|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.
|
|
| |
|
|
Evolution of the telencephalon in amniotes
Stehlík, Patrik ; Němec, Pavel (advisor) ; Druga, Rastislav (referee)
Structural organization of the telencephalon differs starkly among mammals, birds and non-avian reptiles. No clear homologue of the mammalian six-layered cerebral cortex has been identified in other vertebrate groups. In the last century, this topic has sparked heated disscussions in the field of comparative neurobiology. Available data point to clear homologies between telencephalic subpallial regions among all amniotes. Many hypotheses have been proposed about homologies within the pallium that offer contrasting reconstructions of the evolution of the aminote telencephalon. While earlier hypotheses suggest homologies at the level of neural circuits and embryological territories, the most recent hypothesis suggests homology at the level of individual cell types possessed by a last common ancestor of reptiles, birds and mammals. The resulting diametrically different structures have been organized by different developmental mechanisms. However, recent transcriptomic data are in direct conflict with these claims, and support the hypothesis which assumes that higher cognitive functions in both major lineages of amniotes evolved independently by expansion of different embryonic fields. The aim of this bachelor's thesis is to provide comprehensive information about the proposed homologies and hypotheses...
|
|
|
Basics on persistent homology
Novák, Jakub ; Šťovíček, Jan (advisor) ; Hrbek, Michal (referee)
Abstract:In this work, the reader is introduced to the theory of persistent ho- mology and its applications. In the first chapter we will show the basics of sim- plicial and singular homology and we will prove the basic relations, especially the independence of simplicial homological groups on the chosen △-complex and isomorphism between homological groups of homotopic spaces. In the second chapter, we explain the motivation behind persistent homology, describe its al- gebraic structure and how it can be visually represented. We describe and prove the corectness of the algorithm for its calculation. We then illustrate the theory on an example. 1
|
|
|
Plant synapses: more than a metaphor?
Pavlovic, Jakub ; Cvrčková, Fatima (advisor) ; Sikorová, Lenka (referee)
Synapses are generally defined as places where cell-to-cell signal transmission especially between neurons can occur, involving transmission of signal by local recycling of exo- and endocytosis vesicles. Possible existence of synaptic signal transduction in plants is still subject of discussion. However, existence of plants homologues of proteins related to those found in synapse support this theory. Cell-to-cell contacts similar to electric, immunological and chemical synapses were described in plants. Here I describe some proteins involved in function or synapse development whose plant homologs are known, or were discovered by myself. Protein RHD3 was described as ortholog of mammalian atlastin. Mutation in atlastin cause hereditary spastic paraplegia where morphology of long axons is changed. Similar change of cell morphology is found also in rhd3 mutans, whose root-hairs have altered phenotype. These root-hairs are shorter and posses wavy appearance. Further I succeeded in identification of possible homolog of two other proteins. It is homolog of Dlg-MAGUK, which is involved in proper function and synapse development. Second whose possible homolog I found is RIMs- BP 2. RIMs-BP 2 forms bifunctional connections between fusion apparatus of synaptic vesicle and Ca2+ channels. Last protein was...
|
|
|
Detection of Homologous Enzymes
Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.
|
guest ::
