Original title: Vyhledávání homologních enzymů
Translated title: Detection of Homologous Enzymes
Authors: Gajdoš, Pavel ; Burgetová, Ivana (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.  This work deals with detection of homologous enzymes in protein databases. Its goal is to design a tool providing such a search. The reader is familiarized with a basic theoretical knowledge regarding proteins, enzymes, homology, but also with existing tools for detection of homologous proteins and enzymes. The further concern of this work is with evaluation of existing tools for detection of homologous enzymes. For the purpose of assessment, a testing dataset was created altogether with an algorithm for evaluation of particular tools. The next part comprises a design and implementation of a new method for detection of homologous enzymes altogether with its evaluation. Two algorithms (One-by-One algorithm and MSA algorithm) for detection of homologous enzymes are presented and compared showing that MSA algorithm is insignificantly better than One-by-One algorithm in terms of accuracy whereas in the matter of speed the latter algorithm prevails. 
Keywords: aktivní místo; CSA; detekce; enzymy; homologie; nová metoda.; PFAM; proteinová databáze; proteiny; SCOPe; UniProt; Vyhledávání; active site; CSA; Detection; enzymes; homology; PFAM; protein database; proteins; SCOPe; search; UniProt new method.

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/61901

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-588992


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses