|
|
Syntéza pyrimido[4,5-b]indolových nukleosidů s modifikovaným cukrem
Konč, Juraj ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Janeba, Zlatko (oponent)
Byly prostudovány glykosylační reakce pyrimidoindolové báze a modifikovaných cukrů a tyto postupy byly použity pro syntézu pyrimido[4,5-b]indolových nukleosidů. Jediným úspěšně připraveným byl 2′-deoxy-2′-fluoro-arabinonukleosid, který byl syntetizován glykosylací pomocí aniontu báze a halogenozy. Pro testy biologické aktivity byla připravena série 4-substituovaných derivátů tohoto nukleosidu.
|
|
|
Synthesis of fluorinated nucleosides
Nguyen, Van Hai ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent)
Klíčový intermediát 6-amino-7-jodo-7-deazapurin 3'-deoxy-3'-fluororibonukleosid byl syntetizován přes vícekrokových sekvenčních reakcích, které byly zahájeny z komerčně dostupné D-xylózy a 6-chloro-7-deazapurinu. Syntetická strategie byla založena na fluorace cukru a následná glykosylace s odpovídající nukleobází. Fluorace 5-chráněného-1,2- isopropylidin xylózy s odlišnými chránicími skupinami v pozici 5 vždy vedla k eliminaci produktu. Později bylo zjištěno, že isopropylidin vnucuje konformaci, která nepreferuje substituci. Během rozsáhlé optimalizace bylo zjištěno, že DAST je optimálním fluoračním činidlem. Fluorace byla prováděna na 2,3-nechráněné xylózy, která následně byla použitá na glykosylace. Po několika neúspěšných pokusů o "protection group free" glykosylace, Vorbrüggenova glykosylace byla úspěšná a bylo získáno 3'-fluoro nukleosid s dobrým výtěžkem. Při použití Vorbrüggenovy glykosylace je potřeba ochránit OH skupinu na C2 benzoylem. Ochráněný nukleosid následně byl aminován a odchráněn pomocí roztoku NH3 a 1,4-dioxanu. Získaný klíčový intermediát byl použit na syntézu malou série 6-amino-7-hetaryl nuklesosid pomocí Pd-katalyzováné Suzuki reakce ve vodném prostředí. Série 6-amino-7- hetaryl-7-deazapurin-3-fluororibonukleosidy byla nasytetizována a otestována pro její biologické účinky....
|
|
|
Studie vlivu adenosinu na proliferaci buněčné linie BeWo
Papírník, Josef ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Vokřál, Ivan (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Josef Papírník Školitel: doc. PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studie vlivu adenosinu na buněčnou proliferace buněčné linie BeWo Placenta je rychle se vyvíjecí orgán zajišťující výživu, ochranu a prostředí pro rostoucí plod. Vývoj plodu je závislý na dodávce nutrientů z krve matky ať už pasivní difúzí nebo zprostředkované transportéry. Jedním ze základních nutrientů jsou nukleosidy, o nichž je známo, že podporují syntézu DNA, a tím růst některých tkání. Protože nukleosidy jsou hydrofilní látky, potřebují pro svůj přestup přes plazmatickou membránu nukleosidové transportéry (NT). Nukleosid adenosin (Ado) má navíc i funkci v buněčné signalizaci. Jeho široké působení zahrnující i ovlivnění proliferace je zajišťováno vazbou na adenosinové receptory (AR). Placenta exprimuje NT a AR, což znamená, že je vybavena pro vychytávání nukleosidů z mateřské krve a zároveň je schopna skrze molekulu adenosinu přijímat signály z vnějšího prostředí. Důležitost nukleosidů pro růst placenty nebyla však doposud zkoumána. Cílem této diplomové práce je testovat vliv nukleosidů na proliferaci buněčné linie BeWo odvozené od choriokarcinomu. Pro tento účel jsme použili proliferačních testy...
|
|
|
Studie vlivu adenosinu na proliferaci buněčné linie JEG-3
Nguyen, Ngoc Duong ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Nguyen Ngoc Duong Školitel: doc. PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studie vlivu adenosinu na proliferaci buněčné linie JEG-3 Adenosin je signální molekula purinového charakteru, která se podílí na syntéze nukleových kyselin. Transport hydrofilních nukleosidů skrz plazmatickou a organelové membrány je zajištěn dvěma rodinami: SLC28 kódující koncentrační nukleosidové transportéry (CNTs) a SLC29 kódující ekvilibrační nukleosidové transportéry (ENTs). Placenta je komplexní, rychle rostoucí orgán. Vykazuje určitou podobnost s nádory s tím rozdílem, že růst je plně kontrolován. Bylo zjištěno, že u nádorových, ale i některých typů nenádorových buněk, proliferaci podporují extracelulární nukleosidy. Placenta exprimuje vysoké hladiny NTs, což naznačuje schopnost placenty přijímat i vychytávat nukleosidy a využívat je pro svůj růst. Cílem této práce je testování vlivu adenosinu a dalších nukleosidů na proliferaci trofoblastu. Analýza byla provedena na JEG-3 buněčné linii odvozené od placentárního choriokarcinomu pomocí několika metod monitorujících zvýšení počtu buněk na různých úrovních: i) CCK-8 metody, ii) Click-It EdU, iii) CyQuant a iv) analýzy proliferačního markeru MKI-67....
|
|
| |
|
| |
|
|
Modified ribonucleotides as building blocks for enzymatic construction of functionalized RNA or as antiviral compounds
Milisavljević, Nemanja ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent) ; Krečmerová, Marcela (oponent)
Cílem této práce bylo studovat vliv sterické náročnosti nukleosidtrifosfátů (NTPs) s modifikovanou bází na enzymatickou inkorporaci do RNA a také studie inhibice různých virových RNA polymeras těmito NTPs in vitro. Zároveň byly připraveny příslušné nukleosidy a proléčiva a byla testována jejich protivirová aktivita. V první části práce byly připraveny NTPs s různě objemnými substituenty; od malých (methyl a ethynyl), přes střední (fenyl a benzofuryl) až po velké (dibenzofuran). Aromatické substituenty byly zavedeny pomocí Suzukiho cross-couplingové reakce na jodovaných trifosfátech, nebo (v případě modifikovaných guanosinů) fosforylací modifikovaných nukleosidů. Methyl a ethynyl NTPs byly připraveny Pd-katalyzovanou cross-couplingovou reakcí s AlMe3, resp. Sonogashirovou reakcí, po které následovala fosforylace modifikovaného nukleosidu. Pro studium inkorporace do RNA pomocí T7 RNA polymerasy byly navrženy templáty kódující RNA o 35 bázích, které obsahují jednu, tři nebo sedm modifikací. Modifikované pyrimidinové trifosfáty dobře fungovaly pro všechny sekvence s výjimkou největších dibenzofuryl derivátů, které nebyly inkorporovány do sekvence se sedmi modifikacemi. V případě AR TPs se nukleotid s dibenzofurylovou skupinou neinkorporoval vůbec, zatímco ostatní modifikace byly tolerovány. Aby bylo...
|
|
|
Synthesis of fluorinated nucleosides
Nguyen, Van Hai ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent)
Klíčový intermediát 6-amino-7-jodo-7-deazapurin 3'-deoxy-3'-fluororibonukleosid byl syntetizován přes vícekrokových sekvenčních reakcích, které byly zahájeny z komerčně dostupné D-xylózy a 6-chloro-7-deazapurinu. Syntetická strategie byla založena na fluorace cukru a následná glykosylace s odpovídající nukleobází. Fluorace 5-chráněného-1,2- isopropylidin xylózy s odlišnými chránicími skupinami v pozici 5 vždy vedla k eliminaci produktu. Později bylo zjištěno, že isopropylidin vnucuje konformaci, která nepreferuje substituci. Během rozsáhlé optimalizace bylo zjištěno, že DAST je optimálním fluoračním činidlem. Fluorace byla prováděna na 2,3-nechráněné xylózy, která následně byla použitá na glykosylace. Po několika neúspěšných pokusů o "protection group free" glykosylace, Vorbrüggenova glykosylace byla úspěšná a bylo získáno 3'-fluoro nukleosid s dobrým výtěžkem. Při použití Vorbrüggenovy glykosylace je potřeba ochránit OH skupinu na C2 benzoylem. Ochráněný nukleosid následně byl aminován a odchráněn pomocí roztoku NH3 a 1,4-dioxanu. Získaný klíčový intermediát byl použit na syntézu malou série 6-amino-7-hetaryl nuklesosid pomocí Pd-katalyzováné Suzuki reakce ve vodném prostředí. Série 6-amino-7- hetaryl-7-deazapurin-3-fluororibonukleosidy byla nasytetizována a otestována pro její biologické účinky....
|
|
| |
|
|
Development of new glycosylation methods for the synthesis of nucleosides
Downey, Alan Michael ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Křen, Vladimír (oponent) ; Kočovský, Pavel (oponent)
Nukleosidy jsou jako stěžejní složka DNA a RNA považovány za základ života. Na bázi nukleosidů je také založeno množství protinádorových a protivirových léčiv. Efektivnější metody pro získání těchto důležitých molekul by proto měly dopady, které přesahují rámec práce syntetického chemika a zasahují až do medicinální chemie a lékařského výzkumu. Jedním z nejnáročnějších kroků syntézy nukleosidů je glykosylační krok mezi heterocyklickým akceptorem (nukleobáze) a donorem na bázi sacharidu. Pro zabránění nežádoucích reakcí dalších reaktivních skupin a získání uspokojivých výtěžků s dobrými regio- a stereochemickými vlastnostmi je často nutné použít chránící skupiny. Tento proces protekce−glykosylace−deprotekce je pracný, neefektivní a často vyžaduje použití toxických činidel. Nová metoda, která by snižovala nebo odstraňovala potřebu použití protektivních skupin při glykosylaci, a přesto regio- a stereoselektivně poskytovala dostatečný výtěžek nukleosidů, by proto byla nanejvýš vítána. Tato disertační práce představuje moji snahu dosáhnout tohoto cíle. Bylo zjištěno, že za použití modifikovaných podmínek Mitsunobuovi rekce je možné bez potřeby chránění ostatních skupin přímo a stereoselektivně glykosylovat nukleobázi D-ribosou za vzniku β-ribopyranosyl nukleosidů. Použití 5-O-monochráněné ribosylové...
|
host ::
RSS.