|
|
Srovnání genomů analýzou pozice genů
Pavel, Tomáš ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část této bakalářské práce se zabývá základy genetiky. Nejprve jsou popsány pojmy gen a mutace. Jsou popsány mutace genové a chromozomové. Následující část je věnována komparativní genomice a především synteny. Je zde popsáno, co je to synteny a jak vzniká. Konec teoretické části je věnován evoluci a způsobům třídění permutačních vektorů. Praktická část bakalářské práce obsahuje popis vytvořeného programu. Výstupem programu je dotplot zobrazující synteny bloky, jejichž indexy jsou vypsány v GUI. Druhým podstatným výstupem je stanovení počtu permutačních kroků. Tento počet kroků slouží ke stanovení evoluční vzdálenosti porovnávaných sekvencí. Poslední část práce je věnována testování programu a analýze uměle vytvořených a reálných sekvencí DNA.
|
|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Kupková, Kristýna (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá problematikou pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu. Práce je rozdělena na dvě části. První část se věnuje teorii a vysvětlení základních pojmů, konkrétně popisuje mitochondriální genom, nukleotidové mutace, pozitivní a negativní selekci a v neposlední řadě evoluční modely. Druhá část je zaměřena na praktické zpracování mitochondriální DNA a vytvoření funkcí v programovacím prostředí R. Důraz je kladen především na zarovnání sekvencí genů a hledání substitucí. Získané výsledky jsou následně porovnávány s výstupy z programů PAML a KaKs Calculator.
|
|
|
Číslicové zpracování mitochondriálních genomů
Sonnenschein, Jiří ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je vyzkoušet nový a výpočetně méně náročný způsob klasifikace mitochondriálních sekvencí, při kterém je využito převodu symbolické sekvence do numerického zápisu. Úvodní část je věnována popisu nukleových kyselin a mitochondrií. Navazující část se zaměřuje na možnosti numerického vyjádření zápisu biologických sekvencí beze ztráty původní biologické informace. Jsou popsány možnosti fázové a frekvenční analýzy genomických signálů. Je uveden princip shlukové analýzy a metody konstrukce dendrogramu. V praktické části je provedena analýza mitochondriálních genomů, u kterých je vypočtena jejich rozbalená a kumulovaná fáze. Pomocí shlukové analýzy jsou porovnány mitochondriální sekvence a sestrojen dendrogram.
|
|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
Efektivní hledání překryvů u NGS dat
Matocha, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Puterová, Janka (vedoucí práce)
Hlavním tématem této práce je detekce překryvů u NGS dat. Práce obsahuje přehled sekvenovacích technologií, jenž jsou zdrojem NGS dat. V práci je obecně definován problém detekce překryvů DNA sekvencí. Následně je v práci vytvořen přehled dostupných existujících algoritmů a přístupů pro detekci překryvů u NGS dat. Jsou zde popsány základní principy těchto algoritmů. V druhé části práce je navržen vhodný nástroj pro detekci přibližných překryvů u NGS dat a popsána jeho implementace. V závěru práce jsou shrnuty a popsány experimenty provedené s tímto nástrojem a závěry, které z nich vyplývají.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
|
Karyotypová evoluce snovačkovitých pavouků (Araneae: Theridiidae)
Večeřová, Hana ; Forman, Martin (vedoucí práce) ; Dolejš, Petr (oponent)
Pavouci (Araneae) patří mezi velmi diverzifikovaný řád v rámci podkmene klepítkaců (Chelicerata). Většina druhů se řadí do skupiny Entelegynae, stejně jako zástupci čeledi snovačkovitých (Theridiidae). Jejich významným rodem je Latrodectus, známý svojí přezdívkou "černé vdovy". V práci jsou shrnuty základní informace o jejich biologii, fylogenezi a cytogenetice s přesahem do genomických dat snovaček a příbuzných pavouků. Přestože je cytogenetika pavouků zajímavým oborem, zejména kvůli přítomnosti neobvyklých pohlavních chromozomů, zůstávají některé otázky nezodpovězené. Základním trendem u entelegynních pavouků je snižování diploidního počtu chromozomů. Cílem práce bylo ověřit možnosti snovačkovitých (Theridiidae) jako modelového systému pro studování těchto změn. Právě rod Latrodectus disponuje potenciálem z důvodu překvapivě diverzifikovaných karyotypů, které jsou u Entelegynae spíše neobvyklé. I když se jedná o populární skupinu, úroveň karyotypových dat je nízká a zasloužila by si být revidována. Navzdory tomu se jeví jako slibným modelovým systémem kosmopolitní snovačka L. geometricus a její komparace s ostatními z rodu nebo čeledi Theridiidae. S moderními cytogenetickými metodami by mohla pomoct objasnit snižování počtu jak pohlavních, tak i nepohlavních chromozomů, ke kterému docházelo v...
|
|
|
Hybridizace kaprovitých ryb v České republice: genetická a morfometrická analýza podčeledi jelcovitých (Leuciscinae
Kaufman, Vít ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Křížení neboli hybridizace je proces, kdy pářením dvou druhově nepříbuzných jedinců vznikne životaschopný potomek. Následkem zpětného křížení bývá často zanášení nepůvodních částí genomu do genomu druhého druhu. Takovému jevu se říká introgrese. S postupným výzkumem se zjišťuje, že hybridizace je poměrně běžný jev. Mezi obratlovci se s ním můžeme ve velké míře setkat u ryb. Skupinou ryb, u které se s hybridizací setkáváme velice často jsou ryby z čeledě jelcovitých (Leuciscidae). Jedná se o jeden z nejpočetněji se vyskytujících čeledí sladkovodních ryb v Evropě. Zvýšená míra hybridizace je u nich dána zvláště častým sympatrickým výskytem, kompeticí o třecí substrát a dalšími ekofyziologickými faktory. Křížení v této čeledi bylo známo již od druhé poloviny 20. století. Výzkumy provedené v této tématice však byly prozatím omezené na analýzy morfologických znaků, které byly v nejlepším případě podložené analýzami alozymů. Náš projekt si dal za cíl zjistit stav křížení v několika údolních nádržích České republiky. Hlavní důraz byl kladen na detekci hlavních hybridních kombinací, stanovení míry křížení (tedy otestovat, zda křížení pokračuje i do dalších generací) a zhodnocení některých morfometrických a morfologických projevů u hybridů. Za tímto účelem bylo ovzorkováno více než 400 jedinců, ze kterých...
|
|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
|
host ::
RSS.