|
|
Probiotické bakterie mléčného kvašení v potravinových výrobcích
Sásková, Denisa ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
K identifikaci probiotických mikroorganismů jsou v potravinářství využívány molekulárně genetické metody, které jsou založeny na analýze DNA. Příkladem těchto metod je polymerázová řetězová reakce, při které dochází k amplifikaci specifických úseků DNA pomocí krátkých oligonukleotidových primerů. Tato bakalářská práce se v teoretické části zabývá probiotickými bakteriemi, jejich vlastnostmi, příznivými účinky na zdraví a možnostech využití v potravinářství a klinických aplikacích. Experimentální část práce je zaměřena na analýzu dvou probiotických potravinových doplňků. Z těchto výrobků byla izolována DNA metodou fenolové extrakce. Pomocí PCR byla prokázána přítomnost DNA probiotických bakterií rodů Lactobacillus a Bifidobacterium.
|
|
|
Identifikace baktérií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod
Jurečková, Nela ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je izolovat genomovou DNA ze 7 mléčných výrobků (jogurty/ jogurtové mléko) v takové kvalitě, aby bylo možné ji použít pro PCR. K izolaci DNA byly použity magnetického částice (P(HEMA-co¬-GMA)). DNA byla reverzibilně adsorbována na mikročástice v přítomnosti 8% poly(ethylen glykolu) PEG 6000 a 5 M chloridu sodném. Absorbovaná DNA byla z mikročástic uvolněna do TE pufru o nízké iontové síle a použita jako DNA matrice do rodově specifické PCR Lactobacillus. Přítomnost DNA rodu Lactobacillus byla prokázána ve všech analyzovaných výrobcích.
|
|
|
Využití magnetických částic pro izolaci a purifikaci DNA
Němeček, Milan ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
S rozvojem molekulárně biologických metod se zvyšuje zájem o nové postupy izolace DNA o vysoké kvalitě. Izolace DNA se provádí z hrubých lyzátů buněk mnoha technikami např. fenolovou extrakcí, vysolováním nebo adsorpcí na pevnou fázi. Klasická izolace DNA, jakou je fenolová extrakce je poměrně složitá a časově náročná. Z toho důvodu byly vyvinuty nové alternativní metody izolace DNA využívající reverzní imobilizaci DNA na pevnou fázi. Velmi rozšířené je používání magnetických nosičů, které umožňují izolovat DNA ve vysoké kvalitě přímo z hrubých lyzátů buněk komplexních vzorků. Současná metoda adsorpce DNA na povrch magnetických částic neposkytuje v některých případech při analýze komplexních vzorků (např. potravin) dostatečně čistou DNA. Část inhibitorů polymerázové řetězové reakce (PCR) se zřejmě adsorbuje na stěny zkumavky, při eluci DNA dochází k jejich uvolnění do roztoku a následnému ovlivnění kvality DNA (např. snížení citlivosti amplifikace v PCR). Principem vyvíjeného postupu je konstrukce zařízení, které využívá přenos magnetických částic paramagnetickou jehlou z jedné Eppendorfovy zkumavky do druhé, ve které probíhá další zpracování vzorku. Přenosem pomocí jehly se zabraňuje přenosu kontaminujících nečistot. Navržené zařízení umožňuje realizovat výše uvedený postup. Funkčnost zařízení byla ověřena při izolaci plasmidové pUC19 DNA z hrubých lyzátů buněk E. Coli JM 109 (pUC19).
|
|
|
Identifikace probiotických laktobacilů v mléčných výrobcích
Dofková, Květoslava ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Bakterie rodu Lactobacillus jsou součástí střevní mikroflóry, jejíž složení ovlivňuje zdravotní stav hostitele. Vzhledem k tomu, že u některých druhů Lactobacillus byly prokázány klinické účinky (např. posílení imunitního systému, prevence průjmových onemocnění a další), jsou laktobacily často používány k přípravě fermentovaných mléčných výrobků nebo farmakologických preparátů. Pro identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčných výrobcích byla vyvinuta metoda PCR, která je založena na amplifikaci fragmentu DNA představující oblast mezi geny kódující 16S a 23S rRNA. Celková DNA izolovaná metodou fenolovou extrakce z výrobku Actimel Natur byla v této práci amplifikována rodově specifickou PCR. Detekcí specifického PCR produktu byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus ve výrobku. Provedením druhově specifické PCR byla ve výrobku Actimel Natur detekována přítomnost probiotického druhu Lactobacillus casei (ve výrobku Actimel Natur) v množství, které se přibližně shodovalo s deklarovaným údajem.
|
|
|
Využití magnetických mikročástic pro izolaci bakteriální DNA
Hrudíková, Radka ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na testování dvou typů magnetických mikročástic funkcionalizovaných –COOH skupinami pro izolaci bakteriální DNA. Izolace byla provedena z hrubých lyzátů buněk připravených z čisté kultury Lactobacillus paracassei RL-10, v prostředí 2 M NaCl a 16% PEG 6000. Dále byl sledován vliv degradace RNA enzymem RNasa A na množství izolované DNA. Bylo zjištěno, že degradace RNA v hrubých lyzátech buněk měla vliv na množství izolované DNA. Množství izolované DNA záleželo na použitých mikročásticích. Větší množství DNA bylo izolováno pomocí částic s větším obsahem –COOH skupin. Nosiči byla izolována DNA amplifikovatelná v PCR. V další části práce byly testovány nosiče funkcionalizované –NH2 skupinami při izolaci DNA s využitím elektrostatických sil. Bylo prokázáno, že pro vazbu DNA na nosič je vhodné prostředí s nižším pH.
|
|
|
Identifikace mikroorganismů v kosmetických výrobcích s obsahem probiotik
Langová, Denisa ; Španová, Alena (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Probiotické výrobky jsou nedílnou součástí současného trhu. Mezi výrobky obsahující přidané probiotické kultury se řadí také kosmetické výrobky. První část práce se zabývá testy na schopnost přežití bakterií v prostředí prezervačních látek, které jsou v kosmetických výrobcích obsaženy. Pro tyto testy byly použity sbírkové kmeny bakterií rodu Lactobacillus. Další část práce se zabývá izolací bakteriální DNA z probiotických kosmetických výrobků Ryor, Yoghurt of Bulgaria, FeminaMed a Lactovit Activit, a to v kvalitě vhodné pro amplifikaci v PCR. DNA byla izolována metodou fenolové extrakce a magnetickými nosiči. Přítomnost bakterií byla prokázána rodově a druhově specifickými PCR Lactobacillus. Byla provedena optimalizace druhově specifické PCR pro identifikaci Lactobacillus pentosus. Druhová identifikace byla v souladu s údaji deklarovanými výrobci.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v tvrdých sýrech s využitím amplifikačních metod
Herzogová, Jitka ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na identifikaci bakterií mléčného kvašení druhu Lactococcus lactis a poddruhů Lactococcus lactis ssp. lactis a Lactococcus lactis ssp. cremoris pomocí druhově a subdruhově specifické polymerázové řetězové reakce (PCR). Metoda PCR byla použita k identifikaci bakterií druhu Lactococcus lactis v 10 vzorcích tvrdých sýrů. Byl vypracován postup přípravy vzorků tvrdých sýrů pro získání dostatečného množství buněk a přípravu hrubých lyzátů buněk. Celková DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována použitím magnetických částic P(HEMA-co-GMA) v přítomnosti polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Jako kontrola izolace byla použita DNA izolovaná metodou fenolové extrakce. PCR byla rovněž použita k analýze 7 kmenů Sbírky mlékařských mikroorganismů Laktoflora (CCDM). U těchto kmenů bylo subdruhově specifickou PCR prokázáno zařazení 5 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. lactis a 2 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. cremoris.
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z výrobků z obilovin
Starenkova, Anastasiia ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na testování mikroizolace DNA za pomocí magnetických částic z ereálních výrobků v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Pro analýzu byly vybrány cereální sušenky a výrobky pro děti. Vzorky byly homogenizovány s použitím plastového kopistu v lyzačním roztoku s cetyltrimetylammonium bromidem (CTAB). Homogenáty byly purifikovány směsí chloroform-oktanol. Při přípravě homogenátu byl také testován vliv isopropanolu. Homogenáty byly použity pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Byly testovány dva spůsoby separace magnetických částic s navázanou DNA (magnetický separátor a magnetická jehla). Izolovaná DNA byla analyzována spektrofotometricky - byla zjišťována její koncentrace a čistota. Poté byla ověřována amplifikovatelnost DNA v PCR. Pro amplifikaci byly použity dvě sady primerů specifických pro rostlinnou ribosomální DNA. Produkty PCR s očekávanou délkou 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Bylo zjištěno, že DNA izolovaná ze zrn cereálií, nakličených zrn a cereálních výrobků pomocí testovaných magnetických nosičů byla v kvalitě vhodné pro PCR.
|
|
|
Intestinal metabolism of bilirubin
Jirásková, Alena ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Španová, Alena (oponent) ; Pátek, Miroslav (oponent)
CONCLUSIONS In this study we focused on the process of bilirubin reduction catalyzed by an anaerobic intestinal bacterium C. perfringens. We aimed to undertake analysis of bile pigments metabolized by C. perfringens anď their respective reduction products and to identify gene(s) encoding protein(s) involved in metabolism of bilirubin. Analysis of bile pigments metabolized by C. perfringens and their respective reduction products 1) The C. perfringens strain BRl isolated from neonatal stools reduces a variety of different bile pigments indicating that this broad subsfiate specificiý could be an effective tool for disposal of electons produced in catabolic processeswithin thesebacteria. 2) The examined strain reduces UCB only to the level of urobilinogen. Other bacterial stains and species, absent in neonates, are preslrmed to be essential for catabolism to the level ofstercobilinogen. Identification of gene(s)involved in bilirubin metabolism l) The C. perfringens strain BRl is resistantto the toansformationof plasmid DNA mediatedby electroporation and thereforeit is not a candidate suitable for transposonmutagenesis. 2) A transformable C. perfringens P90.2.2. strain was found to reduce bilirubin. Rapid and simple method suitable for electroporation of this stoain was developed providing transformation...
|
|
|
Vliv probiotické bakterie Lactobacillus paracasei subsp. paracasei na vývoj akutní kolitidy u BALB/c myší
Součková, Martina ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Španová, Alena (oponent)
Zánětlivá onemocnění střeva, mezi která patří ulcerózní kolitida a Crohnova choroba, jsou chronická relapsující onemocnění nejasné etiologie. Akutní ulcerózní kolitidu jsme u BALB/c myší vyvolali podáváním 3 % dextransulfátu sodného (DSS) v pitné vodě po dobu 5 dnů. Cílem studie bylo zhodnotit vliv bakterie Lactobacillus paracasei subsp. paracasei RL14-P, která byla testována jako možné nové probiotikum, na vývoj střevního zánětu u experimentálního modelu akutní kolitidy. Laktobacily jsme myším aplikovali intragastricky 1. , 4. a 8. den pokusu a poté po dobu pěti dnů společně s podáváním DSS. Kontrolní skupiny myší dostávaly podle stejného schématu místo probiotické bakterie MRSC médium nebo fosfátový pufr. Denně jsme sledovali klinické příznaky zánětu, jako je průjem, rektální krvácení a úbytek váhy myší. Metodou ELISA jsme stanovili hladiny cytokinů (IL-6, IL-10 a TNF-α) v supernatantech po 48hodinové kultivaci slezinných buněk, buněk mezenteriálních lymfatických uzlin a střevních kousků. Histologicky jsme hodnotili stupeň poškození colon descendens. Myši prekolonizované Lactobacillus paracasei subsp. paracasei RL14-P zůstaly po dobu pokusu zdravé bez příznaků těžkého střevního zánětu. Myši, které dostávaly laktobacily, neměly zkrácené tlusté střevo, což je jeden ze znaků střevního zánětu, jak...
|
host ::
RSS.