, ve kterých se liší sekvence subtypu I a IV. Výsledkem byl gen pro VP1 subtypu IV mutovaný tak, že sekvence v oblasti EF smyčky byla shodná se sekvencí VP1 subtypu I. Stejný...
|
|
|
Biologická léčba a její vliv na průběh latentních virových infekcí u pacientů s psoriázou
Laurin, Josef ; Šmahelová, Jana (vedoucí práce) ; Janovec, Václav (oponent)
Existuje přes 80 identifikovaných autoimunitních onemocnění. Mezi ty s nejvyšší prevalencí patří psoriáza, jejíž celosvětová prevalence se pohybuje okolo 2-5 %. Léčebné postupy tohoto zánětlivého onemocnění kůže lze rozdělit následovně: v případech nízké závažnosti se používají topické přípravky pro lokální léčbu a při jejich nedostatečném efektu se přistupuje k silnějším terapiím. Při střední závažnosti onemocnění je nasazována fototerapie a dále při středních až těžkých formách onemocnění se nasazuje léčba systémová. Mezi možnosti systémové terapie patří například cytostatikum metotrexát a imunosupresivum cyklosporin, případně retinoidy (analogy vitaminu A). Ani systémové terapie však nemusí mít žádaný efekt nebo mohou mít negativní vliv na celkový stav pacienta. V takových případech se využívá biologická léčba. Biologická léčba je obvykle prováděna protilátkami a fúzními proteiny, které jsou vyrobeny pomocí rekombinantních technologií. Pro léčbu psoriázy se používají nejčastěji inhibitory faktoru nádorové nekrózy α (TNF-α) a interleukinů 12, 17 a 23 (IL-12, IL-17 a IL- 23). Při inhibici imunitního systému biologiky bylo potvrzeno, že může docházet k reaktivaci virových infekcí. Ty mohou následně vést až k rozvoji onemocnění vyvolaných latentními virovými infekcemi.
|
|
|
Analýza protilátkové odpovědi u BK virové infekce
Tomanová, Tereza ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
BK virus je lidský polyomavirus s vysokou prevalencí v populaci. Obvykle je pro svého hostitele neškodný, komplikace působí při imunosupresi, často při transplantacích ledvin, jelikož perzistuje v epiteliálních buňkách ledvin. Exis- tují čtyři subtypy BK viru a zdá se, že je důležité identifikovat, na jaký subtyp je dárce a příjemce ledviny pozitivní. Takové určení subtypově specifických pro- tilátek pomocí jednoduchého testu by mohlo pomoci s eliminací komplikací po transplantaci ledvin. Při předchozím výzkumu byl vytvořen návrh ELISA testu, který by mohl sérologicky rozlišit hlavní BK virové subtypy (I a IV), ale jeho vývoj je komplikován tím, že mezi jednotlivými subtypy BK viru a protilátkami dochází ke křížové reaktivitě. Klíčem k úspěchu může být modifikace antigenu používaného pro ELISA test. Proto bylo cílem této diplomové práce zmapovat významná místa kapsidového VP1 proteinu BK viru, konkrétně ve smyčkách EF a DE, která by se mohla podílet na interakci s protilátkami. Toho bylo dosaženo cílenou mutagenezí v genu pro VP1, v oblasti EF smyčky nebo DE smyčky, kde došlo k záměně nukleotidů pro dvě povrchové aminokyseliny, ve kterých se liší sekvence subtypu I a IV. Výsledkem byl gen pro VP1 subtypu IV mutovaný tak, že sekvence v oblasti EF smyčky byla shodná se sekvencí VP1 subtypu I. Stejný...
|
host ::
RSS.